【技术实现步骤摘要】
一种基于cgMLST的变异链球菌分型方法
本专利技术属于细菌分型
，具体涉及一种基于cgMLST的变异链球菌分型方法。
技术介绍
龋病是以细菌为主的多因素作用下，牙齿硬组织发生慢性进行性破坏的细菌感染性疾病。龋病在未经及时治疗的状况下，会继发牙髓炎、根尖周炎、影响继承恒牙的发育、甚至导致颌骨骨髓炎、间隙感染等严重后果。2016年Lancet公布的全球328种疾病中恒牙龋的患病率排名第一。我国一直高度重视口腔健康工作，在《“健康中国2030”规划纲要》中提出2030年将12岁儿童患龋率控制在25%以内。然而，2015年第四次全国口腔流行病学调查数据显示，12岁儿童恒牙患龋率高达38.5%，比十年前上升了9.6个百分点。此次调查结果亦表明，5岁儿童和65-74岁老年人的龋病流行状况也非常值得担忧，患龋率分别高达71.9%和98.0%。由此可见，龋病的防治工作是我国口腔公共卫生事业中十分重要并迫切的任务。变异链球菌是目前公认的重要的特异性致龋菌，变异链球菌能够很容易地粘附在牙齿表面，形成生物膜，并在碳水化合物代谢后释...
【技术保护点】
1. 一种基于cgMLST的变异链球菌分型方法，其特征在于，包括以下步骤：/n（1）原始cgMLST靶基因集的构建/n选择变异链球菌UA159基因组作为参考基因组，对变异链球菌UA159基因组中基因进行过滤筛选，获得初步的原始cgMLST靶基因集；/n过滤条件包括：过滤长度小于50bp的基因；过滤缺少起始或终止密码子的基因；过滤具有多个终止密码子的基因；过滤任何重叠大于4b的基因，只保留长度最长的基因；过滤与转座子数据库存在高度同源的基因，需要满足identity>50%，cover>70%；过滤与质粒基因数据库上高度同源的基因，需要满足ident>90%...
【技术特征摘要】
1.一种基于cgMLST的变异链球菌分型方法，其特征在于，包括以下步骤：
（1）原始cgMLST靶基因集的构建
选择变异链球菌UA159基因组作为参考基因组，对变异链球菌UA159基因组中基因进行过滤筛选，获得初步的原始cgMLST靶基因集；
过滤条件包括：过滤长度小于50bp的基因；过滤缺少起始或终止密码子的基因；过滤具有多个终止密码子的基因；过滤任何重叠大于4b的基因，只保留长度最长的基因；过滤与转座子数据库存在高度同源的基因，需要满足identity>50%，cover>70%；过滤与质粒基因数据库上高度同源的基因，需要满足ident>90%，overlap>95%；
（2）获取候选基因组
（2.1）候选基因组的筛选
从NCBI上下载全部199个变异链球菌全基因组数据，根据NakanoMLST对变异链球菌全基因组数据进行过滤筛选，得到候选基因组；
过滤条件包括：过滤contig数目≥200且Scaffold长度<500bp的基因组；过滤不包含所有MLST核心基因的基因组，单基因拷贝数<75%的基因组；
（2.2）对候选基因组的代表性进行评估
基于变异链球菌MLST分型数据库中分型标准，对候选基因组进行分型，得到分型结果，将所得分型结果与变异链球菌MLST分型数据库分型结果进行整合得到最小生成树，根据最小生成树结果观察候选基因组在现有的ST分型结果中的分布情况，覆盖率高证明候选基因组的筛选方法有效；
（3）获取有效cgMLST靶基因
（3.1）有效cgMLST靶基因的筛选
在候选基因组的基础上对原始cgMLST靶基因集中的基因进行过滤，得到有效cgMLST靶基因；
过滤条件包括：保留原始cgMLST靶基因集中所有在候选基因组中存在并且为单拷贝基因的基因，过滤原始cgMLST靶基因集中在候选基因组中出现终止密码子缺失或者提现终止频率超过20%的基因；
（3.2）对有效cgMLST靶基因的代表性进行评估
对有效cgMLST靶基因及NakanoMLST的管家基因在参考基因组上的分布情况进行评估，有效cgMLST靶基因在参考基因组上均匀分布，且有效cgMLST靶基因包括了NakanoMLST的管家基因，则证明有效cgMLST靶基因的筛选方法有效；
（4）获取基因样品全基因组信息
利用提取试剂盒提取基因样品的DNA得到DNA片段，然后按照文库制备试剂盒的...
【专利技术属性】
技术研发人员：刘姗姗，张凯，陈永锋，
申请(专利权)人：蚌埠医学院第一附属医院蚌埠医学院附属肿瘤医院，
类型：发明
国别省市：安徽;34
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