一种迟发性阿尔茨海默症关联基因变异的早期筛查方法技术

一种迟发性阿尔茨海默症关联基因变异的早期筛查方法，包括以下制备步骤：S1、致病基因型确定：对于进行序列分析的6个与LOAD密切相关的基因，建立人群AD关联基因型数据库，结合对人群表观性状的考察，建立LOAD致病基因型及变异位点数据库，S2、LOAD关联基因变异位点解析：在确立LOAD关联基因型数据库及基因变异位点的数据库的基础上，对LOAD患者强关联基因及变异位点进行分析，建立LOAD致病基因型变异位点数据库。本发明专利技术利用基因测序技术明确APOE、CLU、CR1、PICALM、BIN1、ABCA7等LOAD强关联基因的基因型在人群中出现的频率及碱基变异特点，明确LOAD患病基因型及关联性变异位点，建立多基因联合的系统化诊断标准。

【技术实现步骤摘要】
一种迟发性阿尔茨海默症关联基因变异的早期筛查方法
本专利技术涉及筛查方法领域，尤其涉及一种迟发性阿尔茨海默症关联基因变异的早期筛查方法。
技术介绍
随着人们寿命的延长，阿尔茨海默病（Alzheimer'sdisease，AD）的患病率逐渐升高。《世界阿尔茨海默病2018年报告》中显示全世界约有5000万人口存在痴呆症状，有学者估计该数字在2050年将会超过1亿5200万。作为造成痴呆的重要原因，AD是一种伴严重认知损害的神经退行性病变；其对患者造成的严重认知损害、近事记忆障碍、性格改变等症状对患者家庭造成极大的影响，同时也极大地增加了社会负担。统计显示，2010年，全球大约有3560万痴呆患者，而预计到2050年，这一数字将上升至1.15亿，其中老年痴呆症在所有痴呆患者中所占比例在60%以上。阿尔茨海默病(Alzheimer’sdisease,AD)是导致老年痴呆的最常见原因，我国流行病学调查显示，65岁以上老年人AD患病率男性为3.4%，女性为7.7%，总患病率为5.9%；而2010年统计数据显示，全国65岁及以上老年人口已达1.1883亿，预计到2040年，我国老年人口将增至3.74亿，占全国总人口的24.48％。然而，现在并没有有效的药物可以减缓老年痴呆症的发生与发展，但智力锻炼、健康饮食、刺激疗法等多种手段可以降低老年痴呆风险和延缓发病过程。然而，目前并无有效的治疗方法，且绝大多数新药物的临床试验均指向失败；因此探究AD相关的病理机制显得尤为重要。越来越多的研究发现遗传因素在AD发病过程中具有重要作用。无论何种类型的AD，其发病均与遗传因素密切相关。EOAD呈常染色体显性遗传，其家系的研究发现了3个致病基因淀粉样前体蛋白基因(APP)、早老素1基因(PSEN1)和早老素2基因(PSEN2)；以散发为主的LOAD，虽暂未发现明确的致病基因，通过候选基因筛选、全基因组关联分析(GWAS)等技术，研究者已捕捉到与之关联最强的10种风险基因，包括载脂蛋白E基因(APOE)、丛集素基因(CLU)、补体受体1基因(complementreceptor1,CR1)、磷脂酰肌醇结合网格蛋白组装蛋白基因(PICALM)、桥联整合蛋白1基因(bridgingintegrator1,BIN1)、CD2相关蛋白基因(CD2AP)、跨膜4结构域亚家族A成员4A/6A/4E基因(MS4A4A/MS4A6A/MS4A4E)、产促红细胞生成素的肝细胞(EPH)受体A1基因(EPHreceptorA1,EPHA1)、三磷酸腺苷(adenosinetriphosphate,ATP)结合盒亚家族A成员7基因(ABCA7)以及、白细胞分化抗原群33基因(CD33)。对于上述风险基因，大多数随访集中于APOE、CLU、CR1、PICALM和BIN1。先前研究证实，很多基因的不同基因型与阿尔茨海默症呈正相关，而且每种基因型在发病过程中的作用也不完全相同，大多数情况下，发病可能是多种基因型之间协同作用，因此建立一个多基因联合评价阿尔茨海默症发病概率的方法是一种迫切需求。不同种族、不同民族及不同区域人群的AD关联基因位点也存在这差异，这一特征已经被研究证实，一个区域人群LOAD关联基因的基因型和等位基因分布频率能代表该区域人群。通过高通量测序技术确定人群LOAD关联基因的等位基因特点，进而开发早期诊断试剂盒，将为LOAD的预防、延迟发生和治疗提供帮助。
技术实现思路
本专利技术的目的是为了解决现有技术中存在的缺点，而提出的一种迟发性阿尔茨海默症关联基因变异的早期筛查方法。为了实现上述目的，本专利技术采用了以下技术方案：一种迟发性阿尔茨海默症关联基因变异的早期筛查方法，包括以下制备步骤：S1、致病基因型确定：对于进行序列分析的6个与LOAD密切相关的基因，建立人群AD关联基因型数据库，结合对人群表观性状的考察，建立LOAD致病基因型及变异位点数据库；S2、LOAD关联基因变异位点解析：在确立LOAD关联基因型数据库及基因变异位点的数据库的基础上，对LOAD患者强关联基因及变异位点进行分析，建立LOAD致病基因型变异位点数据库；S3、系统化诊断标准建立：拟根据人群中所研究的6种基因对LOAD的贡献率进行统计分析，而后确定每种基因对LOAD的贡献率，建立多基因权重加和的系统诊断标准，并确定发病概率临界值及置信区间；S4、基因组提取及目标基因测序：抽取研究对象静脉血，提取基因组，利用NimbleGen定点序列捕获技术对LOAD强关联基因进行高通量测序；S5、序列分析：将S1中高通量测序获得的每一个基因的序列，经多序列比对后，利用DnaSP软件计算多态位点、基因型频率、纯合子与杂合子多样性等数据；S6、人群AD关联基因型数据库的建立:收集LOAD患者及65岁以上老年人血样并记录相应参数，提取血样基因组，而后利用高通量测序技术分析LOAD强关联基因的序列特征，进而确立人群LOAD关联基因型数据库。优选的，所述结合对人群表观性状的考察依据LOAD诊断标准。优选的，所述LOAD患者强关联基因为APOE、CLU、CR1、PICALM、BIN1、ABCA7的基因型。优选的，所述S3中系统化诊断标准建立，由于每种关联基因对LOAD的贡献率并不一样，通过多基因联合检测以提高诊断的准确性。优选的，所述S4中LOAD强关联基因有APOE、CLU、CR1、PICALM、BIN1、ABCA7等。优选的，所述S6中相应参数包括年龄、患病情况、记忆、思维、定向、理解、计算、语言和判断能力等。优选的，所述S6中的LOAD强关联基因为APOE、CLU、CR1、PICALM、BIN1、ABCA7。本专利技术的有益效果为：本专利技术紧密跟踪国际上AD发病关联等位基因及疾病早期基因诊断技术这一热点研究领域，但并不是重复国内外其他实验室的研究工作，1、本专利技术：利用基因测序技术明确APOE、CLU、CR1、PICALM、BIN1、ABCA7等LOAD强关联基因的基因型在人群中出现的频率及碱基变异特点。2、本专利技术从年龄、患病情况、记忆、思维、定向、理解、计算、语言和判断能力等方面进行综合评估，明确LOAD患病基因型及关联性变异位点，从而建立人群APOE、CLU、CR1、PICALM、BIN1、ABCA7等基因的等位基因数据库。3、本专利技术为6种强关联基因设置权重，建立多基因联合的系统化诊断标准。具体实施方式下面将结合本专利技术实施例，对本专利技术实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。一种迟发性阿尔茨海默症关联基因变异的早期筛查方法，包括以下制备步骤：S1、致病基因型确定：对于进行序列分析的6个与LOAD密切相关的基因，建立人群AD关联基因型数据库，结合对人群表观性状的考察，建立LOAD致病基因型及变异位点数据库；S2、LOAD关联基因变异位点解析：在确立本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种迟发性阿尔茨海默症关联基因变异的早期筛查方法，其特征在于，包括以下制备步骤：/nS1、致病基因型确定：对于进行序列分析的6个与LOAD密切相关的基因，建立人群AD关联基因型数据库，结合对人群表观性状的考察，建立LOAD致病基因型及变异位点数据库；/nS2、LOAD关联基因变异位点解析：在确立LOAD关联基因型数据库及基因变异位点的数据库的基础上，对LOAD患者强关联基因及变异位点进行分析，建立LOAD致病基因型变异位点数据库；/nS3、系统化诊断标准建立：拟根据人群中所研究的6种基因对LOAD的贡献率进行统计分析，而后确定每种基因对LOAD的贡献率，建立多基因权重加和的系统诊断标准，并确定发病概率临界值及置信区间；/nS4、基因组提取及目标基因测序：抽取研究对象静脉血，提取基因组，利用NimbleGen定点序列捕获技术对LOAD强关联基因进行高通量测序；/nS5、序列分析：将S1中高通量测序获得的每一个基因的序列，经多序列比对后，利用DnaSP软件计算多态位点、基因型频率、纯合子与杂合子多样性等数据；/nS6、人群AD关联基因型数据库的建立:收集LOAD患者及65岁以上老年人血样并记录相应参数，提取血样基因组，而后利用高通量测序技术分析LOAD强关联基因的序列特征，进而确立人群LOAD关联基因型数据库。/n...

【技术特征摘要】
1.一种迟发性阿尔茨海默症关联基因变异的早期筛查方法，其特征在于，包括以下制备步骤：
S1、致病基因型确定：对于进行序列分析的6个与LOAD密切相关的基因，建立人群AD关联基因型数据库，结合对人群表观性状的考察，建立LOAD致病基因型及变异位点数据库；
S2、LOAD关联基因变异位点解析：在确立LOAD关联基因型数据库及基因变异位点的数据库的基础上，对LOAD患者强关联基因及变异位点进行分析，建立LOAD致病基因型变异位点数据库；
S3、系统化诊断标准建立：拟根据人群中所研究的6种基因对LOAD的贡献率进行统计分析，而后确定每种基因对LOAD的贡献率，建立多基因权重加和的系统诊断标准，并确定发病概率临界值及置信区间；
S4、基因组提取及目标基因测序：抽取研究对象静脉血，提取基因组，利用NimbleGen定点序列捕获技术对LOAD强关联基因进行高通量测序；
S5、序列分析：将S1中高通量测序获得的每一个基因的序列，经多序列比对后，利用DnaSP软件计算多态位点、基因型频率、纯合子与杂合子多样性等数据；
S6、人群AD关联基因型数据库的建立:收集LOAD患者及65岁以上老年人血样并记录相应参数，提取血样基因组，而后利用高通量测序技术分析LOAD强关联基因的序列特征，进而确立人群LOAD关联基因型数据库。

【专利技术属性】
技术研发人员：类承斌，杜文燕，张文，
申请(专利权)人：类承斌，
类型：发明
国别省市：山东;37