【技术实现步骤摘要】
一种鉴定拟南芥子叶细胞类型的系统和检测方法
本专利技术属于转录组测序
，具体涉及基于单细胞转录组测序数据，鉴定拟南芥子叶细胞类型的系统和检测方法。
技术介绍
在高通量单细胞转录组测序分析领域，细胞类型鉴定是至关重要的一个环节，通过细胞类型鉴定分析，能够有效揭示复杂细胞群体的异质性，构建细胞图谱。目前细胞类型鉴定有两种方法，一是基于特定Marker基因人为鉴定(marker-based)，二是基于单细胞参考数据集鉴定。使用前者marker基因(marker-based)人工鉴定的方法意味着研究人员必须查阅大量文献资料去收集marker，耗时耗力，并且很多细胞类型无法通过少数几个marker很好地区分细胞类型或者亚型。例如《Reference-basedanalysisoflungsingle-cellsequencingrevealsatransitionalprofibroticmacrophage》一文中，使用CD27基因无法精确判断naiveBcell和memoryBcell，以及在T细胞亚型中，很多情况下mark...
【技术保护点】
1.一种基于单细胞测序鉴定拟南芥子叶细胞类型的系统，其特征在于该系统包括：细胞测序平台、细胞类型的数据库平台、数据分析和处理平台。/n
【技术特征摘要】
1.一种基于单细胞测序鉴定拟南芥子叶细胞类型的系统，其特征在于该系统包括：细胞测序平台、细胞类型的数据库平台、数据分析和处理平台。
2.如权利要求1所述的一种基于单细胞测序鉴定拟南芥子叶细胞类型的系统，所述细胞测序平台为单细胞转录组测序平台，通过单细胞转录组测序技术(scRNA-seq)，获得细胞的基因数据。
3.如权利要求1所述的一种基于单细胞测序鉴定拟南芥子叶细胞类型的系统，所述细胞类型的数据库平台是以叶肉细胞(MPC)、拟分生母细胞(MMC)、早期分生组织细胞(EM)、晚期分生组织细胞(LM)、保卫母细胞(GMC)、年轻保卫细胞(YGC)、保卫细胞(GC)、扁平细胞(PC)的Marker基因为基础，构建拟南芥参考数据平台，其中各细胞的Marker基因如下:
叶肉细胞(MPC)：RBCS、LHCB
拟分生母细胞(MMC)：HDG2、POLAR、SPCH、TMM、MUTE、EPF2
早期分生组织细胞(EM)：MUTE、BASL、SPCH、EPF2
晚期分生组织细胞(LM)：BASL、MUTE、EPF1
保卫母细胞(GMC)：EPF1、HIC、FAMA、SCRM
年轻保卫细胞(YGC)：RBCS、FAMA、EPF1
保卫细胞(GC)：RBCS、FAMA、SCRM、以及TMM基因的低表达
扁平细胞(PC)：IQD5、RBCS。
4.如权利要求3所述的一种基于单细胞测序鉴定拟南芥子叶细胞类型的系统，所述细胞类型的数据库平台的建立方法如下：
通过单细胞转录组测序技术(scRNA-seq)，收集多个Marker基因来鉴定代表气孔发育不同阶段的细胞类型，具体细胞和Marker基因如下所示：
叶肉细胞(MPC)：RBCS、LHCB
拟分生母细胞(MMC)：HDG2、POLAR、SPCH、TMM、MUTE、EPF2
早期分生组织细胞(EM)：MUTE、BASL、SPCH、EPF2
早期分生组织细胞(LM)：BASL、MUTE、EPF1
保卫母细胞(GMC)：EPF1、HIC、FAMA、SCRM
年轻保卫细胞(YGC)：RBCS、FAMA、EPF1
保卫细胞(GC)：RBCS、FAMA、SCRM、以及TMM基因的低表达
扁平细胞(PC)：IQD5、RBCS；
构建适用于拟南芥子叶细胞类型鉴定的数据库平台(单细胞参考数据集)。
5.如权利要求4所述的一种基于单细胞测序鉴定拟南芥子叶细胞类型的系统，所述构建适用于拟南芥子叶细胞类型鉴定的数据库平台(单细胞参考数据集)的步骤为：
使用FeaturePlot()和VlnPlot()函数对相关marker绘制在单个细胞中的表达量图；
使用pheatmap()函数对相关marker绘制在单个细胞中的基因表达聚类热图；
基于上述表达量图以及基因表达聚类热图，判断出拟南芥子叶的细胞类型组成，获得拟南芥子叶各细胞类型对应的单细胞表达谱，构建细胞类型鉴定参考数据集。
6.如权利要求1所述的一种基于单细胞测序鉴定拟南芥子叶细胞类型的系统，所述数据分析和处理平台是以SingleR()函数鉴定细胞类型，绘制细胞类型...
【专利技术属性】
技术研发人员：孙旭武，肖云平，刘祉辛，殷昊，陆瑶，巴永兵，
申请(专利权)人：河南大学，
类型：发明
国别省市：河南;41
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