合成DNA纳米球互补链的方法、试剂盒和用途及测序方法技术

一种合成DNA纳米球互补链的方法、试剂盒和用途及测序方法，其中合成DNA纳米球互补链的方法包括：使用一链测序引物与DNA纳米球模板链结合进行一链测序，其中一链测序引物包括修饰引物和正常引物，修饰引物的3’端包括阻断修饰使该引物无法延伸；除去阻断修饰以使改变后的修饰引物能够在聚合酶作用下在DNA纳米球模板链上延伸；将多重置换扩增引物杂交到一链测序后的DNA纳米球模板链上，进行链置换反应合成DNA纳米球模板链的互补链。该方法将特殊修饰的引物与正常一链测序引物混合，在不影响一链测序质量的情况下，使一部分杂交到DNA纳米球上的引物不能延伸，MDA之前将特殊修饰的引物上的修饰去掉，使这些引物用来合成互补链，增加DNA纳米球互补链拷贝数。

【技术实现步骤摘要】
合成DNA纳米球互补链的方法、试剂盒和用途及测序方法
本专利技术涉及测序
，具体涉及一种合成DNA纳米球互补链的方法、试剂盒和用途及测序方法。
技术介绍
多重置换扩增(MDA)技术广泛用于全基因组扩增，是目前对整个基因组覆盖最广、各位点扩增偏倚最小的全基因组扩增方法。目前，该方法也被用于高通量测序领域，基于MDA原理进行DNA纳米球(DNB)互补链合成(RongqinKe,et.al.,US20160237488A1)来实现对DNB双末端的测序。在双末端测序中，完成DNB一链的测序后，需要将它的互补链产生出来，再对其互补链进行测序。因此，互补链产生得好坏对测序质量的影响很大。如图1所示，现有方法中，在进行MDA时需要同时加入标签(Barcode)引物以及插入(insert)引物，用于合成互补链。但是由于一链经过长循环(cycle)的测序后，生成的一链测序链常常会将插入(insert)引物的杂交位置占据，因此在进行MDA时，只有Barcode引物可以充分杂交到接头上，而插入(insert)引物由于一链测序链的占位导致其很难被杂交上去本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种合成DNA纳米球互补链的方法，其特征在于，所述方法包括：/n使用一链测序引物与DNA纳米球模板链结合进行一链测序，其中所述一链测序引物包括修饰引物和正常引物，所述修饰引物的3’端包括阻断修饰使该引物无法延伸，所述正常引物与所述模板链结合在聚合酶作用下延伸；/n在所述一链测序后，除去所述阻断修饰以使改变后的修饰引物能够在聚合酶作用下在所述DNA纳米球模板链上延伸；和/n将多重置换扩增引物杂交到一链测序后的DNA纳米球模板链上，在具有链置换功能的聚合酶作用下，进行链置换反应合成所述DNA纳米球模板链的互补链。/n

【技术特征摘要】
1.一种合成DNA纳米球互补链的方法，其特征在于，所述方法包括：
使用一链测序引物与DNA纳米球模板链结合进行一链测序，其中所述一链测序引物包括修饰引物和正常引物，所述修饰引物的3’端包括阻断修饰使该引物无法延伸，所述正常引物与所述模板链结合在聚合酶作用下延伸；
在所述一链测序后，除去所述阻断修饰以使改变后的修饰引物能够在聚合酶作用下在所述DNA纳米球模板链上延伸；和
将多重置换扩增引物杂交到一链测序后的DNA纳米球模板链上，在具有链置换功能的聚合酶作用下，进行链置换反应合成所述DNA纳米球模板链的互补链。


2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述阻断修饰是3’末端磷酸化基团修饰；
任选地，所述除去所述阻断修饰是使用多聚核苷酸激酶去除所述3’末端磷酸化基团；
任选地，所述修饰引物的序列为5’-CAACTCCTTGGCTCACAGAACGACATGGCTACGATCCGACTT-3’-磷酸化修饰。


3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述阻断修饰是所述修饰引物的3’端具有至少一个U碱基且该U碱基的3’端下游包括一段与所述DNA纳米球模板链错配的核苷酸序列；
优选地，所述错配的核苷酸序列的长度是3至15nt；优选地，所述长度为5至10nt；
任选地，所述除去所述阻断修饰是使用USER酶切除所述U碱基及其3’端下游的错配的核苷酸序列；
任选地，所述修饰引物的序列为5’-CAACTCCTTGGCTCACAGAACGACATGGCTACGAUTTACACA-3’。


4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述修饰引物和正常引物的质量比是1:8~22；优选地，所述质量比是1：10~20。

【专利技术属性】
技术研发人员：王卉，徐讯，温晴，唐国鑫，邢承美，章文蔚，徐崇钧，陈奥，杨晋，
申请(专利权)人：深圳华大智造科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东;44