一种猪3号染色体上与猪日增重和上市体重日龄相关的拷贝数变异分子标记及应用制造技术

本发明专利技术属于分子生物技术和分子标记技术领域，具体涉及一种猪3号染色体上与猪日增重和上市体重日龄相关的拷贝数变异分子标记及应用。所述的猪3号染色体上与猪日增重和上市体重日龄相关的拷贝数变异分子标记的拷贝数区域对应于国际猪基因组11.1版本参考序列3号染色体上位于162027bp

【技术实现步骤摘要】
一种猪3号染色体上与猪日增重和上市体重日龄相关的拷贝数变异分子标记及应用


[0001]本专利技术属于分子生物技术和分子标记
，具体涉及一种猪3号染色体上与猪日增重和上市体重日龄相关的拷贝数变异分子标记及应用。

技术介绍

[0002]猪肉是我国重要的动物蛋白来源，其消费占比在我国肉类消费市场的60％以上。因此，猪的一些重要的经济性状如生长、繁殖和肉质性状等长期受到我国育种工作者研究和改进。近年来，随着人们猪肉消费水平的不断增长和消费观念的转变，瘦肉型猪逐渐主导了我国猪肉消费市场。因此，对优质瘦肉型猪的选育成为育种工作的重点，影响猪生长的相关性状是重要的育种目标。猪的生长性状主要包括日增重和上市体重日龄等。其中，日增重是指达上市体重时的平均每日增重，而上市体重日龄则是指达上市体重时的天龄。在养猪生产中，猪的日增重和上市体重日龄等生长性状能直接影响养殖企业经济效益。因此，如何提高这些生长性状的性能通常是养殖企业关注的重点。
[0003]杜洛克猪在我国的育种和商业化养殖中应用非常广泛，通常作为“二元杂”或“三元杂”商品肉猪的终端父本。其在商品代的生产性占比能达到50％，如果能加快杜洛克猪生长性状的遗传改良，将会为养殖业带来巨大的经济效益同时能提高我国猪种竞争力。对于生长性状这种复杂而又受到多个基因的共同调控的数量性状，采用常规的育种方法不仅耗时长、进展缓慢、准确度不高，也难以快速实现预期的育种目标。因此，充分发展和利用现代育种技术是我们实现高效育种的关键。
[0004]全基因组关联分析(Genome-wide Association Study，GWAS)是人们用于研究动植物复杂性状的遗传机制的重要方法。近年来，随着高通量测序技术的快速发展及全基因组芯片的商业化应用，GWAS在复杂性状的遗传解析中日渐成熟，目前已经被广泛应用到农作物和经济动物的育种研究中。虽然GWAS方法发现了许多重要的SNP(Single Nucleotide Polymorphisms，SNP)、QTL (Quantitative Trait Locus，QTL)和候选基因，这些研究成果有助于分子育种的顺利推进，但是它也存在混杂群体往往会出现假阳性或假阴性结果、难以对基因-变异-环境的相互关系进行解析、对于具体相关基因的功能也无法获取等缺点。在生物基因组的变异中存在有多种形式，包括单位点的单核苷酸多态性(SingleNucleotide Polymorphisms，SNP)、小片段的插入和缺失(Insertion/Deletion， INDEL)以及拷贝数变异(Copy Number Variation，CNV)等。CNV作为遗传多样性的重要来源之一，这为我们对于传统GWAS方法无法解释的遗传变异提供一种新的思路。
[0005]CNV是一种片段长度大于50bp的DNA片段插入、缺失、重复等引起的拷贝数发生改变的遗传变异。在生物中，大部分CNV都是在基因组中以遗传多样性的形式存在，其对比参考基因组可能发生不同程度的拷贝数增加或者缺失。由于拷贝数发生改变，可能导致了基因的剂量效应或引起基因结构的改变，从而显著地影响对应的表型。因此，在猪的遗传改良育种进程中，CNV与关联分析方法的结合，为进一步解析生长性状等复杂性状的遗传机制提
供了重要的途径。

技术实现思路

[0006]为了克服现有技术的不足和缺点，本专利技术的首要目的在于提供一种猪3号染色体上与猪日增重和上市体重日龄相关的拷贝数变异分子标记(CNV)。
[0007]本专利技术的另一目的在于提供上述猪3号染色体上与猪日增重和上市体重日龄相关的拷贝数变异分子标记的应用。
[0008]本专利技术的再一目的在于提供一种鉴定上述拷贝数变异分子标记的引物对。
[0009]本专利技术的第四个目的在于提供上述引物对的应用。
[0010]本专利技术的第五个目的在于提供一种猪的遗传改良方法。
[0011]本专利技术的目的通过下述技术方案实现：
[0012]一种猪3号染色体上与猪日增重和上市体重日龄相关的拷贝数变异分子标记，其拷贝数区域对应于国际猪基因组11.1版本参考序列3号染色体上位于 162027bp-2026411bp区间的片段；
[0013]所述的猪3号染色体上与猪日增重和上市体重日龄相关的拷贝数变异分子标记的核苷酸序列对应于国际猪基因组11.1版本参考序列3号染色体上162027 bp-2026411bp区域内，序列的拷贝数正常或增加，导致猪日增重和上市体重日龄的差异；其中，序列的拷贝数＝2，为拷贝数正常；序列的拷贝数>2，为拷贝数增加；
[0014]所述的猪3号染色体上与猪日增重和上市体重日龄相关的拷贝数变异分子标记在鉴定猪日增重、上市体重日龄相关性状和猪遗传育种中的应用；
[0015]一种用于鉴定上述拷贝数变异分子标记的核苷酸序列优选为SEQ ID NO:1，序列的拷贝数正常或增加，导致猪日增重和上市体重日龄的差异；其中，序列的拷贝数＝2，为拷贝数正常；序列的拷贝数>2，为拷贝数增加；
[0016]利用上述猪3号染色体上与猪日增重和上市体重日龄相关的拷贝数变异分子标记筛选高生长效率的猪品种的方法，包含如下步骤：
[0017]检测上述猪3号染色体上与猪日增重和上市体重日龄相关的拷贝数变异分子标记，所述分子标记区间内的核苷酸序列是拷贝数正常还是增加，其中，当猪的个体拥有该片段的正常拷贝数(即拷贝数＝2)时，则有利于提高猪的生长效率；
[0018]所述的猪为杜洛克及其合成系；
[0019]所述的猪优选为加系杜洛克及其合成系；
[0020]一种检测上述拷贝数变异分子标记的引物对，包含引物对P1和P2，其中，引物对P1包含引物F1和引物R1，引物对P2包含引物F2和引物R2，其核苷酸序列如下所示：
[0021]上游引物F1：5
’-
CTCCCACTCCACCCACCCTAAAG-3
’
，
[0022]下游引物R1：5
’-
TGCGGACGGAAAGATGAGAACAAG-3
’
；
[0023]上游引物F2：5
’-
TGCAGAACTACAGGGCTCAGGAC-3
’
，
[0024]下游引物R2：5
’-
GTGGAACAGGGCAGGTGGAAAG-3
’
；
[0025]所述的引物对在鉴定猪日增重和上市体重日龄相关性状中的应用；
[0026]所述的引物对在猪分子标记辅助育种中的应用；
[0027]所述的引物对在提高猪生长效率中的应用；
[0028]一种检测上述拷贝数变异分子标记的试剂盒，包含上述引物对；
[0029]一种用于检测上述拷贝数变异分子标记的方法，包含如下步骤：
[0030]以猪组织样全基因组DNA为模板，以检测上述拷贝数变异分子标记的引物对或上述试剂盒中的引本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种猪3号染色体上与猪日增重和上市体重日龄相关的拷贝数变异分子标记，其特征在于其拷贝数区域对应于国际猪基因组11.1版本参考序列3号染色体上位于162027bp-2026411bp区间的片段；序列的拷贝数正常或增加，导致猪日增重和上市体重日龄的差异；其中，序列的拷贝数＝2，为拷贝数正常；序列的拷贝数>2，为拷贝数增加。2.权利要求1所述的拷贝数变异分子标记在鉴定猪日增重、上市体重日龄相关性状和猪遗传育种中的应用。3.一种用于鉴定权利要求1所述的拷贝数变异分子标记的核苷酸序列，其特征在于为SEQ ID NO:1，序列的拷贝数正常或增加，导致猪日增重和上市体重日龄的差异；其中，序列的拷贝数＝2，为拷贝数正常；序列的拷贝数>2，为拷贝数增加。4.利用权利要求1所述的拷贝数变异分子标记筛选高生长效率的猪品种的方法，其特征在于包含如下步骤：检测权利要求1所述的拷贝数变异分子标记，所述分子标记区间内的核苷酸序列是拷贝数正常还是增加，其中，当猪的个体拥有该片段的正常拷贝数时，则有利于提高猪的生长效率。5.一种检测权利要求1所述的拷贝数变异分子标记的引物对，其特征在于包含引物对P1和P2，其中，引物对P1包含引物F1和引物R1，引物对P2包含引物F2和引物R2，其核苷酸序列如下所示：上游引物F1：5
’-
CT...

【专利技术属性】
技术研发人员：蔡更元，吴珍芳，杨杰，陈悦，郑恩琴，庄站伟，丁荣荣，邱益彬，吴杰，杨化强，洪林君，黄思秀，
申请(专利权)人：华南农业大学，
类型：发明
国别省市：