【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】创建个性化犬癌症疫苗的方法交叉引用本申请要求2017年6月2日提交的第62/514,689号美国临时申请和2017年6月2日提交的第62/514,679号美国临时申请的权益，这两件申请通过引用整体并入本文。
技术介绍
利用免疫系统治疗犬癌症的热潮重新出现。最值得注意的是使用检查点抑制剂（作为抗体）释放患者中对其自身肿瘤的现有免疫应答。然而，只有一小部分接受治疗的患者具有阳性反应。迄今为止的证据是，患者对治疗是否具有有效的反应取决于患者已针对肿瘤建立的免疫应答的性质。更具体而言，对癌症中新肽的免疫应答的水平和质量似乎是最重要的。这产生了个体癌症疫苗的概念，以加强抑制剂的反应，从而提高反应率。
技术实现思路
本文提供了治疗需要癌症治疗的个体的方法。一些这样的方法包括：a）鉴定第一肽群体中对来自所述个体的生物样品具有免疫反应性的肽；b）制备包含第二肽群体或编码第二肽群体的核酸序列的疫苗组合物，所述第二肽群体包含一种或多种在步骤a）中鉴定的肽；以及c）向所述个体施用有效量的所述疫苗组合物，从而治疗所述癌症。在一些情况下，所述方...
【技术保护点】
1.一种治疗需要癌症治疗的个体的方法，该方法包括：/na)鉴定第一肽群体中对来自所述个体的生物样品具有免疫反应性的肽；/nb)制备包含第二肽群体或编码第二肽群体的核酸序列的疫苗组合物，所述第二肽群体包含一种或多种在步骤a)中鉴定的肽；以及/nc)向所述个体施用有效量的所述疫苗组合物，/n从而治疗所述癌症。/n
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170602 US 62/514,689;20170602 US 62/514,6791.一种治疗需要癌症治疗的个体的方法，该方法包括：
a)鉴定第一肽群体中对来自所述个体的生物样品具有免疫反应性的肽；
b)制备包含第二肽群体或编码第二肽群体的核酸序列的疫苗组合物，所述第二肽群体包含一种或多种在步骤a)中鉴定的肽；以及
c)向所述个体施用有效量的所述疫苗组合物，
从而治疗所述癌症。
2.根据权利要求1所述的方法，其包括从所述个体获得生物样品。
3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中治疗所述癌症包括减小肿瘤大小、抑制肿瘤生长、减轻肿瘤负荷、提高生存率或提高无癌生存率。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中施用所述疫苗组合物在所述个体中引发针对所述癌症的免疫应答。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述第二肽群体是所述第一群体的亚群。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所鉴定的肽在对来自所述个体的所述生物样品进行的抗体测定或T细胞测定中引发阳性反应。
7.根据权利要求1所述的方法，其中所述生物样品选自血液、血浆、血清、胸腺、骨髓、脾脏、淋巴结、支气管肺泡灌洗液、乳房、中枢神经系统、脑脊液、眼睛、眼泪、胃肠道、唾液、粪便、尿液、心脏、肾脏、肝脏、肺、肌肉、胰腺、周围神经系统、唾液、皮肤、甲状腺、气管和肿瘤。
8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述生物样品包含选自B细胞、T细胞、CD4+T细胞、CD8+T细胞、Th17细胞及其组合的细胞。
9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述生物样品包含抗体。
10.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中鉴定包括使用抗体反应性确定所述第一肽群体对所述生物样品的免疫反应性。
11.根据权利要求10所述的方法，其中使用选自ELISA、放射免疫测定、Western印迹法、表面等离子体共振、免疫染色、免疫沉淀、质谱法、噬菌体展示、ELISPOT、流式细胞术、细胞计数珠阵列、免疫组织化学、高密度阵列、微阵列、迟发型超敏反应(DTH)及其组合的抗体测定检测抗体反应性。
12.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其中鉴定包括使用T细胞应答来确定所述第一肽群体对所述生物样品的免疫反应性。
13.根据权利要求12所述的方法，其中使用选自增殖测定、3H-胸苷测定、BrdU测定、CFSE测定、细胞因子分泌测定、ELISA测定、ELISPOT测定、细胞内染色测定、定量rtPCR测定、细胞计数珠阵列测定、细胞毒性测定、51-铬测定、脱粒测定、颗粒溶素测定、粒酶A测定、粒酶B测定和穿孔蛋白测定的测定检测所述T细胞应答。
14.根据权利要求1至13中任一项所述的方法，其中所述第一肽群体包含由癌细胞表达的移码mRNA所编码的肽。
15.根据权利要求14所述的方法，其中在剪接错误或转录插入或缺失错误中创建移码mRNA。
16.根据权利要求1至15中任一项所述的方法，其中所述第一肽群体包含具有选自SEQIDNO:1-10665的序列的肽。
17.根据权利要求1至16中任一项所述的方法，其中所述第一肽群体中的每一个与至少一种MHC亚型结合。
18.根据权利要求1至17中任一项所述的方法，其中所述第一肽群体中的每一个包含至少一个T细胞表位。
19.根据权利要求1至18中任一项所述的方法，其中所述第一肽群体中的每一个包含至少一个B细胞表位。
20.根据权利要求1至19中任一项所述的方法，其中所述第一肽群体与底物结合。
21.根据权利要求1至20中任一项所述的方法，其中所述第一肽群体是阵列或噬菌体展示文库的一部分。
22.根据权利要求1至21中任一项所述的方法，其中所述疫苗组合物包含药学上可接受的佐剂或赋形剂。
23.根据权利要求22所述的方法，其中所述佐剂选自ABM2、AS01B、AS02、AS02A、Adjumer、Adjuvax、Algammulin、明矾、磷酸铝、硫酸铝钾、百日咳博德特氏菌、骨化三醇、壳聚糖、霍乱毒素、CpG、邻苯二甲酸二丁酯、二甲基双十八烷基溴化铵(DDA)、弗氏佐剂、弗氏完全佐剂、弗氏不完全佐剂(IFA)、GM-CSF、GMDP、γ菊粉、甘油、HBSS(Hank平衡盐溶液)、IL-12、IL-2、咪喹莫特、干扰素-γ、ISCOM、脂质核心肽(LCP)、Lipofectin、脂多糖(LPS)、脂质体、MF59、MLP+TDM、单磷酰脂质A、MontanideIMS-1313、MontanideISA206、MontanideISA720、MontanideISA-51、MontanideISA-50、nor-MDP、水包油乳液、P1005(非离子共聚物)、Pam3Cys(脂蛋白)、百日咳毒素、泊洛沙姆、QS21、RaLPS、Ribi、皂苷、SeppicISA720、大豆油、角鲨烯、Syntex佐剂制剂(SAF)、合成多核苷酸(聚IC/聚AU)、TiterMaxTomatine、Vaxfectin、XtendIII和酵母聚糖。
24.根据权利要求1至23中任一项所述的方法，其中所述疫苗组合物包含免疫检查点抑制剂。
25.根据权利要求24所述的方法，其中所述免疫检查点抑制剂选自PD-1抑制剂、PD-L1抑制剂和CTLA-4抑制剂中的一种或多种。
26.根据权利要求24或权利要求25所述的方法，其中所述免疫检查点抑制剂选自派姆单抗、纳武单抗和阿特珠单抗中的一种或多种。
27.根据权利要求1至26中任一项所述的方法，其中所述疫苗通过选自皮下、皮内、肌肉内、鼻内、静脉内和舌下的途径施用。
28.根据权利要求1至27中任一项所述的方法，其中所述个体是哺乳动物。
29.根据权利要求1至28中任一项所述的方法，其中所述个体是狗。
30.根据权利要求1至29中任一项所述的方法，其中所述癌症选自急性淋巴母细胞白血病、急性单核细胞白血病、急性髓样白血病、急性早幼粒细胞白血病、腺癌、成年T细胞白血病、星形细胞瘤、膀胱癌、骨癌、脑瘤、乳腺癌、伯基特淋巴瘤、癌、宫颈癌、慢性淋巴细胞白血病、慢性髓性白血病、结肠癌、结直肠癌、子宫内膜癌、多形性胶质母细胞瘤、神经胶质瘤、肝细胞癌、霍奇金淋巴瘤、炎性乳腺癌、肾癌、白血病、肺癌、淋巴瘤、恶性间皮瘤、髓母细胞瘤、黑素瘤、多发性骨髓瘤、神经母细胞瘤、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、胰腺癌、垂体瘤、前列腺癌、视网膜母细胞瘤、皮肤癌、小细胞肺癌、鳞状细胞癌、胃癌、T细胞白血病、T细胞淋巴瘤、甲状腺癌和维尔姆斯瘤。
31.一种在患有癌症的个体中引发免疫应答的方法，该方法包括：
a)鉴定第一肽群体中对生物样品具有免疫反应性的肽；
b)制备包含第二肽群体或编码第二肽群体的核酸序列的疫苗组合物，所述第二肽群体包含一种或多种在步骤a)中鉴定的肽；以及
c)向所述个体施用所述疫苗组合物，
其中施用所述疫苗组合物在所述个体中引发针对所述癌症的免疫应答。
32.根据权利要求31所述的方法，其包括从所述个体获得生物样品。
33.根据权利要求31或权利要求32所述的方法，其中所述方法包括治疗所述癌症。
34.根据权利要求33所述的方法，其中治疗所述癌症包括减小肿瘤大小、抑制肿瘤生长、减轻肿瘤负荷、提高生存率或提高无癌生存率。
35.根据权利要求31至34中任一项所述的方法，其中所述第二肽群体是所述第一群体的亚群。
36.根据权利要求31至35中任一项所述的方法，其中所鉴定的肽在对来自所述个体的所述生物样品进行的抗体测定或T细胞测定中引发阳性反应。
37.根据权利要求36所述的方法，其中所述免疫应答是T细胞应答。
38.根据权利要求36所述的方法，其中所述免疫应答是抗体应答。
39.根据权利要求31至38中任一项所述的方法，其中所述免疫应答针对癌症。
40.根据权利要求39所述的方法，其中所述癌症选自急性淋巴母细胞白血病、急性单核细胞白血病、急性髓样白血病、急性早幼粒细胞白血病、腺癌、成年T细胞白血病、星形细胞瘤、膀胱癌、骨癌、脑瘤、乳腺癌、伯基特淋巴瘤、癌、宫颈癌、慢性淋巴细胞白血病、慢性髓性白血病、结肠癌、结直肠癌、子宫内膜癌、多形性胶质母细胞瘤、神经胶质瘤、肝细胞癌、霍奇金淋巴瘤、炎性乳腺癌、肾癌、白血病、肺癌、淋巴瘤、恶性间皮瘤、髓母细胞瘤、黑素瘤、多发性骨髓瘤、神经母细胞瘤、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、胰腺癌、垂体瘤、前列腺癌、视网膜母细胞瘤、皮肤癌、小细胞肺癌、鳞状细胞癌、胃癌、T细胞白血病、T细胞淋巴瘤、甲状腺癌和维尔姆斯瘤。
41.根据权利要求31至40中任一项所述的方法，其中所述生物样品选自血液、血浆、血清、胸腺、骨髓、脾脏、淋巴结、支气管肺泡灌洗液、乳房、中枢神经系统、脑脊液、眼睛、眼泪、胃肠道、唾液、粪便、尿液、心脏、肾脏、肝脏、肺、肌肉、胰腺、周围神经系统、唾液、皮肤、甲状腺、气管和肿瘤。
42.根据权利要求31至41中任一项所述的方法，其中所述生物样品包含选自B细胞、T细胞、CD4+T细胞、CD8+T细胞、Th17细胞及其组合的细胞。
43.根据权利要求31至42中任一项所述的方法，其中所述生物样品包含抗体。
44.根据权利要求31至43中任一项所述的方法，其中鉴定包括使用抗体反应性确定所述第一肽群体对所述生物样品的免疫反应性。
45.根据权利要求44所述的方法，其中使用选自ELISA、放射免疫测定、Western印迹法、表面等离子体共振、免疫染色、免疫沉淀、质谱法、噬菌体展示、流式细胞术、细胞计数珠阵列、免疫组织化学、高密度阵列、微阵列及其组合的抗体测定检测抗体反应性。
46.根据权利要求31至45中任一项所述的方法，其中鉴定包括使用T细胞应答来确定所述第一肽群体对所述生物样品的免疫反应性。
47.根据权利要求46所述的方法，其中使用选自增殖测定、3H-胸苷测定、BrdU测定、CFSE测定、细胞因子分泌测定、ELISPOT测定、细胞内染色测定、定量rtPCR测定、细胞计数珠阵列测定、细胞毒性测定、51-铬测定、脱粒测定、颗粒溶素测定、粒酶A测定、粒酶B测定和穿孔蛋白测定的测定检测所述T细胞应答。
48.根据权利要求31至47中任一项所述的方法，其中所述第一肽群体包含由癌细胞表达的移码mRNA所编码的肽。
49.根据权利要求48所述的方法，其中在微卫星中的剪接错误或转录插入或缺失错误中创建移码mRNA。
50.根据权利要求31至49中任一项所述的方法，其中所述第一肽群体包含具有选自SEQIDNO:1-10665的序列的肽。
51.根据权利要求31至50中任一项所述的方法，其中所述第一肽群体中的每一个与至少一种MHC亚型结合。
52.根据权利要求31至51中任一项所述的方法，其中所述第一肽群体中的每一个包含至少一个T细胞表位。
53.根据权利要求31至52中任一项所述的方法，其中所述第一肽群体的每一个包含至少一个B细胞表位。
54.根据权利要求31至53中任一项所述的方法，其中所述第一肽群体与底物结合。
55.根据权利要求31至54中任一项所述的方法，其中所述第一肽群体是阵列或噬菌体展示文库的一部分。
56.根据权利要求31至55中任一项所述的方法，其中所述疫苗组合物包含药学上可接受的佐剂或赋形剂。
57.根据权利要求56所述的方法，其中所述佐剂选自ABM2、AS01B、AS02、AS02A、Adjumer、Adjuvax、Algammulin、明矾、磷酸铝、硫酸铝钾、百日咳博德特氏菌、骨化三醇、壳聚糖、霍乱毒素、CpG、邻苯二甲酸二丁酯、二甲基双十八烷基溴化铵(DDA)、弗氏佐剂、弗氏完全佐剂、弗氏不完全佐剂(IFA)、GM-CSF、GMDP、γ菊粉、甘油、HBSS(Hank平衡盐溶液)、IL-12、IL-2、咪喹莫特、干扰素-γ、ISCOM、脂质核心肽(LCP)、Lipofectin、脂多糖(LPS)、脂质体、MF59、MLP+TDM、单磷酰脂质A、MontanideIMS-1313、MontanideISA206、MontanideISA720、MontanideISA-51、MontanideISA-50、nor-MDP、水包油乳液、P1005(非离子共聚物)、Pam3Cys(脂蛋白)、百日咳毒素、泊洛沙姆、QS21、RaLPS、Ribi、皂苷、SeppicISA720、大豆油、角鲨烯、Syntex佐剂制剂(SAF)、合成多核苷酸(聚IC/聚AU)、TiterMaxTomatine、Vaxfectin、XtendIII和酵母聚糖。
58.根据权利要求31至57中任一项所述的方法，其中所述疫苗组合物包含免疫检查点抑制剂。
59.根据权利要求58所述的方法，其中所述免疫检查点抑制剂选自PD-1抑制剂、PD-L1抑制剂和CTLA-4抑制剂中的一种或多种。
60.根据权利要求58或权利要求59所述的方法，其中所述免疫检查点抑制剂选自派姆单抗、纳武单抗和阿特珠单抗中的一种或多种。
61.根据权利要求31至60中任一项所述的方法，其中所述疫苗通过选自皮下、皮内、肌肉内、鼻内、静脉内、口服、皮内和舌下的途径施用。
62.根据权利要求31至61中任一项所述的方法，其中所述个体是哺乳动物。
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【专利技术属性】
技术研发人员：斯蒂芬·阿尔伯特·约翰斯顿，沈璐辉，
申请(专利权)人：亚利桑那州立大学董事会，
类型：发明
国别省市：美国;US
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