用于HLA分型的核酸捕获探针及其设计方法技术

本发明专利技术公开了一种用于HLA分型的核酸捕获探针的设计方法，步骤包括：1）构建HLA‑A、HLA‑B、HLA‑C序列库；2）多重序列比对，查找每种基因Exon2、Exon3上的及上下游的SNP位点；3）用滑窗分隔算法，挑取覆盖设定数目SNP位点的区域作为探针设计候选区域；4）聚类分析得到每个探针设计候选区域的代表性序列作为候选探针；5）对所有候选探针去重复，获得三种基因各自的捕获探针。本发明专利技术还公开了用上述方法设计的探针，其序列如SEQ ID NO:9～88所示。本发明专利技术针对HLA基因中GC比例60%以上的Exon2、Exon3区域的所有多态性位点设计核酸捕获探针，提高了HLA基因探针杂交捕获的效果。

【技术实现步骤摘要】
用于HLA分型的核酸捕获探针及其设计方法
本专利技术涉及基因测序领域，特别是涉及探针的设计，更具体的说，是涉及用于HLA分型的核酸捕获探针及其设计方法。
技术介绍
高通量测序又称下一代测序，近年来，随着高通量测序技术的进步，测序成本不断下降，测序服务对象和应用细分领域不断拓展，高通量测序的市场规模不断增大。伴随政策利好条件，高通量测序技术在生育健康和肿瘤个性化医疗中的临床应用进入快车道，应用前景广阔。NGS（二代基因测序）检测技术灵敏度远高于目前传统检测技术，可以检出0.03%的点突变以及0.1%以下的ALK融合，并可以进行DNA、RNA多层面检测以确保检测准确性。要对基因组序列进行测序，为了降低成本，常常需设计具有一定诊断价值的基因panel，对panel中的靶基因进行富集的常用方法是多重PCR和探针杂交捕获。多重PCR是指用多个DNA片段作为模板，多对引物混合在一个同一反应体系中，同时对多个靶向区域进行扩增的技术。该技术需要设计引物，引物需要具有很高的特异性，同时要注意避免引物之间的二聚体的产生，扩增反应温度也需要严格控制。本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一组用于HLA分型的核酸捕获探针，其特征在于，所述探针的序列如SEQ ID NO:9～88所示。/n

【技术特征摘要】
1.一组用于HLA分型的核酸捕获探针，其特征在于，所述探针的序列如SEQIDNO:9～88所示。


2.权利要求1所述探...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵国栋，乔宗赟，
申请(专利权)人：上海仁东医学检验所有限公司，
类型：发明
国别省市：上海;31