抗人乳头瘤病毒(HPV)抗原结合蛋白及其使用方法技术

本发明专利技术提供抗原结合蛋白，其特异性结合HLA‑展示人乳头瘤病毒(HPV)肽，以及使用这些结合蛋白的治疗和诊断方法。

Anti human papillomavirus (HPV) antigen binding protein and its application

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】抗人乳头瘤病毒(HPV)抗原结合蛋白及其使用方法相关申请本申请要求于2017年6月28日提交的美国临时申请号62/525,937的优先权，其全部内容明确地通过引用整体并入本文。序列表本申请包含序列表，该序列表已经以ASCII格式电子提交，并且通过引用整体并入本文。所述ASCII副本创建于2018年6月27日，命名为10355WO01_seqlisting.txt，大小为253,600字节。
本专利技术涉及抗原结合蛋白，其特异性结合HLA-展示人乳头瘤病毒(HPV)肽，以及使用这些结合蛋白的治疗和诊断方法。
技术介绍
人乳头瘤病毒(HPV)是一组在世界范围内非常普遍的小型非包膜DNA病毒。HPV主要通过性接触传播，大多数人在发生性行为后不久感染HPV。有超过170种类型的HPV，其中一些可引起疣或良性乳头状瘤，而其他中的至少13种引起癌症(也称为高危型HPV)，包括宫颈癌，肛殖癌(肛门，阴茎，阴道和外阴的癌症)，头/颈癌，和口咽癌，包括喉咙的后部，舌头的基部，和扁桃体。事实上，HPV在所有头颈鳞状细胞癌(HNSCC)的20-40％中存在并且在100％的宫颈癌中存在。宫颈癌是生活在欠发达地区的女性中第二常见的癌症，2012年估计有445,000例新病例(占全球新病例的84％)。2012年，约有270,000名妇女死于宫颈癌；这些死亡中超过85％发生在低收入和中等收入国家。两种HPV类型(16和18)导致约70％的所有宫颈癌和癌前宫颈病变。高风险HPV亚型如HPV16或18的持续性感染时的癌症发展主要可归因于两种病毒性肿瘤蛋白E6和E7的表达，其在病变中持续表达并通过MHCI类呈递在细胞表面上，但不在正常细胞中表达。E6和E7通过以蛋白酶体依赖性方式降解肿瘤抑制蛋白p53和Rb而促进基因组不稳定性和细胞转化。肿瘤在初始细胞永生化事件之后数年出现，E6和E7的持续表达是维护转化的表型，以及阻止细胞生长停滞和/或凋亡所需的(McLaughlin-DrubinM.E.&MiingerK.，Virology(2009)384：335-344)。尽管已经开发了靶向HPV-6，-11，-16和-18亚型的HPVL1和L2主要衣壳蛋白的疫苗以预防感染，但这样的疫苗不可以治疗具有已建立的病变的受试者。因此，患有宫颈癌的受试者的治疗仍然是使用传统方法，其是高度侵入性的和病态的，例如外科手术，放射疗法和化学疗法。此外，尽管这样的治疗可以为患有早期宫颈癌的受试者提供益处，但是它们对于患有晚期或复发性宫颈癌的患者的价值有限。因此，在本领域中对于以高特异性靶向HPV并治疗HPV引起的宫颈癌和其它癌症的新治疗策略存在未满足的需要。
技术实现思路
本专利技术提供了抗原结合蛋白，其特异性结合HLA-展示人乳头瘤病毒(HPV)16E7肽(HLA-A2：HPV16E7)的构象表位。本专利技术的抗原结合蛋白高度特异性结合HLA展示HPV16E7，并且不结合相差1，2，3，4，5或更多个氨基酸的HLA展示肽。本专利技术的抗原结合蛋白允许特异性靶向HPV16E7肽呈递细胞(即，在其表面呈递结合MHC分子的HPV16E7肽的细胞，例如，HLA-A2)，例如表达HPV16E7的癌细胞，并且在一些实施方式中，刺激T细胞激活，例如，以刺激对这样的细胞的T细胞介导杀伤。此外，当融合至可检测部分时，本专利技术的抗原结合蛋白允许以对HPV16E7肽呈递细胞的数量和分布的变化(比循环HPV16E7水平更相关的疾病进展度量)的高灵敏度诊断和预后HPV16E7阳性疾病或病症。本专利技术的抗原结合蛋白可以是抗体，如全长(例如，IgG1或IgG4抗体)抗体，或可以仅包括抗体的抗原结合部分(例如，Fab，F(ab′)2或scFv片段)，并且可以被修饰以影响功能性，例如，以消除残留的效应子功能(Reddy等，2000，J.Immunol.164：1925-1933)。在一些实施方式中，本专利技术的抗原结合蛋白可以是抗体或其抗原结合片段。在某些实施方式中，抗原结合蛋白可以是双特异性的。在第一方面，本专利技术提供分离的重组抗原结合蛋白，其特异性结合HLA-展示人乳头瘤病毒(HPV)16E7肽的构象表位，例如包含HPV16E7的氨基酸残基11-19或82-90的HLA-展示肽。在某些实施方式中，抗原结合蛋白是抗体。在一些实施方式中，抗体是全人的。本专利技术的示例性抗HLA-A2：HPV16E7抗原结合蛋白列于本文中的表1和2。表1列出了示例性抗HLA-A2：HPV16E7抗体的重链可变区(HCVR)，轻链可变区(LCVR)，重链互补决定区(HCDR1，HCDR2和HCDR3)和轻链互补决定区(LCDR1，LCDR2)的氨基酸序列标识符。表2列出了该等示例性抗HLA-A2：HPV16E7抗体的HCVR，LCVR，HCDR1，HCDR2，HCDR3，LCDR1，LCDR2和LCDR3的核酸序列标识符。本专利技术提供了抗原结合蛋白，其包含HCVR，所述HCVR包含选自表1列出的HCVR氨基酸序列中任一个的氨基酸序列，或与其具有至少90％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％或至少99％的序列同一性的基本上相似的序列。本专利技术还提供了抗原结合蛋白，其包含LCVR，所述LCVR包含选自表1列出的LCVR氨基酸序列中任一个的氨基酸序列，或与其具有至少90％，至少95％，至少96％，至少97％，至少98％或至少99％的序列同一性的基本上相似的序列。本专利技术还提供了抗原结合蛋白，其包含HCVR和LCVR氨基酸序列对(HCVR/LCVR)，其包含与表1列出的LCVR氨基酸序列中任一个成对的表1列出的HCVR氨基酸序列中任一个。根据某些实施方式，本专利技术提供了抗原结合蛋白，其包含表1列出的示例性抗HLA-A2：HPV16E7抗原结合蛋白中任一个内含有的HCVR/LCVR氨基酸序列对。在某些实施方式中，HCVR/LCVR氨基酸序列对选自SEQIDNO：2/10，18/26，34/42，50/58，66/74，82/90，98/106，114/122，130/138，146/154，162/170，178/186，194/202，210/202，218/226，234/242，250/258，266/274，282/290，298/306，314/322，330/338，346/354，362/370，378/386，394/402，410/418，426/434，442/450，458/466，474/482，490/498，506/514和522/530。在某些实施方式中，HCVR/LCVR氨基酸序列对选自SEQIDNO：2/10(例如，H4sH17364N)，34/42(例如，H4sH17670P)，82/90(例如，H4sH17675P)，194/202(例如，H4sH17930N2)，282/290(例如，H4sH21064P)和506/514(例如，H4sH17363N)中的一个。在某些实施方式中，本专利技术提供了抗HLA-A本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种分离的抗原结合蛋白，其特异性结合HLA-A2呈递人乳头瘤病毒(HPV)16E7肽(HPV16E7肽)的构象表位，其中所述构象表位包含选自SEQ ID NO:537的Y11，D14，L15，P17和E18的一个或多个氨基酸。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170628 US 62/525,9371.一种分离的抗原结合蛋白，其特异性结合HLA-A2呈递人乳头瘤病毒(HPV)16E7肽(HPV16E7肽)的构象表位，其中所述构象表位包含选自SEQIDNO:537的Y11，D14，L15，P17和E18的一个或多个氨基酸。


2.权利要求1所述的分离的抗原结合蛋白，其中所述抗原结合蛋白具有选自以下的特性：
(a)以如在表面等离激元共振测定法中在25℃下测量的小于约20nM的结合解离平衡常数(KD)结合单体HLA-A2:HPV16E711-19肽；
(b)以如在表面等离激元共振测定法中在25℃下测量的小于约25nM的结合解离平衡常数(KD)结合单体HLA-A2:HPV16E782-90肽；
(c)如通过发光测定法确定的，以小于约6nM的EC50结合HLA-A2:HPV16E711-19肽表达细胞，并且不结合表达预测的脱靶肽的细胞；
(d)如通过发光测定法确定的，以小于约1nM的EC50结合HLA-A2:HPV16E782-90肽表达细胞，并且基本上不结合表达预测的脱靶肽的细胞；
(e)如通过流式细胞术测定法确定的，以小于约30nM的EC50结合HLA-A2:HPV16E711-19肽表达细胞；和
(f)如通过流式细胞术测定法确定的，以小于约75nM的EC50结合HLA-A2:HPV16E782-90肽表达细胞。


3.权利要求1所述的分离的抗原结合蛋白，其中所述HPV16E7肽包含YMLDLQPET的氨基酸序列(SEQIDNO:538)。


4.权利要求1-3中任一项所述的分离的抗原结合蛋白，其中所述抗原结合蛋白是全长抗体，Fab，Fab’，(Fab’)2，Fv，单链Fv(scFv)，T体构建体或CAR。


5.权利要求1-4中任一项所述的分离的抗原结合蛋白，其中所述抗原结合蛋白是人单克隆抗体，或其抗原结合片段。


6.权利要求1-5中任一项所述的分离的抗原结合蛋白，其包含表1列出的重链可变区(HCVR)序列的任一个内含有的三个重链互补决定区(CDR)(HCDR1，HCDR2和HCDR3)；和表1列出的轻链可变区(LCVR)序列的任一个内含有的三个轻链CDR(LCDR1，LCDR2和LCDR3)。


7.权利要求1-6中任一项所述的分离的抗原结合蛋白，其包含具有选自表1列出的HCVR序列的氨基酸序列的HCVR。


8.权利要求1-7中任一项所述的分离的抗原结合蛋白，其包含具有选自表1列出的LCVR序列的氨基酸序列的LCVR。


9.权利要求1-8中任一项所述的分离的抗原结合蛋白，其包含：(a)具有选自表1列出的HCVR序列的氨基酸序列的HCVR；和(b)具有选自表1列出的LCVR序列的氨基酸序列的LCVR。


10.权利要求1-9中任一项所述的分离的抗原结合蛋白，其包含：
(a)具有选自SEQIDNO:4，20，36，52，68，84，100，116，132，148，164，180，196，212，220，236，252，268，284，300，316，332，348，364，380，396，412，428，444，460，476，492，508和524的氨基酸序列的HCDR1结构域；
(b)具有选自SEQIDNO:6，22，38，54，70，86，102，118，134，150，166，182，198，214，222，238，254，270，286，302，318，334，350，366，382，414，430，446，462，478，494，510和526的氨基酸序列的HCDR2结构域；
(c)具有选自SEQIDNO:8，24，40，56，72，88，104，120，136，152，168，184，200，216，224，240，256，272，288，304，320，336，352，368，384，400，416，432，448，464，480，496，512和528的氨基酸序列的HCDR3结构域；
(d)具有选自SEQIDNO:12，28，44，60，76，92，108，124，140，156，172，188，204，204，228，244，260，276，292，308，324，340，356，372，388，404，420，436，452，468，484，500，516和532的氨基酸序列的LCDR1结构域；
(e)具有选自SEQIDNO:14，30，46，62，78，94，110，126，142，158，174，190，206，230，246，262，278，294，310，326，342，358，374，390，406，422，438，454，470，486，502，518和534的氨基酸序列的LCDR2结构域；和
(f)具有选自SEQIDNO:16，32，48，64，80，96，112，128，144，160，176，192，208，232，248，264，280，296，312，328，344，360，376，392，408，424，440，456，472，488，504，520和536的氨基酸序列的LCDR3结构域。


11.权利要求10所述的分离的抗原结合蛋白，其包含HCVR/LCVR氨基酸序列对，其选自SEQIDNO:2/10，18/26，34/42，50/58，66/74，82/90，98/106，114/122，130/138，146/154，162/170，178/186，194/202，210/202，218/226，234/242，250/258，266/274，282/290，298/306，314/322，330/338，346/354，362/370，378/386，394/402，410/418，426/434，442/450，458/466，474/482，490/498，506/514和522/530。


12.权利要求11所述的分离的抗原结合蛋白，其包含HCVR/LCVR氨基酸序列对，其选自SEQIDNO:2/10，34/42，82/90，194/202，282/290和506/514。


13.一种分离的抗原结合蛋白，其竞争结合权利要求11所述的抗原结合蛋白。


14.一种分离的抗原结合蛋白，其结合与权利要求11所述的抗原结合蛋白相同的表位。


15.权利要求1-14中任一项所述的分离的抗原结合蛋白，其包含可检测部分。


16.一种药物组合物，其包含权利要求1-15中任一项所述的分离的抗原结合蛋白，其结合HLA-A2:HPV16E7，和药学上可接受的载体或稀释剂。


17.一种分离的多核苷酸分子，其包含编码权利要求1-15中任一项所述的抗原结合蛋白的HCVR的多核苷酸序列。


18.一种分离的多核苷酸分子，其包含编码权利要求1-15中任一项所述的抗原结合蛋白的LCVR的多核苷酸序列。


19.一种载体，其包含权利要求17或18所述的多核苷酸分子。


20.一种细胞，其表达权利要求19所述的载体。


21.一种治疗患有HPV16E7相关疾病或病症的受试者的方法，其包括向所述受试者施用治疗有效量的权利要求1-15中任一项所述的抗原结合蛋白或权利要求16所述的药...

【专利技术属性】
技术研发人员：K·A·布雷，F·德尔菲诺，M·C·富兰克林，E·S·加尔诺瓦，J·R·科什纳，D·麦克唐纳，W·奥尔森，G·瑟斯顿，
申请(专利权)人：里珍纳龙药品有限公司，
类型：发明
国别省市：美国;US