bTMB生物标记、测定方法和用途技术

本发明专利技术涉及血液肿瘤突变负荷(bTMB)生物标记、测定方法和用途。本发明专利技术提供一种bTMB生物标记，其中所述bTMB生物标记如下获得：从受试者的血液样品中获得游离DNA(cfDNA)，测定测序碱基上的体细胞突变数，将低等位基因丰度的体细胞突变数作为所述bTMB生物标记，表示为LAF‑bTMB，其中所述低等位基因丰度是指等位基因频率小于例如25％，24％，23％，22％，21％，20％，19％，18％，17％，16％，15％，14％，13％，12％，11％，10％，9％，8％，7％，6％，5％，4％，3％，2％，1％，例如在0.3％‑25％之间，优选小于例如13％，12％，11％，10％，9％，8％，7％，6％，5％，4％，3％，2％，1％，例如在0.5％‑13％，尤其优选小于6.5％，6％，5.5％，5％，4.5％，4％，3.5％，3％，2.5％，其中根据样品测定区域变异总数计算LAF‑bTMB。

BTMB biomarker, determination method and Application

【技术实现步骤摘要】
bTMB生物标记、测定方法和用途
本专利技术涉及生物标记和基因检测领域，更具体地，涉及一种通过循环肿瘤DNA测定的血液肿瘤突变负荷(bTMB)生物标记、测定方法和用途。
技术介绍
肿瘤免疫检查点抑制剂(以下简称免疫治疗)是目前肿瘤领域最为炙手可热的免疫疗法，其包括程序性死亡受体-1及其配体的特异性抗体(anti-PD-1/PD-L1)以及细胞毒性T淋巴细胞相关抗原4抗体(anti-CTLA-4)等。此类药物通过抑制肿瘤细胞的免疫逃逸，调动患者自身免疫系统功能消除肿瘤。目前免疫治疗已在多种晚期实体肿瘤治疗中取得了突破性进展，尤其是可有效延长患者总生存期(Overallsurvival，OS)，且不良反应可控。然而在未经标记物筛选的人群中，免疫治疗单药有效率偏低，如在非小细胞肺癌中仅为14％-21％。因此寻找能够精准识别免疫治疗获益人群的生物标记物是目前肿瘤领域的热点和难点。既往临床研究及转化研究显示，基于组织检测的肿瘤突变负荷(tissue-basedtumormutationalburden，tTMB)状态与客观缓解率(Objectiv本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种bTMB生物标记，其中所述bTMB生物标记如下获得：/n从受试者的血液样品中获得游离DNA(cfDNA)，/n测定测序碱基上的体细胞突变数，/n将低等位基因丰度的体细胞突变数作为所述bTMB生物标记，表示为LAF-bTMB，其中所述低等位基因丰度是指等位基因频率小于例如25％，24％，23％，22％，21％，20％，19％，18％，17％，16％，15％，14％，13％，12％，11％，10％，9％，8％，7％，6％，5％，4％，3％，2％，1％，例如在0.3％-25％之间，优选小于例如13％，12％，11％，10％，9％，8％，7％，6％，5％，4％，3％，2％，1％，例如在0.5％...

【技术特征摘要】
1.一种bTMB生物标记，其中所述bTMB生物标记如下获得：
从受试者的血液样品中获得游离DNA(cfDNA)，
测定测序碱基上的体细胞突变数，
将低等位基因丰度的体细胞突变数作为所述bTMB生物标记，表示为LAF-bTMB，其中所述低等位基因丰度是指等位基因频率小于例如25％，24％，23％，22％，21％，20％，19％，18％，17％，16％，15％，14％，13％，12％，11％，10％，9％，8％，7％，6％，5％，4％，3％，2％，1％，例如在0.3％-25％之间，优选小于例如13％，12％，11％，10％，9％，8％，7％，6％，5％，4％，3％，2％，1％，例如在0.5％-13％，尤其优选小于6.5％，6％，5.5％，5％，4.5％，4％，3.5％，3％，2.5％，其中根据样品测定区域变异总数计算LAF-bTMB。


2.权利要求1所述的bTMB生物标记，其中将所述cfDNA进行片段化处理，得到片段长度为例如100-1000bp，例如100-500bp，例如200-300bp。


3.权利要求1或2所述的bTMB生物标记，其中体细胞突变数量包括1)单核苷酸变体(SNV)数，2)INDEL突变数，3)FUSION(融合)，和/或4)FRAMESHIFT(移码)数。


4.权利要求1-3任一项所述的bTMB生物标记，其中体细胞突变数量包括1)单核苷酸变体(SNV)数和2)INDEL突变数。


5.权利要求1-4任一项所述的bTMB生物标记，其中测序碱基在约100kb至约10Mb之间，例如0.8-2.4Mb，例如0.8Mb-1.2Mb，例如1.1Mb，例如1.2Mb。


6.权利要求1-4任一项所述的bTMB生物标记，其中通过思路迪NCC-GP150、思路迪OK伴侣、思路迪OK伴侣无创版、吉因加OncoD-C1021、世和基因世和一号、燃石医学OncoscreenPlusTM、拓普基因洛氏伐Target、MSKCC-IMPACT、FoundationOneCDx、FoundationACT、Guardant360、GuradantOMNI、PlasmaSELECT64、CarisMolecularIntelligence、IlluminaTruSight500genepanel、ThermoFisherScientificOncomineTumorMutationLoadAssay、NEONewOncologyNEOplusv2RUO、TruSightTumor170、QIAGENGeneReadDNAseqComprehensiveCancerPanel、NEONewOncologyNEOplus覆盖的基因组计算LAF-bTMB。


7.权利要求1-6任一项所述的bTMB生物标记，其中来自所述样品的LAF-bTMB在1-100之间，例如1-80之间，例如4-18之间，优选例如7-12之间，例如2、4、6、8、10、12、14、16、18，优选例如12。


8.权利要求1-7任一项所述的bTMB生物标记，其中所述受试者为癌症患者或怀疑患有癌症的受试者，所述癌症例如为实体瘤，例如为肾上腺癌、甲状腺癌、胃癌、肛门癌、阑尾癌症、结直肠癌、小肠癌、肝细胞癌、胆管细胞癌、胆囊癌、胰腺癌、膀胱癌、肾癌、前列腺癌、睾丸癌、骨癌、乳腺癌、宫颈癌、子宫内膜癌、卵巢癌阴道癌、食管癌、头颈癌(口腔癌、咽喉癌、鼻咽癌等)、淋巴瘤(霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤)、肺癌(小细胞肺癌、非小细胞肺癌)、黑色素瘤、中皮瘤、神经内分泌肿瘤、皮肤癌(黑色素瘤、默克细胞癌、基底细胞癌)、中枢神经系统肿瘤(脑癌、脊柱癌)、软组织肉瘤，例如为获批免疫检查点抑制剂药物适应症的癌症，例如非小细胞肺癌、小细胞肺癌、黑色素瘤、经典霍奇金淋巴瘤、原发性纵膈大B细胞淋巴瘤、头颈部鳞状细胞癌、尿路上皮癌、胃癌及胃食管交界处腺癌、宫颈癌、肝细胞癌、默克细胞癌、肾细胞癌、结直肠癌dMMR/MSI-H实体瘤、乳腺癌、皮肤鳞状细胞癌。


9.权利要求1-8任一项所述的bTMB生物标记，其还包括参比LAF-bTMB，所述参比LAF-bTMB包括下述一种或多种：组织肿瘤突变负荷(tTMB)、来自参比受试者的LAF-bTMB，包括例如健康对照、患有癌症的受试者、已经采用免疫治疗如PD-1/PD-L1抗体治疗的受试者。


10.一种测定bTMB生物标记的试剂盒，其包括用于确定权利要求1-9任一项所述的bTMB生物标记的试剂。


11.一种测定权利要求1-9任一项所述的bTMB生物标记的方法，所述方法包括从受试者的血液样品中获得游离DNA(cfDNA)，测定测序碱基上的体细胞突变数，和测定低等位基因丰度的体细胞突变数，作为所述bTMB生物标记，表示为...

【专利技术属性】
技术研发人员：王洁，王志杰，段建春，白桦，赫捷，高树庚，蔡尚立，王国强，赵晶，高婵，赵征怡，熊磊，
申请(专利权)人：中国医学科学院肿瘤医院，上海思路迪医学检验所有限公司，
类型：发明
国别省市：北京;11