一种基于宏条形码的家畜采食组成校正模型的构建方法技术

本发明专利技术提供了一种基于宏条形码的家畜采食组成校正模型的构建方法：其特征在于，其包括：(1)选取源自不同牧草制备模拟日粮，作为校正样品，提取DNA、ITS2条形码PCR扩增、扩增子Illumina MiSeq双末端测序，获得原始测序数据；(2)对原始测序数据进行过滤和质控处理，将有效序列进行OTU聚类；(3)将OTU代表序列与NCBI数据库Blastn比对，完成物种注释；(4)使用宏条形码技术对样本的牧草基因序列进行测定，得到牧草DNA序列的相对比例测定值，分析获得模拟日粮的组分；(5)利用线性回归方法对模拟日粮各组分的测定值、各组分的干物质比例真实值进行关联，建立日粮组成的校正模型。

【技术实现步骤摘要】
一种基于宏条形码的家畜采食组成校正模型的构建方法
本专利技术属于分子生物学领域和畜牧学领域，具体地，本申请提供了一种基于宏条形码的家畜采食组成校正模型的构建方法
技术介绍
放牧家畜的生产性能和营养状况与牧草摄入量密切相关。在放牧条件下，准确掌握家畜的采食成分与采食量极其关键，能够为明晰家畜营养状况和预测家畜生产性能，进而为制定草地管理决策、优化牧草资源配置等提供有效的数据支撑和理论指导。天然草地上的牧草资源丰富，种类繁多，食草家畜摄入的植物种类非常多元化，而且会对特定的牧草种类存在一定的偏好选择，准确测定食草家畜的采食组分仍然面临诸多困难与挑战。国内外常用于估测食草动物采食成分的方法众多，主要有模拟采食法、牧草采食法、食道瘘管法、瘤胃内容物法、粪便显微分析法、植物蜡层指示剂法和近红外光谱法。饱和烷烃技术目前被认为是最准确、最客观的方法，它是将饱和烷烃作为内源指示剂，通过测定家畜所采食各牧草的链烷种类、含量，与粪便中相应链烷的种类、含量建立回归方程，从而估算动物对各牧草的采食比例。该方法能够准确地估测日粮组分简单(4～8种)的动物采食组分本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基于宏条形码的家畜采食组成校正模型的构建方法：其特征在于，其包括：/n(1)选取源自不同牧草制备模拟日粮，以此作为校正样品，提取混合样本DNA、ITS2条形码PCR扩增、扩增子Illumina MiSeq双末端测序，获得校正样品的原始测序数据；/n(2)对原始测序数据进行过滤和质控处理，将有效序列进行操作分类单元OTU聚类；/n(3)将OTU代表序列与NCBI数据库Blastn比对，在属或种水平上完成物种注释；/n(4)使用宏条形码技术对每个混合样本的牧草基因序列进行测定，得到牧草DNA序列的相对比例测定值，分析获得模拟日粮的组分；/n(5)利用线性回归方法对模拟日粮各组分的测定值、各...

【技术特征摘要】
1.一种基于宏条形码的家畜采食组成校正模型的构建方法：其特征在于，其包括：
(1)选取源自不同牧草制备模拟日粮，以此作为校正样品，提取混合样本DNA、ITS2条形码PCR扩增、扩增子IlluminaMiSeq双末端测序，获得校正样品的原始测序数据；
(2)对原始测序数据进行过滤和质控处理，将有效序列进行操作分类单元OTU聚类；
(3)将OTU代表序列与NCBI数据库Blastn比对，在属或种水平上完成物种注释；
(4)使用宏条形码技术对每个混合样本的牧草基因序列进行测定，得到牧草DNA序列的相对比例测定值，分析获得模拟日粮的组分；
(5)利用线性回归方法对模拟日粮各组分的测定值、各组分的干物质比例真实值进行关联，建立日粮组成的校正模型。


2.根据权利要求1所述的构建方法，其中提取混合样本DNA包括液氮研磨步骤。


3.根据权利要求1所述的构建方法，其中步骤(1)中ITS2条形码PCR扩增时所用引物为rD5-ITS2：TCCTCCGCTTATTGATATGC以及rb1-ITS2f：CGATACTTGGTGTGAATTGCAG。


4.根据权利要求1所述的构建方法，其中步骤(2)中的质控处理包括(i)过滤read尾部质量值20以下的碱基，以50bp为一个滑动窗口，若窗口内序列的平均质量值低...

【专利技术属性】
技术研发人员：张英俊，郭艳萍，罗海玲，张浩，陈文青，
申请(专利权)人：中国农业大学，
类型：发明
国别省市：北京;11