图案化阵列的制备制造技术

本发明专利技术提供了用于制备图案化阵列如核苷酸阵列的方法和组合物。该方法和组合物适合于阵列组分的转移和再定向。

The preparation of patterned array

【技术实现步骤摘要】
图案化阵列的制备本申请是申请日为2014年12月05日、申请号为201480074862.7、专利技术名称为“图案化阵列的制备”的中国专利申请(PCT申请号为PCT/US2014/068955)的分案申请。交叉引用本申请要求于2013年12月5日提交的美国临时申请号61/912,027、于2014年3月28日提交的美国临时申请号61/971,542、于2014年4月14日提交的美国临时申请号61/979,448以及于2014年6月13日提交的美国临时申请号62/012,238的权益，每一个申请均通过引用全文并入本文。
技术介绍
图案化阵列在基因组学和分子诊断学中具有许多应用。然而，许多阵列制备方法产生质量差的探针、不完全的(partial)探针、对于延伸反应而言错误定向的或处于对酶促反应不是非常有效的表面上的探针。本公开内容提供了具有酶相容表面、较高质量探针以及各种朝向的探针的方法和组合物。
技术实现思路
提供了用于制备图案化寡核苷酸阵列的方法、组合物和系统，其产生具有所需朝向并且低成本的高质量全长探针。在一些实施方案中，采用酶促转移制备图案化的寡核苷酸阵列，其中使来自接受体表面的引物与模板表面上的模板杂交，并且采用模板进行的聚合酶驱动延伸反应产生第二链。在两个表面分离后，接受体表面含有与第一表面图案互补的拷贝的寡核苷酸图案。或者，模板可以与含有连接体的引物杂交，该连接体可以用于将引物固定至接受体表面。然后可以使引物延伸并且例如通过在接受体表面上形成聚合物凝胶的薄层而固定至接受体表面上。可以通过扩增如桥式扩增来增强所得的拷贝的特征。可以酶处理在3’端含有衔接子的扩增的探针，以去除衔接子序列。在一个方面，本文提供了一种用于生成阵列的方法，其包括：提供包含与其偶联的至少1,000个不同寡核苷酸的模板阵列；将所述模板阵列与接受体阵列偶联，该接受体阵列具有与所述至少1,000个不同寡核苷酸的部分互补的多个寡核苷酸；以及在该模板阵列与酶阵列彼此偶联时进行酶促反应，由此生成包含接受体寡核苷酸的接受体阵列，其中至少40％的接受体寡核苷酸与来自所述至少1,000个不同寡核苷酸的全长寡核苷酸互补或相同。在一些情况下，该模板阵列包含至少100个斑点(spot)。在一些情况下，该模板阵列包含大小至多为约500μm的斑点。在一些情况下，接受体寡核苷酸相对于接受体阵列的方向性与模板寡核苷酸相对于模板阵列的方向性相同。在一些情况下，接受体寡核苷酸相对于接受体阵列的方向性与模板寡核苷酸相对于模板阵列的方向性相反。在一些情况下，生成多个接受体阵列。在一些情况下，在接受体阵列彼此之间，所述多个接受体寡核苷酸平均至少99％相同。在一些情况下，在接受体阵列彼此之间，所述接受体寡核苷酸至少99％相同。在一个方面，本文提供了一种用于生成阵列的方法，其包括：使用包含模板寡核苷酸的模板阵列合成包含接受体寡核苷酸的接受体阵列，其中在合成期间，该接受体阵列与该模板阵列偶联。在一些情况下，至少40％的接受体寡核苷酸包含全长产物。在一些情况下，至少50％的接受体寡核苷酸包含全长产物。在一些情况下，至少60％的接受体寡核苷酸包含全长产物。在一些情况下，接受体寡核苷酸相对于接受体阵列的方向性与模板寡核苷酸相对于模板阵列的方向性相同。在一些情况下，接受体寡核苷酸相对于接受体阵列的方向性与模板寡核苷酸相对于模板阵列的方向性相反。在一些情况下，生成多个接受体阵列。在一些情况下，在接受体阵列彼此之间，所述多个接受体寡核苷酸平均至少99％相同。在一些情况下，在接受体阵列彼此之间，所述接受体寡核苷酸至少99％相同。在一些情况下，在每一个接受体阵列合成之后，将所述模板阵列与每一个接受体阵列物理分离。在一些情况下，在每一个接受体阵列合成之后，通过升高温度将所述模板阵列与每一个接受体阵列分离。在一些情况下，所述模板阵列包含至少100个斑点。在一些情况下，所述模板阵列包含大小至多为约500μm的斑点。在一个方面，本文提供了一种用于生成互补阵列的方法，其包括：(a)提供与第一基底偶联的多个模板寡核苷酸，所述多个模板寡核苷酸中的每一个均包含衔接子序列，其中对于所述多个模板寡核苷酸中的每一个，所述衔接子序列均相同；(b)提供与第二基底偶联的多个接受体寡核苷酸，所述多个接受体寡核苷酸中的每一个均包含与所述衔接子序列互补的序列；(c)使所述模板寡核苷酸的所述衔接子序列与所述接受体寡核苷酸的互补于所述衔接子序列的所述序列杂交；以及(d)使用所述多个模板寡核苷酸作为模板，对所述多个接受体寡核苷酸进行延伸反应。在一些情况下，所述衔接子序列中的每一个均位于所述模板寡核苷酸的3’端或该3’端附近。在一些情况下，所述衔接子序列中的每一个均位于所述模板寡核苷酸的5’端或该5’端附近。在一些情况下，所述基底中的任一个包含聚合物。在一些情况下，所述基底中的任一个包含丙烯酰胺或聚丙烯酰胺。在一些情况下，进行步骤导致生成至少40％为全长产物的接受体寡核苷酸。在一些情况下，进行步骤导致生成至少50％为全长产物的接受体寡核苷酸。在一些情况下，进行步骤导致生成至少60％为全长产物的接受体寡核苷酸。在一些情况下，接受体寡核苷酸相对于第二基底的方向性与模板寡核苷酸相对于第一基底的方向性相同。在一些情况下，接受体寡核苷酸相对于第二基底的方向性与模板寡核苷酸相对于第一基底的方向性相反。在一些情况下，重复所述方法以产生至少2个接受体阵列。在一些情况下，所述模板阵列包含至少100个斑点。在一些情况下，所述模板阵列包含大小至多为约500μm的斑点。在一个方面，本文提供了一种用于转移阵列的方法，其包括：(a)提供包含多个连接体位点的基底；(b)提供包含多个模板寡核苷酸的阵列；(c)向所述阵列施加反应混合物，所述反应混合物包含酶、dNTP以及多个连接体寡核苷酸，该连接体寡核苷酸包含与附加至所述多个模板寡核苷酸中的每一个上的衔接子序列互补的序列，并且进一步包含能够结合至所述多个连接体位点的连接体分子；(d)使用所述多个模板寡核苷酸作为模板进行所述多个所述连接体寡核苷酸的延伸反应，由此生成包含所述连接体分子的多个延伸产物；(e)使所述阵列与所述基底接触；以及(f)将所述多个延伸产物的所述连接体分子连接至所述连接体位点。在一些情况下，所述衔接子序列位于所述模板寡核苷酸的3’端或该3’端附近。在一些情况下，所述衔接子序列位于所述模板寡核苷酸的5’端或该5’端附近。在一些情况下，所述基底包含聚合物。在一些情况下，所述基底包含丙烯酰胺或聚丙烯酰胺。在一些情况下，所述模板阵列包含至少100个斑点。在一些情况下，所述模板阵列包含大小至多为约500μm的斑点。援引并入本说明书中提及的全部出版物、专利和专利申请均通过引用并入本文，其程度如同特别且单独地指出每个单独的出版物、专利或专利申请通过引用并入本文。附图说明本专利技术的新特征在随附的权利要求中具体阐述。通过参考以下对利用了本专利技术原理的说明性实施方案进行阐述的详细描述和附图，将会获得对本专利技术特征和优点的更好的理解，附图中：图1示出了模板表面的不同形状的实例。图2本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于生成阵列的方法，其包括：/n提供包含与其偶联的至少1,000个不同寡核苷酸的模板阵列，/n将所述模板阵列与接受体阵列偶联，该接受体阵列具有与所述至少1,000个不同寡核苷酸的部分互补的多个寡核苷酸，以及/n在所述模板阵列与酶阵列彼此偶联时进行酶促反应，由此生成包含接受体寡核苷酸的接受体阵列，其中至少40％的接受体寡核苷酸与来自所述至少1,000个不同寡核苷酸的全长寡核苷酸互补或相同。/n

【技术特征摘要】
20131205 US 61/912,027;20131206 US 61/912,559;20141.一种用于生成阵列的方法，其包括：
提供包含与其偶联的至少1,000个不同寡核苷酸的模板阵列，
将所述模板阵列与接受体阵列偶联，该接受体阵列具有与所述至少1,000个不同寡核苷酸的部分互补的多个寡核苷酸，以及
在所述模板阵列与酶阵列彼此偶联时进行酶促反应，由此生成包含接受体寡核苷酸的接受体阵列，其中至少40％的接受体寡核苷酸与来自所述至少1,000个不同寡核苷酸的全长寡核苷酸互补或相同。


2.如权利要求1所述的方法，其中所述模板阵列包含至少100个斑点。


3.如权利要求1所述的方法，其中所述模板阵列包含大小至多为约500μm的斑点。


4.如权利要求1所述的方法，其中所述接受体寡核苷酸相对于所述接受体阵列的方向性与所述模板寡核苷酸相对于所述模板阵列的方向性相同。


5.如权利要求1所述的方法，其中所述接受体寡核苷酸相对于所述接受体阵列的方向性与所述模板寡核苷酸相对于所述模板阵列的方向性相反。


6.如权利要求1所述的方法，其中生成多个接受体阵列。


7.如权利要求6所述的方法，其中在接受体阵列彼此之间，所述多个接受体寡核苷酸平均至少99％相同。

【专利技术属性】
技术研发人员：周巍，菲利普·克洛诺哥拉克，格伦·麦克加尔，曹建，
申请(专利权)人：生捷科技控股公司，
类型：发明
国别省市：开曼群岛;KY