棉花果节长短分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了棉花果节长短相关的SNP分子标记及其应用。该应用具体可为TagSNP‑6400827在鉴定或辅助鉴定棉花短果节基因中的应用；所述TagSNP‑6400827是棉花基因组的一个SNP位点，TagSNP‑6400827是位于棉花第D01号染色体上SEQ ID No.1的第147位核苷酸，其为A或T。实验证明，基因型AA的的棉花品种的果节长度均短于4cm，说明本发明专利技术的TagSNP‑6400827是棉花短果节基因相关的SNP分子标记。而TagSNP‑基因型AA或基因型AT的棉花单株作为亲本均有选育得到基因型AA棉花品种的可能，可用于棉花分子标记辅助选择育种，用于短果节棉花的选育。

【技术实现步骤摘要】
棉花果节长短分子标记及其应用
本专利技术涉及生物
中棉花果节长短分子标记及其应用。
技术介绍
当前，提高棉花产量、适应机械采收、降低生产成本是棉花生产的研究方向。作物株型是作物的多个农艺性状在整体水平上的综合体现，是决定作物产量和机械收获性状的重要因素。在棉花、玉米等不同作物中都提出了理想株型的概念，朱绍琳通过实验证明不同株型棉花品系在光合效率、干物质的积累与分配、经济产量以及早熟性等方面均存在着较大的差异。棉花株型的遗传解析及其调控是提高产量，适应机械化需求的高效技术途径，棉花株型育种是棉花遗传改良的重要目标之一。果节长短是棉花株型重要的决定因素之一，是机械化采收的关键影响性状。短果节有利于成熟期集中和机械化采收。因此，棉花短果节的分子解析具有重要的研究意义和生产实践意义。但是，由于短果节是多基因遗传，表型往往表现连续变异，基因效应难以定量。采用常规育种技术对这个衣分控制位点进行人为选择需要很长年限，且由于短果节表型表现为隐性、易受环境影响，每次回交转育后仅凭表型判断难以确保此衣分控制基因在转育和改良过程中没有丢失，从而需要耗费大量的棉田、人力和财力。因此，如何通过分子标记辅助选择方法稳定可靠又快速简便的进行短果节材料的选育和改良成为本专利技术的关键核心。分子标记直接从DNA水平反映出核苷酸序列的差异，它不受发育阶段、环境因素以及基因是否表达的影响，具有数量非常丰富，遗传稳定等特点。目前，随着分子生物学的飞速发展，分子标记检测技术已经发展出几十种技术可用于分子标记的筛选，比较常用的有RFLP、RAPD、ISSR、SSR、SCAR、STS、AFLP和SNP等，随着分子标记技术的不断发展和应用，目前，国内外已经越来越多的将各种分子标记技术应用在作物育种材料的分子标记辅助选择育种中。SNP(Singlenucleotidepolymorphisms)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。在所有真核生物基因组中均存在并且含量非常丰富，具有多态性丰富、稳定性好、位点专一性、共显性等特点。
技术实现思路
本专利技术所要解决的一个技术问题是如何解决现有技术中鉴定棉花短果节长短性状所需时间长、消耗大和/或准确性差的问题。为了解决以上技术问题，本专利技术提供了以下技术方案：A1、TagSNP-6400827在鉴定或辅助鉴定棉花果节长短中的应用；所述TagSNP-6400827是棉花基因组的一个SNP位点，所述TagSNP-6400827是位于棉花第D01号染色体上SEQIDNo.1(在SEQIDNo.1中用W表示A或T)的第147位核苷酸，其为A或T。A2、检测棉花基因组中TagSNP-6400827的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定棉花果节长短产品中的应用；所述TagSNP-6400827是棉花基因组的一个SNP位点，TagSNP-6400827是位于棉花第D01号染色体上SEQIDNo.1的第147位核苷酸，其为A或T。上述应用中，SEQIDNo.1由167个核苷酸组成，SEQIDNo.1对应于棉花第D01号染色体第6400681-6400847位，SEQIDNo.1的第147位核苷酸为A或T。上述应用中，所述检测棉花基因组中TagSNP-6400827的多态性或基因型具体可为检测棉花基因组中TagSNP-6400827的核苷酸种类。所述棉花基因组中TagSNP-6400827的基因型是AA、TT或AT。所述AA是TagSNP-6400827为A的纯合型，所述TT是TagSNP-6400827为T的纯合型，所述AT是TagSNP-6400827为A和T的杂合型。上述应用中，检测棉花基因组中TagSNP-6400827的多态性或基因型的物质可为通过下述至少一种方法确定棉花基因组中TagSNP-6400827的多态性或基因型所需的试剂和/或仪器：DNA测序、限制性酶切片段长度多态性、单链构象多态性、变性高效液相色谱和SNP芯片。其中，SNP芯片包括基于核酸杂交反应的芯片、基于单碱基延伸反应的芯片、基于等位基因特异性引物延伸反应的芯片、基于“一步法”反应的芯片、基于引物连接反应的芯片、基于限制性内切酶反应的芯片、基于蛋白DNA结合反应的芯片，及基于荧光分子DNA结合反应的芯片。上述应用中，检测棉花基因组中TagSNP-6400827的多态性或基因型的物质具体可为扩增包括TagSNP-6400827在内的棉花基因组DNA片段的引物对，如引物对A1或引物对A2；引物对A1是由SEQIDNo.2所示的单链DNA和SEQIDNo.3所示的单链DNA组成的引物对；引物对A2是由SEQIDNo.4所示的单链DNA和SEQIDNo.5所示的单链DNA组成的引物对。鉴定或辅助鉴定棉花果节长短的方法，包括检测待测棉花基因型，根据待测棉花的基因型鉴定或辅助鉴定待测棉花是短果节棉花还是长果节棉花：AA基因型的待测棉花为或候选为短果节棉花；TT基因型和AT基因型的待测棉花为或候选为长果节棉花；所述AA基因型是棉花基因组中所述TagSNP-6400827为A的纯合型，所述TT基因型是棉花基因组中所述TagSNP-6400827为T的纯合型，所述AT基因型是棉花基因组中所述TagSNP-6400827为A和T的杂合型。上述方法中，所述检测待测棉花基因型，包括如下步骤：以待测棉花的基因组DNA为模板，用引物对A1扩增得到PCR产物，测序获得待测棉花基因型。本专利技术所要解决的另一个技术问题是如何进行棉花育种。为了解决以上技术问题，本专利技术提供了以下技术方案：B1、所述TagSNP-6400827在棉花育种中的应用。B2、上述检测棉花基因组中TagSNP-6400827的多态性或基因型的物质在棉花育种中的应用。B3、上述鉴定或辅助鉴定棉花果节长短的方法在棉花育种中的应用。本专利技术的棉花的育种方法，包括：检测待选棉花基因组中所述TagSNP-6400827的基因型，选择棉花基因组中所述TagSNP-6400827的基因型为AA或AT的待选棉花作为亲本进行育种。上述方法中，所述棉花育种为培育短果节棉花品种。上述方法中，所述短果节棉花具体可为果节长度小于等于4cm的棉花，所述长果节棉花具体可为果节长度大于等于6cm的棉花。上述方法中，所述棉花的育种方法可用于培育短果节棉花品种。检测棉花基因组中所述TagSNP-6400827的多态性可通过扩增棉花基因组中包括SEQIDNo.1的第位核苷酸在内的DNA片段的引物对进行PCR产物，根据PCR产物的序列确定棉花基因组中所述TagSNP-6400827的多态性。所述引物对具体可为引物对A1或引物对A2；所述引物对A1为由SEQIDNo.2所示的单链DNA和SEQIDNo.3所示的单链DNA组成的引物对；所述引物对A2为由SEQIDNo.4所示的单链DNA和SEQIDNo.5所示的单链DNA组成的引物对。上述方法中，所述选择棉花基因组中所述TagSNP-本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.TagSNP-6400827在鉴定或辅助鉴定棉花果节长短中的应用；所述TagSNP-6400827是棉花基因组的一个SNP位点，所述TagSNP-6400827是位于棉花第D01号染色体上SEQ IDNo.1的第147位核苷酸，其为A或T。/n

【技术特征摘要】
1.TagSNP-6400827在鉴定或辅助鉴定棉花果节长短中的应用；所述TagSNP-6400827是棉花基因组的一个SNP位点，所述TagSNP-6400827是位于棉花第D01号染色体上SEQIDNo.1的第147位核苷酸，其为A或T。


2.检测棉花基因组中TagSNP-6400827的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定棉花果节长短产品中的应用；所述TagSNP-6400827是棉花基因组的一个SNP位点，TagSNP-6400827是位于棉花第D01号染色体上SEQIDNo.1的第147位核苷酸，其为A或T。


3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于：所述检测棉花基因组中TagSNP-6400827的多态性或基因型的物质为扩增包括TagSNP-6400827在内的棉花基因组DNA片段的引物对。


4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于：所述引物对为引物对A1，引物对A1是由SEQIDNo.2所示的单链DNA和SEQIDNo.3所示的单链DNA组成的引物对。


5.根据权利要求3所述的应用，其特征在于：所述引物对为引物对A2，引物对A2是由SEQIDNo.4所示的单链DNA和SEQIDNo.5所示的单链DNA组成的引物对。


6.鉴定或辅助鉴定棉花果节长短的方法，包括检测待测棉花基因型，根据待测棉花的基因型鉴定或辅助鉴定待测棉花是短果节棉花还是长果节棉花：AA基因型的待测棉花为或候选为短果节棉花；TT基因型和AT基因型的待测棉花为或候选为长果节棉花；所述AA基因型是棉花基因组中权利要求1中所述T...

【专利技术属性】
技术研发人员：张永山，陈伟，姚金波，李燕，房圣涛，朱守鸿，
申请(专利权)人：中国农业科学院棉花研究所，
类型：发明
国别省市：河南;41