一种健康表观基因组学的组合物及其用途制造技术

本发明专利技术涉及一种检测表观遗传变异，即Septin9基因甲基化的试剂盒，所述试剂盒包括PCR反应液和聚合酶，所述PCR反应液由dNTP、引物、探针和溶剂组成，本发明专利技术还提供了一种通过检测Septin9基因中的甲基化的应用，利用本发明专利技术的试剂盒和检测方法可实现消化道患癌风险、消化道癌前病变和消化道癌前疾病等的早期发现，尤其对内窥镜或影像学有排斥或因特殊原因无法进行内窥镜、影像学检查的消化道癌症高危人群，可以使用本发明专利技术提供的试剂盒进行筛查检测。

【技术实现步骤摘要】
一种健康表观基因组学的组合物及其用途
本专利技术涉及生物医药
，具体地，涉及一种检测表观遗传变异，即Septin9基因甲基化的试剂盒，及其检测方法和在筛查消化道患癌风险、消化道癌前病变和消化道癌前疾病中的应用。
技术介绍
食管癌是起源于食管黏膜上皮的恶性肿瘤，是临床常见的恶性肿瘤之一，在全球范围内食管癌的发病率在恶性肿瘤中居第8位，死亡率为第6位。我国是食管癌最高发的国家之一，每年食管癌新发病例超过22万例，死亡约20万例。提高我国食管癌诊疗水平是艰巨而紧迫的医学研究难题。目前，超过90％的食管癌患者确诊时已进展至中晚期，生活质量低，总体5年生存率不足20％。而仅累及黏膜层和黏膜下浅层的早期食管癌通常经内镜下微创治疗即可根治，取得与外科手术相当的疗效，且具有创伤小、痛苦少、恢复快的优势，患者5年生存率可超过95％。《中国癌症预防与控制规划纲要(2004—2010)》明确指出，癌症的早期发现、早期诊断和早期治疗是降低死亡率并提高生存率的主要策略。在提高早期病变检出率和诊断率的基础上进行内镜下早期治疗，是改善食管癌患者预后、节约国家医疗资源、减轻家庭和社会负担的有效途径。《中国早期食管癌筛查及内镜诊治专家共识意见(2014年，北京)》中指出慢性食管炎、Barrett食管、食管白斑症、食管憩室、贲门失弛缓症、反流性食管炎、各种原因导致的食管良性狭窄等，是与食管癌相关并有一定癌变率的良性疾病，统称为食管癌前疾病(precancerousdiseases)。因此除了早期检测食管癌外，还需要对上述癌前疾病进行早期检测和干预。胃癌(GastricCarcinoma)是指原发于胃的上皮源性恶性肿瘤。在我国胃癌发病率仅次于肺癌居第二位，死亡率排第三位。全球每年新发胃癌病例约120万，中国约占其中的40％。我国早期胃癌占比很低，仅约20％，大多数发现时已是进展期，总体5年生存率不足50％。早期胃癌患者常无特异的症状，随着病情的进展可出现类似胃炎、溃疡病的症状，主要有：1)上腹饱胀不适或隐痛，以饭后为重；2)食欲减退、嗳气、返酸、恶心、呕吐、黑便等。进展期胃癌除上述症状外，常出现：1)体重减轻、贫血、乏力；2)胃部疼痛，如疼痛持续加重且向腰背放射，则提示可能存在胰腺和腹腔神经丛受侵，胃癌一旦穿孔，可出现剧烈腹痛的胃穿孔症状；3)恶心、呕吐，常为肿瘤引起梗阻或胃功能紊乱所致，贲门部癌可出现进行性加重的吞咽困难及反流症状，胃窦部癌引起幽门梗阻时可呕吐宿食；4)出血和黑便，肿瘤侵犯血管，可引起消化道出血，小量出血时仅有大便潜血阳性，当出血量较大时可表现为呕血及黑便；5)其他症状如腹泻(患者因胃酸缺乏、胃排空加快而引起的)、转移灶的症状等。晚期患者可出现严重消瘦、贫血、水肿、发热、黄疸和恶病质。虽然胃癌的症状与其他胃部疾病极其相似，但临床上普遍认为胃癌的发生过程经历了浅表性胃炎、萎缩性胃炎、肠化生、低级别内瘤变、高级别内瘤变、胃癌6个阶段，因此对于胃癌的预防，癌前疾病(如萎缩性胃炎、肠化生)的早期发现和干预尤为重要。目前常用的胃部疾病的有效检测方法几乎全部依赖胃镜，但胃镜的依从性较低，且我国是胃癌大国，胃镜资源和临床技师数量无法满足需要，因此仍需要行之有效的筛查方法。大肠癌是常见恶性肿瘤，全世界每年约90万人发病，是最常见的消化道恶性肿瘤之一。大肠恶性肿瘤起源于粘膜上皮或粘膜下间叶组织。其中由大肠粘膜上皮在环境或遗传等多种致癌因素作用下发生的恶性肿瘤统称为大肠癌。大肠癌发生部位为盲肠、升结肠、横结肠、降结肠、乙状结肠、直肠，为结肠癌和直肠癌的总称，也称大肠癌。大肠癌是一种严重威胁人类生命健康的恶性肿瘤，世界范围内的流行病学调查资料表明，大肠癌在各类恶性肿瘤中的发病率居第3位，是常见的消化道恶性肿瘤，占胃肠道肿瘤的第2位。结直肠癌发病率仅次于胃和食管癌。早期结直肠癌可无明显症状，病情发展到一定程度可出现下列症状：排便习惯改变、大便性状改变(如变细、血便、黏液便等)、腹痛或腹部不适、腹部肿块、肠梗阻相关症状、贫血及全身症状(如消瘦、乏力、低热等)。大肠癌发病可能与以下疾病相关：溃疡性结肠炎、大肠息肉病、大肠腺瘤、Crohn病、血吸虫病等，应详细询问患者相关病史。因此除了提高早期大肠癌的早诊率外，肠道其他疾病，尤其是息肉、腺瘤的早期检测，在结直肠癌的预防中作用尤为重要。数据显示，一次肠镜可使17年内肠癌风险降低30％，虽然肠镜可在早期发现息肉、腺瘤、结直肠癌，但因为肠镜的侵入性，在临床上的依从性相对较低，目前仍无法在临床上广泛推广，用于结直肠癌和癌前疾病的筛查。因此，市场迫切需要简单、灵敏性高、依从性高的试剂盒，用于结直肠癌癌前疾病的早期检测。原发性肝癌是全球三大肿瘤死因之一，2000年约54.86万人死于肝癌。原发性肝癌的预后很差，平均生存时间从诊断起不到6个月。因此，死亡率和发生率相仿。我国是肝癌的高发国家，占全球肝癌的50％以上。自20世纪90年代起，肝癌在我国肿瘤死亡率中顺位第二，我国目前大约80％的肝癌与乙型肝炎病毒(HBV)慢性感染有关。在肝癌高发地区大多数HBV感染者起自围产期或幼儿期。安全有效的乙肝疫苗出现，并在新生儿中常规接种，有望经三四十年后能明显地降低由于HBV引起的肝癌发病。近年来丙型肝炎病毒(HCV)感染与肝癌的关系受到广泛的重视，而目前尚缺乏有效的措施控制HCV的感染，从而预防肝癌的发生。而通过筛查，早期发现、早期诊断、早期治疗肝癌，即肝癌的二级预防可望降低肝癌的死亡率。《原发性肝癌诊疗规范(2017年版)》指出对肝癌高危人群的筛查，有助于早期发现、早期诊断、早期治疗，是提高肝癌疗效的关键。在我国，肝癌的高危人群主要包括：具有乙型肝炎病毒(HepatitisBvirus，HBV)和/或丙型肝炎病毒(HepatitisCvirus，HCV)感染、长期酗酒、非酒精脂肪性肝炎、食用被黄曲霉毒素污染食物、多种原因引起的肝硬化、以及有肝癌家族史等的人群，尤其是年龄40岁以上的男性风险更大。因此，对于除了B超外，如果有更简单的方法实现肝硬化的检测，更有助于肝癌的早期预防。胰腺癌是一种恶性程度高，检测和治疗都很困难的消化道恶性肿瘤。我国胰腺癌发病率为7.28例/105人，死亡率为6.61例/105人。胰腺癌患者的五年存活率仅为5％，堪称癌症中的“绝症”。此外，新发胰腺癌病例逐年增加：我国胰腺癌新发病例在2003-2009年期间增加30％以上。导致胰腺癌死亡率高、治愈率低的一个重要因素是早期胰腺癌的确诊率显著低于其他癌症。由于早期胰腺癌缺乏明显的、特异的症状，绝大部分患者确诊时已进入癌症晚期，此时病灶多已发生转移，无法采用治愈性手段进行治疗。近年的临床研究显示治愈胰腺癌的机会仍存在：由于从胰腺癌病灶开始形成到患者出现临床症状的过程平均需要2-3年，这为发现早期胰腺癌、提高早期胰腺癌的确诊率提供了一个有效的窗口期；充分利用这个窗口期，有望提高胰腺癌治疗效果、降低胰腺癌死亡率。胰腺癌的高危因素包括吸烟、肥胖、酗酒、慢性胰腺炎等，接触萘胺及苯类化合物者罹患胰腺癌的风险显著增加。糖尿病是胰腺癌的风险因素之一，特别是老年、低体重指数、无糖尿病家本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于筛查消化道患癌风险、消化道癌前病变和消化道癌前疾病的组合物，其特征在于，所述组合物包含用于检测Septin9基因的至少一个靶区域内的甲基化程度的核酸序列；/n其中，所述靶区域为分别选自SEQ ID No.：13或SEQ ID No.：14中的连续的至少15个碱基长度的片段，所述片段的长度为60bp以上，优选为60～90bp；/n所述核酸序列等同、互补或杂交于所述靶区域；优选地，所述核酸序列在中等严紧或严紧条件下杂交于所述靶区域。/n

【技术特征摘要】
20190214 CN 20191011360731.一种用于筛查消化道患癌风险、消化道癌前病变和消化道癌前疾病的组合物，其特征在于，所述组合物包含用于检测Septin9基因的至少一个靶区域内的甲基化程度的核酸序列；
其中，所述靶区域为分别选自SEQIDNo.：13或SEQIDNo.：14中的连续的至少15个碱基长度的片段，所述片段的长度为60bp以上，优选为60～90bp；
所述核酸序列等同、互补或杂交于所述靶区域；优选地，所述核酸序列在中等严紧或严紧条件下杂交于所述靶区域。


2.根据权利要求1所述的组合物，其特征在于，所述核酸序列为引物和探针，其中，所述引物和探针具有以下特征：可扩增甲基化的所述靶区域，而不能扩增非甲基化的所述靶区域。


3.根据权利要求2所述的组合物，其特征在于，
所述引物的长度为15bp以上，优选18～24bp；和
所述探针的长度为15bp以上，优选18～30bp。


4.根据权利要求2或3所述的组合物，其特征在于，所述引物和探针为组合物1、2、3和4中的任何一种或多种：
组合物1：
正向引物SEQIDNo.1：5'-TGTTTGTTAGTCGCGTGCG-3'
反向引物SEQIDNo.2：5'-AAATTCTCTATCACCGCCGC-3'
探针SEQIDNo.3：5'-CGCGCGCTCTACGCCTACAA-3'；
组合物2：
正向引物SEQIDNo.4：5'-GTCGCGTTTTTCGTCGTT-3'
反向引物SEQIDNo.5：5'-CTAAACACACGACCGAAACG-3'
探针SEQIDNo....

【专利技术属性】
技术研发人员：韩晓亮，王建铭，周光朋，吴振，
申请(专利权)人：博尔诚北京科技有限公司，
类型：发明
国别省市：北京;11