构建用于手足口样本归类的模型的方法及其应用技术

本发明专利技术提出了一种用于区分手足口样本的方法。该方法包括：确定待测样本的第一标志基因组合中每个基因的表达量；将所述第一标志基因组合的表达量结果输入至第一分类模型，以便将所述手足口样本在轻症状组和重症状组之间进行区分。

【技术实现步骤摘要】
构建用于手足口样本归类的模型的方法及其应用
本专利技术涉及生物分析领域，具体地，本专利技术涉及构建用于手足口样本归类的模型的方法、用于区分手足口样本的方法和设备。
技术介绍
手足口病(HandFootandMouthDisease，HFMD)是由一组肠道病毒引起的儿童常见传染病。重症患者通常会迅速出现神经系统和全身并发症，有些严重情况下会在3至5天内导致死亡。对于6个月至5岁之间的婴儿和儿童来说，他们的免疫系统尚未完全发育完全，又不再获得母体转移的抗体，因此缺少抵抗病毒的能力，完全依赖自身免疫发育情况。因此，寻找可作为在疾病的早期阶段区别轻症和重症的标志免疫基因，预测手足口病的轻重症情况，对临床治疗有十分着重要的意义，甚至可以降低重症造成的死亡率。高通量测序和人工智能与医疗结合，对高通量测序数据采用人工智能分析，通过调整参数减小诊断偏差。这对依赖医生的经验的诊断增加了更多客观性，也可以弥补现代医疗资源不足的缺陷。尤其对于手足口病早期轻重症发展的预测，仅依赖传统医疗手段并没有好的解决之策，通过结合高通量测序和人工智能在早期阶段区别手足口轻本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种构建用于手足口样本归类的模型的方法，其特征在于，包括：/n(1)对来自多个手足口患者的样本进行核酸样本测序，并获得各患者的测序数据，其中，所述多个手足口患者包括轻症状组和重症状组；/n(2)通过将所述测序数据与参考基因组进行比对，确定各患者的初始基因集合中各基因的表达量；/n(3)基于各患者中初始基因集合中各基因的表达量的变异系数，确定内参基因集合，所述内参基因的变异系数小于预定阈值；/n(4)采用步骤(2)中确定的所述基因的表达量作为训练特征，采用所述轻症状组和所述重症状组作为训练集，进行第一分类训练，以便获得用于区分轻症状和重症状的第一标志基因组合和第一分类模型；/n(5)在所述内...

【技术特征摘要】
1.一种构建用于手足口样本归类的模型的方法，其特征在于，包括：
(1)对来自多个手足口患者的样本进行核酸样本测序，并获得各患者的测序数据，其中，所述多个手足口患者包括轻症状组和重症状组；
(2)通过将所述测序数据与参考基因组进行比对，确定各患者的初始基因集合中各基因的表达量；
(3)基于各患者中初始基因集合中各基因的表达量的变异系数，确定内参基因集合，所述内参基因的变异系数小于预定阈值；
(4)采用步骤(2)中确定的所述基因的表达量作为训练特征，采用所述轻症状组和所述重症状组作为训练集，进行第一分类训练，以便获得用于区分轻症状和重症状的第一标志基因组合和第一分类模型；
(5)在所述内参基因集合中选择一个所述内参基因，并将所述初始基因集合中其余基因与所述内参基因的比值作为训练特征，采用所述轻症状组和所述重症状组作为训练集，进行辅助分类训练，以便获得用于区分轻症状和重症状的辅助标志基因组合和辅助分类模型。


2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述内参基因包括GPI和GAPDH。


3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述第一标志基因组合包括FGFR1OP2、IFNAR2、PAFAH1B1、PTPRC、HNRNPF、YEATS2、UBP1。


4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述第一分类训练和所述辅助分类训练分别独立地为随机模型分类训练。


5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(5)中，针对所述内参基因集合中的每一个内参基因，分别进行所述辅助分类训练，以便获得多个辅助标志基因组合和相应的多个辅助分类模型。


6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，第一内参基因为GPI，第一辅助标志基因组合包括GAS6-AS2、UBR4、C9orf16、IFNAR2、YEATS2，
第二内参基因为GAPDH，第二辅助标志基因组合包括QSOX1、VIM、ZEB2、C9orf16。


7.一种用于区分手足口样本的方法，其特征在于，包括：
确定待测样本的第一标志基因组合中每个基因的表达量；
将所述第一标志基因组合的表达量结果输入至第一分类模型，以便将所述手足口样本在轻症状组和重症状组之间进行区分，
其中，所述第一标志基因组合和所述第一分类模型是在权利...

【专利技术属性】
技术研发人员：麻锦敏，李琼芳，陈唯军，
申请(专利权)人：深圳华大因源医药科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东;44