【技术实现步骤摘要】
外周血红细胞微核DNA及其应用
本公开涉及生物学、医学和生物信息学领域。具体而言，本公开涉及外周血红细胞微核DNA及其在癌症检测中的应用。
技术介绍
癌症是威胁人类健康和生命的最主要疾病之一。据报道，2018年，全球有1810万癌症新发病例和960万癌症死亡病例，而接近一半的癌症新发病例和超过一半的癌症死亡病例发生在亚洲地区(GlobalCancerStatistics2018:GLOBOCANEstimatesofIncidenceandMortalityWorldwidefor36Cancersin185Countries.BrayFreddieetal.,CA:ACancerJournalforClinicians.2018)。尽管通过数十年的不断探索，癌症的诊断和治疗取得了一定进展，而对于癌症检测，特别是癌症的筛查、诊断、分型和分期等，仍然存在巨大的需求。血液在机体内不断循环，正常成人的血液总量，男子约占体重的8％，女子约占体重的7.5％。外周血样品易于收集、保存与运输，稳定性高(Dagur,P.K.andJ...
【技术保护点】
1.从外周血红细胞分离或纯化的微核DNA。/n
【技术特征摘要】 【专利技术属性】
1.从外周血红细胞分离或纯化的微核DNA。
2.根据权利要求1所述的微核DNA，其中所述外周血是人外周血。
3.根据权利要求1或2所述的微核DNA，其中所述微核DNA用于癌症检测，例如，癌症的筛查、诊断、分型和/或分期。
4.根据权利要求3所述的微核DNA，其中所述癌症为宫颈癌。
5.根据权利要求4所述的微核DNA，其中所述微核DNA包含表2、4或6所示的基因分类器。
6.根据权利要求3所述的微核DNA，其中所述癌症为结直肠癌。
7.根据权利要求6所述的微核DNA，其中所述微核DNA包含表8或10所示的基因分类器。
8.从外周血红细胞分离或纯化微核DNA的方法，其包括以下步骤：
a)提供外周血样品；
b)分离外周血样品中的单个核细胞和红细胞；
c)收集红细胞；
d)用红细胞裂解液处理收集的红细胞；和
e)从所述裂解的红细胞提取微核DNA。
9.根据权利要求8所述的方法，其中所述红细胞裂解液通过改变细胞悬液的渗透压以特异性裂解红细胞，而不裂解有核细胞。
10.根据权利要求8所述的方法，其中所述红细胞裂解液包含NH4Cl、NaHCO3、EDTA或其组合。
11.根据权利要求10所述的方法，其中在步骤e)中通过DNA提取试剂来提取微核DNA，所述DNA提取试剂包含蛋白酶，例如蛋白酶K。
12.根据权利要求8-11任一项所述的方法，其中在步骤b)之前，对外周血样品进行稀释，例如，通过磷酸盐缓冲液进行稀释，例如，通过磷酸盐缓冲液进行等体积稀释。
13.根据权利要求8-11任一项所述的方法，其中在步骤b)中使外周血样品经受密度梯度离心，例如Ficoll密度梯度离心，以获得单个核细胞层和红细胞层。
14.根据权利要求13所述的方法，其中从红细胞层的底部收集红细胞。
15.权利要求8-11中任一项所述的方法，其中将裂解的红细胞进行离心，取上清液，从上清液中提取红细胞微核DNA。
16.通过权利要求8-15中任一项所述的方法获得的外周血红细胞微核DNA。
17.一种通过外周血红细胞微核DNA构建用于癌症检测的基因分类器的方法，其包括：
a)提供多于一个的不同的类别，其中每个类别代表具有共有特性的一组受试者；
b)从每个类别的每一个受试者的外周血红细胞分离或纯化外周血红细胞微核DNA；
c)对所述外周血红细胞微核DNA进行全基因组测序，以获得微核DNA的片段序列信息；
d)对比不同类别的受试者的外周血红细胞中的微核DNA的片段序列信息；
e)根据不同类别的受试者的外周血红细胞中的微核DNA的片段序列信息的差异分布，训练对于特定癌症的特征DNA片段集，从而获得用于特定癌症检测的基因分类器。
18.根据权利要求17所述的方法，其中所述不同的类别包括：
-对于同一癌症的癌症受试者和非癌症受试者；
-患有同一癌症的不同类型的受试者；或者
-处于同一癌症类型的不同阶段的受试者。
19.根据权利要求17所述的方法，其中所述癌症为宫颈癌或结直肠癌。
技术研发人员：高晓飞，马丽佳，孙浩博，陆志科，姚星云，李旖旎，周洋帆，李颖，李咏宇，
申请(专利权)人：西湖大学，
类型：发明
国别省市：浙江;33
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