一种筛选乳腺癌肿瘤微环境中免疫浸润相关预后基因的方法技术

本发明专利技术属于医药技术领域，具体涉及一种筛选乳腺癌肿瘤微环境中免疫浸润相关预后基因的方法，对TCGA‑BRCA数据集和经过批次校正的3个GEO转录组数据集通过estimate算法进行肿瘤免疫相关基因分析，将得到的免疫相关基因评分数据按高低评分分组，然后进行差异表达分析；将TCGA‑BRCA数据集和GEO转录组数据集得到的差异表达分析结果取交集；将两者取交集的结果结合临床数据进行单因素cox回归分析，再使用lasso回归分析，接着使用多因素cox回归分析，最后进行生存分析，得到乳腺癌免疫浸润相关预后基因。基于本方法筛选到的可信度较高的乳腺癌免疫浸润预后相关基因，可为乳腺癌的诊断和治疗提供有效信息。

【技术实现步骤摘要】
一种筛选乳腺癌肿瘤微环境中免疫浸润相关预后基因的方法
本专利技术属于医药
，具体涉及一种筛选乳腺癌肿瘤微环境中免疫浸润相关预后基因的方法。
技术介绍
乳腺癌是世界上最常见的恶性肿瘤之一，是发生在乳腺腺上皮组织的恶性肿瘤，其发病率和死亡率一直呈上升趋势，已成为威胁女性身心健康的常见肿瘤。近年来，越来越多的证据表明，肿瘤免疫相关基因在多种人类癌症中具有重要作用。在某些情况下，免疫细胞不仅不能发挥抗肿瘤效应子的功能，还可能会促进肿瘤的生长。因此，筛选免疫相关的关键基因并进行有针对性的研究就变得非常重要。尽管肿瘤免疫微环境相关基因的研究在多种癌症中发挥重要作用，但对如何筛选肿瘤免疫预后相关基因的研究所知较少。本研究主要探究肿瘤免疫中相关预后基因，提供了一个筛选免疫预后相关基因的方法，通过该方法筛选出的免疫预后相关基因具有较高的可信度，可为乳腺癌的预后提供重要的数据参考，也为同类相关研究提供方法学参考。
技术实现思路
为了克服现有技术中存在的不足，本专利技术提供一种筛选乳腺癌免疫浸润相关预后基因的方法，基于本方法本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种筛选乳腺癌肿瘤微环境中免疫浸润相关预后基因的方法，其特征在于，包括以下步骤：/n对TCGA-BRCA数据集通过estimate算法进行肿瘤免疫相关基因分析，将得到的免疫相关基因评分数据按高低评分分组，然后进行差异表达分析；/n将3个GEO转录组数据集进行批次校正，合并为一次批次数据，通过estimate算法进行肿瘤免疫相关基因分析，将得到的免疫相关基因评分数据按高低评分分组，然后进行差异表达分析；/n将TCGA-BRCA数据集和GEO转录组数据集得到的差异表达分析结果取交集；将两者取交集的结果结合临床数据进行单因素cox回归分析，再使用lasso回归分析，接着使用多因素cox回归分析，...

【技术特征摘要】
1.一种筛选乳腺癌肿瘤微环境中免疫浸润相关预后基因的方法，其特征在于，包括以下步骤：
对TCGA-BRCA数据集通过estimate算法进行肿瘤免疫相关基因分析，将得到的免疫相关基因评分数据按高低评分分组，然后进行差异表达分析；
将3个GEO转录组数据集进行批次校正，合并为一次批次数据，通过estimate算法进行肿瘤免疫相关基因分析，将得到的免疫相关基因评分数据按高低评分分组，然后进行差异表达分析；
将TCGA-BRCA数据集和GEO转录组数据集得到的差异表达分析结果取交集；将两者取交集的结果结合临床数据进行单因素cox回归分析，再使用lasso回归分析，接着使用多因素cox回归分析，最后进行生存分析，得到乳腺癌免疫浸润相关预后基因。


2.根据权利要求1所述的筛选乳腺癌肿瘤微环境中免疫浸润相关预后基因的方法，其特征在于，
对从TCGA中得到的数据集通过estimate算法进行肿瘤免疫相关基因分析，得到免疫相关基因评分，将免疫评分数据按照样品评分均值分为高评分组与低评分组，然后利用limma包做这两组的差异表达分析，筛选标准为|log2FC|>1且FDR<0.05，得到免疫差异表达基因。


3.根据权利要求1所述的筛选乳腺癌肿瘤微环境中免疫浸润相关预后基因的方法，其特征在于，
将3个GEO数据集经过批次校正后，利用estimate算法进行肿瘤免疫浸润相关基因分析，从而得到免疫相关基因评分；将免疫评分数据按照样品评分均值分组高评分组与低评分组，然后利用limma包做差异表达分析，筛选标准为|log2FC|>1且FDR&...

【专利技术属性】
技术研发人员：王俊，王友权，张宇，李敏，郭丽，
申请(专利权)人：南京邮电大学，
类型：发明
国别省市：江苏;32