【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于尿路微生物检测的组合物、方法和试剂盒
技术介绍
各种微生物可以引起或促成疾病和病症。感染原可以在个体之间分散，并且导致群体疾病。当个体的微生物群体中出现不平衡时，共生存在于宿主上或宿主内的微生物可以导致宿主疾病。人类微生物组项目提供了对人类和动物微生物组的组分以及在特定组织中维持平衡的能力的丰富洞察。泌尿生殖器、膀胱和尿路组织是丰富的环境，其中细菌、真菌、病毒和/或寄生微生物(例如，尿路病原体)的发病率可以引起不平衡，从而导致对所述部位造成严重影响。每年约1.5亿人受尿路感染(UTI)影响，无论是有症状的还是无症状的，所述尿路感染都会带来严重的健康问题。当前，UTI是基于临床症状和尿液分析(细菌培养和白细胞的存在)来诊断的，并且用抗生素治疗。然而，人类尿路寄主了多样且复杂的微生物群落，并且出现的证据显示，膀胱和尿路微生物群(UTM)可能对泌尿系健康发挥深远的影响，无论是阳性的还是阴性的。当前的尿路诊断方法遭受目标通量的缺乏，并且依赖于微生物培养分析(尿分析)。相比之下，基于面板的分子测试不仅可以鉴定特定物种的存在，而且可以剖析尿道微生物群，这将有助于理解其生物学意义并且可以潜在地提供适当的抗生素的指导，从而减少过度治疗。传统的基于培养的方法通常在UTI中，尤其是在多种微生物或混合菌群环境中错过病原体细菌或真菌检测。这至少部分是因为并非所有尿路病原体在标准培养条件下均同样良好地生长，这可能导致无法检测某些物种和/或微生物。另外，当前的基于培养的方法是耗时的、通量低，并且可能缺乏灵敏度和/或特异性。因此，尿路感染的多种微生...
【技术保护点】
1.一种用于扩增核酸样品中的多个核酸序列的方法，其包括：/n使用至少五个不同测定来形成至少五种扩增反应混合物，所述至少五种扩增反应混合物各自包括来自包括多个核酸序列的样品源的等分试样，所述至少五个不同测定各自包括扩增引物对，所述测定选自表1中的测定组；/n将每种扩增反应混合物施加于反应容器；/n在所述反应容器上执行多个扩增反应；以及/n在所述多个扩增反应期间在所述反应容器上的一个或多个位置内检测与靶核酸序列相对应的扩增产物。/n
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20171113 US 62/585,2731.一种用于扩增核酸样品中的多个核酸序列的方法，其包括：
使用至少五个不同测定来形成至少五种扩增反应混合物，所述至少五种扩增反应混合物各自包括来自包括多个核酸序列的样品源的等分试样，所述至少五个不同测定各自包括扩增引物对，所述测定选自表1中的测定组；
将每种扩增反应混合物施加于反应容器；
在所述反应容器上执行多个扩增反应；以及
在所述多个扩增反应期间在所述反应容器上的一个或多个位置内检测与靶核酸序列相对应的扩增产物。
2.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括：
在扩增产物检测系统中利用所述反应；以及
操作所述扩增产物检测系统以：
任选地通过使用关联表，将所述扩增反应混合物在所述反应容器上的位置与在所述扩增反应混合物中所利用的测定ID中的一个或多个测定ID相关联。
3.根据权利要求1所述的方法，其中所述反应容器是具有多个孔的板。
4.根据权利要求1所述的方法，其中所述反应容器是阵列。
5.根据权利要求1所述的方法，其中所述反应容器是开放式阵列板。
6.根据权利要求1所述的方法，其中所述反应容器是芯片微阵列。
7.根据权利要求1所述的方法，使用选自表1中的测定组的至少十个不同测定来形成至少十种扩增反应混合物，所述至少十种扩增反应混合物各自包括来自包括多个核酸序列的样品源的等分试样。
8.根据权利要求1所述的方法，使用选自表1中的测定组的至少十五个不同测定来形成至少十五种扩增反应混合物，所述至少十五种扩增反应混合物各自包括来自包括多个核酸序列的样品源的等分试样。
9.根据权利要求1所述的方法，使用表1中的测定中的十七个测定来形成反应混合物，所述反应混合物各自包括来自包括多个核酸序列的样品源的等分试样。
10.根据权利要求1所述的方法，其中所述样品源是尿液样本。
11.根据权利要求1所述的方法，所述扩增产物包括所述核酸样品的靶扩增子，所述靶扩增子的扩增子长度介于56到105个核苷酸之间。
12.根据权利要求1所述的方法，其中测定IDBa04932084_s1包括引物对，所述引物对靶向鲍氏不动杆菌(Acinetobacterbaumannii)的基因的未注释区域的核酸序列的一部分。
13.根据权利要求1所述的方法，其中测定IDBa04932088_s1包括引物对，所述引物对靶向弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacterfreundii)的草酸脱羧酶/古细菌磷酸葡萄糖异构酶cupin超家族基因的COG2140的核酸序列的一部分。
14.根据权利要求1所述的方法，其中测定IDBa04932080_s1包括引物对，所述引物对靶向产气肠杆菌(Enterobacteraerogenes)(亦称产气克雷伯氏菌(Klebsiellaaerogenes))的磷酸吡哆醛依赖性组氨酸脱羧酶(hdc)基因的核酸序列的一部分。
15.根据权利要求1所述的方法，其中测定IDBa04932087_s1包括引物对，所述引物对靶向阴沟肠杆菌(Enterobactercloacae)的基因的假定蛋白的核酸序列的一部分。
16.根据权利要求1所述的方法，其中测定IDBa04646247_s1包括引物对，所述引物对靶向粪肠球菌(Enterococcusfaecalis)的V类转氨酶基因的核酸序列的一部分。
17.根据权利要求1所述的方法，其中测定IDBa04932086_s1包括引物对，所述引物对靶向屎肠球菌(Enterococcusfaecium)的PhnB-MerR家族转录调节因子基因的核酸序列的一部分。
18.根据权利要求1所述的方法，其中测定IDBa04646242_s1包括引物对，所述引物对靶向大肠杆菌(Escherichiacoli)的COG0789DNA结合转录调节因子MerR家族(Zntr)基因的核酸序列的一部分。
19.根据权利要求1所述的方法，其中测定IDBa04932079_s1包括引物对，所述引物对靶向产酸克雷伯氏菌(Klebsiellaoxytoca)的parC(DNA拓扑异构酶IV亚基A)基因的核酸序列的一部分。
20.根据权利要求1所述的方法，其中测定IDBa04932083_s1包括引物对，所述引物对靶向肺炎克雷伯氏菌(Klebsiellapneumoniae)的act样蛋白基因的核酸序列的一部分。
21.根据权利要求1所述的方法，其中测定IDBa04932078_s1包括引物对，所述引物对靶向摩氏摩根菌(Morganellamorganii)的Fe2+转运系统蛋白FeoA基因的COG1918的核酸序列的一部分。
22.根据权利要求1所述的方法，其中测定IDBa04932076_s1包括引物对，所述引物对靶向奇异变形杆菌(Proteusmirabilis)的araCureR基因的核酸序列的一部分。
23.根据权利要求1所述的方法，其中测定IDBa04932077_s1包括引物对，所述引物对靶向普通变形杆菌(Proteusvulgaris)的SUMF1基因的核酸序列的一部分。
24.根据权利要求1所述的方法，其中测定IDBa04932082_s1包括引物对，所述引物对靶向斯氏普罗威登斯菌(Providenciastuartii)的硫酸酯酶成熟酶AslB自由基SAM超家族假定的铁-硫修饰蛋白基因的COG0641的核酸序列的一部分。
25.根据权利要求1所述的方法，其中测定IDBa04932081_s1包括引物对，所述引物对靶向铜绿假单胞菌(Pseudomonasaeruginosa)的N296_1760螺旋转角螺旋结构域蛋白基因的核酸序列的一部分。
26.根据权利要求1所述的方法，其中测定IDBa04932085_s1包括引物对，所述引物对靶向腐生葡萄球菌(Staphylococcussaprophyticus)的cdaR基因的核酸序列的一部分。
27.根据权利要求1所述的方法，其中测定IDBa04646276_s1包括引物对，所述引物对靶向无乳链球菌(Streptococcusagalactiae)的SIP基因的核酸序列的一部分。
28.根据权利要求1所述的方法，其中测定IDFn04646233_s1包括引物对，所述引物对靶向白色念珠菌(Candidaalbicans)的IPT1基因的核酸序列的一部分。
29.一种用于扩增核酸样品中的多个核酸序列的方法，其包括：
形成多种扩增反应混合物，所述多种扩增反应混合物各自包括来自包括多个核酸序列的样品源的等分试样，其中所述样品源是尿液样本；
将所述多种扩增反应混合物施加于反应容器，其中所述反应容器配置有至少五个测定，所述至少五个测定各自靶向具有表1中的对应靶区域位置和对应靶区域大小的不同基因，并且其中每个测定包括扩增引物对；
在所述反应容器上执行多个扩增反应；以及
在所述多个扩增反应期间在所述反应容器上的位置内检测与靶核酸序列相对应的扩增产物。
30.根据权利要求29所述的方法，其进一步包括：
在扩增产物检测系统中利用所述反应容器；以及
操作所述扩增产物检测系统以：
任选地通过使用关联表，将所述扩增反应混合物在所述反应容器上的位置与在所述反应容器上所利用的所述测定中的一个或多个测定相关联。
31.根据权利要求29所述的方法，其中所述反应容器是具有多个孔的板。
32.根据权利要求29所述的方法，其中所述反应容器是阵列。
33.根据权利要求29所述的方法，其中所述反应容器是开放式阵列板。
34.根据权利要求29所述的方法，其中所述反应容器是芯片微阵列。
35.根据权利要求29所述的方法，其中所述反应容器配置有至少十个测定，所述至少十个测定各自靶向表1中列出的不同基因。
36.根据权利要求29所述的方法，其中所述反应容器配置有至少十五个测定，所述至少十五个测定各自靶向表1中列出的不同基因。
37.根据权利要求29所述的方法，其中所述反应容器配置有靶向表1中列出的基因中的每个基因的测定。
38.根据权利要求29所述的方法，其中所述至少五个测定中的一个测定使扩增子扩增，所述扩增子在与鲍氏不动杆菌中的未注释区域相对应的基因中为93。
39.根据权利要求29所述的方法，其中所述至少五个测定中的一个测定使扩增子扩增，所述扩增子在与弗氏柠檬酸杆菌中的草酸脱羧酶/古细菌磷酸葡萄糖异构酶cupin超家族的COG2140相对应的基因中长度为103个核苷酸。
40.根据权利要求29所述的方法，其中所述至少五个测定中的一个测定使扩增子扩增，所述扩增子在与产气肠杆菌(亦称产气克雷伯氏菌)中的磷酸吡哆醛依赖性组氨酸脱羧酶(hdc)相对应的基因中大小为98。
41.根据权利要求29所述的方法，其中所述至少五个测定中的一个测定使扩增子扩增，所述扩增子在与阴沟肠杆菌中的假定蛋白相对应的基因中长度为88个核苷酸。
42.根据权利要求29所述的方法，其中所述至少五个测定中的一个测定使扩增子扩增，所述扩增子在与粪肠球菌中的V类转氨酶相对应的基因中长度为95个核苷酸。
43.根据权利要求29所述的方法，其中所述至少五个测定中的一个测定使扩增子扩增，所述扩增子在与屎肠球菌中的PhnB-MerR家族转录调节因子相对应的基因中长度为98个核苷酸。
44.根据权利要求29所述的方法，其中所述至少五个测定中的一个测定使扩增子扩增，所述扩增子在与大肠杆菌中的COG0789DNA结合转录调节因子MerR家族(Zntr)相对应的基因中长度为63个核苷酸。
45.根据权利要求29所述的方法，其中所述至少五个测定中的一个测定使扩增子扩增，所述扩增子在与产酸克雷伯氏菌中的parC(DNA拓扑异构酶IV亚基A)相对应的基因中长度为93个核苷酸。
46.根据权利要求29所述的方法，其中所述至少五个测定中的一个测定使扩增子扩增，所述扩增子在与肺炎克雷伯氏菌中的act样蛋白相对应的基因中长度为56个核苷酸。
47.根据权利要求29所述的方法，其中所述至少五个测定中的一个测定使扩增子扩增，所述扩增子在与摩氏摩根菌中的Fe2+转运系统蛋白FeoA的COG1918相对应的基因中长度为91个核苷酸。
48.根据权利要求29所述的方法，其中所述至少五个测定中的一个测定使扩增子扩增，所述扩增子在与奇异变形杆菌中的araCureR相对应的基因中长度为100个核苷酸。
49.根据权利要求29所述的方法，其中所述至少五个测定中的一个测定使扩增子扩增，所述扩增子在与普通变形杆菌中的SUMF1相对应的基因中长度为76个核苷酸。
50.根据权利要求29所述的方法，其中所述至少五个测定中的一个测定使扩增子扩增，所述扩增子在与斯氏普罗威登斯菌中的硫酸酯酶成熟酶As1B自由基SAM超家族假定的铁-硫修饰蛋白的COG0641相对应的基因中长度为100个核苷酸。
51.根据权利要求29所述的方法，其中所述至少五个测定中的一个测定使扩增子扩增，所述扩增子在与铜绿假单胞菌中的N296_1760螺旋转角螺旋结构域蛋白相对应的基因中长度为70个核苷酸。
52.根据权利要求29所述的方法，其中所述至少五个测定中的一个测定使扩增子扩增，所述扩增子在与腐生葡萄球菌中的cdaR相对应的基因中长度为85个核苷酸。
53.根据权利要求29所述的方法，其中所述至少五个测定中的一个测定使扩增子扩增，所述扩增子在与无乳链球菌中的SIP相对应的基因中长度为66个核苷酸。
54.根据权利要求29所述的方法，其中所述至少五个测定中的一个测定使扩增子扩增，所述扩增子在与白色念珠菌中的IPT1相对应的基因中长度为105个核苷酸。
55.一种用于确定生物样品中存在或不存在至少一种靶核酸的组合物，所述组合物包括：
至少五个不同扩增引物对，其中所述引物对中的所述引物中的每个引物包括靶杂交区域，所述靶杂交区域被配置成与表1中的靶微生物的核酸序列的区域的全部或一部分特异性杂交，并且其中在合适的条件下，所述引物对产生扩增子；以及
至少五个检测探针，所述至少五个检测探针被配置成与由所述引物对产生的所述扩增子的区域的全部或一部分特异性杂交。
56.根据权利要求55所述的组合物，其进一步包括对照核酸分子，所述对照核酸分子包括多个不同核酸靶序列，所述多个靶核酸序列对表1中的至少五个基因具有特异性。
57.根据权利要求55所述的组合物，其中所述组合物是一组或一批测定。
58.根据权利要求57所述的组合物，其中所述一组或一批测定包括一组或一批TaqMan测定。
59.根据权利要求55所述的组合物，其中所述至少一种靶核酸是与尿路感染相关的微生物的生物标志物。
60.根据权利要求55所述的组合物，其中所述组合物包括固相载体。
61.根据权利要求60所述的组合物，其中所述至少五个扩增引物对通过在所述固相载体上的位置而分开。
62.根据权利要求55所述的组合物，其中所述组合物包括至少十个不同扩增引物对，其中所述引物对中的所述引物中的每个引物包括靶杂交区域，所述靶杂交区域被配置成与表1中的靶微生物的核酸序列的区域的全部或一部分特异性杂交，并且其中在合适的条件下，所述引物对产生扩增子。
63.根据权利要求55所述的组合物，其中所述组合物包括至少十五个不同扩增引物对，其中所述引物对中的所述引物中的每个引物包括靶杂交区域，所述靶杂交区域被配置成与表1中的靶微生物的核酸序列的区域的全部或一部分特异性杂交，并且其中在合适的条件下，所述引物对产生扩增子。
64.根据权利要求55所述的组合物，其中所述组合物包括至少十七个不同扩增引物对，其中所述引物对中的所述引物中的每个引物包括靶杂交区域，所述靶杂交区域被配置成与表1中的靶微生物的核酸序列的区域的全部或一部分特异性杂交，并且其中在合适的条件下，所述引物对产生扩增子。
65.根据权利要求55所述的组合物，其中鲍氏不动杆菌的靶核酸序列位于登录号NZ_GG704574.1中的具有701个核酸的序列内，所述具有701个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸202100-202800相对应的区域中。
66.根据权利要求55所述的组合物，其中弗氏柠檬酸杆菌的靶核酸序列位于登录号NZ_ANAV01000004.1中的具有801个核酸的序列内，所述具有801个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸137400-138200相对应的区域中。
67.根据权利要求55所述的组合物，其中产气肠杆菌(亦称产气克雷伯氏菌)的靶核酸序列位于登录号CP014748.1中的具有801个核酸的序列内，所述具有801个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸1158600-1159400相对应的区域中。
68.根据权利要求55所述的组合物，其中阴沟肠杆菌的靶核酸序列位于登录号CP008823.1中的具有801个核酸的序列内，所述具有801个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸3274000-3274800相对应的区域中。
69.根据权利要求55所述的组合物，其中粪肠球菌的靶核酸序列位于登录号HF558530.1中的具有801个核酸的序列内，所述具有801个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸1769100-1769900相对应的区域中。
70.根据权利要求55所述的组合物，其中屎肠球菌的靶核酸序列位于登录号NZ_GL476131.1中的具有801个核酸的序列内，所述具有801个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸17300-18100相对应的区域中。
71.根据权利要求55所述的组合物，其中大肠杆菌的靶核酸序列位于登录号CP015843.2中的具有701个核酸的序列内，所述具有701个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸4336000-4336700相对应的区域中。
72.根据权利要求55所述的组合物，其中产酸克雷伯氏菌的靶核酸序列位于登录号CP020358.1中的具有801个核酸的序列内，所述具有801个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸2851700-2852600相对应的区域中。
73.根据权利要求55所述的组合物，其中肺炎克雷伯氏菌的靶核酸序列位于登录号CP007727.1中的具有801个核酸的序列内，所述具有801个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸209000-2090800相对应的区域中。
74.根据权利要求55所述的组合物，其中摩氏摩根菌的靶核酸序列位于登录号CP004345.1中的具有801个核酸的序列内，所述具有801个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸375800-376600相对应的区域中。
75.根据权利要求55所述的组合物，其中奇异变形杆菌的靶核酸序列位于登录号CP017082.1中的具有801个核酸的序列内，所述具有801个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸580200-581000相对应的区域中。
76.根据权利要求55所述的组合物，其中普通变形杆菌的靶核酸序列位于登录号JPIX01000006.1中的具有801个核酸的序列内，所述具有801个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸10200-102800相对应的区域中。
77.根据权利要求55所述的组合物，其中斯氏普罗威登斯菌的靶核酸序列位于登录号NZ_DS607663.1中的具有801个核酸的序列内，所述具有801个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸493000-493800相对应的区域中。
78.根据权利要求55所述的组合物，其中铜绿假单胞菌的靶核酸序列位于登录号CP006831.1中的具有801个核酸的序列内，所述具有801个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸1857600-1858400相对应的区域中。
79.根据权利要求55所述的组合物，其中腐生葡萄球菌的靶核酸序列位于登录号AP008934.1中的具有601个核酸的序列内，所述具有601个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸200400-201000相对应的区域中。
80.根据权利要求55所述的组合物，其中无乳链球菌的靶核酸序列位于登录号CP010319.1中的具有601个核酸的序列内，所述具有601个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸41000-41600相对应的区域中。
81.根据权利要求55所述的组合物，其中白色念珠菌的靶核酸序列位于登录号AY884203.1中的具有701个核酸的序列内，所述具有701个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸800-1500相对应的区域中。
82.一种用于评估多个扩增反应的核酸构建体，所述核酸构建体包括：
对照核酸分子，所述对照核酸分子包括多个不同核酸靶序列，所述多个靶核酸序列针对表1中的插入到DNA质粒中的至少五个基因。
83.根据权利要求82所述的核酸构建体，其中所述多个靶核酸序列针对表1中的位于所述DNA质粒中的所述基因中的至少十个基因。
84.根据权利要求82所述的核酸构建体，其中所述多个靶核酸序列针对表1中的位于所述DNA质粒中的所述基因中的至少十五个基因。
85.根据权利要求82所述的核酸构建体，其中所述多个靶核酸序列针对表1中的位于所述DNA质粒中的所述基因中的每个基因。
86.根据权利要求82所述的核酸构建体，其中鲍氏不动杆菌的靶核酸序列位于登录号NZ_GG704574.1中的具有701个核酸的序列内，所述具有701个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸202100-202800相对应的区域中。
87.根据权利要求82所述的核酸构建体，其中弗氏柠檬酸杆菌的靶核酸序列位于登录号NZ_ANAV01000004.1中的具有801个核酸的序列内，所述具有801个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸137400-138200相对应的区域中。
88.根据权利要求82所述的核酸构建体，其中产气肠杆菌(亦称产气克雷伯氏菌)的靶核酸序列位于登录号CP014748.1中的具有801个核酸的序列内，所述具有801个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸1158600-1159400相对应的区域中。
89.根据权利要求82所述的核酸构建体，其中阴沟肠杆菌的靶核酸序列位于登录号CP008823.1中的具有801个核酸的序列内，所述具有801个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸3274000-3274800相对应的区域中。
90.根据权利要求82所述的核酸构建体，其中粪肠球菌的靶核酸序列位于登录号HF558530.1中的具有801个核酸的序列内，所述具有801个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸1769100-1769900相对应的区域中。
91.根据权利要求82所述的核酸构建体，其中屎肠球菌的靶核酸序列位于登录号NZ_GL476131.1中的具有801个核酸的序列内，所述具有801个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸17300-18100相对应的区域中。
92.根据权利要求82所述的核酸构建体，其中大肠杆菌的靶核酸序列位于登录号CP015843.2中的具有701个核酸的序列内，所述具有701个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸4336000-4336700相对应的区域中。
93.根据权利要求82所述的核酸构建体，其中产酸克雷伯氏菌的靶核酸序列位于登录号CP020358.1中的具有801个核酸的序列内，所述具有801个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸2851700-2852600相对应的区域中。
94.根据权利要求82所述的核酸构建体，其中肺炎克雷伯氏菌的靶核酸序列位于登录号CP007727.1中的具有801个核酸的序列内，所述具有801个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸209000-2090800相对应的区域中。
95.根据权利要求82所述的核酸构建体，其中摩氏摩根菌的靶核酸序列位于登录号CP004345.1中的具有801个核酸的序列内，所述具有801个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸375800-376600相对应的区域中。
96.根据权利要求82所述的核酸构建体，其中奇异变形杆菌的靶核酸序列位于登录号CP017082.1中的具有801个核酸的序列内，所述具有801个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸580200-581000相对应的区域中。
97.根据权利要求82所述的核酸构建体，其中普通变形杆菌的靶核酸序列位于登录号JPIX01000006.1中的具有801个核酸的序列内，所述具有801个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸10200-102800相对应的区域中。
98.根据权利要求82所述的核酸构建体，其中斯氏普罗威登斯菌的靶核酸序列位于登录号NZ_DS607663.1中的具有801个核酸的序列内，所述具有801个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸493000-493800相对应的区域中。
99.根据权利要求82所述的核酸构建体，其中铜绿假单胞菌的靶核酸序列位于登录号CP006831.1中的具有801个核酸的序列内，所述具有801个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸1857600-1858400相对应的区域中。
100.根据权利要求82所述的核酸构建体，其中腐生葡萄球菌的靶核酸序列位于登录号AP008934.1中的具有601个核酸的序列内，所述具有601个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸200400-201000相对应的区域中。
101.根据权利要求82所述的核酸构建体，其中无乳链球菌的靶核酸序列位于登录号CP010319.1中的具有601个核酸的序列内，所述具有601个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸41000-41600相对应的区域中。
102.根据权利要求82所述的核酸构建体，其中白色念珠菌的靶核酸序列位于登录号AY884203.1中的具有701个核酸的序列内，所述具有701个核酸的序列定位于与基因组的核苷酸800-1500相对应的区域中。
103.一种用于扩增核酸样品中的多个核酸序列的方法，其包括：
执行多个扩增反应，所述扩增反应各自包括核酸样品的一部分和扩增引物对，所述扩增引物对各自被配置成产生扩增产物，所述扩增产物与来自与表1中列示的生物体和对应扩增子大小、区域和登录号相关联的靶核酸序列组的不同靶核酸序列相对应；
由所述扩增反应形成多种不同扩增产物；以及
确定所述多种不同扩增产物中的至少一种扩增产物的存在或不存在。
104.根据权利要求103所述的方法，其进一步包括：执行所述多个扩增反应，其中所述扩增反应中的至少十个扩增反应含有核酸样品的一部分和扩增引物对，所述扩增引物对各自被配置成产生扩增产物，所述扩增产物与来自与表1列示的生物体和对应扩增子大小、区域和/或登录号相关联的所述靶核酸序列组的不同靶核酸序列相对应。
105.根据权利要求103所述的方法，其进一步包括：执行所述多个扩增反应，其中所述扩增反应中的至少十五个扩增反应含有核酸样品的一部分和扩增引物对，所述扩增引物对各自被配置成产生扩增产物，所述扩增产物与来自与表1列示的生物体和对应扩增子大小、区域和/或登录号相关联的所述靶核酸序列组的不同靶核酸序列相对应。
106.根据权利要求103所述的方法，其进一步包括：执行所述多个扩增反应，其中除阴性对照外，所有所述扩增反应均含有核酸样品的一部分和扩增引物对，所述扩增引物对各自被配置成产生扩增产物，所述扩增产物与来自与表1列示的生物体和对应扩增子大小、区域和/或登录号相关联的所述靶核酸序列组的不同靶核酸序列相对应。
107.一种用于扩增核酸样品中的多个核酸序列的方法，其包括：
(a)执行多个扩增反应，所述扩增反应中的至少五个扩增反应包括核酸样品的一部分和扩增引物对，所述扩增引物对被配置成产生与所述靶核酸序列相对应的扩增产物，其中每个靶核酸序列是表1列示的不同基因的扩增产物；
(b)形成多种不同扩增产物；以及
(c)确定所述多种不同扩增产物中存在或不存在至少一种扩增产物。
108.根据权利要求107所述的方法，其中所述扩增反应中的至少五个扩增反应包括选自表1中列出的测定ID的扩增引物对。
109.根据权利要求107所述的方法，其中所述扩增反应中的至少十个扩增反应包括选自表1中列出的测定ID的扩增引物对。
110.根据权利要求107所述的方法，其中所述扩增反应中的至少十五个扩增反应包括选自表1中列出的测定ID的扩增引物对。
111.根据权利要求107所述的方法，其中所述扩增反应中的十七个扩增反应包括选自表1中列出的测定ID的扩增引物对。
112.根据权利要求107所述的方法，其中执行多个扩增反应，所述扩增反应中的至少十个扩增反应含有核酸样品的一部分和扩增引物对，所述扩增引物对被配置成产生与所述靶核酸序列相对应的扩增产物，其中所述靶核酸序列是表1中列出的基因的一部分的扩增产物。
113.根据权利要求107所述的方法，其中执行多个扩增反应，所述扩增反应中的至少十五个扩增反应含有核酸样品的一部分和扩增引物对，所述扩增引物对被配置成产生与所述靶核酸序列相对应的扩增产物，其中每个所述靶核酸序列是表1列示的不同基因的扩增产物。
114.根据权利要求107所述的方法，执行所述多个扩增反应，除阴性对照外，所述扩增反应中的十七个扩增反应含有核酸样品的一部分和扩增引物对，所述扩增引物对被配置成产生与所述靶核酸序列相对应的扩增产物，其中每个所述靶核酸序列是表1列示的不同基因的扩增产物。
115.根据权利要求107所述的方法，其中所述扩增产物的长度介于56到105个核苷酸之间。
116.根据权利要求107所述的方法，其中被配置成产生扩增产物的至少一对所述扩增引物包含含有与所述对应靶核酸序列的一部分互补或相同的核酸序列的引物。
117.根据权利要求107所述的方法，其中至少一对所述扩增引物的所述对应靶核酸序列含有与基因组DNA、RNA、miRNA、mRNA、游离DNA、循环DNA或cDNA中存在的核酸序列相同或互补的核酸序列。
118.根据权利要求117所述的方法，其中所述对应靶核酸序列存在于或源自于靶微生物的基因组DNA、RNA、miRNA、mRNA、游离DNA、循环DNA或cDNA。
119.根据权利要求118所述的方法，其中所述靶微生物是表1中列出的微生物。
120.根据权利要求107所述的方法，其中所述形成包含并行形成10到10,000种不同扩增产物。
121.根据权利要求107所述的方法，其中所述多个扩增反应中的至少两个扩增反应各自含有扩增引物对，所述扩增引物对被配置成扩增不同的对应靶核酸序列。
122.根据权利要求107所述的方法，其中所述对应靶核酸序列含有表1中列出的基因或其对应cDNA的核酸序列的一部分。
123.根据权利要求122所述的方法，其中所述基因存在于表1中列出的微生物内。
124.根据权利要求107所述的方法，其中所述多个扩增反应中的每个扩增反应含有扩增引物组，所述扩增引物组被配置成产生长度介于56到105个核苷酸之间的扩增产物。
125.根据权利要求107所述的方法，其中所述形成包含形成一种或多种扩增产物，所述一种或多种扩增产物含有与表1中列出的基因的一部分互补或相同的核酸序列。
126.根据权利要求125所述的方法，其中所述形成包含使用源...
【专利技术属性】
技术研发人员：K·李，I·帕加尼，李继胜，S·帕特尔，K·瓦尔马，J·丰塞卡，N·普里，E·戴蒙德，
申请(专利权)人：生命技术公司，
类型：发明
国别省市：美国;US
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