一种基于染色体上特异SNP位点的炭疽芽胞杆菌鉴定方法技术

本发明专利技术公开了一种基于染色体上特异SNP位点的炭疽芽胞杆菌鉴定方法。本发明专利技术筛选出8个针对炭疽芽胞杆菌特异的SNP靶标。基于这8个SNP位点在其两侧碱基延伸构建出使用方便的电子探针(eProbe)，使用这8个eProbe鉴定了建库时的炭疽芽胞杆菌可疑菌株，临床中类炭疽蜡样芽胞杆菌以及基于毒力基因鉴定错误的蜡样芽胞杆菌，结果证实了这8个电子探针具有特异、准确、快速检测炭疽芽胞杆菌的实用性。这8个eProbe涉及医用检查检验仪器及服务中的体外诊断用试剂，可用于快速鉴定炭疽芽胞杆菌，从蜡样芽胞杆菌区分出炭疽芽胞杆菌对临床指导用药以及医学防护决策具有关键作用。用药以及医学防护决策具有关键作用。

【技术实现步骤摘要】
一种基于染色体上特异SNP位点的炭疽芽胞杆菌鉴定方法


[0001]本专利技术涉及生物
，具体涉及一种基于染色体上特异SNP位点的炭疽芽胞杆菌鉴定方法。

技术介绍

[0002]土壤中蜡样芽胞杆菌，苏云金芽胞杆菌和炭疽芽胞杆菌在致病性，芽胞形成和染色体上的遗传相似性被认为是同一物种。在蜡样芽胞杆菌家族中，区分炭疽芽胞杆菌和蜡样芽胞杆菌非常关键，因为这两种病原体在临床上都很重要并会导致人类感染，但是各自引发的相关疾病的严重程度明显不同。炭疽芽胞杆菌是人畜共患和致命疾病炭疽的病原体。蜡样芽胞杆菌引起食源性胃肠炎和机会性感染。它们形成芽胞后能够抵抗极端的环境条件，在环境中广泛分布。炭疽芽胞杆菌时常会爆发小规模炭疽疫情，而蜡样芽胞杆菌也经常会引起医疗器械污染和食物中毒。因而，由蜡样芽胞杆菌家族引起的感染，在临床上未鉴定清楚病原体初次启用β
‑
内酰胺类抗菌药物治疗时应谨慎。随着分离菌株的越来越多和测序技术的迅速发展，蜡样芽胞杆菌家族基因组文库变得更加复杂。NCBI中的炭疽芽胞杆菌基因组数据库包含了一些非炭疽芽胞杆菌基因组数据，该数据来本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.特定物质在如下任一中的应用：P1、鉴定或辅助鉴定炭疽芽胞杆菌；P2、制备用于鉴定或辅助鉴定炭疽芽胞杆菌的产品；P3、检测或者辅助检测待测蜡样芽胞杆菌家族菌株是否为炭疽芽胞杆菌；P4、制备用于检测或者辅助检测待测蜡样芽胞杆菌家族菌株是否为炭疽芽胞杆菌的产品；所述特定物质为能够用于检测蜡样芽胞杆菌家族菌株的基因组中如下8个位点核苷酸多态性的物质：(1)对应于炭疽芽胞杆菌Ames Ancestor株的染色体负链的第4564265位核苷酸；(2)对应于炭疽芽胞杆菌Ames Ancestor株的染色体负链的第5015039位核苷酸；(3)对应于炭疽芽胞杆菌Ames Ancestor株的染色体负链的第5014970位核苷酸；(4)对应于炭疽芽胞杆菌Ames Ancestor株的染色体负链的第3810008位核苷酸；(5)对应于炭疽芽胞杆菌Ames Ancestor株的染色体正链的第109410位核苷酸；(6)对应于炭疽芽胞杆菌Ames Ancestor株的染色体正链的第1491472位核苷酸；(7)对应于炭疽芽胞杆菌Ames Ancestor株的染色体负链的第4861968位核苷酸；(8)对应于炭疽芽胞杆菌Ames Ancestor株的染色体负链的第5207983位核苷酸。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于：所述特定物质为用于检测蜡样芽胞杆菌家族菌株的基因组中所述(1)
‑
所述(8)所示8个位点中全部或部分的核苷酸多态性的探针或探针组。3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于：所述特定物质为8个探针中的全部或部分；所述8个探针分别用于特异性鉴定炭疽芽胞杆菌的基因组中所述(1)
‑
所述(8)所示8个位点的核苷酸；用于特异性鉴定炭疽芽胞杆菌基因组中染色体负链的第4564265位核苷酸A的探针记为探针1；所述探针1为SEQ ID No.1所示单链DNA；用于特异性鉴定炭疽芽胞杆菌基因组中染色体负链的第5015039位核苷酸C的探针记为探针2；所述探针2为SEQ ID No.2所示单链DNA；用于特异性鉴定炭疽芽胞杆菌基因组中染色体负链的第5014970位核苷酸C的探针记为探针3；所述探针3为SEQ ID No.3所示单链DNA；用于特异性鉴定炭疽芽胞杆菌基因组中染色体负链的第3810008位核苷酸T的探针记为探针4；所述探针4为SEQ ID No.4所示单链DNA；用于特异性鉴定炭疽芽胞杆菌基因组中染色体正链的第109410位核苷酸T的探针记为探针5；所述探针5为SEQ ID No.5所示单链DNA；用于特异性鉴定炭疽芽胞杆菌基因组中染色体正链的第1491472位核苷酸A的探针记为探针6；所述探针6为SEQ ID No.6所示单链DNA；用于特异性鉴定炭疽芽胞杆菌基因组中染色体负链的第4861968位核苷酸G的探针记为探针7；所述探针7为SEQ ID No.7所示单链DNA；用于特异性鉴定炭疽芽胞杆菌基因组中染色体负链的第5207983位核苷酸G的探针记为探针8；所述探针8为SEQ ID No.8所示单链DNA。4.一种检测或者辅助检测待测蜡样芽胞杆菌家族菌株是否为炭疽芽胞杆菌的方法，包
括如下步骤：(A1)检测所述待测蜡样芽胞杆菌家族菌株的基因组中如下8个位点中的全部或部分的核苷酸多态性：(1)对应于炭疽芽胞杆菌Ames Ancestor株的染色体负链的第4564265位核苷酸；(2)对应于炭疽芽胞杆菌Ames Ancestor株的染色体负链的第5015039位核苷酸；(3)对应于炭疽芽胞杆菌Ames Ancestor株的染色体负链的第5014970位核苷酸；(4)对应于炭疽芽胞杆菌Ames Ancestor株的染色体负链的第3810008位核苷酸；(5)对应于炭疽芽胞杆菌Ames Ancestor株的染色体正链的第109410位核苷酸；(6)对应于炭疽芽胞杆菌Ames Ancestor株的染色体正链的第1491472位核苷酸；(7)对应于炭疽芽胞杆菌Ames A...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘先凯，吕宇飞，王东澍，陈刚，王恒樑，朱力，潘超，冯尔玲，
申请(专利权)人：中国人民解放军军事科学院军事医学研究院，
类型：发明
国别省市：