核酸比值确定制造技术

本发明专利技术提供用于定量数据标准化和/或确定细胞、生物体、病毒等中转录水平的方法。这些方法能够用于多种应用中，所述多种应用包括但不限于确定转录上调和下调、鉴定转录扰动、确定生存力/死亡以及评估对药剂治疗的反应(例如对药物的抗性或敏感性)。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】核酸比值确定通过交叉引用并入本申请要求2017年12月21日提交的澳大利亚临时专利申请号2017905138的优先权，其全部内容通过交叉引用并入本文。
本专利技术总体上涉及分子生物学领域。更具体而言，本专利技术提供用于定量数据标准化和/或确定细胞、生物体、病毒等中转录水平的方法。这些方法能够用于多种应用中，所述多种应用包括但不限于确定转录上调和下调、鉴定转录扰动、确定生存力/死亡以及评估对药剂治疗的反应(例如对药物的抗性或敏感性)。
技术介绍
分子生物学的进步极大地提高了表征细胞、查询其基因组和转录组的能力，以证明与疾病和/或外部刺激有关的变化。例如，发现特定的序列变异与获得性或遗传性疾病例如癌症或囊性纤维化有关。基因表达的变化与疾病状态和对刺激的反应有关。此外，外源序列的存在可以表明感染原例如细菌或病毒的存在。核酸扩增技术(NAAT)测试已在所有这些领域中广泛应用于基础研究、临床研究和临床诊断。体外核酸扩增的方法在NAAT测试中具有广泛的应用。这些方法包括聚合酶链反应(PCR)、链置换扩增(SDA)、解旋酶依赖性扩增(本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种使通过从细胞、生物或病毒中扩增核酸而获得的定量数据标准化的方法，所述方法包括：/n(i)从以下获得定量数据：/n-对来自第一基因的基因组DNA和从第一基因转录的RNA的扩增，和/n-对细胞、生物或病毒中不转录DNA的序列的扩增；和/n(ii)使用所述定量数据以导出代表在所述扩增之前存在于核酸样品中的以下两者的相对量的标准化值(nV)：/n-所述第一基因的所述基因组DNA和RNA转录物，对于/n-不转录的所述基因组DNA。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20171221 AU 20179051381.一种使通过从细胞、生物或病毒中扩增核酸而获得的定量数据标准化的方法，所述方法包括：
(i)从以下获得定量数据：
-对来自第一基因的基因组DNA和从第一基因转录的RNA的扩增，和
-对细胞、生物或病毒中不转录DNA的序列的扩增；和
(ii)使用所述定量数据以导出代表在所述扩增之前存在于核酸样品中的以下两者的相对量的标准化值(nV)：
-所述第一基因的所述基因组DNA和RNA转录物，对于
-不转录的所述基因组DNA。


2.根据权利要求1所述的方法，其中所述定量数据为扩增子拷贝数，并且所述方法包括：
-获得代表从所述第一基因的所述基因组DNA和RNA转录物的扩增产生的总扩增子数的值A(vA)以及代表从不转录DNA的序列产生的总扩增子数的值B(vB)；
-使用以下公式或其等价形式计算标准化值(nV)：
vA/vB＝nV。


3.根据权利要求1所述的方法，其中所述定量数据为扩增子拷贝数，并且所述方法包括：
-获得代表从以下产生的总扩增子数的值X(vX)：来自所述第一基因的基因组DNA和RNA转录物的扩增，以及来自至少一个另外的基因的基因组DNA和RNA转录物的扩增；
-获得代表从不转录DNA序列产生的总扩增子数的值B(vB)，
-使用以下公式或其等价形式计算标准化值(nV)：
vX/(vBx(X+1))＝nV，
其中X是所述另外的基因的数量。


4.根据权利要求2或权利要求3所述的方法，其中所述扩增是数字聚合酶链式反应(dPCR)。


5.根据权利要求1所述的方法，其中所述定量数据为阈值(Ct)并且所述方法包括：
-从所述第一基因的所述基因组DNA和RNA转录物的扩增获得循环阈值CtA，
-从不转录DNA序列的扩增获得循环阈值CtB；和
-使用以下公式或其等价形式计算标准化值(nV)：
2CtB-CtA＝nV。


6.根据权利要求1所述的方法，其中所述定量数据为阈值(Ct)并且所述方法包括：
-从以下获得循环阈值CtX：所述第一基因的所述基因组DNA和RNA转录物的扩增，以及来自至少一个另外的基因的基因组DNA和RNA转录物的扩增；
-从不转录DNA序列的扩增获得循环阈值CtB；和
-使用以下公式或其等价形式计算标准化值(nV)：
2CtB-CtX/(X+1)＝nV，
其中X是所述另外的基因的数量。


7.根据权利要求5或权利要求6所述的方法，其中所述扩增是定量聚合酶链式反应(qPCR)。


8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中不转录DNA的序列是基因组DNA。


9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其进一步包括对来自所述细胞、生物或病毒的核酸进行所述扩增。


10.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中来自所述细胞、生物或病毒的核酸是总核酸的提取物。


11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中任一所述扩增是使用以下进行的：聚合酶链反应(PCR)、逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)、链置换扩增(SDA)、环介导的等温扩增(LAMP)、滚环扩增(RCA)、重组酶聚合酶扩增(RPA)、解旋酶依赖性扩增(HDA)、基于链侵入的扩增(SIBA)、转录物介导的扩增(TMA)、自我维持序列复制(3SR)、基于核酸序列的扩增(NASBA)或其任意组合。


12.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其进一步包括使用所述标准化值(nV)以评估所述细胞、生物或病毒中转录活性的水平。


13.根据权利要求1至12中任一项所述的方法，其进一步包括：
-获得使用从已知不具有转录活性的细胞、生物或病毒群体的个体获得的一系列所述标准化值(nV)产生的转录阴性标准化值(nV-)；和
-将通过对来自细胞、生物或病毒中的核酸的所述扩增获得的标准化值(nV)与转录阴性标准化值(nV-)进行比较，从而评估细胞、生物或病毒中转录活性的水平。


14.根据权利要求13所述的方法，其中转录阴性标准化值(nV-)是从所述一系列所述标准化值(nV)产生的平均值。


15.根据权利要求13或权利要求14所述的方法，其中：
-转录阴性标准化值(nV-)被用作用于评估细胞、生物或病毒中转录活性存在与否的基础值；和
-当通过对来自细胞、生物或病毒的核酸的所述扩增而获得的标准化值(nV)等于或低于转录阴性标准化值(nV-)时，表明没有转录活性；或
-当通过对来自细胞、生物或病毒的核酸的所述扩增而获得的标准化值(nV)高于转录阴性标准化值(nV-)时，表明有转录活性。


16.根据权利要求13至15中任一项所述的方法，其中所述转录阴性标准化值(nV-)：
-纳入在所述一系列标准化值(nV)中来自已知不具有转录活性的细胞、生物或病毒群体的个体的统计变化；和/或
-提供有所述转录阴性标准化值(nV-)可预测细胞、生物或病毒中是否存在转录活性的置信区间。


17.根据权利要求16所述的方法，其中所述置信区间大于90％或大于95％。


18.根据权利要求13至17中任一项所述的方法，其进一步包括：
-获得使用从已知具有转录活性的细胞、生物或病毒群体的个体获得的一系列所述标准化值(nV)产生的转录阳性标准化值(nV+)；和
-将通过对来自细胞、生物或病毒的核酸的所述扩增获得的标准化值(nV)与所述转录阳性标准化值(nV+)进行比较，从而评估细胞、生物或病毒中转录活性的水平。


19.根据权利要求18所述的方法，其中所述转录阳性标准化值(nV+)是从所述一系列所述标准化值(nV)产生的平均值。


20.根据权利要求18或权利要求19所述的方法，其中：
-所述转录阳性标准化值(nV+)被用作细胞、生物或病毒中转录活性的基础值；和
-当通过对来自细胞、生物或病毒的核酸的所述扩增获得的标准化值(nV)低于所述转录阳性标准化值(nV+)时，表明缺少或没有转录活性；或
-当通过对来自细胞、生物或病毒的核酸的所述扩增获得的标准化值(nV)等于或高于所述转录阳性标准化值(nV+)时，表明有转录活性。


21.根据权利要求18至20中任一项所述的方法，其中所述转录阳性标准化值(nV+)：
-纳入在所述一系列标准化值(nV)中来自已知具有转录活性的细胞、生物或病毒群体的个体的统计变化；和/或
-提供有所述转录阳性标准化值(nV+)可预测细胞、生物或病毒中是否存在转录活性的置信区间。


22.根据权利要求21所述的方法，其中所述置信区间大于90％或大于95％。


23.根据权利要求13所述的方法，其进一步包括：
-获得使用从已知不具有转录活性的细胞、生物或病毒群体的个体获得的一系列所述标准化值(nV)产生的转录阴性标准化值(nV-)；
-获得使用从已知具有转录活性的细胞、生物或病毒群体的个体获得的一系列所述标准化值(nV)产生的转录阳性标准化值(nV+)；和
-将通过对来自细胞、生物或病毒中的核酸的所述扩增获得的标准化值(nV)与以下进行比较：
(i)所述转录阴性标准化值(nV-)和所述转录阳性标准化值(nV+)，或
(ii)介于所述转录阴性标准化值(nV-)和所述转录阳性标准化值(nV+)之间的合并的...

【专利技术属性】
技术研发人员：A·V·托德，N·E·利马，
申请(专利权)人：斯皮德斯私人有限公司，
类型：发明
国别省市：澳大利亚;AU