固态驱动器和可并行序列比对方法技术

公开了一种固态驱动器和可并行序列比对方法。所述SSD包括：闪存，用于存储数据；SSD控制器，用于管理从闪存读取数据和向闪存写入数据。SSD还可以包括操作以执行检索序列与参考序列的比较的现场可编程门阵列(FPGA)，其中，参考序列存储在闪存中。FPGA可以：识别检索序列与参考序列之间的连续原子匹配；将检索序列划分为检索序列的包括检索序列中的连续原子匹配之前的原子的左侧部分、检索序列的包括检索序列中的连续原子匹配的中心部分以及检索序列的包括检索序列中的连续原子匹配之后的原子的右侧部分；将检索序列的左侧部分与参考序列匹配；以及将检索序列的右侧部分与参考序列匹配。

【技术实现步骤摘要】
固态驱动器和可并行序列比对方法本申请要求于2019年5月14日提交的序列号62/847,930的美国临时专利申请的权益，该美国临时专利申请出于所有目的通过引用包含于此。本申请涉及于2019年6月7日提交的序列号16/435,442的共同未决的美国专利申请，序列号16/435,442的共同未决的美国专利申请要求于2018年9月18日提交的序列号62/733,077的美国临时专利申请和于2019年3月13日提交的序列号62/818,096的美国临时专利申请的权益，并且是于2019年1月28日提交的序列号16/260,087的美国专利申请的部分继续申请，序列号16/260,087的美国专利申请是于2018年12月19日提交的序列号16/226,629的美国专利申请的部分继续申请，序列号16/226,629的美国专利申请是于2018年11月30日提交的序列号16/207,080的美国专利申请的继续申请，序列号16/207,080的美国专利申请要求于2018年10月12日提交的序列号62/745,261的美国临时专利申请的权益，所有这些申请出于所有目的通过引用包含于此。技本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种固态驱动器SSD，包括：/n闪存，用于存储数据；/nSSD控制器，用于管理从闪存读取数据和向闪存写入数据；/n现场可编程门阵列FPGA，操作以执行检索序列与参考序列的比较，参考序列存储在闪存中，FPGA操作以：/n识别检索序列与参考序列之间的连续原子匹配；/n将检索序列划分为检索序列的包括检索序列中的连续原子匹配之前的第一原子的左侧部分、检索序列的包括检索序列中的连续原子匹配的中心部分以及检索序列的包括检索序列中的连续原子匹配之后的第二原子的右侧部分；/n将检索序列的左侧部分与参考序列匹配；以及/n将检索序列的右侧部分与参考序列匹配。/n

【技术特征摘要】
20190514 US 62/847,930;20190826 US 16/551,7121.一种固态驱动器SSD，包括：
闪存，用于存储数据；
SSD控制器，用于管理从闪存读取数据和向闪存写入数据；
现场可编程门阵列FPGA，操作以执行检索序列与参考序列的比较，参考序列存储在闪存中，FPGA操作以：
识别检索序列与参考序列之间的连续原子匹配；
将检索序列划分为检索序列的包括检索序列中的连续原子匹配之前的第一原子的左侧部分、检索序列的包括检索序列中的连续原子匹配的中心部分以及检索序列的包括检索序列中的连续原子匹配之后的第二原子的右侧部分；
将检索序列的左侧部分与参考序列匹配；以及
将检索序列的右侧部分与参考序列匹配。


2.根据权利要求1所述的SSD，其中，FPGA还操作以同将检索序列的右侧部分与参考序列匹配并行地将检索序列的左侧部分与参考序列匹配。


3.根据权利要求1所述的SSD，其中，FPGA还操作以：
将检索序列中的多个原子子序列与参考序列中的多个开始位置进行比较；以及
选择检索序列中的包括连续原子匹配的第一原子子序列。


4.根据权利要求3所述的SSD，其中，FPGA还操作以并行地将检索序列中的所述多个原子子序列与参考序列中的所述多个开始位置进行比较。


5.根据权利要求3所述的SSD，其中，FPGA还操作以：
将权重分配给检索序列中的所述多个原子子序列与参考序列中的所述多个开始位置的每个比较，每个权重基于检索序列中的原子子序列与参考序列的相对位置；
确定检索序列中的所述多个原子子序列与参考序列中的所述多个开始位置的每个比较的加权匹配，加权匹配基于权重和原子子序列中的与参考序列中的连续原子匹配的连续原子的数量；以及
选择检索序列中的包括最高的加权匹配的第一原子子序列。


6.根据权利要求5所述的SSD，其中，从包括中心匹配权重、左侧匹配权重和右侧匹配权重的集合中提取分配给每个比较的权重。


7.根据权利要求3所述的SSD，其中，FPGA还操作以：
将权重分配给检索序列中的第三原子和参考序列中的第四原子的比较，所述权重反映检索序列中的第三原子与参考序列中的第四原子之间的相似性；以及
基于连续原子匹配的长度以及分配给检索序列中的第三原子和参考序列中的第四原子的比较的权重，来选择检索序列中的第一原子子序列。


8.一种可并行序列比对方法，包括：
接收参考序列和检索序列，参考序列包括第一原子序列，检索序列包括第二原子序列；
识别检索序列与参考序列之间的连续原子匹配；
将检索序列划分为检索序列的包括检索序列中的连续匹配之前的第一原子的左侧部分、检索序列的包括检索序列中的连续原子匹配的中心部分以及检索序列的包括检索序列中的连续原子匹配之后的第二原子的右侧部分；
将检索序列的左侧部分与参考序列匹配；以及
将检索序列的右侧部分与参考序列匹配。


9.根据权利要求8所述的可并行序列比对方法，其中，将检索序列的右侧部分与参考序列匹配的步骤包括：同将检索序列的左侧部分与参考序列匹配并行地将检索序列的右侧部分与参考序列匹配。


10.根据权利要求8所述的可并行序列比对方法，其中，识别检索序列与参考序列之间的连续原子匹配的步骤包括：
执行检索序列中的多个原子子序列与参考序列中的多个开始位置的比较；以及
选择检索序列中的包括连续原子匹配的第一原子子序列。


11.根据权利要求10所述的可并行序列比对方法，其中，执行检索序列中的多个原子子序列与参考序列中的多个开始位置的比较的步骤包括：并行地执行检索序...

【专利技术属性】
技术研发人员：塞尔瓦托·阿库里，安娜希塔·沙耶斯特，杰森·马蒂诺，朗姆达斯·P·卡查尔，斯蒂芬·费舍尔，维杰·巴拉克里什南，亚西尔·扎格鲁，
申请(专利权)人：三星电子株式会社，
类型：发明
国别省市：韩国;KR