一种分子标志物肿瘤缺失突变负荷的检测方法技术

本发明专利技术涉及生物医学技术领域，特别涉及一种分子标志物肿瘤缺失突变负荷的检测方法；包括以下步骤：S1：采集肿瘤患者的样本；S2：利用探针捕获或者扩增子技术进行针对人类基因组目标区域的富集；S3：对人基因组中与肿瘤发生发展相关的特定目标基因区域进行测序；S4：针对所有捕获区域，使用生物信息算法，经过样本数据质控、低质量数据过滤、比对参考基因组、变异检测、变异过滤以及变异注释后，获得TDB数值。本发明专利技术提供了一种全新的TDB的计算机算法，其中TDB与微卫星不稳定性（Microsatellite Instability，MSI）金标准的检测结果一致性显著高于TMB与MSI检测结果的一致性，可以更好地预测免疫治疗疗效。

A detection method of tumor deletion mutation load

【技术实现步骤摘要】
一种分子标志物肿瘤缺失突变负荷的检测方法
本专利技术涉及生物医学
，特别涉及一种分子标志物肿瘤缺失突变负荷的检测方法。
技术介绍
近年来，随着生活节奏的加快、生活和工作压力的增大及环境问题的日益严峻，肿瘤患者的数量呈上升趋势，肿瘤是一种发病率和死亡率极高的疾病，给患者和其家属带来了极大的生理痛苦和非常繁重的经济负担。特别是对于晚期肿瘤患者，他们的生活质量极低。为了减轻这类人群的痛苦，改善他们的生活质量，有效延长他们的生命，对他们进行个性化、规范化的对症治疗显得尤为重要。肿瘤免疫治疗法是肿瘤治疗领域中最具前景的研究方向之一，这种治疗方法能极大地改善晚期肿瘤患者的生存质量，提高它们的生存率。近两年来，多个免疫药物如帕博利珠单抗（Pembrolizumab）等获批用于肿瘤患者的一线治疗。但是免疫治疗整体响应率偏低，寻找一些合适的分子标志物，筛选出免疫治疗的优势人群迫在眉睫。肿瘤突变负荷(TumorMutationBurden，TMB)作为潜在的预测免疫治疗疗效的分子标志物，日益受到临床医生的关注。TMB定义为所评估体细胞基因的目本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种分子标志物肿瘤缺失突变负荷的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：/nS1：采集肿瘤患者的样本；/nS2：利用探针捕获或者扩增子技术进行针对人类基因组目标区域的富集；/nS3：对人基因组中与肿瘤发生发展相关的特定目标基因区域进行测序；/nS4：针对所有捕获区域，使用生物信息算法，经过样本数据质控、低质量数据过滤、比对参考基因组、变异检测、变异过滤以及变异注释后，最终得到可信的插入缺失变异InDel、计算编码区CDS每百万个碱基缺失突变位点的个数过程，获得TDB数值。/n

【技术特征摘要】
1.一种分子标志物肿瘤缺失突变负荷的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：
S1：采集肿瘤患者的样本；
S2：利用探针捕获或者扩增子技术进行针对人类基因组目标区域的富集；
S3：对人基因组中与肿瘤发生发展相关的特定目标基因区域进行测序；
S4：针对所有捕获区域，使用生物信息算法，经过样本数据质控、低质量数据过滤、比对参考基因组、变异检测、变异过滤以及变异注释后，最终得到可信的插入缺失变异InDel、计算编码区CDS每百万个碱基缺失突变位点的个数过程，获得TDB数值。


2.根据权利要求1所述的一种分子标志物肿瘤缺失突变负荷的检测方法，其特征在于，所述S1中肿瘤患者的样本为组织样本或者外周血液样本，其中，所述组织样本包括福尔马林固定、石蜡包埋组织、新鲜组织、冰冻组织以及由前述样本提取的DNA标本；所述外周血液样本包括外周血全血、从外周血中分离的血浆以及从血浆中提取的游离DNA样本。


3.根据权利要求1所述的一种分子标志物肿瘤缺失突变负荷的检测方法，其特征在于，所述S3中测序为下一代测序，即为二代测序NGS。


4.根据权利要求1所述的一种分子标志物肿瘤缺失突变负荷的检测方法，其特征在于，所述S4中样本数据质控的具体过程包括根据设计的单核苷酸多态性位点，计算肿瘤组织和对照样本是否来自于同一个患者；若肿瘤组织和对照样本质控位点不同，则表示二者来自于不同个体，质控不通过；若肿瘤组织和对照样本质控位点相同，则表示二者来自于相同个体，质控通过。


5.根据权利要求1所述的一种分子标志物肿瘤缺失突变负荷的检测方法，其特征在于，所述S4中低质量数据过滤的具体过程包括去除含有接头的序列，去除N含量大于5个的序列，去除碱基平均质量小于15的序列，选择过滤后的数据进行后续分析...

【专利技术属性】
技术研发人员：孙大伟，辛琳，承康平，蔡丽丽，段小红，梁占超，王东亮，
申请(专利权)人：北京求臻医学检验实验室有限公司，
类型：发明
国别省市：北京;11