使用核酸大小范围进行非侵入性产前检查和癌症检测制造技术

技术编号:25764074 阅读:91 留言:0更新日期:2020-09-25 21:11
分子大小区带分析用于确定染色体区域是否表现出拷贝数畸变或表观遗传学变异。可以分析多个分子大小范围,而不是专注于特定分子大小。通过使用多个分子大小范围而不是特定大小,此方法可以分析更多序列读数,并且甚至在临床相关性DNA可能占生物样品中低相对浓度的生物样品时,所述方法也能够确定染色体区域是否表现出拷贝数畸变。使用多个范围可以允许使用来自基因组区域的所有序列读数,而不是所述基因组区域中选定的读数子集。在类似或更高的特异性下,分析的准确性可以随着更高的灵敏度而增加。分析可以包含更少的测序读段来实现相同的准确性,从而产生更有效的过程。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】使用核酸大小范围进行非侵入性产前检查和癌症检测相关申请的交叉引用本申请要求于2017年11月2日提交的标题为“使用核酸大小范围进行非侵入性产前检查和癌症检测(USINGNUCLEICACIDSIZERANGEFORNONINVASIVEPRENATALTESTINGANDCANCERDETECTION)”的美国临时申请第62/580,906号的优先权,所述申请的全部内容出于所有目的通过引用并入本文。
技术介绍
孕妇血浆和血清中存在源自胎儿的循环性游离DNA(cfDNA)的证明(Lo等人,《柳叶刀(Lancet)》,1997;350:485–487)通过非侵入性产前检查(NIPT)的发展,已经完全转变了产前检查的实践。NIPT在避免与如通过羊膜穿刺术和绒毛膜绒毛取样(CVS)等侵入性组织取样相关联的风险方面具有优势。迄今为止,NIPT已经被用于胎儿RhD血型基因分型(Finning等人《英国医学杂志(BMJ)》2008;336:816–818;Lo等人《新英格兰医学杂志(NEnglJMed)》1998;339:1734–1738)、用于性别相关病症的胎儿性别鉴本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种确定来自受试者的生物样品中的染色体区域是否表现出拷贝数畸变的方法,其中所述生物样品包含游离DNA分子的混合物,所述游离DNA分子包含临床相关性DNA分子和其它DNA分子,所述方法包括:/n针对多个大小范围中的每个大小范围:/n从所述生物样品中测量对应于所述大小范围的第一数量的游离DNA分子,并且/n使用对应于所述大小范围的所述第一数量的游离DNA分子和包含不在所述大小范围内的大小的第二大小范围中的第二数量的DNA分子,通过计算机系统计算大小比率;/n获得包含所述多个大小范围的多个参考大小比率的参考大小模式,其中从来自在所述染色体区域中具有拷贝数畸变的受试者或在所述染色体区域中没有拷贝数...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20171102 US 62/580,9061.一种确定来自受试者的生物样品中的染色体区域是否表现出拷贝数畸变的方法,其中所述生物样品包含游离DNA分子的混合物,所述游离DNA分子包含临床相关性DNA分子和其它DNA分子,所述方法包括:
针对多个大小范围中的每个大小范围:
从所述生物样品中测量对应于所述大小范围的第一数量的游离DNA分子,并且
使用对应于所述大小范围的所述第一数量的游离DNA分子和包含不在所述大小范围内的大小的第二大小范围中的第二数量的DNA分子,通过计算机系统计算大小比率;
获得包含所述多个大小范围的多个参考大小比率的参考大小模式,其中从来自在所述染色体区域中具有拷贝数畸变的受试者或在所述染色体区域中没有拷贝数畸变的受试者的多个参考样品中确定所述参考大小模式;
将多个所述大小比率与所述参考大小模式进行比较;
基于所述比较确定所述染色体区域是否表现出拷贝数畸变。


2.根据权利要求1所述的方法,其中所述临床相关性DNA分子包括胎儿DNA或母体DNA。


3.根据权利要求1所述的方法,其中所述临床相关性DNA分子包括肿瘤DNA,并且所述其它DNA分子包括非肿瘤DNA。


4.根据权利要求2所述的方法,其中所述拷贝数畸变是非整倍体。


5.根据权利要求3所述的方法,其中所述拷贝数畸变是癌症的征兆。


6.根据权利要求1所述的方法,其中所述多个大小范围中的每个大小范围由带宽表征。


7.根据权利要求6所述的方法,其中所述带宽在50bp到200bp的范围内。


8.根据权利要求1所述的方法,其中每个大小范围与所述多个大小范围中的任何其它大小范围不重叠。


9.根据权利要求1所述的方法,其中每个大小范围与所述多个大小范围中的至少一个其它大小范围重叠。


10.根据权利要求1所述的方法,其中所述大小比率包括z评分。


11.根据权利要求1所述的方法,其中所述第二大小范围是比所述多个大小范围中的每个大小范围大的范围。


12.根据权利要求1所述的方法,其中所述第二大小范围包括所述生物样品中所有大小的游离DNA分子或所述染色体区域中所有大小的游离DNA分子。


13.根据权利要求1所述的方法,其中所述游离DNA分子来自基因组区域。


14.根据权利要求13所述的方法,其中所述基因组区域是染色体。


15.根据权利要求13所述的方法,其中所述基因组区域是染色体臂。


16.根据权利要求1所述的方法,其中:
将所述多个所述大小比率与所述参考大小模式进行比较包括:
将所述多个所述大小比率中的每个大小比率与对应的大小范围处的所述参考大小比率进行比较,
确定每个大小比率在统计上类似于所述对应大小范围处的所述参考大小比率。


17.根据权利要求1所述的方法,其中:
将所述多个所述大小比率与所述参考大小模式进行比较包括:
确定包含所述多个大小范围的所述多个所述大小比率的大小模式;
将所述大小模式与所述参考大小模式进行比较,
确定所述大小模式具有与所述参考大小模式的形状类似的形状。


18.根据权利要求16所述的方法,其中:
从来自具有拷贝数畸变的受试者的所述多个参考样品中确定所述参考大小模式,
所述方法进一步包括:
基于所述比较确定所述染色体区域表现出拷贝数畸变。


19.根据权利要求1所述的方法,其中:
获得所述参考大小模式并将所述多个所述大小比率与所述参考大小模式进行比较包括将所述多个所述大小比率输入到机器学习模型中,并且
使用来自所述多个参考样品的多个训练大小模式来训练所述机器学习模型。


20.根据权利要求1所述的方法,其中将所述多个所述大小比率与所述参考大小模式进行比较包括将所述多个所述大小比率与从所述多个参考样品中确定的多个阈值进行比较。


21.一种确定来自受试者的生物样品中的癌症分类的方法,其中所述生物样品包含游离DNA分子的混合物,所述游离DNA分子包含肿瘤DNA分子和非肿瘤DNA分子,所述方法包括:
针对多个大小范围中的每个大小范围:
从所述生物样品中测量对应于所述大小范围的第一数量的甲基化的游离DNA分子,并且
使用对应于所述大小范围的所述第一数量的甲基化的游离DNA分子和包含不在所述大小范围内的大小的第二大小范围中的第二数量的DNA分子,通过计算机系统计算甲基化水平;
获得包含所述多个大小范围的多个参考甲基化水平的参考大小模式,其中从来自患有癌症的受试者或来自未患癌症的受试者的多个参考样品中确定所述参考大小模式;
将多个所述甲基化水平与所述参考大小模式进行比较;以及
基于所述比较确定癌症水平。


22.根据权利要求21所述的方法,其中所述第二数量是甲基化的游离DNA分子的数量。


23.根据权利要求21所述的方法,其中所述甲基化的游离DNA分子来自染色体臂。


24.根据权利要求21所述的方法,其中:
将所述多个所述甲基化水平与所述参考大小模式进行比较...

【专利技术属性】
技术研发人员:卢煜明赵慧君陈君赐江培勇
申请(专利权)人:香港中文大学格里尔公司
类型:发明
国别省市:中国香港;81

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