一种与食管癌患者预后相关的SNP标志物及其应用制造技术

本发明专利技术涉及一种与食管癌患者预后相关的SNP标志物及其应用，该标志物为rs2274110。本发明专利技术通过针对rs2274110位点进行巧妙的引物和探针设计，能够依靠荧光定量PCR，即可对食管癌患者进行MCM10变异的检测，从而鉴别食管癌患者中的高危个体，辅助食管癌患者总体预后的判断。该技术方法设计巧妙、简易可行、结果准确可靠，可在各级医院进行推广，对于评估食管癌的患病预后情况提供了帮助，有助于临床上对这类食管癌预后较差的患者进行更为主动的治疗和密切的随访。

A SNP marker associated with prognosis of esophageal cancer and its application

【技术实现步骤摘要】
一种与食管癌患者预后相关的SNP标志物及其应用
本专利技术涉及于基因工程及肿瘤医学领域，具体涉及一种与食管癌患者预后相关的SNP标志物及其应用。
技术介绍
食管鳞状细胞癌(简称食管癌)是严重威胁我国人民健康的常见恶性肿瘤，食管癌的死亡率位列我国恶性肿瘤第三位。全世界每年新发食管癌病例，有近一半在我国。且食管癌的恶性程度极高，患者的5年生存率不足30％。目前食管癌的治疗以手术为主，辅以放射治疗和化疗。但这些治疗方法对于食管癌患者总生存的提升仍十分有限。尽管分子靶向药物在一些实体肿瘤中已有较好的应用，但目前，在食管癌治疗中仍没有发现明确有效的分子靶向药物。对于食管癌患者来说，即使是肿瘤分期相同的患者，接受了相同的治疗，其总生存期也存在着巨大的差异。因此，如果能够发现一些与食管癌患者生存期相关的分子标志物，则能够对不同食管癌患者采取不同的治疗方式，尤其对那些可能肿瘤进展迅速的患者，采取更为主动的治疗方式，有助于提升其总生存期。SNP标志物是一类已被证实与肿瘤预后相关的分子标志物，其反映了个体的遗传背景差异。已有的研究表明，不同的食管癌患者，即使接受了相同的治疗，其预后也有巨大的差异，这很大程度是由其遗传背景的差异造成的。同时，个体遗传背景的差异，也会影响其所患肿瘤本身的侵袭和进展能力，从而与患者的总体预后相关。在以往的一些研究中，已经发现诸如SLC39A6、BRAP等基因的SNP变异，与食管癌患者的生存期显著相关。而我们近期的研究发现，位于MCM10编码区的rs2274110变异与食管癌患者的预后显著相关，有望在临床中应用，作为食管癌患者预后情况判定的分子标志物。
技术实现思路
本专利技术的目的在于克服现有技术的不足，本专利技术的目的是提供一种与食管癌患者预后相关的SNP标志物及其应用。本专利技术解决上述技术问题的技术方案如下：一种与食管癌患者预后相关的SNP标志物，该标志物为rs2274110的组合。上述的与食管癌患者预后相关的SNP标志物的特异性扩增引物，所述rs2274110的特异性扩增引物序列为SEQIDNO：1和SEQIDNO：2。上述的与食管癌患者预后相关的SNP标志物的特异性探针，所述rs2274110的探针序列为SEQIDNO：3和SEQIDNO：4。上述SNP标志物在制备结直肠癌辅助诊断试剂盒中的应用。一种食管癌预后判断试剂盒，该试剂盒用于检测外周血DNA中的rs2274110。所述试剂盒还包括上述SNP标志物的特异性扩增引物和上述SNP标志物的特异性探针。本专利技术的有益效果为：本专利技术从分子生物学及基因诊断水平上，提供了鉴别食管癌患者预后情况的技术方法。此方法基于我们前期的研究显示，rs2274110位点与中国人群的食管癌患者的总生存期相关。通过针对rs2274110位点进行巧妙的引物和探针设计，能够依靠荧光定量PCR，即可对食管癌患者进行MCM10变异的检测，从而鉴别食管癌患者中的高危个体，辅助食管癌患者总体预后的判断。该技术方法设计巧妙、简易可行、结果准确可靠，可在各级医院进行推广，对于评估食管癌的患病预后情况提供了帮助，有助于临床上对这类食管癌预后较差的患者进行更为主动的治疗和密切的随访。附图说明图1为不同MCM10基因型食管癌患者的生存曲线图。具体实施方式以下对本专利技术的原理和特征进行描述，所举实例只用于解释本专利技术，并非用于限定本专利技术的范围。本专利技术解决上述技术问题的技术方案如下：一种与食管癌患者预后相关的SNP标志物，该标志物为rs2274110的组合。上述的与食管癌患者预后相关的SNP标志物的特异性扩增引物，所述rs2274110的特异性扩增引物序列为SEQIDNO：1和SEQIDNO：2。上述的与食管癌患者预后相关的SNP标志物的特异性探针，所述rs2274110的探针序列为SEQIDNO：3和SEQIDNO：4。上述SNP标志物在制备结直肠癌辅助诊断试剂盒中的应用。一种食管癌预后判断试剂盒，该试剂盒用于检测外周血DNA中的rs2274110。所述试剂盒还包括上述SNP标志物的特异性扩增引物和上述SNP标志物的特异性探针。具体地说，本专利技术解决问题的技术方案包括：(1)建立统一标准的标本库和数据库：以标准操作程序(SOP)采集符合标准的受试者血液样本，系统收集完整的人口学资料和临床资料。(2)基因型检测：选择食管癌病例，在MCM10上找到与中国人群食管癌预后相关的SNP标志物(3)食管癌预后判断试剂盒的研制：根据食管癌病例中基因型分布频率与患者总生存期存在显著关联的遗传标志物开发预后判断试剂盒。具体来说本专利技术的研究的实验方法主要包括以下内容：我们对募集到的具有完整病历资料及分型明确的904例食管癌患者进行了基因分型。食管癌患者均为中国大陆汉族。患者经组织病理学确诊，无年龄限制。收集了研究对象的性别、年龄、吸烟史、饮酒史、肿瘤TNM分期等信息。我们对这些食管癌患者的总生存期进行了随访，中位随访时间为101个月。研究对象的基本情况请见表1。每个研究对象均知情同意参加本研究并捐献2ml外周静脉血，用于分离制备淋巴细胞基因组DNA。表1.研究中采用的食管癌患者人群的基本资料我们运用非条件cox回归隐性模型(recessivemodel)计算MCM10基因的rs2274110位点与食管癌患者总生存期的关联情况，并校正性别、年龄、吸烟状况、饮酒状况和肿瘤分期。研究结果表明，在校正了性别、年龄、是否长期吸烟、是否长期饮酒和肿瘤分期之后，携带rs2274110风险基因型(GA+AA)和保护基因型(GG)的食管癌患者，其中位生存时间分别为27个月和48个月，具有显著差别(HR＝1.57,95％CI:1.27–1.94,log-rankP＝0.0003,coxP＝3.1810-5),具体生存曲线图见图1。实验方法：1.外周血DNA提取：我们用常规酚-氯仿法提取DNA，具体步骤如下：1)取约3ml抗凝血，室温下5,000×g离心15min，弃去上层，留约0.3ml血细胞。加入0.5ml新鲜配制的终浓度为20μg/mlRNA酶的抽提缓冲液，混匀后37℃孵育1h。2)加入终浓度为100μg/ml的蛋白酶K，混匀后37℃孵育过夜。3)每管加入Tris缓冲液平衡的酚(pH＝7.0)0.7ml，充分混匀，室温下8,000×g离心15min。4)将上层液体转移到另一1.5ml离心管中，加入等体积酚–氯仿(1:1)0.7ml，充分混匀15min；室温8,000×g离心15min。5)将上层液体转移到另一干净1.5ml离心管中，加入10％体积的10M乙酸铵溶液，加入2倍体积预冷的无水乙醇，–20℃静置2h以沉淀DNA。6)沉淀出的DNA用75％乙醇洗涤，12,000×g离心15min后弃上层液体；再用75％乙醇洗涤，12,000×g离心15min后弃上层液体。7)将管倒立在吸水纸上，待乙醇挥发干净后，每管加适当TE缓冲液，4℃放置一周后保存于–20℃备用。2.基因分型采用的分型平台为TaqMan基因分型技术(ABI7900HTRealTimePCRsystem,AppliedBiosystems)，5μlPCR反应体系如表2所示：表2反应条件为：95℃预变性10min，然后95℃15sec和60℃1min共40个循环。反应所用本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与食管癌患者预后相关的SNP标志物，其特征在于，该标志物为rs2274110。

【技术特征摘要】
1.一种与食管癌患者预后相关的SNP标志物，其特征在于，该标志物为rs2274110。2.根据权利要求1所述的与食管癌患者预后相关的SNP标志物的特异性扩增引物，其特征在于，所述rs2274110的特异性扩增引物序列为SEQIDNO：1和SEQIDNO：2。3.根据权利要求1所述的与食管癌患者预后相关的SNP标志物的特异性探针，其特征在于，所述rs22741...

【专利技术属性】
技术研发人员：缪小平，常江，钟荣，田剑波，朱颍，
申请(专利权)人：华中科技大学，
类型：发明
国别省市：湖北,42