新型基因分类器及其在自身免疫性疾病中的用途制造技术

本文公开了在疑似患有自身免疫性病症的受试者中检测改变的基因表达水平的方法。本文进一步描述了在具有表现出改变的基因表达水平的受试者中治疗自身免疫性病症的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】新型基因分类器及其在自身免疫性疾病中的用途交叉引用本申请要求于2018年5月9日提交的美国临时申请号62/669,297的权益，该申请通过引用以其全文并入于此。
技术介绍
皮肤病是人类最常见的疾病之一，并且对全球医疗保健造成重要负担。三种皮肤病是全球十大最流行疾病，并且八种进入前50位。如果综合考虑，皮肤病况是导致多年残疾的第二至第十一大原因。
技术实现思路
在某些实施方案中，本文公开了基于分子风险因素检测自身免疫性疾病的存在的方法。在一些情况下，本文描述了基于分子风险因素检测银屑病、狼疮或特应性皮炎的存在的方法。在一些情况下，本文还描述了基于分子风险因素监测自身免疫性疾病(例如，银屑病、狼疮或特应性皮炎)的进展的方法。在某些实施方案中，本文公开了在疑似患有银屑病的受试者中检测IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A中至少两个的基因表达水平的方法，包括：(a)从获自所述受试者的皮肤样品中分离核酸，其中所述皮肤样品包括来自角质层的细胞；以及(b)通过使所述分离的核酸与一组探针接触，检测IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A中至少两个的表达水平，所述一组探针识别IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A中的至少两个，并检测IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A中的至少两个与所述一组探针之间的结合。在某些实施方案中，本文公开了在疑似患有银屑病的受试者中检测来自第一基因分类器和第二基因分类器的基因表达水平的方法，包括：(a)从获自所述受试者的皮肤样品中分离核酸，其中所述皮肤样品包括来自角质层的细胞；(b)通过使所述分离的核酸与一组探针接触，检测来自所述第一基因分类器：IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A的一个或多个基因的表达水平，所述一组探针识别来自所述第一基因分类器的一个或多个基因，并检测来自所述第一基因分类器的一个或多个基因与所述一组探针之间的结合；以及(c)通过使所述分离的核酸与额外的一组探针接触，检测来自所述第二基因分类器：IL-17C、S100A7、IL-17RA、IL-17RC、IL-23A、IL-22、IL-26、IL-24、IL-6、CXCL1、IFN-γ、IL-31、IL-33、TNFα、LCN2、CCL20和TNFRSF1A的一个或多个基因的表达水平，所述额外的一组探针识别来自所述第二基因分类器的一个或多个基因，并检测来自所述第二基因分类器的一个或多个基因与所述额外的一组探针之间的结合。在某些实施方案中，本文公开了用TNFα、IL-17A或IL-23的抑制剂治疗受试者的方法，其中所述受试者患有银屑病，所述方法包括以下步骤：通过从包括来自角质层的细胞的皮肤样品中分离核酸，并通过使所述分离的核酸与一组探针接触，对所述皮肤样品进行或已进行了表达分析，所述一组探针识别IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A中的至少两个，并检测IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A中的至少两个与所述一组探针之间的结合，从而确定所述受试者的基因表达水平是否改变；以及如果所述受试者的IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A中的至少两个的基因表达水平改变，则向所述受试者施用TNFα、IL-17A或IL-23的抑制剂或提高采用所述抑制剂的治疗的水平；以及如果所述受试者的IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A中的至少两个的基因表达水平没有改变，则不施用所述抑制剂或终止所述抑制剂的治疗。在某些实施方案中，本文公开了在疑似患有特应性皮炎的受试者中检测IL-13、IL-31和TSLP中至少两个的基因表达水平的方法，包括：(a)从获自所述受试者的皮肤样品中分离核酸，其中所述皮肤样品包括来自角质层的细胞；以及(b)通过使所述分离的核酸与一组探针接触，检测IL-13、IL-31和TSLP中至少两个的表达水平，所述一组探针识别IL-13、IL-31和TSLP中的至少两个，并检测IL-13、IL-31和TSLP中的至少两个与所述一组探针之间的结合。在某些实施方案中，本文公开了在疑似患有特应性皮炎的受试者中检测来自第一基因分类器和第二基因分类器的基因表达水平的方法，包括：(a)从获自所述受试者的皮肤样品中分离核酸，其中所述皮肤样品包括来自角质层的细胞；(b)通过使所述分离的核酸与一组探针接触，检测来自所述第一基因分类器：IL-13、IL-31和TSLP的一个或多个基因的表达水平，所述一组探针识别来自所述第一基因分类器的一个或多个基因，并检测来自所述第一基因分类器的一个或多个基因与所述一组探针之间的结合；以及(c)通过使所述分离的核酸与额外的一组探针接触，检测来自所述第二基因分类器：IL-13R、IL-4R、IL-17、IL-22、CXCL9、CXCL10、CXCL11、S100A7、S100A8、S100A9、CCL17、CCL18、CCL19、CCL26、CCL27和NOS2的一个或多个基因的表达水平，所述额外的一组探针识别来自所述第二基因分类器的一个或多个基因，并检测来自所述第二基因分类器的一个或多个基因与所述额外的一组探针之间的结合。在某些实施方案中，本文公开了用与白细胞介素-13(IL-13)或白细胞介素-13受体(IL-13R)特异性结合的抗体治疗受试者的方法，其中所述受试者患有特应性皮炎，所述方法包括以下步骤：通过从包括来自角质层的细胞的皮肤样品获得或已获得分离的核酸；并通过使所述分离的核酸与一组探针接触，对所述皮肤样品进行或已进行了表达分析，所述一组探针识别IL-13、IL-31和TSLP中的至少两个，并检测IL-13、IL-31和TSLP中的至少两个与所述一组探针之间的结合，从而确定所述受试者的基因表达水平是否改变；以及如果所述受试者的IL-13、IL-31和TSLP中的至少两个的基因表达水平改变，则向所述受试者施用与IL-13或IL-13R特异性结合的抗体；以及如果所述受试者的IL-13、IL-31和TSLP中的至少两个的基因表达水平没有改变，则不施用与IL-13或IL-13R特异性结合的所述抗体。附图说明在所附权利要求书中具体阐述了本公开内容的各个方面。通过参考对在其中利用到本公开内容的原理的说明性实施方案加以阐述的以下详细描述和附图，将会获得对本公开内容的特征和优点的更好的理解，在附图中：图1示出了Th17细胞因子通路。图2示出了皮肤中从IL-23/17通路起的激活周期，导致诸如银屑病和特应性皮炎等疾病。图3示出了在慢性特应性皮炎中升高的多个炎症通路，包括Th1、Th2、Th17和Th22。图4示出了表皮的结构，其中细胞从真皮层发展到角质层所经历的时间为约28天。图5示出了在银屑病损伤和无损伤的皮肤中角质层基因表达的各种标志本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种在疑似患有银屑病的受试者中检测IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A中至少两个的基因表达水平的方法，包括：/na)从获自所述受试者的皮肤样品中分离核酸，其中所述皮肤样品包括来自角质层的细胞；以及/nb)通过使所述分离的核酸与一组探针接触，检测IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A中至少两个的表达水平，所述一组探针识别IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A中的至少两个，并检测IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A中的至少两个与所述一组探针之间的结合。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180509 US 62/669,2971.一种在疑似患有银屑病的受试者中检测IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A中至少两个的基因表达水平的方法，包括：
a)从获自所述受试者的皮肤样品中分离核酸，其中所述皮肤样品包括来自角质层的细胞；以及
b)通过使所述分离的核酸与一组探针接触，检测IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A中至少两个的表达水平，所述一组探针识别IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A中的至少两个，并检测IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A中的至少两个与所述一组探针之间的结合。


2.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法包括检测IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A中的至少三个、至少四个或至少五个的表达水平。


3.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法包括：
检测IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A的表达水平；
检测IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5和S100A9的表达水平；
检测IL-17A、IL-17F、IL-8和CXCL5的表达水平；
检测IL-17A、IL-17F和IL-8的表达水平；或者
检测IL-17A和IL-17F的表达水平。


4.根据权利要求1所述的方法，其中与来自对照样品的等同基因的基因表达水平相比，所述表达水平是上调的基因表达水平。


5.根据权利要求4所述的方法，其中IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A的基因表达水平上调。


6.根据权利要求1所述的方法，其中所述一组探针识别至少两个但不超过六个基因。


7.根据权利要求1所述的方法，其中所述检测包括使所述分离的核酸与额外的一组探针接触，所述额外的一组探针识别IL-17C、S100A7、IL-17RA、IL-17RC、IL-23A、IL-22、IL-26、IL-24、IL-6、CXCL1、TNFα、LCN2、CCL20、TNFRSF1A或其组合。


8.根据权利要求7所述的方法，其中所述额外的一组探针识别一个但不超过十四个基因。


9.一种在疑似患有银屑病的受试者中检测来自第一基因分类器和第二基因分类器的基因表达水平的方法，包括：
a)从获自所述受试者的皮肤样品中分离核酸，其中所述皮肤样品包括来自角质层的细胞；
b)通过使所述分离的核酸与一组探针接触，检测来自所述第一基因分类器：IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A的一个或多个基因的表达水平，所述一组探针识别来自所述第一基因分类器的一个或多个基因，并检测来自所述第一基因分类器的一个或多个基因与所述一组探针之间的结合；以及
c)通过使所述分离的核酸与额外的一组探针接触，检测来自所述第二基因分类器：IL-17C、S100A7、IL-17RA、IL-17RC、IL-23A、IL-22、IL-26、IL-24、IL-6、CXCL1、IFN-γ、IL-31、IL-33、TNFα、LCN2、CCL20和TNFRSF1A的一个或多个基因的表达水平，所述额外的一组探针识别来自所述第二基因分类器的一个或多个基因，并检测来自所述第二基因分类器的一个或多个基因与所述额外的一组探针之间的结合。

【专利技术属性】
技术研发人员：约翰·丹尼尔·杜巴克三世，布克哈德·詹森，姚祖旭，
申请(专利权)人：德玛泰克公司，
类型：发明
国别省市：美国;US