鉴定疾病相关miRNA及推断其富集信号通路的方法技术

本发明专利技术公开了一种推断疾病相关miRNA的方法，以及推断其关联的富集的信号通路的方法，该方法包括miRNA与疾病相关文献的筛选、编码蛋白基因与疾病相关文献的筛选、疾病相关miRNA的推断、疾病相关编码蛋白基因的推断、miRNA‑gene调控关系的构造、卡方检验统计量的计算、Fisher精确检验等。本发明专利技术解决了鉴定疾病相关miRNA的问题，令结果更准确可信；利用已知蛋白编码基因和信号通路之间的关系，间接构建miRNA与信号通路的关联关系，据此，可以判断miRNA在疾病中的生物作用。

【技术实现步骤摘要】
鉴定疾病相关miRNA及推断其富集信号通路的方法
本专利技术属于鉴定致病基因领域，具体涉及鉴定疾病相关miRNA的方法，还涉及推断上述疾病相关miRNA富集信号通路的方法。
技术介绍
复杂疾病往往由多种因素导致，比如基因变异、SNP(singlenucleotidepolymorphism)、拷贝数变异、表观遗传学变异等。在众多的致病因素中，非编码RNA起到的作用不可小觑。微小RNA或miRNA代表了一类重要的调节RNA，它们主要在转录后调控基因表达水平。它们的长度约22个核苷酸，并调节所有哺乳动物中大概三分之一的蛋白编码基因的表达。目前有文献表明，miRNA对疾病的发生、发展、诊断、治疗、预防等都十分重要。miRNA涉及多种疾病，包括不同类型的癌症、心血管病和神经系统疾病。miRNA被广泛研究作为诊断和预后的潜在生物标志物，以及药物反应的靶标。因此，系统而全面地鉴定与人类疾病有关的miRNA是分子肿瘤学和生物医学研究的重要课题。尽管现在各种生物学实验实施起来比较容易，但是与疾病相关的miRNA的实验验证仍然具有挑战性并且成本很高。采用本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.鉴定疾病相关miRNA的方法，其特征在于，包括以下步骤：/n步骤1、采用PRISMA流程收集某种特定疾病相关miRNA的数据集A；/n步骤2、将所述步骤1得到的数据集A通过卡方检验筛选得到新的数据集A1。/n

【技术特征摘要】
1.鉴定疾病相关miRNA的方法，其特征在于，包括以下步骤：
步骤1、采用PRISMA流程收集某种特定疾病相关miRNA的数据集A；
步骤2、将所述步骤1得到的数据集A通过卡方检验筛选得到新的数据集A1。


2.根据权利要求1所述的鉴定疾病相关miRNA的方法，其特征在于，所述步骤1的具体步骤如下：从Medline、PubMed、Embase三个数据库获得疾病相关miRNA全部的文献，移除重复的文献后，审阅文章的标题和摘要排除不合适的文献，再审阅文献全文排除不合适的文献即得到所需的miRNA数据集A；
所述不合适的文献包括与人类或小鼠无关、与特定的疾病无关、案例报告和非原始的研究文献的文献。


3.根据权利要求1所述的鉴定疾病相关miRNA的方法，其特征在于，所述步骤2的具体步骤为：将步骤1得到的数据集A设计卡方检验公式(1)获得miRNA和疾病之间关联程度的统计量：



式中，C11是摘要vg和摘要vd同时出现的数量；C12是摘要vg出现和摘要vd不出现的数量；C21是摘要vg不出现和摘要vd出现的数量；C22是摘要vg和摘要vd都不出现的数量；g表示miRNA，d表示疾病；χ2表示卡方检验统计量；
对于数据集A中每个miRNA得到的卡方统计量通过查询卡方分布临界值表，保留p-value小于0.05的miRNA成为新的数据集A1。


4.推断疾病相关miRNA的富集信号通路的方法，其特征在于，采用权利要求1的方法，具体按照以下步骤进行：
步骤1、采用PRISMA流程收集某种特定疾病相关编码蛋白基因的数据集B：
所述步骤1的具体步骤如下：从Medline、PubMed、Embase三个数据库获得全部的文献，移除重复的文献，审阅文章的标题、摘要和正文排除不合适的文献，再审阅文献全文排出不合适的文献即得到所需基因数据集B；
所述不合适的文献包括物种不匹配、疾病不匹配、不是遗传学研究、案例报告和非原始的研究的文献；
步骤2、将步骤1得到的数据集B通过卡方检验筛选得到新的数据集B1：
具体步骤为：将步骤1得到的数据集B设计卡方检验公式(2)获得编码蛋白基因和疾病之间关联程度的统计量，从而获得新的数据集B1：



式中，C11是摘要vg和摘要vd同时出现的数量；C12是摘要vg出现和摘要vd不出现的数量；C21是摘要vg不出现和摘要vd出现的数量；C22是摘要v...

【专利技术属性】
技术研发人员：李爱民，刘雅君，费蓉，刘光明，黑新宏，王磊，周红芳，
申请(专利权)人：西安理工大学，
类型：发明
国别省市：陕西;61