预测对疗法的反应的试剂和方法技术

公开了用于预测对疗法的反应的方法和试剂。更具体地，本公开涉及用于检测癌细胞中不同形式的程序性死亡配体‑1(PD‑L1)的方法和试剂，这些方法和试剂可用于检测PD‑L1在癌细胞的细胞区室(例如细胞核、细胞质、细胞膜)中的位置、用于预测癌细胞对疗法(包括免疫疗法)有反应的可能性、用于将癌症患者分层为可能对疗法的反应者或对疗法的无反应者、用于管理癌症患者的治疗、以及用于预测临床结果。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】预测对疗法的反应的试剂和方法
本申请要求于2018年1月15日提交的澳大利亚临时申请号2018900108名称为“蛋白分子及其用途”，以及于2018年2月8日提交的澳大利亚临时申请号2018900392名称为“用于预测对疗法的反应的试剂和方法”的优先权，其各自的内容通过引用整体并入本文。本专利技术整体上涉及用于预测对疗法的反应的方法和试剂。更具体地，本专利技术涉及用于检测癌细胞中不同形式的程序性死亡配体-1(PD-L1)的方法和试剂，其可用于检测PD-L1在癌细胞的细胞区室(例如，细胞核，细胞质、细胞膜)中的位置、用于预测癌细胞对疗法(包括免疫疗法)反应的可能性、用于将癌症患者分层为可能对疗法的反应者或无反应者、用于管理癌症患者的治疗、以及用于预测临床结果。
技术介绍
癌症是全世界发病率和死亡率的重要原因。这些年来，尽管许多不同类型癌症的护理标准已大大改善，但当前的护理标准仍无法满足对改善癌症治疗的有效疗法的需求。靶向细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA-4)和程序性细胞死亡受体1(PD-1)及其配体PD-L1的免疫肿瘤试剂的临床应用本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于确定PD-L1在癌细胞的细胞区室中的位置的方法，所述方法包括以下、由以下组成或基本上由以下组成：检测癌细胞中的PD-L1的核定位序列的翻译后修饰，从而确定PD-L1所在的癌细胞的细胞区室。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180115 AU 2018900108;20180208 AU 20189003921.一种用于确定PD-L1在癌细胞的细胞区室中的位置的方法，所述方法包括以下、由以下组成或基本上由以下组成：检测癌细胞中的PD-L1的核定位序列的翻译后修饰，从而确定PD-L1所在的癌细胞的细胞区室。


2.根据权利要求1所述的方法，其包括检测癌细胞中的PD-L1-K263的乙酰化(在本文中也称为“PD-L1-K263Ac”)，并确定细胞区室是细胞核。


3.根据权利要求2所述的方法，其包括检测到相对于合适的对照(例如，正常细胞或上皮癌细胞)，癌细胞中的PD-L1-K263Ac的水平升高，这指示所述细胞区室是细胞核。


4.根据权利要求1所述的方法，其包括检测癌细胞中PD-L1-K263的甲基化(在本文中也称为“PD-L1-K263Me”)，并确定细胞区室是细胞质和/或细胞膜。


5.根据权利要求4所述的方法，其包括检测到相对于合适的对照(例如，间充质癌细胞)，癌细胞中的PD-L1-K263Me的水平升高，这指示所述细胞区室是细胞质和/或细胞膜。


6.一种用于预测癌细胞对疗法(例如，细胞毒性疗法和/或免疫疗法)反应的可能性的方法，所述方法包括以下、由以下组成或基本上由以下组成：检测癌细胞中PD-L1的核定位序列的翻译后修饰，从而预测癌细胞对疗法有反应的可能性。


7.根据权利要求6所述的方法，其包括检测癌细胞中PD-L1-K263的乙酰化(在本文中也称为“PD-L1-K263Ac”)，从而确定癌细胞对疗法具有耐受性的可能性增加。


8.根据权利要求6所述的方法，其包括检测癌细胞中的PD-L1-K263的甲基化(在本文中也称为“PD-L1-K263Me”)，从而确定癌细胞对疗法具有敏感性的可能性增加。


9.一种用于确定癌细胞对疗法(例如细胞毒性疗法和/或免疫疗法)具有耐受性的可能性的方法，所述方法包括以下、由以下组成或基本上由以下组成：检测癌细胞中PD-L1-K263Ac的存在，从而确定癌细胞对疗法具有耐受性的可能性增加。


10.根据权利要求9所述的方法，其包括相对于合适的对照(例如，正常细胞或上皮癌细胞)检测到癌细胞中PD-L1-K263Ac的水平升高，这指示癌细胞对疗法具有耐受性的可能性增加。


11.根据权利要求9或权利要求10所述的方法，其包括使包含癌细胞的样本与特异性结合PD-L1-K263Ac的抗原结合分子接触，和检测所述样本中包含所述抗原结合分子和PD-L1-K263Ac的复合物，从而确定癌细胞对疗法具有耐受性的可能性增加。


12.一种用于确定癌细胞对疗法(例如，细胞毒性疗法和/或免疫疗法)具有敏感性的可能性的方法，所述方法包括以下、由以下组成或基本上由以下组成：检测癌细胞中PD-L1-K263Me的存在，从而确定癌细胞对疗法具有敏感性的可能性增加。


13.根据权利要求12所述的方法，其包括相对于合适的对照(例如，间充质癌细胞)，检测到癌细胞中PD-L1-K263Me的水平升高，这指示癌细胞对疗法具有敏感性的可能性增加。


14.根据权利要求12或权利要求13所述的方法，其包括使包含癌细胞的样本与特异性结合PD-L1-K263Me的抗原结合分子接触，和检测所述样本中包含所述抗原结合分子和PD-L1-K263Me的复合物，从而确定癌细胞对疗法具有敏感性的可能性增加。


15.一种用于预测癌细胞对疗法(例如，细胞毒性疗法和/或免疫疗法)有反应的可能性的方法，所述方法包括以下、由以下组成、或基本上由以下组成：测量癌细胞中PD-L1-K263Ac的水平、测量癌细胞中PD-L1-K263Me的水平；比较癌细胞中PD-L1-K263Ac的水平和PD-L1-K263Me的水平；和根据比较预测癌细胞对疗法的反应，其中癌细胞中PD-L1-K263Ac的水平高于PD-L1-K263Me的水平，表明癌细胞对疗法具有耐受性的可能性增加，并且其中癌细胞中PD-L1-K263Me的水平高于PD-L1-K263Ac的水平，表明癌细胞对疗法具有敏感性的可能性增加。


16.根据权利要求15所述的方法，其包括：使包含癌细胞的样本与特异性结合PD-L1-K263Ac的第一抗原结合分子和特异性结合PD-L1-K263Me的第二抗原结合分子接触；测量样本中包含第一抗原结合分子和PD-L1-K263Ac的第一复合物的水平、以及包含第二抗原结合分子和PD-L1-K263Me的第二复合物的水平；和根据比较预测癌细胞对疗法有反应的可能性，其中样本中所述第一复合物的水平高于所述第二复合物的水平，表明癌细胞对疗法具有耐受性的可能性增加，并且其中样本中所述第二复合物的水平更高，表明癌细胞对疗法具有敏感性的可能性增加。


17.根据权利要求6至16中任一项所述的方法，其包括检测癌细胞中的PD-L1-K263Ac和至少一种间充质和/或干性生物标志物，所述生物标志物适当地与药物耐受性和/或疾病负担相关(例如，CD133、ALDH1A、P300、DNMT1、SETDB1和ABCB5)，从而监测对疗法的反应和/或疾病负担。


18.根据权利要求17所述的方法，其中至少一种间充质和/或干性生物标志物包括：(a)CD133；(b)CD133：ALDH1A；(c)CD133：ALDH1A：P300；(d)CD133：ALDH1A：P300：DNMT1；(e)CD133：ALDH1A：P300：DNMT1：SETDB1；(f)CD133：ALDH1A：P300：DNMT1：SETDB1：ABCB5；(g)ALDH1A；(h)ALDH1A：P300；(i)ALDH1A：P300：DNMT1；(j)ALDH1A：P300：DNMT1：SETDB1；(k)ALDH1A：P300：DNMT1：SETDB1：ABCB5；(l)P300；(m)P300：DNMT1；(n)P300：DNMT1：SETDB1；(o)P300：DNMT1：SETDB1：ABCB5；(p)DNMT1；(q)DNMT1：SETDB1；(r)DNMT1：SETDB1：ABCB5；(s)SETDB1；(t)SETDB1：ABCB5；和(u)ABCB5。


19.根据权利要求6至18中任一项所述的方法，其包括相对于合适的对照(例如，未暴露于疗法的癌细胞)，检测到癌细胞中PD-L1-K263Ac的水平不变，和任选地检测到至少一种间充质和/或干性生物标志物的水平不变，这指示癌细胞可能对疗法无反应。


20.根据权利要求6至18中任一项所述的方法，其包括相对于合适的对照(例如，未暴露于疗法的癌细胞)，检测到癌细胞中PD-L1-K263Ac的水平升高，和任选地检测到至少一种间充质和/或干性生物标志物的水平升高，这指示癌细胞可能对疗法无反应。


21.根据权利要求6至18中任一项所述的方法，其包括相对于合适的对照(例如，未暴露于疗法的癌细胞)，检测到癌细胞中PD-L1-K263Ac的水平降低，和任选地检测到至少一种间充质和/或干性生物标志物的水平降低，这指示癌细胞可能对疗法有反应。


22.根据权利要求6至18中任一项所述的方法，其包括检测癌细胞中PD-L1-K263Me和至少一种间充质和/或干性生物标志物，所述生物标志物合适地与药物耐受性和/或疾病负担相关(例如，CD133、ALDH1A、P300、DNMT1、SETDB1和ABCB5)，从而监测对疗法的反应和/或疾病负担。


23.根据权利要求22所述的方法，其中至少一种间充质和/或干性生物标志物包括：(a)CD133；(b)CD133：ALDH1A；(c)CD133：ALDH1A：P300；(d)CD133：ALDH1A：P300：DNMT1；(e)CD133：ALDH1A：P300：DNMT1：SETDB1；(f)CD133：ALDH1A：P300：DNMT1：SETDB1：ABCB5；(g)ALDH1A；(h)ALDH1A：P300；(i)ALDH1A：P300：DNMT1；(j)ALDH1A：P300：DNMT1：SETDB1；(k)ALDH1A：P300：DNMT1：SETDB1：ABCB5；(l)P300；(m)P300：DNMT1；(n)P300：DNMT1：SETDB1；(o)P300：DNMT1：SETDB1：ABCB5；(p)DNMT1；(q)DNMT1：SETDB1；(r)DNMT1：SETDB1：ABCB5；(s)SETDB1；(t)SETDB1：ABCB5；和(u)ABCB5。


24.根据权利要求6至23中任一项所述的方法，其包括相对于合适的对照(例如，未暴露于疗法的癌细胞)，检测到癌细胞中PD-L1-K263Me的水平不变，和任选地检测到至少一种间充质和/或干性生物标志物的水平不变，这指示癌细胞可能对疗法无反应。


25.根据权利要求6至23中任一项所述的方法，其包括相对于合适的对照(例如，未暴露于疗法的癌细胞)，检测到癌细胞中PD-L1-K263Me的水平升高，和任选地检测到至少一种间充质和/或干性生物标志物的水平降低，这指示癌细胞可能对疗法有反应。


26.根据权利要求6至23中任一项所述的方法，其包括相对于合适的对照(例如，未暴露于疗法的癌细胞)，检测到癌细胞中PD-L1-K263Me的水平降低，和任选地检测到至少一种间充质和/或干性生物标志物的水平升高，这指示癌细胞可能对疗法有反应。


27.一种将癌症患者分层为可能对疗法(例如，细胞毒性疗法和/或免疫疗法)的反应者或对疗法的无反应者的方法，所述方法包括以下、由以下组成或基本上由以下组成：从患者采集的样本中检测包含PD-L1核定位序列的翻译后修饰的癌细胞，从而将患者分层为可能对疗法的反应者或对疗法的无反应者。


28.根据权利要求27所述的方法，所述方法包括检测癌细胞中的PD-L1-K263Ac，和将所述患者分层为可能对疗法的无反应者。


29.根据权利要求27或权利要求28所述的方法，其包括使所述样本与特异性结合PD-L1-K263Ac的抗原结合分子接触，和检测所述样本中包含所述抗原结合分子和PD-L1-K263Ac的复合物，从而将患者分层为可能对疗法的无反应者。


30.根据权利要求27所述的方法，其包括检测癌细胞中的PD-L1-K263Me，和将所述患者分层为可能对疗法的反应者。


31.根据权利要求30所述的方法，其包括使所述样本与特异性结合PD-L1-K263Me的抗原结合分子接触，和检测所述样本中包含所述抗原结合分子和PD-L1-K263Me的复合物，从而将患者分层为可能对疗法的反应者。


32.根据权利要求27至31中任一项所述的方法，其包括：使所述样本与特异性结合PD-L1-K263Ac的第一抗原结合分子和特异性结合PD-L1-K263Me的第二抗原结合分子接触；测量样本中包含第一抗原结合分子和PD-L1-K263Ac的第一复合物的水平，和包含第二抗原结合分子和PD-L1-K263Me的第二复合物的水平；和根据比较将患者分层为可能的反应者或无反应者，其中当样本中第一复合物的水平高于第二复合物的水平，则将患者分层为可能的无反应者，并且其中当第二复合物的水平高于第一复合物的水平，则将患者分层为可能的反应者。


33.一种管理通过疗法(例如，细胞毒性疗法和/或免疫疗法)治疗癌症患者的方法，所述方法包括以下、由以下组成或基本上由以下组成：根据患者是可能对疗法的反应者，选择用疗法治疗的癌症患者，或根据患者是可能对疗法的无反应者，选择不用疗法治疗的癌症患者，以及根据选择，用疗法治疗或不用疗法治疗患者，其中所述选择根据分层方法，所述分层方法包括从患者采集的样本中检测包含PD-L1核定位序列的翻译后修饰的癌细胞，从而将所述患者分层为可能对疗法的反应者或对疗法的无反应者。


34.根据权利要求33所述的方法，其中所述分层方法包括检测癌细胞中的PD-L1-K263Me，和将所述患者分层为可能对疗法的反应者。


35.根据权利要求34所述的方法，其包括使样本与特异性结合PD-L1-K263Me的抗原结合分子接触，和检测样本中包含抗原结合分子和PD-L1-K263Me的复合物，从而将患者分层为可能对疗法的反应者。


36.根据权利要求33所述的方法，其中所述分层方法包括检测癌细胞中的PD-L1-K263Ac，和将所述患者分层为可能对疗法的无反应者。


37.根据权利要求36所述的方法，其包括使样本与特异性结合PD-L1-K263Ac的抗原结合分子接触，和检测样本中包含抗原结合分子和PD-L1-K263Ac的复合物，从而将患者分层为可能对疗法的无反应者。


38.根据权利要求33所述的方法，其包括：使所述样本与特异性结合PD-L1-K263Ac的第一抗原结合分子和特异性结合PD-L1-K263Me的第二抗原结合分子接触；测量样本中包含第一抗原结合分子和PD-L1-K263Ac的第一复合物的水平，和包含第二抗原结合分子和PD-L1-K263Me的第二复合物的水平；以及根据比较将患者分层为可能的反应者或无反应者，其中当样本中第一复合物的水平高于第二复合物的水平，则将患者分层为可能的无反应者，并且其中当第二复合物的水平高于第一复合物的水平，则将患者分层为可能的反应者。


39.根据权利要求27至38中任一项所述的方法，其包括检测癌细胞中PD-L1-K263Ac和至少一种间充质和/或干性生物标志物，所述生物标志物适当地与药物耐受性和/或疾病负担相关(例如，CD133、ALDH1A、P300、DNMT1、SETDB1和ABCB5)，从而监测患者对疗法的反应和/或疾病负担。


40.根据权利要求39所述的方法，其中至少一种间充质和/或干性生物标志物包括：(a)CD133；(b)CD133：ALDH1A；(c)CD133：ALDH1A：P300；(d)CD133：ALDH1A：P300：DNMT1；(e)CD133：ALDH1A：P300：DNMT1：SETDB1；(f)CD133：ALDH1A：P300：DNMT1：SETDB1：ABCB5；(g)ALDH1A；(h)ALDH1A：P300；(i)ALDH1A：P300：DNMT1；(j)ALDH1A：P300：DNMT1：SETDB1；(k)ALDH1A：P300：DNMT1：SETDB1：ABCB5；(l)P300；(m)P300：DNMT1；(n)P300：DNMT1：SETDB1；(o)P300：DNMT1：SETDB1：ABCB5；(p)DNMT1；(q)DNMT1：SETDB1；(r)DNMT1：SETDB1：ABCB5；(s)SETDB1；(t)SETDB1：ABCB5和(u)ABCB5。


41.根据权利要求27至40中任一项所述的方法，其包括相对于合适的对照(例如，在暴露于疗法之前，表达PD-L1-K263Ac的患者癌细胞)，检测到癌细胞中PD-L1-K263Ac的水平不变，和任选地至少一种间充质和/或干性生物标志物的水平不变，这指示患者可能对疗法无反应和/或患者的疾病负担可能不变。


42.根据权利要求27至40中任一项所述的方法，其包括相对于合适的对照(例如，在暴露于疗法之前的患者癌细胞)，检测到癌细胞中PD-L1-K263Ac的水平升高，和任选地至少一种间充质和/或干性生物标志物的水平升高，这指示患者可能对疗法无反应和/或患者的疾病负担可能增加。


43.根据权利要求27至40中任一项所述的方法，其包括相对于合适的对照(例如，在暴露于疗法之前的患者癌细胞)，检测到癌细胞中PD-L1-K263Ac的水平降低，和任选地至少一种间充质和/或干性生物标志物的水平降低，这指示患者可能对疗法有反应和/或患者的疾病负担可能降低。


44.根据权利要求27至38中任一项所述的方法，其包括检测癌细胞中的PD-L1-K263Me和至少一种间充质和/或干性生物标志物，所述生物标志物适当地与药物耐受性和/或疾病负担相关(例如CD133、ALDH1A、P300、DNMT1、SETDB1和ABCB5)，从而监测患者对疗法的反应和/或疾病负担。


45.根据权利要求...

【专利技术属性】
技术研发人员：S·拉奥，
申请(专利权)人：艾比克斯治疗私人有限公司，
类型：发明
国别省市：澳大利亚;AU