本发明专利技术公开了一种与香猪产仔数相关的SV477标记及其检测方法，其特征在于：SV477结构变异较猪参考基因组(Sscrofa 11.1)缺失477bp，位于类叶酸5基因(Follistatin‑like 5，FSTL5)内含子2中，区间为chr8：50916421‑50916897。对香猪繁殖性状和结构的关联分析显示，SV477缺失或正常对其产仔数有显著影响，在所有胎次中，II型所对应的的产仔数最高，产仔数最低的是DD型。
Sv477 marker in fstl5 gene related to litter size of Xiang pig and its detection method
The invention discloses a sv477 marker related to the litter size of Xiang pig and its detection method, which is characterized in that the structural variation of sv477 is 477bp less than that of pig reference genome (sscrofa 11.1), which is located in intron 2 of folystatin \u2011 like 5 (fstl5), and the interval is chr8:50916421 \u2011 50916897. The correlation analysis of reproductive traits and structure showed that sv477 deficiency or normal had a significant impact on the litter size of Xiang pig. Among all the births, type II had the highest litter size and type DD had the lowest litter size.
【技术实现步骤摘要】
一种与香猪产仔数相关的FSTL5基因中SV477标记及其检测方法
本专利技术涉及家畜分子生物学检测领域，具体来说，涉及一种与香猪产仔数相关的FSTL5基因中SV477标记及其检测方法。
技术介绍
猪是重要的经济动物，猪繁殖性能的高低直接影响到养殖业的生产效率和经济效益，然而繁殖性状是一个低遗传力的数量性状，主要包括产仔数、产活仔数、初生重、初生窝重、20日龄窝重、断奶头数、断奶重和断奶窝重等指标，如何提高母猪繁殖性能是养猪业健康高效、可持续发展的关键，也是当前遗传育种研究的重点和热点。繁殖性状是由多个基因共同控制的数量性状，遗传力低，受环境等因素影响较大，常规的选育方法难以取得较大的进展(李庆岗等，2014)。近年来，随着分子生物学的快速发展，DNA标记技术在育种上的应用受到人们重视，通过遗传标记的方法对繁殖性状进行选择成为一个热门技术(侯振平等，2006)。运用分子标记辅助选择需与控制该性状的基因进行定位，将基因定位于数量性状位(QuantitativeTraitLocus,QTL)找到相关的候选基因位点(王爱华等，2002)。因此，从分子水平上找到繁殖性状调控基因并将其运用到育种上已成为主流趋势。目前，分子标记及其检测技术已经发展到了第三代，主要以单核苷酸多态性(Singlenucleotidepolymorphism，SNP)、表达序列标签(ExpressedsequenceTag，EST)、结构变异(structurevariation，SV)为主。结构变异SV通常是指获得与缺失变异(PAVspresence/absencevariants)和拷贝数变异(CNVs，copynumbervariants)，包括缺失、插入、串联重复、倒置等，结构变异的片段长度较大，因此比SNP有更多可遗传核苷酸序列(0.5％-1％：0.1％)(Conradetal.,2010；Pangetal.,2010)，对基因组和动物性状的影响的权重可能更大，是遗传变异产生的主要原因。类叶酸5(Follistatin-like5，FSTL5)是卵泡抑素家族的一个成员，编码生成分泌性糖蛋白。研究显示，这个家庭的成员中FSTL1和FSTL3在发育、动态平衡和先天性疾病中发挥重要作用，且发现FSTL5基因在气味感知方面发挥作用(Masudaetal.,2014)。FSTL5基因中的1个错义突变和CNV的发生可能与产生精神分裂症的有关，并提示FSTL5基因可能在精神分裂症的产生和发展有关(GardeLLaetal.,2017)。FSTL5基因可能对肝癌细胞起抑制作用，抑制肿瘤细胞的增殖与促进细胞的凋亡(Zhangetal.,2015)。本专利技术所述的结构变异SV477位于FSTL5基因内含子2中，缺失片段大小为477bp，与繁殖相关的QTL性状为乳头数和子宫容量。提示FSTL5基因的结构变化可能与猪的繁殖性状相关。
技术实现思路
本专利技术要解决的技术问题是：提供一种与香猪产仔数相关的FSTL5基因中SV477标记及其检测方法。本专利技术的技术方案是：一种与香猪产仔数相关的FSTL5基因中SV477标记，是指该结构变异较猪参考基因组(Sscrofa11.1)缺失477bp，位于类叶酸5基因(Follistatin-like5，FSTL5)内含子2中，区间为chr8：50916421-50916897。将结构变异SV477存在的两种基因命名为D或I，.三种基因型分别命名为DD、DI和II型，其中II为正常基因型、DD为纯合缺失的基因型、DI为杂合缺失的基因型。本专利技术还提供用于检测香猪品种结构变异SV477类型的一组引物，引物信息分别为：正向引物FSTL5-F：TGGCCATCTTCCTTATCTTATGAG，反向引物FSTL5-R：AACACCTTCTGCAGCTTAATAACAA。目的序列分别为SEQIDNo.1和SEQIDNo.2，SEQIDNo.3为实际缺失序列。本专利技术可提供检测前述与香猪产仔数相关的FSTL5基因中SV477标记的PCR试剂盒，所述试剂盒包含上述引物FSTL5-F和FSTL5-R。所述试剂盒还包括10×PCRMix、去离子水。本专利技术提供所述SV477标记在鉴定香猪产仔数中的检测方法。所述检测方法包括以下步骤：(1)提取香猪的基因组DNA；(2)以上述香猪基因组DNA为模板，利用所述引物FSTL5-F和FSTL5-R，进行PCR扩增，检测猪基因组SV477的基因型；(3)根据上述检测结果，如果目的片断纯合不缺，则待测猪有产仔数较高的可能性；如果此片断缺失，则待测个体有低产仔数倾向。6.步骤(2)中进行PCR所用的扩增体系，10μL。PCR反应条件为：所述香猪产仔数相关的分子标记SV477可作为辅助选择技术应用于高产香猪选育。所述的应用包括以下步骤：(1)采用PCR技术检测该SV477位点在香猪群体中的基因型分布情况。(2)应用SPSSv20.0中的卡方检验进行双侧检验，分析高产仔数香猪群体与低产仔猪香猪群体SV477的基因型分布频率。(3)根据结构变异SV477进行有高产仔数优势母猪的选育。在本专利技术的实施例中，以结构变异SV477位点(chr8：50916421-50916897)为候选位点，通过PCR技术检测该位点在群体中的结构变异分布情况；如果待测个体SV477区段纯合不缺，则待测猪属于有高产仔数优势的个体。该结构变异位点的检出，为揭示猪产仔数分子机理和标记辅助选择的实施提供理论基础。本专利技术的有益效果：(一)本专利技术提供的分子遗传标记不受猪的年龄、性别、饲养环境营养和营养等因素的限制，可用于香猪种猪的早期选择，例如在香猪刚出生时就可准确地进行后备种猪的筛选，从而提高养猪业的经济效益。(二)本专利技术提供的分子标记检测方法准确可靠，操作简便，检测所需的条件普通实验室可以满足。(三)本专利技术可作为分子标记用于产仔数性状的辅助选择，为猪产仔数的分子标记辅助选择提供技术支持。附图说明图1为本专利技术实施例1中SV477基因型检测结果，M:DL2000DNAMarker；1-2:II型；3-4:DI型；5-6:DD型。具体实施方式以下实例对本专利技术做进一步的解释，但不限定本专利技术的范围，若无特别指明，实施例中所用的技术方法和条件均为本领域技术人员所熟知的技术方法和常规实验条件，或按照相关试剂厂商说明书建议的方法和条件。实施例1结构变异SV477的检测方法，步骤如下：1.猪血液/组织基因组DNA提取本方法采用天根生化科技(北京)有限公司生产的血液/细胞/组织基因组DNA提取试剂盒，从猪血液/耳组织中提取基因组DNA，具体方法如下：1)前处理。血液：从-80℃超低温冰箱中取出猪血液样品，待其自然溶解完全后，取300μL的血液于1.5mL的离心管中，加入900μL的红细胞裂解液后不断本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种与香猪产仔数相关的FSTL5基因中结构变异SV477分子标记，其特征在于：所述的SV477结构变异为猪参考基因组缺失477bp，位于类叶酸5基因内含子2中，SV477结构变异片段为chr8：50916421-50916897。/n
【技术特征摘要】
1.一种与香猪产仔数相关的FSTL5基因中结构变异SV477分子标记，其特征在于：所述的SV477结构变异为猪参考基因组缺失477bp，位于类叶酸5基因内含子2中，SV477结构变异片段为chr8：50916421-50916897。
2.根据权利要求1所述的一种与香猪产仔数相关的结构变异SV477分子标记，其特征在于：所述的SV477分子标记的引物为：正向引物FSTL5-F：TGGCCATCTTCCTTATCTTATGAG，反向引物FSTL5-R：AACACCTTCTGCAGCTTAATAACAA。
3.如权利要求1或2所述的SV477分子标记在鉴定香猪产仔数中的检测方法，其特征在于：包括以下步骤：(1)提取香猪的血液/组织基因组DNA；(2)以上述香猪基因组DNA为模板，利用所述引物FSTL5-F和FSTL5-R，进行PCR扩增，检测猪基因组SV477的基因型；(3)根据上述检测结果，如果目的片断纯合不缺失，则待测猪有产仔数较高的可能性；如果此片断缺失，则待测个体有低产仔数倾向。
4.根据权利要...
【专利技术属性】
技术研发人员：冉雪琴，王嘉福，牛熙，卢圣菲，
申请(专利权)人：贵州大学，
类型：发明
国别省市：贵州;52
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