用于体外或离体确定个体免疫状态的方法技术

本发明专利技术涉及一种用于体外或离体确定个体(优选患者)的免疫状态的方法，所述方法包括在所述个体的生物学样本中检测和/或定量一种或多种HERV/MaLR序列的表达的步骤。本发明专利技术还涉及用于实施所述方法的工具及其用途。及用于实施所述方法的工具及其用途。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于体外或离体确定个体免疫状态的方法


[0001]本专利技术涉及一种用于体外或离体确定个体(优选患者)的免疫状态的方法，所述方法包括在所述个体的生物学样本中检测和/或定量一种或几种HERV/MaLR序列的表达的步骤，以及用于实施其的工具及其用途。

技术介绍

[0002]免疫系统是一种用于使机体抵御被识别为异物的系统，所述异物如病原体(例如病毒、细菌、寄生虫)。在哺乳动物中，主要有两种机制：一种非特异性防御机制，也称为“先天”或“自然”免疫，以及一种特异性防御机制，也称为“获得性”或“适应性”免疫。
[0003]这些免疫应答需要非常精细的调节。在健康的个体中，所述免疫应答将被视为“正常”(我们也可以说免疫状态为免疫活性)。但是，免疫应答有时会受损。当免疫系统比正常情况更活跃时(例如在炎性疾病或自身免疫性疾病的情况下)，我们将讨论炎症状态或过度活跃的免疫状态。在自身免疫性疾病中，机体的免疫系统通过针对自身抗原的特征性免疫触发炎性应答。相反，当免疫系统的活性低于正常状态时，我们将讨论免疫抑制状态(或免疫抑制或免疫缺陷或免疫功能低下状态或免疫麻痹)。
[0004]免疫抑制可具有多种来源，采取多种形式，并影响先天免疫和/或适应性免疫。特别地，败血症是主要的公共卫生问题，是重症监护病房死亡的主要原因。据估计，全世界每年有2800万人患有败血症，其中800万人将死于该病(Fleischmann等人(2016)American journal of respiratory and critical care medicine；193(3):259
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72)。在败血症患者(也称为败血症状态)中，感染后免疫应答失调，导致多发性和可能致命的器官衰竭和功能障碍。这种免疫应答是复杂的，并且会随着时间而发展，具有伴随性的过度的促炎和抗炎现象。所有这些免疫系统病症都会导致器官衰竭、免疫系统麻痹和继发感染。败血性休克是败血症的一种亚型，其中尽管有足够的血管充盈，低血压仍持续(Singer等人(2016)JAMA；315(8):801
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810)。在败血症的初始阶段，炎症甚至过度炎症应答似乎占主导地位，这是组织损伤和器官衰竭(尤其是肾脏衰竭)的原因。这就是为什么败血症领域的临床试验长期以来都集中在抗炎治疗上，却没有确定的结果的原因。关于败血症的病理生理学的最新研究表明，在一些处于败血症状态的患者中，伴随着最初的或后来的炎症发生抗炎或免疫抑制应答。然后，根据促炎和抗炎应答各自的程度，患者可能处于免疫抑制状态，这可能是严重的。这些免疫受抑制的患者存在医院内感染(或HAI，卫生保健相关感染)的高风险，可以从免疫刺激治疗中受益。
[0005]因此，似乎重要的是能够确定个体的免疫状态，尤其是能够鉴别免疫抑制状态，以便能够适应治疗管理。然而，患有免疫系统病症的个体并未表现出特定的临床体征。因此，非常需要鉴定生物标志物，这使得确定个体的免疫状态成为可能。
[0006]目前，用于监测重症监护患者(例如败血症、创伤、大手术、烧伤或胰腺炎患者)免疫改变的参考测试是通过流式细胞术测量的单核细胞表面上的HLA
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DR(人类白细胞抗原D相关的)(mHLA
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DR)的表达降低。实际上，所述标志物在预测死亡率或评估这些患者继发感
染的风险方面提供了有价值的信息。HLA
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DR是属于II类MHC(主要组织相容性复合体)的表面受体。特别地，mHLA
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DR表达的测量代表了鉴定患有败血症的患者是否被免疫抑制的金标准(Monneret和Venet(2016)Cytometry Part B(Clinical Cytometry)90B:376
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386)。但是，这种方法需要大量的分析前样本处理(Monneret和Venet(2014)HLA
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DR monocyte in sepsis:shall we stop following the flow？Crit Care 18:102)。而且，并非在所有医院都总是可以使用流式细胞仪，并且所述测量难以从一个医院到另一家医院，乃至从一个操作员到另一个操作员进行标准化。
[0007]为了克服这些缺点，已经提出了使用分子生物学工具的其他生物标志物，例如，例如基于D3天(将病人送进医疗机构后)CD74表达水平(mRNA水平)与D1天CD74表达水平之比的生物标志物。CD74代表HLA
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DR的恒定链γ。已证明CD74 D3/D1表达比率与重症监护室获得性继发感染的发作有关(Peronnet等人(2017)Intensive Care Medicine；43(7):1013
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20)。专利申请WO2012/101387描述了一种通过对选自几组基因的至少两个基因的表达的分析来确定个体的免疫状态的方法。在专利申请WO2013/156627中，还提出了一种方法，用于通过确定生物样本中的指环病毒属(anellovirus)负载来确定免疫抑制或非免疫抑制状态。然而，这些生物标志物都还没有取代mHLA
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DR的使用。这些生物标志物的特殊缺点是无法鉴定患者处于哪个阶段(即炎症期与免疫抑制期)，其目的主要是能够鉴定免疫抑制的患者，对于这些患者而言，这将与施用免疫刺激剂治疗有关。
[0008]因此，在本专利技术的日期，仍然有必要寻找新的生物标志物，所述新的生物标志物使得确定个体的免疫状态成为可能。

技术实现思路

[0009]内源性逆转录病毒或ERV(用于内源性逆转录病毒)表示生物体基因组的稳定序列，并与某些传染性外源性逆转录病毒(包括围绕着编码假定蛋白的基因的两个LTR(或长末端重复序列)的存在)具有结构相似性。它们的起源尚不确定，但最可能的假设是逆转录病毒感染生殖细胞。在逆转录病毒发生突变后(这可能会使其变得有缺陷)，被感染的生殖细胞可以存活，并且整合到生物体基因组中的逆转录病毒基因组可以传递给下一代，并在后代中在生物体基因组内持续存在。
[0010]在人类中，HERV(人类内源性逆转录病毒)仅在人类基因组测序后才被证实。连同具有类似于HERV的结构的MaLR(哺乳动物表观LTR
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逆转座子)，它们占人类基因组的8.3％，具有超过40万数量的元件。相比之下，编码蛋白质的30000至40000个基因仅占人类DNA的2％。HERV被细分为三大类(I、II和III)和几个组(在本专利申请中有时称为“家族”)。HERV是仅通过复制和粘贴方式通过RNA中间体和逆转录酶转座的逆转录元件。长期以来，它们一直被认为是“垃圾DNA”。尽管它们可能由于突变或通过表观遗传机制而失活，但它们的作用在生理和病理背景下都开始显现。因此，已经表明HERV
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W参与确保胎盘形成的机制之一。HERV
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K超家族是关于致癌作用研究最多的。在某些自身免疫性疾病(例如多发性硬化症或红斑狼疮)以及干扰素病(interfe本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于体外或离体确定个体优选患者的免疫状态的方法，所述方法包括在所述个体的生物学样本(或测试生物学样本)中检测和/或定量至少一种HERV/MaLR序列的至少一部分的表达的步骤，所述HERV/MaLR序列选自SEQ ID NO：1
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34所示的序列或选自与SEQ ID NO：1
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34所示的序列之一具有至少99％同一性的序列，所述SEQ ID NO：1
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34来自以下列表：
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列表1：
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列表2：
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列表3：
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列表4：
NO：1
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34所示的序列或选自与SEQ ID NO：1
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34所示的序列之一具有至少99％同一性的序列，所述试剂盒的特征在于所述扩增和/或检测构件允许扩增和/或检测总计至多100个生物标志物。10.根据权利要求9所述的试剂盒，其中:
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所述扩增构件包括至少一种引物对，所述引物对由两个扩增引物组成，所述两个扩增引物选自包含或由以下核苷酸序列组成的扩增引物：与选自SEQ ID NO：1
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34所示的序列或选自与SEQ ID NO：1
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34所示的序列之一具有至少99％同一性的序列以及这些序列的互补序列的序列的至少一部分互补的核苷酸序列，所述至少一种扩增引物对可以扩增，优选地，可以特异性地扩增选自SEQ ID No：1
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34所示的序列或选自与SEQ ID NO：1
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34所示的序列之一具有至少99％同一性的序列以及这些序列的互补序列的序列的至少一部分，和/或
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所述检测构件包括至少一种杂交探针，其核苷酸序列包含或由以下核苷酸序列组成：与选自SEQ ID NO：1
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34所示的序列或选自与SEQ ID NO：1
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34所示的序列之一具有至少99％同一性的序列以及这些序列的互补序列的序列的至少一部分互补的核苷酸序列。11.根据权利要求9或10所述的试剂盒，其特征在于所述至少一种扩增引物对选自以下扩增引物对：
。12.根据权利要求9
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11的任一项所述的试剂盒，其...

【专利技术属性】
技术研发人员：马林，
申请(专利权)人：拜尔阿斯特公司里昂国民医疗中心，
类型：发明
国别省市：