寡核苷酸组合物及其使用方法技术

本公开尤其提供了设计的PNPLA3寡核苷酸、组合物及其方法。在一些实施方案中，所提供的寡核苷酸组合物提供了改善的单链RNA干扰和/或RNA酶H介导的敲低。本公开尤其涵盖以下认识：寡核苷酸的结构元件，诸如碱基序列、化学修饰(例如，糖、碱基和/或核苷酸间键联的修饰)或其样式、与附加的化学部分的缀合和/或立体化学[例如，主链手性中心的立体化学(手性核苷酸间键联)]和/或其样式，可对寡核苷酸的性质和活性例如RNA干扰(RNAi)活性、稳定性、递送等具有显著影响。在一些实施方案中，本公开提供了使用所提供的寡核苷酸组合物(例如在RNA干扰和/或RNA酶H介导的敲低中)治疗疾病的方法。

Oligonucleotide composition and method of use

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】寡核苷酸组合物及其使用方法相关申请的交叉引用本申请要求2017年6月2日提交的美国临时申请号62/514,769以及2018年5月11日提交的美国临时申请号62/670,698的优先权，所述临时申请中的每个以引用的方式整体并入本文。
技术介绍
靶向PNPLA3的寡核苷酸(PNPLA3寡核苷酸)可用于各种应用，例如治疗应用。天然存在的核酸(例如未修饰的DNA或RNA)的使用可以例如因它们易受核酸内切酶和核酸外切酶影响而受到限制。
技术实现思路
本公开尤其涵盖了以下认识：控制PNPLA3寡核苷酸的结构元件，诸如化学修饰(例如，糖、碱基和/或核苷酸间键联的修饰)或其样式、立体化学(例如，主链手性核苷酸间键联的立体化学)或其样式的改变和/或与附加的化学部分(例如脂质部分、靶向部分、碳水化合物部分、与脱唾液酸糖蛋白受体或ASGPR结合的部分，例如GalNAc部分)等的缀合，可对PNPLA3寡核苷酸的性质和/或活性产生重大影响。在一些实施方案中，所述性质和/或活性包括但不限于参与指导例如由RNA干扰(RNAi干扰)、单链RNA干扰(ssRNAi)、R本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种具有式O1的化合物：/nY

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170602 US 62/514,769;20180511 US 62/670,6981.一种具有式O1的化合物：
Y1-L1-(Z10)za
O1
或所述化合物的药学上可接受的盐，其中Y1是靶向PNPLA3的寡核苷酸；
za为1、2或3；并且
L1是式L11、L12、L13、L43、L44、L45、L46、L47、L48、L49、L50、L51、L52、L53或L54的化合物，其中与Y1和Z10的连接位点表示为：












其中每个T1独立地不存在或者是亚烷基、亚烯基或亚炔基，其中所述亚烷基、亚烯基或亚炔基的一个或多个-CH2-基团可以各自独立地被独立地选自-O-、-S-和-N(R49)-的杂原子基团替代，其中所述杂原子基团被至少2个碳原子隔开；
每个Q1独立地不存在或者是-C(O)-、-C(O)-NR49-、-NR49-C(O)-、-O-C(O)-NR49-、-NR49-C(O)-O-、-CH2-、-NR49C(O)NR49-、二价杂芳基基团或者选自-O-、-S-、-S-S-、-S(O)-、-S(O)2-和-NR49-的杂原子基团，其中至少两个碳原子将所述杂原子基团-O-、-S-、-S-S-、-S(O)-、-S(O)2-和-NR49-与任何其他杂原子基团隔开，或下式的结构：



其中R53是-O或-NH-；并且R54是-O或-S；
每个R49独立地是-H、-(C1-C20)烷基或-(C3-C6)环烷基，其中被至少两个碳原子隔开的所述烷基或环烷基的一至六个-CH2-基团可以被-O-、-S-或-N(R49a)-替代，并且所述烷基的-CH3可以被选自-N(R49a)2、-OR49a和-S(R49a)的杂原子基团替代，其中所述杂原子基团被至少2个碳原子隔开；并且其中所述烷基和环烷基可以被卤基原子取代；并且其中每个R49a独立地是-H、-(C1-C6)烷基或-(C3-C6)环烷基；
R53是-O或-NH；
R54是-O或-S；
每个n独立地是0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40；其中如果n大于0，则独立地选择每个(T1-Q1-T1-Q1)的每个T1和每个Q1；并且
每个Z10独立地是式Z12、Z13、Z14、Z15、Z16、Z17、Z18、Z19、Z20或Z21的化合物或者其几何或位置异构体，其中与L1的连接位点表示为：



其中每个R46独立地是-CN、-CH2-CN、-C≡CH、-CH2-N3、-CH2-NH2、-CH2-N(R52)-S(O)2-R51、-CH2-CO2H、-CO2H、-CH2-OH、-CH2-SH、-CH＝CH-R51、-CH2-R51、-CH2-S-R51、-CH2-N(R52)-R51、-CH2-N(R52)-C(O)-R51、-CH2-N(R52)-C(O)-O-R51、-CH2-N(R52)-C(O)-N(R52)-R51、-CH2-O-R51、-CH2-O-C(O)-R51、-CH2-O-C(O)-N(R52)-R51、-CH2-O-C(O)-O-R51、-CH2-S(O)-R51、-CH2-S(O)2-R51、-CH2-S(O)2-N(R52)-R51、-C(O)-NH2、-C(O)-O-R51、-C(O)-N(R52)-R51或者芳基或杂芳基，其中所述芳基或杂芳基任选地被R51取代；
每个R47独立地是-OH、-N3、-N(R48)2、-N(R48)-C(O)-R48、-N(R48)-C(O)-N(R48)2、-N(R48)-C(O)-OR48、-N(R48)-S(O)2-R48、四唑或三唑，其中所述四唑和三唑任选地被R48取代；
每个R48独立地是-H、-(C1-C5)烷基、卤基取代的(C1-C5)烷基、卤基取代的-(C3-C6)环烷基、-(C1-C5)烯基、-(C1-C5)炔基、卤基取代的-(C1-C5)烯基、卤基取代的-(C1-C5)炔基或-(C3-C6)环烷基，其中所述烷基或环烷基的-CH2-基团可以各自独立地被选自-O-、-S-和-N(R52)-的杂原子基团替代，并且所述烷基的-CH3可以各自独立地被选自-N(R52)2、-OR52和-S(R52)的杂原子基团替代，其中所述杂原子基团被至少2个碳原子隔开；
每个R51独立地是-H、-(C3-C20)环烷基、-(C1-C60)烯基、-(C1-C60)炔基或-(C1-C60)烷基，其中所述环烷基的一至六个-CH2-基团或所述烷基的一至二十个-CH2-基团可以各自独立地被独立地选自-O-、-S-和-N(R49)-的杂原子替代，其中所述杂原子被至少两个碳原子隔开，并且所述烷基的-CH3可以各自独立地被选自-N(R49)2、-OR49和-S(R49)的杂原子基团替代，其中所述杂原子基团被至少2个碳原子隔开，并且其中所述烷基、烯基、炔基和环烷基可以被卤基原子取代；并且
每个R52独立地是-H、-(C1-C20)烷基、-(C1-C20)烯基、-(C1-C20)炔基或-(C3-C6)环烷基，其中被至少两个碳原子隔开的所述烷基或环烷基的一至六个-CH2-基团可以各自独立地被独立地选自-O-、-S-或-N(R49)-的杂原子替代，并且所述烷基的-CH3可以各自独立地被选自-N(R49)2、-OR49和-S(R49)的杂原子基团替代，其中所述杂原子基团被至少2个碳原子隔开；并且其中所述烷基、烯基、炔基和环烷基可以被卤基原子取代。


2.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中Y1包含至少15个碱基。


3.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中Y1的碱基序列包含或是表1A中列出的任何PNPLA3寡核苷酸的碱基序列，或者Y1的碱基序列包含表1A中列出的任何PNPLA3寡核苷酸的序列的15个连续碱基。


4.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中Y1包含至少1个磷酸二酯核苷酸间键联。


5.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中Y1包含至少1个手性控制的修饰的核苷酸间键联。


6.如前述权利要求中任一项所述的化合物，Y1包含至少1个手性控制的修饰的核苷酸间键联，其是手性控制的硫代磷酸酯。


7.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中Y1包含至少1个手性控制的修饰的核苷酸间键联，其是呈Sp构型的手性控制的硫代磷酸酯。


8.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中Y1包含至少1个手性控制的修饰的核苷酸间键联，其是呈Rp构型的手性控制的硫代磷酸酯。


9.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中Y1，其中所述手性控制的修饰的核苷酸间键联或手性控制的硫代磷酸酯包含磷手性中心，其在所述组合物中具有至少70％的非对映体纯度。


10.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中Y1，其中所述手性控制的修饰的核苷酸间键联或手性控制的硫代磷酸酯包含磷手性中心，其具有至少70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％的非对映体纯度。


11.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中Y1包含至少1个糖修饰。


12.如前述权利要求中任一项所述的化合物，Y1包含至少1个碱基修饰。


13.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中Y1还包含主链键联样式。


14.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中Y1还包含主链手性中心样式。


15.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中Y1还包含化学修饰样式。


16.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中Y1还包含主链键联样式、主链手性中心样式和化学修饰样式。


17.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中所述寡核苷酸的所述主链键联样式、所述主链手性中心样式和所述化学修饰样式是表1A中列出的任何寡核苷酸的所述寡核苷酸的主链键联样式、主链手性中心样式和/或化学修饰样式。


18.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中所述寡核苷酸的所述主链键联样式、所述主链手性中心样式和所述化学修饰样式是表1A中列出的寡核苷酸的所述寡核苷酸的主链键联样式、主链手性中心样式和/或化学修饰样式，Y1的碱基序列包含或是表1A中列出的任何PNPLA3寡核苷酸的碱基序列，或者Y1的碱基序列包含表1A中列出的任何PNPLA3寡核苷酸的序列的15个连续碱基。


19.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中所述寡核苷酸能够介导PNPLA3靶基因或其基因产物的表达、水平和/或活性的降低。


20.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中所述寡核苷酸能够通过由RNA酶H、空间位阻和/或RNA干扰介导的机制介导PNPLA3靶基因或其基因产物的表达、水平和/或活性的降低。


21.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中：
每个T1独立地不存在或者是亚烷基，其中所述亚烷基的一个或多个-CH2-基团可以各自独立地被独立地选自-O-和-N(R49)-的杂原子基团替代，其中所述杂原子基团被至少2个碳原子隔开；
每个Q1独立地不存在或是-C(O)、-C(O)-NR49、-NR49-C(O)或者选自-O-和-NR49的杂原子基团，其中至少两个碳原子将所述杂原子基团-O-和-NR49与任何其他杂原子基团隔开；
每个R49独立地是-H、-(C1-C6)烷基或-(C3-C6)环烷基，其中所述烷基和环烷基可以被卤基原子取代；
每个n独立地是0、1、2、3或4；其中，如果n大于0，则独立地选择每个(T1-Q1-T1-Q1)的每个T1和每个Q1；
每个R46是-CH2-OH；
每个R47是-N(R48)-C(O)-R48；并且
每个R48独立地是-H或-(C1-C5)烷基。


22.一种具有式O2的化合物：
Y1-L2-(Z11)za
O2
或其药学上可接受的盐，其中Y1是靶向PNPLA3的寡核苷酸；
za为1、2或3；
L2是连接基团；并且
Z11是式(B)的化合物，其中与L2的连接位点表示为：



每个R47独立地是-OH、-N3、-N(R48)2、-N(R48)-C(O)-R48、-N(R48)-C(O)-N(R48)2、-N(R48)-C(O)-OR48、-N(R48)-S(O)2-R48、四唑或三唑，其中所述四唑和三唑任选地被R48取代；
每个R48独立地是-H、-(C1-C5)烷基、卤基取代的(C1-C5)烷基、卤基取代的-(C3-C6)环烷基、-(C1-C5)烯基、-(C1-C5)炔基、卤基取代的-(C1-C5)烯基、卤基取代的-(C1-C5)炔基或-(C3-C6)环烷基，其中所述烷基或环烷基的-CH2-基团可以各自独立地被选自-O-、-S-和-N(R52)-的杂原子基团替代，并且所述烷基的-CH3可以各自独立地被选自-N(R52)2、-OR52和-S(R52)的杂原子基团替代，其中所述杂原子基团被至少2个碳原子隔开；
每个R49独立地是-H、-(C1-C20)烷基或-(C3-C6)环烷基，其中被至少两个碳原子隔开的所述烷基或环烷基的一至六个-CH2-基团可以被-O-、-S-或-N(R49a)-替代，并且所述烷基的-CH3可以被选自-N(R49a)2、-OR49a和-S(R49a)的杂原子基团替代，其中所述杂原子基团被至少2个碳原子隔开；并且其中所述烷基和环烷基可以被卤基原子取代，并且其中每个R49a独立地是-H、-(C1-C6)烷基或-(C3-C6)环烷基；
每个R52独立地是-H、-(C1-C20)烷基、-(C1-C20)烯基、-(C1-C20)炔基或-(C3-C6)环烷基，其中被至少两个碳原子隔开的所述烷基或环烷基的一至六个-CH2-基团可以各自独立地被独立地选自-O-、-S-或-N(R49)-的杂原子替代，并且所述烷基的-CH3可以各自独立地被选自-N(R49)2、-OR49和-S(R49)的杂原子基团替代，其中所述杂原子基团被至少2个碳原子隔开；并且其中所述烷基、烯基、炔基和环烷基可以被卤基原子取代。


23.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中L2是式L1、L2、L3、L4、L5、L6、L7、L8、L9、L10、L11、L12、L13或L14的化合物，其中与Y1和Z11的连接位点表示为：









其中每个T1独立地不存在或者是亚烷基、亚烯基或亚炔基，其中所述亚烷基、亚烯基或亚炔基的一个或多个-CH2-基团可以各自独立地被独立地选自-O-、-S-和-N(R49)-的杂原子基团替代，其中所述杂原子基团被至少2个碳原子隔开；
每个Q1独立地不存在或者是-C(O)-、-C(O)-NR49-、-NR49-C(O)-、-O-C(O)-NR49-、-NR49-C(O)-O-、-CH2-、-NR49C(O)NR49-、二价杂芳基基团或者选自-O-、-S-、-S-S-、-S(O)-、-S(O)2-和-NR49-的杂原子基团，其中至少两个碳原子将所述杂原子基团-O-、-S-、-S-S-、-S(O)-、-S(O)2-和-NR49-与任何其他杂原子基团隔开，或下式的结构：



其中R53是-O或-NH，并且R54是-O或-S；
每个R49独立地是-H、-(C1-C20)烷基或-(C3-C6)环烷基，其中被至少两个碳原子隔开的所述烷基或环烷基的一至六个-CH2-基团可以被-O-、-S-或-N(R49a)-替代，并且所述烷基的-CH3可以被选自-N(R49a)2、-OR49a和-S(R49a)的杂原子基团替代，其中所述杂原子基团被至少2个碳原子隔开；并且其中所述烷基和环烷基可以被卤基原子取代；并且其中每个R49a独立地是-H、-(C1-C6)烷基或-(C3-C6)环烷基；
R53是-O或-NH；
R54是-O或-S；并且
每个n独立地是0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40；其中如果n大于0，则独立地选择每个(T1-Q1-T1-Q1)的每个T1和每个Q1。


24.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中Y1包含至少15个碱基。


25.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中Y1的碱基序列包含或是表1A中列出的任何PNPLA3寡核苷酸的碱基序列，或者Y1的碱基序列包含表1A中列出的任何PNPLA3寡核苷酸的序列的15个连续碱基。


26.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中Y1包含至少1个磷酸二酯核苷酸间键联。


27.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中Y1包含至少1个手性控制的修饰的核苷酸间键联。


28.如前述权利要求中任一项所述的化合物，Y1包含至少1个手性控制的修饰的核苷酸间键联，其是手性控制的硫代磷酸酯。


29.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中Y1包含至少1个手性控制的修饰的核苷酸间键联，其是呈Sp构型的手性控制的硫代磷酸酯。


30.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中Y1包含至少1个手性控制的修饰的核苷酸间键联，其是呈Rp构型的手性控制的硫代磷酸酯。


31.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中Y1，其中所述手性控制的修饰的核苷酸间键联或手性控制的硫代磷酸酯包含磷手性中心，其在所述组合物中具有至少70％的非对映体纯度。


32.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中Y1，其中所述手性控制的修饰的核苷酸间键联或手性控制的硫代磷酸酯包含磷手性中心，其具有至少70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％的非对映体纯度。


33.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中Y1包含至少1个糖修饰。


34.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中Y1包含至少1个碱基修饰。


35.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中所述寡核苷酸的主链键联样式是表1A中列出的任何寡核苷酸的主链键联样式。


36.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中所述寡核苷酸的主链手性中心样式是表1A中列出的任何寡核苷酸的主链手性中心样式。


37.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中所述寡核苷酸的化学修饰样式是表1A中列出的任何寡核苷酸的化学修饰样式。


38.如前述权利要求中任一项所述的化合物，其中所述寡核苷酸的所述主链键联样式、所述主链手性中心样式和/或所述化学修饰样式是表1A中列出的任何寡核苷酸的寡核苷酸的主链键联样...

【专利技术属性】
技术研发人员：C·瓦格斯，N·岩本，D·C·D·巴特勒，S·马拉帕，陆根良，张敬新，V·瓦蒂帕迪卡尔，L·H·阿波尼，H·M·维斯涅夫斯卡，成夏耘，曺永镇，
申请(专利权)人：波涛生命科学有限公司，美国辉瑞有限公司，
类型：发明
国别省市：新加坡;SG