通过芳香族化合物增强核酸聚合制造技术

本发明专利技术涉及用于改善核酸聚合的化合物、方法和组合物，包括通过体外引物延伸进行的DNA复制以生成用于例如对DNA模板进行基于纳米孔的单分子测序的聚合物。提供了含聚合增强部分的核酸聚合酶反应组合物，其允许用核苷酸类似物增强DNA聚合酶活性，导致引物延伸产物的长度增加以用于测序应用。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】通过芳香族化合物增强核酸聚合关于序列表的声明与本申请相关的序列表以文本格式代替纸质副本提供，并且在此通过引用并入说明书。含有序列表的文本文件的名称为870225_423WO_序列_LISTING.txt。文本文件为14.9KB，创建于2018年12月19日，并且正在经由EFS-Web电子提交。专利
本专利技术一般地涉及新型化学实体，更具体涉及任选地具有无机组分的新型有机分子，包括其组合物，及其制造和利用方法，特别是在影响酶性能中的制造和利用方法。背景生物分子的测量是现代医学的基础，并且广泛用于医学研究中，以及更尤其是用于诊断和治疗以及药物开发中。核酸编码生物活动和繁殖必需的信息，并且实质上是生命的蓝图。确定此类蓝图可用于纯粹的研究以及应用科学中。在医学中，测序可以用于诊断多种疾病和开发针对多种病状(包括癌症、心脏病、自身免疫性病症、多发性硬化和肥胖)的治疗方法。在工业中，测序可以用来设计改进的酶促过程或合成生物体。在生物学中，该工具例如可用于研究生态系统的健康，并因此具有广泛的实用性。类似地，蛋白质和其他生物分子的测量也提供了疾病和病原体繁殖的标志物以及对疾病和病原体繁殖的理解。个体独特的DNA序列提供了有关其对某些疾病的易感性的有价值信息。它还为患者提供了用于早期检测的筛选和/或接受预防性治疗的机会。此外，鉴于患者的个人蓝图，临床医生将能够施用个性化疗法，以最大化药物功效和/或最小化不良药物反应的风险。类似地，确定致病生物体的蓝图可以产生传染病的新治疗和更稳健的病原体监测。低成本的全基因组DNA测序将为现代医学奠定基础。为了实现这一目标，必须在通量、精确度和读取长度方面不断发展测序技术。在过去的十年中，大量的下一代DNA测序技术已经可商购获得，并且大大降低了对整个基因组进行测序的成本。这些包括边合成边测序("SBS")平台(Illumina,Inc.,454LifeSciences,IonTorrent,PacificBiosciences)和类似的连接基平台(CompleteGenomics,LifeTechnologiesCorporation)。正在开发利用各种各样的样品处理和检测方法的许多其他技术。例如，GnuBio,Inc.(Cambridge,Mass.)使用微微升反应容器控制数百万个离散的探针测序反应，而HalcyonMolecular(RedwoodCity,Calif.)则尝试开发使用透射电子显微镜进行直接DNA测量的技术。基于纳米孔的核酸测序是一种已被广泛研究的引人注目的方法。Kasianowicz等人(Proc.Natl.Acad.Sci.USA93:13770-13773,1996)表征单链多核苷酸，因为它们通过包埋在脂质双层中的α溶血素纳米孔电移位。证明了在多核苷酸移位期间，可以将纳米孔孔径的部分堵塞测量为离子电流降低。然而，纳米孔中的多核苷酸测序的负担是必须用浸入显著的本底噪声中的小信号差解析紧密间隔的碱基(0.34nm)。由于观察到多核苷酸的快速移位速率(通常每微秒大约1个碱基)，对纳米孔中单碱基分辨率的测量挑战变得更加苛刻。可以通过调整运行参数(诸如电压、盐组合物、pH、温度和粘度)来降低移位速度。然而，此类调整不能将移位速度降低到允许单碱基分辨率的水平。StratosGenomics已经开发了一种称为边扩增边测序("SBX")的方法，其使用生物化学过程以将DNA的序列转录在称为"Xpandomer"的可测量聚合物上(Kokoris等人，美国专利No.7,939,259,"HighThroughputNucleicAcidSequencingbyExpansion")。经转录的序列沿着Xpandomer主链编码在高信噪比报告子中，其间距约为10nm并且经设计用于高信噪比、高分化的响应。这些差异相对于天然DNA提供了Xpandomer的序列读段效率和精确度的显著性能增强。Xpandomer可以启用若干种下一代DNA测序检测技术并且非常适合于纳米孔测序。Xpandomer从非天然核苷酸类似物(称为XNTP)中生成，其特征在于使得Xpandomer主链能够在合成之后扩增的冗长取代基(参见Kokoris等人，经公开的PCT申请WO2016/081871，在本文中通过引用整体并入)。由于它们的非典型结构，XNTP以及其他核苷酸类似物(如，经修饰具有可检测标记部分的核苷酸类似物)作为目前可用的DNA聚合酶的底物引入了新的挑战。Kokoris等人公开的PCT申请WO2017/087281和WO2018/204717(在本文中通过引用整体并入)描述了利用非天然的大体积核苷酸类似物作为底物，具有增强的引物延伸活性的经工程化的DP04聚合酶变体。在DNA模板本身中，某些核苷酸序列基序已知会给DNA聚合酶带来额外的复制挑战。特别地，结果是数轮的均聚物或短重复DNA序列，其可触发滑链错配或“复制滑移”。复制滑移被认为涵盖以下步骤：(i)通过复制机制拷贝第一重复序列，(ii)复制停滞和聚合酶从新合成的末端中解离，(iii)使新合成的链未配对并且其与第二重复序列配对，和(iv)恢复DNA合成。复制机制停滞在重复区域内因此导致引物和模板的错配。在体内，复制期间两条DNA链的错配可导致DNA重排，诸如各种长度的缺失或复制。在体外，复制滑移导致在滑移事件的位点处的复制错误。聚合酶持续性或精确度的此类减少显著损害了特定的应用或所需的遗传操作。因此，在包括一种或多种具有非典型结构的试剂的条件下增强聚合酶反应的新方法和组合物(例如，在边扩增边测序(SBX)以及生物技术和生物医学内的其他应用(诸如DNA扩增、常规测序、标记、检测、克隆等))中是必要的，并会在现有技术中找到价值。本专利技术满足了这些需求并提供了进一步的相关优势。在背景部分中讨论的所有主题不一定是现有技术，并且不应仅仅由于其在背景部分中的讨论而被认为是现有技术。沿着这些思路，除非明确指出是现有技术，否则不应将在背景部分中讨论的或与此类主题相关的现有技术中的任何问题识别为现有技术。相反，背景部分中对任何主题的讨论都应视为专利技术人解决特定问题的方法的一部分，而这本身也可能具有创造性。概述简言之，本公开提供了增强核酸聚合酶活性的化合物、组合物及期用途。在某些实施方案中，在向聚合酶引入一种或多种挑战的条件(如，包括损害聚合酶持续性的非天然核苷酸类似物底物或模板基序的条件)下聚合酶活性在聚合反应中增强。这种增强通过用本文公开的一种或多种化合物补充聚合反应来实现，所述化合物在本文中被任选地称为聚合酶增强分子或PEM。在一方面，PEM是式(I)的化合物，包括其溶剂化物、水合物、互变异构体、螯合物或盐，其中，在每次出现时独立地：m是1、2或3；n是0、1或2；p是0、1或2；Ar1是并任选取代的芳基；Ar2选自5-和6-元单环芳族环及包含两个稠合在一起的5-和/或6-元单环的9-和10-元稠合双环，其中两个稠合单环中的至少一个是芳族环，其中Ar2被选自以下的一个或多个取代基任选取代：卤素、C1-C6烷基、本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.增强核酸聚合酶反应的方法，所述方法包括：/na.形成核酸聚合酶反应组合物，其包含：/ni.模板核酸，/nii.核酸聚合酶，/niii.核苷酸或核苷酸类似物的混合物，和/niv.至少一种式(I)的化合物；以及/nb.在允许核酸聚合反应的条件下孵育所述核酸聚合酶反应组合物，其中所述至少一种式(I)的化合物增加所述核酸聚合酶反应的持续性、速率或保真度；/n其中所述式(I)的化合物由下式或其溶剂化物、水合物、互变异构体、螯合物或盐表示，，/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180105 US 62/614,120;20180412 US 62/656,696;20181.增强核酸聚合酶反应的方法，所述方法包括：
a.形成核酸聚合酶反应组合物，其包含：
i.模板核酸，
ii.核酸聚合酶，
iii.核苷酸或核苷酸类似物的混合物，和
iv.至少一种式(I)的化合物；以及
b.在允许核酸聚合反应的条件下孵育所述核酸聚合酶反应组合物，其中所述至少一种式(I)的化合物增加所述核酸聚合酶反应的持续性、速率或保真度；
其中所述式(I)的化合物由下式或其溶剂化物、水合物、互变异构体、螯合物或盐表示，，



其中，在每次出现时独立地：
m是1、2或3；
n是0、1或2；
p是0、1或2；
Ar1是任选取代的芳基；
Ar2选自5-和6-元单环芳族环以及包含两个稠合在一起的5-和/或6-元单环的9-和10-元稠合双环，其中所述两个单环中的至少一个是芳族环，其中
Ar2被选自以下的一个或多个取代基任选取代：卤素、C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、E-CO2R0、E-CONH2、E-CHO、E-C(O)NH(OH)、E-N(R0)2和E-OR0，其中
E选自直连键和C1-C6亚烷基；以及
R0选自H、C1-C6烷基和C1-C6卤代烷基，
M选自氢、卤素和C1-C4烷基；以及
L是连接基团。


2.如权利要求1所述的方法，其中Ar1是单环碳环芳基。


3.如权利要求1所述的方法，其中Ar1是单环杂环芳基。


4.如权利要求1所述的方法，其中Ar1是双环芳基。


5.如权利要求1所述的方法，其中Ar1是三环芳基。


6.如权利要求1所述的方法，其中Ar1是未取代的芳基。


7.如权利要求1所述的方法，其中Ar1是取代的芳基。


8.如权利要求1所述的方法，其中Ar2是选自由以下组成的组的5-元单环芳族环：噻吩、1,2-噻唑、1,3-噻唑、呋喃、1,2-噁唑、1,3-噁唑、1H-吡咯、1H-吡唑、噁二唑、噻二唑、1,2,4-三唑、1,2,3-三唑和1H-咪唑。


9.如权利要求1所述的方法，其中Ar2是选自由以下组成的组的6-元单环芳族环：苯、吡啶、哒嗪、嘧啶和吡嗪。


10.如权利要求1所述的方法，其中Ar2是选自由以下组成的组的9-元稠合双环芳族环体系：苯并呋喃、1,3-苯并噁唑、呋喃并[3,2-b]吡啶、呋喃并[3,2-c]吡啶、呋喃并[2,3-c]吡啶、呋喃并[2,3-b]吡啶、吲哚、1H-苯并咪唑、1H-吡咯并[3,2-b]吡啶、1H-吡咯并[3,2-c]吡啶、1H-吡咯并[2,3-c]吡啶、1H-吡咯并[2,3-b]吡啶、苯并噻吩、1,3-苯并噻唑、噻吩并[3,2-b]吡啶、噻吩并[3,2-c]吡啶、噻吩并[2,3-c]吡啶、苯并噁二唑、苯并噻二唑、苯并异噁唑、苯并三唑和噻吩并[2,3-b]吡啶。


11.如权利要求1所述的方法，其中Ar2是选自由以下组成的组的10-元稠合双环芳族环体系：亚萘基、喹啉、喹唑啉、喹喔啉、1,5-萘啶、1,6-萘啶、1,7-萘啶、1,8-萘啶、异喹啉、酞嗪、2,6-萘啶和2,7-萘啶。


12.如权利要求1所述的方法，其中Ar2上的取代包括羧酸。


13.如权利要求1所述的方法，其中Ar2上的取代包括三氟甲基。


14.如权利要求1所述的方法，其中Ar2上的取代包括羟基。


15.如权利要求1所述的方法，其中Ar2上的取代包括羟基、羧酸和三氟甲基中的至少两种。


16.如权利要求15所述的方法，其中所述至少一种式(I)的化合物由选自以下的式描述：





17.如权利要求1所述的方法，其中所述式(I)的化合物呈螯合物的形式。


18.如权利要求17所述的方法，其中所述螯合物是铜螯合物。


19.如权利要求1所述的方法，其中所述式(I)的化合物的logP为至少4.9。


20.如权利要求1所述的方法，其中所述式(I)的化合物选自：
4,4'-(吡啶-2,6-二基双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-(吡啶-3,5-二基双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-(1,3-亚苯基双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((9H-咔唑-3,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((9H-咔唑-3,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))二苯胺；
4,4'-((9H-咔唑-3,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))二苯甲酸；
3,6-双(1-(4-甲氧基苯基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)-9H-咔唑；
4,4'-((4-甲氧基吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-羧基吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-硝基吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
5,5'-((4-氰基吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-甲基吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(乙氧基羰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
5,5'-((4-(乙氧基羰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(甲氧基羰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(乙基氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(甲基氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-氨甲酰基吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-(吡嗪-2,6-二基双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-(1,4-亚苯基双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-(1,3-亚苯基双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))二苯胺；
4,4'-(1,3-亚苯基双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))二苯甲酸；
4-(4-(3-(1-(4-甲氧基苯基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)苯基)-1H-1,2,3-三唑-1-基)苯甲酸；
4,4'-(吡啶-2,6-二基双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))二苯胺；
4,4'-(吡啶-2,6-二基双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))二苯甲酸；
2,6-双(1-(4-甲氧基苯基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)吡啶；
4-(4-(3-(1-(4-羧基苯基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)苯基)-1H-1,2,3-三唑-1-基)-2-羟苯甲酸；
4-(4-(3-(1-(4-甲氧基苯基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)苯基)-1H-1,2,3-三唑-1-基)苯甲酸；
4,4'-((3,5-二甲基吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4l3-吡啶-2,6-二基)双(5-碘-1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-乙酰氨基吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((9-乙酰基-9H-咔唑-3,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-(吡啶-2,6-二基双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(N,2-二羟基苯甲酰胺)；
4,4'-(吡啶-2,6-二基双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟基苯甲酰胺)；
4,4'-((4-羧基吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((1,10-菲咯啉-2,9-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(三氟甲基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((3-氰基吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((3-硝基吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
3,3'-((4-氰基吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(叔丁氧基羰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4-(4-(4-氰基吡啶-2-基)-1H-1,2,3-三唑-1-基)-2-羟苯甲酸；
5-(4-(6-(4-(3-羧基-4-羟基-5-甲基苯基)-1H-1,2,3-三唑-1-基)-4-(甲氧基羰基)吡啶-2-基)-1H-1,2,3-三唑-1-基)-2-羟基-3-甲基苯甲酸；
4,4'-((4-(二甲基氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(环丙基氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(丁-3-炔-1-基氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(丁基氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(二乙基氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(叔丁基氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(吗啉-4-羰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(丙基氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(苯基氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-((2-乙酰氨基乙基)氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(4-环丙基哌嗪-1-羰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(氨基亚氨基甲基氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(哌啶-1-羰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(环丁基氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((1,10-菲咯啉-3,8-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(环戊基氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(二丙基氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(二-仲丁基氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-(萘-2,7-二基双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-(萘-2,3-二基双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(二丁基氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-((2-羟乙基)氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(环己基氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(苄基氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(4-甲基哌嗪-1-羰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟苯甲酸)；
4-(4-(3-(1-(4-甲氧基苯基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)苯基)-1H-1,2,3-三唑-1-基)苯甲酸；
4,4',4”,4”'-((((丁烷-1,4-二基双(氮烷二基))双(羰基))双(吡啶-4,2,6-三基))四(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))四(2-羟苯甲酸)；
4,4'-((4-(乙基氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(3,5,6-三氯吡啶甲酸)；
4,4'-((4-(乙基氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-(三氟甲基)苯甲酸)；
7,7'-((4-(乙基氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-羟基-1,8-萘啶-4-甲酸)；
5,5'-((4-(乙基氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-(三氟甲基)苯甲酸)；
4,4'-((4-(乙基氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(2-氟苯甲酸)；
5,5'-((4-(乙基氨甲酰基)吡啶-2,6-二基)双(1H-1,2,3-三唑-4,1-二基))双(3-氟苯甲酸)；和
2-(1-(1H-苯并[d]咪唑-4-基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)-6-(1-(1H-苯并[d]咪唑-7-基)-1H-1,2,3-三唑-4-基)-N-乙基异烟酰胺。


21.如权利要求1-20中任一项所述的方法，其中与缺乏所述式(I)的化合物的核酸聚合酶反应相比，所述式(I)的化合物增加了所得核酸产物的长度。


22.如权利要求1-20中任一项所述的方法，其中所述至少一种式(I)的化合物包括多种式(I)的化合物。


23.如权利要求1-20中任一项所述的方法，其中所述核酸聚合酶是DNA聚合酶。


24.如权利要求23所述的方法，其中所述DNA聚合酶是DPO4或其变体。


25.如权利要求1-20中任一项所述的方法，其中所述核苷酸或核苷酸类似物的混合物是包含核苷氨基三磷酸酯的核苷酸类似物的混合物，其中所述核苷氨基三磷酸酯中的每一种包含选自由腺嘌呤、鸟嘌呤、胸腺嘧啶和胞嘧啶组成的组的核碱基和聚合系链部分，其中所述聚合系链部分的第一端连接至所述核碱基并且所述聚合系链部分的第二端连接至所述核苷氨基三磷酸酯的α磷酸酯以通过切割氨基磷酸酯键来提供所述核苷酸类似物的扩增。


26.如权利要求1-20中任一项所述的方法，其中所述核酸聚合反应产生核苷酸类似物的可扩增聚合物，其中所述可扩增聚合物编码所述模板核酸的核碱基序列信息。


27.如权利要求1-20中任一项所述的方法，其中允许核酸聚合反应的条件包括适合的聚合缓冲液和寡核苷酸引物。


28.如权利要求1-20中任一项所述的方法，其中所述适合的缓冲液包含以下中的至少一种：TrisOAc、NH4OAc、PEG、水混溶性有机溶剂、多磷酸盐60、NMS和MnCl2。


29.如权利要求1-20中任一项所述的方法，其中所述反应混合物还包含单链结合蛋白。


30.如权利要求1-20中任一项所述的方法，其中所述反应混合物还包含脲。


31.如权利要求1-20中任一项所述的方法，其中所述核苷酸或核苷酸类似物的混合物包含含有可检测标记的核苷酸类似物。


32.如权利要求31所述的方法，其中所述可检测标记是选自由以下组成的组的光学可检测标记：发光标记、化学发光标记、荧光标记、发荧光标记、发色团标记或显色标记。


33.对DNA模板进行测序的方法，所述方法包括以下步骤：
a.形成DNA聚合酶反应组合物，其包含：
i.DNA模板，
ii.与所述模板复合的复制引物，
iii.DNA聚合酶，
iv.核苷酸或核苷酸类似物的混合物，
v.至少一种式(I)的化合物，
b.在允许DNA聚合反应的条件下孵育所述DNA聚合酶反应组合物，其中所述至少一种式(I)的化合物增加所述DNA聚合酶反应的速率、保真度或持续性；和
c.测定所得的核甘酸或核甘酸类似物的聚合物中的所述核苷酸或核苷酸类似物的序列；
其中所述式(I)的化合物是：

或其溶剂化物、水合物、互变异构体、螯合物或盐，
其中，在每次出现时独立地：
m是1、2或3；
n是0、1或2；
p是0、1或2；
Ar1是任选取代的芳基；
Ar2选自5-和6-元单环芳族环以及包含两个稠合在一起的5-和/或6-元单环的9-和10-元稠合双环，其中所述两个单环中的至少一个是芳族环，其中
Ar2被选自以下的一个或多个取代基任选地取代：卤素、C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、E-CO2R0、E-CONH2、E-CHO、E-C(O)NH(OH)、E-N(R0)2和E-OR0，其中
E选自直连键和C1-C6亚烷基；以及
R0选自H、C1-C6烷基和C1-C6卤代烷基，
M选自氢、卤素和C1-C4烷基；以及
L是连接基团。


34.如权利要求33所述的方法，其中所述核苷酸类似物的混合物包含核苷氨基三磷酸酯，其中所述核苷氨基三磷酸酯中的每一种包含选自由腺嘌呤、鸟嘌呤、胸腺嘧啶和胞嘧啶组成的组的核碱基和聚合系链部分，其中所述聚合系链部分的第一端连接至所述核碱基并且所述聚合系链部分的第二端连接至所述核苷氨基三磷酸酯的α磷酸酯以通过切割氨基磷酸酯键来提供所述核苷酸类似物的扩增。


35.如权利要求34所述的方法，其中所述DNA聚合酶是DPO4或其变体。


36.如权利要求35所述的方法，其中所得的核苷酸类似物的聚合物是可扩增聚合物。


37.如权利要求36所述的方法，其还包括使所述可扩增聚合物与氨基磷酸酯切割剂接触以产生核苷酸类似物的扩增聚合物的步骤。


38.如权利要求34所述的方法，其中所述核苷酸类似物中的每一种的聚合系链部分包含所述类似物的核碱基所特有的报告子部分。


39.如权利要求34所述的方法，其中所述报告子部分产生特征性电子信号。


40.如权利要求34所述的方法，其中测定所述核苷酸类似物序列的所述步骤包括使所述核苷酸类似物的扩增聚合物通过纳米孔移位的步骤。


41.式(I)的化合物或其溶剂化物、水合物、互变异构体、螯合物或盐，



其中，在每次出现时独立地：
m是1、2或3；
n是0、1或2；
p是0、1或2；
Ar1是任选取代的芳基；
Ar2选自5-和6-元单环芳族环以及包含两个稠合在一起的5-和/或6-元单环的9-和10-元稠合双环，其中所述两个单环中的至少一个是芳族环，其中
Ar2被选自以下的一个或多个取代基任选取代：卤素、C1-C6烷基、C1-C6卤代烷基、E-CO2R0、E-CONH2、E-CHO、E-C(O)NH(OH)、E-N(R0)2和E-OR0，其中
E选自直连键和C1-C6亚烷基；以及
R0选自H、C1-C6烷基和C1-C6卤代烷基，
M选自氢、卤素和C1-C4烷基；以及
L是连接基团。


42.如权利要求41所述的化合物...

【专利技术属性】
技术研发人员：马克·斯达马蒂奥斯·可可里斯，约翰·塔伯恩，马鲁德·纳巴维，亚伦·雅各布斯，迪伦·奥康奈尔，德鲁·古德曼，莱西·莫里尔，贾格德斯瓦兰·钱德拉塞卡，肯德尔·伯格，萨曼莎·韦卢奇，杰西卡·韦卢奇，
申请(专利权)人：斯特拉托斯基因公司，
类型：发明
国别省市：美国;US