本发明专利技术提供了一种与母鸡储精能力相关的SNP分子标记及其应用，通过全基因组关联分析（GWAS）和限制性内切酶长度多态性（PCR‑RFLP）技术方法，在母鸡基因组上筛选到1个与母鸡储精能力相关联的SNP分子标记，位于母鸡3号染色体。该SNP位点的多态性与母鸡储精能力DN（授精一次至母鸡产出最后一枚受精蛋之间间隔的天数）和FN（授精一次后母鸡所产受精蛋的个数）显著关联，所述SNP分子标记多态性位点表现为GG基因型，则是母鸡储精能力的不利标记，可以用于母鸡储精能力的筛选和改良。
SNP molecular markers related to the ability of hen to store sperm and their application
The invention provides an SNP molecular marker related to the sperm storage capacity of hens and its application. Through the whole genome association analysis (GWAS) and restriction endonuclease length polymorphism (PCR \u2011 RFLP) technical method, a SNP molecular marker related to the sperm storage capacity of hens is screened on the hen genome, which is located on the hen chromosome 3. The SNP polymorphism is significantly related to the ability of sperm storage DN (the number of days between the first insemination and the last fertilized egg) and FN (the number of fertilized eggs after the first insemination). The SNP polymorphism is a GG genotype, which is an unfavorable marker for the ability of sperm storage of hens, and can be used for screening and improving the ability of sperm storage of hens.
【技术实现步骤摘要】
与母鸡储精能力相关的SNP分子标记及其应用
本专利技术属于家畜分子标记
，具体涉及1个与母鸡储精能力相关的SNP分子标记及其应用。
技术介绍
母鸡的储精能力是指母鸡在自然交配或者人工授精(Artificialinsemination，AI)之后能够储存精子并持续产受精蛋的能力(Durationoffertility)。在许多品种或品系的群体中，研究者发现母鸡的储精能力均会存在明显的个体差异，反映为一次自然交配或者人工授精后母鸡产受精蛋个数(FN，ThenumberoffertileeggsafterAI)或持续天数(DN，Thedayspost-inseminationuntilthelastfertileegg)的差异。在家禽育种和种蛋生产过程中，母鸡的储精能力长短是决定进行人工授精频率的关键因素，如火鸡的储精性状长达一至两个月，因此在火鸡种蛋的生产过程中，对其人工授精只需要一个月进行一次，甚至对于即将要开产的火鸡，可提前半个月进行人工授精来提高种蛋的获得(Bakst,2010)。而白来航(Whiteleghorn)和京红母鸡(JingHongbrownlayers)的储精性状一般只有两周左右，麻鸭(Anasplatyrhynchadomestica)的储精性状也只有13天左右(LakeandStewart,1978；Blackburnetal.,2009；Liuetal.,2015)，生产上为了保证90％以上的种蛋受精率，对它们进行人工授精一般需要一周进行一次。在目前大规模集约生产中人工授精技术被普遍采用的情况下，选择储精能力长的母鸡，对母鸡储精性状进行改良，能够有效地降低种蛋生产过程中人工授精的频率，进而减少种公鸡的饲养量，从而减少饲养成本，同时减少母鸡对人工授精产生的应激反应，增加生产效益。利用全基因组关联分析(GWAS)检测与性状相关联的SNPs及基因组区域，可大大提高工作效率和统计效力。本研究是利用鸡全基因组SNP芯片(600K，Affymetrix)对鸡储精能力进行全基因组关联分析，在全基因组范围内检测与母鸡储精性状相关联SNPs及基因组区域的报道。该项研究工作在国家基金(项目编号：31372301，项目名称：鸡贮精能力差异相关新基因的筛选及其分子机制初探)和西藏自治区重点研发及转化计划(项目编号：CGZH2017000237)及自主创新基金重大培育项目：利用吐-莱资源群体发掘鸡抗热高产基因及其组合(项目编号：2662018PY088)资助下完成。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一个与母鸡储精能力相关的SNP分子标记及其应用，通过全基因组关联分析在母鸡基因组3号染色体上找到1个与储精能力关联的SNP分子标记。本专利技术通过以下技术方案实现：一种与母鸡储精能力相关的SNP分子标记，位于3号染色体，该分子标记的核苷酸序列(SEQIDNO.1)如下所示：CTGATGCTGCCCAATCCTGAGTGGARGCAACTTCCCACAGTGCCAAAACCT上述序列第26位的碱基R是A或G，导致多态性。通过下述方法筛选获得：1)实验样品采集：采集试验鸡血样用于DNA提取；2)母鸡储精能力的测定：测量试验鸡一次人工授精后母鸡产受精蛋个数(FN)和持续天数(DN)，重复测量三次，取三次所测结果的平均值，作为该试验鸡的储精能力；3)鸡基因组DNA的提取与检测：从试验鸡血样中提取鸡基因组DNA，制备母鸡全基因组DNA样品；4)基因型判定及基因型与鸡储精能力的关联分析：将试验鸡血样中提取的基因组DNA在与鸡600K高密度SNP芯片(AffymetrixAxiom)杂交，然后采用PLINK软件对所有个体的原始基因型数据进行质控检验，利用TASSEL统计分析软件将试验储精能力与基因型进行关联分析，从中选取达到全基因组的基因组水平显著的SNP。上述SNP位点的多态性与储精能力DN(授精一次至母鸡产出最后一枚受精蛋之间间隔的天数)和FN(授精一次后母鸡所产受精蛋的个数)显著关联(P<0.05)，GG基因型是母鸡储精能力的不利标记，这个SNP分子标记可以用于母鸡储精性状的筛选及改良。与现有技术相比，本专利技术具有以下优点及有益效果：本专利技术运用全基因组关联分析(GWAS,Genomewideassociationstudy)技术方法在母鸡全基因组范围内筛选得到与鸡储精能力(Durationoffertility)相关的SNPs分子标记，进一步采用限制性内切酶长度多态性(PCR-RFLP，restrictedfragmentlengthpolymorphism)分析方法在扩大的群体里对这个SNP与鸡储精能力(Durationoffertility)相关性进行了验证。为利用分子标记辅助育种对母鸡储精能力进行选择和改良提供了1个新的SNP分子标记。具体实施方式实施例1与母鸡储精能力相关的SNP分子标记的筛选1)实验样品采集：试验群体为701只健康母鸡，来源于“京红1号”蛋鸡核心育种鸡场，父母代群体(200日龄)，所有母鸡同批次孵化而来。饲养于武汉峪口禽业有限公司，执行单笼饲养，14小时光照制度，自由采食及饮水。在饲养期间，温度、湿度、通风、光照等条件均相同，为常规方法。2)储精能力的测定：以20天为一个周期，对公鸡一次采精，精液中要求无粪便、羽屑、血液污染，否则一律废弃。利用混合精液对母鸡进行输精(20微升/只)，输精时避免输精器械的刺激，同时为避免发生输精感染，做到每输精一次后，更换一次输精器头。具体操作按照《鸡人工授精技术规程》(DB12/T290—2006)执行。收集种蛋并标记笼号。同批次种蛋恒温孵化(37.8℃，相对湿度50％)7天后照蛋，记录受精与未受精的种蛋。测量每只母鸡一次人工授精后产受精蛋的个数(FN，ThenumberoffertileeggsafterAI)和持续天数(DN，Thedayspost-inseminationuntilthelastfertileegg)，重复测量FN和DN三次，取三次所测结果的平均值，作为该试验鸡的储精能力。母鸡的储精性状测定实验结束后，对试验鸡群翅下静脉采血0.5mL，置于1.5mL事先加入0.3mL抗凝剂的EP管中，混匀后-20℃保存以备DNA提取。3)DNA的提取与检测：采用苯酚-氯仿法从试验鸡血样中提取鸡基因组DNA，再用凝胶电泳判断DNA的完整性；对提取后的DNA进行质量检测；调整浓度至50ng/μL，制备母鸡全基因组DNA样品。4)基因型判定及基因型数据与鸡储精能力的关联分析：根据前一部分中701只母鸡群体的储精能力，筛选储精能力长和短的母鸡各60只，将它们的基因组DNA与鸡600K高密度SNP芯片(AffymetrixAxiom)杂交。在全基因组范围内成功检测到552395个SNPs位点的基因型信息，通过质量控制(剔除检出率(Callrate)小于90％的SNPs；剔除最本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一个与母鸡储精能力相关的SNP分子标记，其特征在于：所述分子标记的核苷酸序列为：/nCTGATGCTGCCCAATCCTGAGTGGARGCAACTTCCCACAGTGCCAAAACCT/n上述序列第26位的碱基R是A或G，导致多态性。/n
【技术特征摘要】
1.一个与母鸡储精能力相关的SNP分子标记，其特征在于：所述分子标记的核苷酸序列为：
CTGATGCTGCCCAATCCTGAGTGGARGCAACTTCCCACAGTGCCAAAACCT
上述序列第26位的碱基R是A或G，导致多态性。
【专利技术属性】
技术研发人员：李世军，莫长欢，马帅，周慧敏，
申请(专利权)人：华中农业大学，
类型：发明
国别省市：湖北;42
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