【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于核酸引物延伸的组合物和技术相关申请的交叉引用本申请要求于2018年2月6日提交的美国临时申请第62/626,836号的权益，所述美国临时申请通过引用以其全部内容并且出于所有目的并入本文。对“序列表”、表格或作为ASCII文件提交的计算机程序列表附录的引用写入创建于2019年2月1日、字节数为1,865、机器格式为IBM-PC、采用MSWindows操作系统的文件053195-505001WO_Sequence_Listing_ST25.txt中的序列表通过引用并入本文。
技术介绍
本公开总体上涉及分子分析和诊断并且对核酸测序具有特定的适用性。在过去的十年中，对人基因组进行测序所需要的时间急剧减少。过去花费数年时间和数百万美元来执行的程序现在仅需几千美元用仅仅几个小时就能完成。虽然提升速率令人印象深刻，但是目前可用的商业方法仍然不能满足许多临床应用。在许多临床医生的心中，测序有希望提供重要信息以开发关于患者是否患有致命疾病的可靠诊断并且在选择昂贵的或改变生活的治疗选项时提供指导。例如，测序可以在确认初步癌...
【技术保护点】
1.一种表征核酸的方法，所述方法包括/n(a)在一定条件下使引物-模板核酸杂交体与聚合酶和核苷酸混合物接触以产生延伸的引物杂交体，/n其中所述混合物包括第一、第二、第三和第四不同碱基类型的核苷酸同源物，其中所述第一碱基类型的所述核苷酸同源物包括可逆终止子，并且其中所述第二、第三或第四碱基类型的所述核苷酸同源物中的至少一种核苷酸同源物是能延伸的；/n(b)使所述延伸的引物杂交体与所述不同碱基类型中的至少一种碱基类型的核苷酸同源物和聚合酶接触以形成包括所述延伸的引物杂交体、所述聚合酶和所述模板中的下一个碱基的核苷酸同源物的稳定的三元复合物；/n(c)检测所述稳定的三元复合物以将...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180206 US 62/626,8361.一种表征核酸的方法，所述方法包括
(a)在一定条件下使引物-模板核酸杂交体与聚合酶和核苷酸混合物接触以产生延伸的引物杂交体，
其中所述混合物包括第一、第二、第三和第四不同碱基类型的核苷酸同源物，其中所述第一碱基类型的所述核苷酸同源物包括可逆终止子，并且其中所述第二、第三或第四碱基类型的所述核苷酸同源物中的至少一种核苷酸同源物是能延伸的；
(b)使所述延伸的引物杂交体与所述不同碱基类型中的至少一种碱基类型的核苷酸同源物和聚合酶接触以形成包括所述延伸的引物杂交体、所述聚合酶和所述模板中的下一个碱基的核苷酸同源物的稳定的三元复合物；
(c)检测所述稳定的三元复合物以将所述下一个碱基与所述模板中的其它碱基类型区分；以及
(d)确定碱基多重态在所述模板核酸中的存在，所述碱基多重态包括所述第一碱基类型，之后是所述下一个碱基。
2.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括
(e)使用所述延伸的引物杂交体作为所述引物-模板核酸杂交体来重复步骤(a)到(c)以及
(f)确定具有至少两个碱基多重态的系列在所述模板核酸中的存在。
3.根据权利要求2所述的方法，其中所述第二、第三和第四碱基类型的所述核苷酸同源物在步骤(a)中是能延伸的。
4.根据权利要求3所述的方法，其进一步包括
(g)重复步骤(a)到(f)，其中所述第二碱基类型的所述核苷酸同源物包括可逆终止子，并且其中所述混合物中的所述第一、第三和第四碱基类型的核苷酸同源物是能延伸的，并且其中在步骤(c)中确定的所述碱基多重态包括所述第二碱基类型，之后是所述下一个碱基，
从而确定两个碱基多重态系列在所述模板核酸中的存在。
5.根据权利要求4所述的方法，其进一步包括
(h)重复步骤(a)到(f)，其中所述第三碱基类型的所述核苷酸同源物包括可逆终止子，并且其中所述混合物中的所述第一、第二和第四碱基类型的核苷酸同源物是能延伸的，并且其中在步骤(c)中确定的所述碱基多重态包括所述第三碱基类型，之后是所述下一个碱基；以及
(i)重复步骤(a)到(f)，其中所述第四碱基类型的所述核苷酸同源物包括可逆终止子，并且其中所述混合物中的所述第一、第二和第三碱基类型的核苷酸同源物是能延伸的，并且其中在步骤(c)中确定的所述碱基多重态包括所述第四碱基类型，之后是所述下一个碱基，
从而确定四个碱基多重态系列在所述模板核酸中的存在。
6.根据权利要求5所述的方法，其进一步包括比对所述四个碱基多重态系列以确定所述核酸的序列的计算机辅助过程。
7.根据权利要求2所述的方法，其中所述第一和第二碱基类型的所述核苷酸同源物包括可逆终止子，并且其中所述第三和第四碱基类型的所述核苷酸同源物在步骤(a)中是能延伸的。
8.根据权利要求7所述的方法，其进一步包括
(g)重复步骤(a)到(f)，其中所述第三和第四碱基类型的所述核苷酸同源物包括可逆终止子，并且其中所述混合物中的所述第一和第二碱基类型的核苷酸同源物是能延伸的。
9.根据权利要求8所述的方法，其进一步包括
(h)重复步骤(a)到(f)，其中所述第一和第三碱基类型的所述核苷酸同源物包括可逆终止子，并且其中所述混合物中的所述第二和第四碱基类型的核苷酸同源物是能延伸的。
10.根据权利要求2到9中任一项所述的方法，其中在将延伸的引物从所述延伸的引物杂交体去除并且然后将第二引物杂交到所述模板之后使用所述模板核酸来重复步骤(a)到(f)。
11.根据权利要求2到9中任一项所述的方法，其中使用其序列与步骤(a)中使用的所述模板核酸的序列相同的第二模板核酸分子来重复步骤(a)到(f)。
12.根据权利要求2所述的方法，其中步骤(a)的所述引物-模板核酸杂交体是测序过程期间的聚合酶延伸的产物，其中所述测序过程检测指示处于所述具有至少两个碱基多重态的系列的3'位的所述模板的序列的信号。
13.根据权利要求12所述的方法，其进一步包括将所述模板的所述序列与参考基因组的区域比对的计算机辅助过程，其中所述比对是通过将所述参考基因组的所述区域与处于所述具有至少两个碱基多重态的系列的3'位的所述模板的所述序列比对来进行的。
14.根据权利要求13所述的方法，其进一步包括(g)在第二测序过程中对延伸的引物进行聚合酶延伸，其中所述第二测序过程检测指示处于所述具有至少两个碱基多重态的系列的5'位的所述模板的序列的信号。
15.根据权利要求14所述的方法，其进一步包括将所述模板的所述序列与所述参考基因组的区域比对的计算机辅助过程，其中所述比对是通过将所述参考基因组的所述区域与处于所述具有至少两个碱基多重态的系列的3'位的所述模板的所述序列、所述具有至少两个碱基多重态的系列和处于所述具有至少两个碱基多重态的系列的5'位的所述模板的所述序列比对来进行的。
16.根据权利要求1所述的方法，其中第一、第二、第三和第四不同碱基类型的所述核苷酸同源物包括在步骤(c)中检测的外源标记。
17.根据权利要求1所述的方法，其中第一、第二、第三和第四不同碱基类型的所述核苷酸同源物不包括在步骤(c)中检测的外源标记。
18.根据权利要求1所述的方法，其中所述聚合酶包括在步骤(c)中检测的外源标记。
19.根据权利要求1所述的方法，其中步骤(b)是在将所述混合物从与所述延伸的引物杂交体的接触中去除之后执行的。
20.一种表征核酸的方法，所述方法包括
(a)在一定条件下使引物-模板核酸杂交体与聚合酶和核苷酸混合物接触以产生延伸的引物杂交体并且形成包括所述延伸的引物杂交体、所述聚合酶和所述模板中的下一个碱基的核苷酸同源物的稳定的三元复合物，
其中所述混合物包括第一、第二、第三和第四不同碱基类型的核苷酸同源物，其中所述第一碱基类型的所述核苷酸同源物包括可逆终止子，并且其中所述第二、第三或第四碱基类型的所述核苷酸同源物中的至少一种核苷酸同源物是能延伸的；
(b)检测所述稳定的三元复合物以将所述下一个碱基与所述模板中的其它碱基类型区分；以及
(c)确定碱基多重态在所述模板核酸中的存在，所述碱基多重态包括所述第一碱基类型，之后是所述下一个碱基。
21.根据权利要求20所述的方法，其进一步包括
(d)使用所述延伸的引物杂交体作为所述引物-模板核酸杂交体来重复步骤(a)和(b)；以及
(e)确定具有至少两个碱基多重态的系列在所述模板核酸中的存在。
22.根据权利要求21所述的方法，其中所述第二、第三和第四碱基类型的所述核苷酸同源物在步骤(a)中是能延伸的。
23.根据权利要求22所述的方法，其进一步包括
(f)重复步骤(a)到(e)，其中所述第二碱基类型的所述核苷酸同源物包括可逆终止子，并且其中所述混合物中的所述第一、第三和第四碱基类型的核苷酸同源物是能延伸的，并且其中在步骤(c)中确定的所述碱基多重态包括所述第二碱基类型，之后是所述下一个碱基，
从而确定两个碱基多重态系列在所述模板核酸中的存在。
24.根据权利要求23所述的方法，其进一步包括
(g)重复步骤(a)到(e)，其中所述第三碱基类型的所述核苷酸同源物包括可逆终止子，并且其中所述混合物中的所述第一、第二和第四碱基类型的核苷酸同源物是能延伸的，并且其中在步骤(c)中确定的所述碱基多重态包括所述第三碱基类型，之后是所述下一个碱基；以及
(h)重复步骤(a)到(e)，其中所述第四碱基类型的所述核苷酸同源物包括可逆终止子，并且其中所述混合物中的所述第一、第二和第三碱基类型的核苷酸同源物是能延伸的，并且其中在步骤(c)中确定的所述碱基多重态包括所述第四碱基类型，之后是所述下一个碱基，
从而确定四个碱基多重态系列在所述模板核酸中的存在。
25.根据权利要求24所述的方法，其进一步包括比对所述四个碱基多重态系列以确定所述核酸的序列的计算机辅助过程。
26.根据权利要求21所述的方法，其中所述第一和第二碱基类型的所述核苷酸同源物包括可逆终止子，并且其中所述第三和第四碱基类型的所述核苷酸同源物在步骤(a)中是能延伸的。
27.根据权利要求26所述的方法，其进一步包括
(f)重复步骤(a)到(e)，其中所述第三和第四碱基类型的所述核苷酸同源物包括可逆终止子，并且其中所述混合物中的所述第一和第二碱基类型的核苷酸同源物是能延伸的。
28.根据权利要求27所述的方法，其进一步包括
(g)重复步骤(a)到(e)，其中所述第一和第三碱基类型的所述核苷酸同源物包括可逆终止子，并且其中所述混合物中的所述第二和第四碱基类型的核苷酸同源物是能延伸的。
29.根据权利要求21到28中任一项所述的方法，其中在将延伸的引物从所述延伸的引物杂交体去除并且然后将第二引物杂交到所述模板之后使用所述模板核酸来重复步骤(a)到(e)。
30.根据权利要求21到28中任一项所述的方法，其中使用其序列与步骤(a)中使用的所述模板核酸的序列相同的第二模板核酸分子来重复步骤(a)到(e)。
31.根据权利要求21所述的方法，其中步骤(a)的所述引物-模板核酸杂交体是测序过程期间的聚合酶延伸的产物，其中所述测序过程检测指示处于所述具有至少两个碱基多重态的系列的3'位的所述模板的序列的信号。
32.根据权利要求31所述的方法，其进一步包括将所述模板的所述序列与参考基因组的区域比对的计算机辅助过程，其中所述比对是通过将所述参考基因组的所述区域与处于所述具有至...
【专利技术属性】
技术研发人员：D·马利舍夫，A·奥利芬特，
申请(专利权)人：欧姆尼奥姆股份有限公司，
类型：发明
国别省市：美国;US
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