一种食管癌辅助诊断SNP标志物及其应用制造技术

本发明专利技术涉及一种食管癌辅助诊断SNP标志物及其应用，包括rs2241057和rs138478634两个SNP位点。本发明专利技术通过针对rs2241057和rs138478634位点进行巧妙的引物和探针设计，能够依靠荧光定量PCR，即可对正常人群进行CYP26B1变异的检测，从而鉴别食管癌的高危人群，辅助食管癌患者的诊断。该技术方法设计巧妙、简易可行、结果准确可靠，可在各级医院进行推广，对于评估食管癌的患病风险提供了帮助，有助于临床上对该类人群进行食管癌筛查和早期干预。

A SNP marker for assistant diagnosis of esophageal cancer and its application

【技术实现步骤摘要】
一种食管癌辅助诊断SNP标志物及其应用
本专利技术涉及于基因工程及肿瘤医学领域，具体涉及一种食管癌辅助诊断SNP标志物及其应用。
技术介绍
食管鳞状细胞癌(简称食管癌)是严重威胁我国人民健康的常见恶性肿瘤，根据最新的统计数据，食管癌位列我国恶性肿瘤第五位。全世界每年近一半新发食管癌病例在我国。食管癌的恶性程度很高，患者发现时多为中晚期，5年生存率不足30％。因此，这种中国“特色”肿瘤是我国亟待解决的公共卫生问题。食管癌起病隐匿，患者出现症状时，往往肿瘤已经较大，堵塞食管，使患者出现进食困难的症状。而在食管癌发生的早期，患者并无明显的症状。早期，我国使用的食管拉网细胞学检查和上消化道钡餐检查等筛查方法对食管癌高危个体进行筛查，但因诊断效能及接受度等问题，已基本淘汰。目前，针对食管癌最有效的筛查方法是内镜下食管粘膜碘染色加活检。但是，这种方法也有检出率不高、患者接受度不高等问题。如能更为精准的针对食管癌的高危个体开展内镜筛查，则可以使得患者的接受度更高，且为国家节省大量的医疗支出。近年来，针对食管癌高危个体的识别，集中于遗传易感因素的研究。我国先后开展了多个全基因组关联研究(Genome-wideassociationstudy,GWAS)和全外显子组关联研究(Exome-wideassociationstudy,EWAS)，鉴别出了一系列与食管癌易感性密切相关的遗传变异位点。这些位点可以应用于中国人群食管癌高危个体的识别、早期筛查和辅助诊断当中。CYP26B1是已被发现的中国人群食管癌重要易感基因，其通过影响体内维生素A-全反式视黄酸的代谢过程从而影响食管癌的发生发展过程。前期的研究表明，相比于正常个体，携带CYP26B1突变的个体显著增加食管癌的发病风险，可被认为是食管癌的高危人群。因此，对CYP26B1的相关SNP检测，可以辅助食管癌的早期诊断，早期发现食管癌患者。
技术实现思路
本专利技术的目的在于克服现有技术的不足，本专利技术的目的是提供一种食管癌辅助诊断SNP标志物及其应用。本专利技术解决上述技术问题的技术方案如下：一种食管癌辅助诊断SNP标志物，该标志物为rs2241057和rs138478634的组合。上述的食管癌辅助诊断SNP标志物的特异性扩增引物，所述rs2241057的特异性扩增引物序列为SEQIDNO：1和SEQIDNO：2；所述rs138478634的特异性扩增引物序列为SEQIDNO：3和SEQIDNO：4。上述的食管癌辅助诊断SNP标志物的特异性探针，所述rs2241057的探针序列为SEQIDNO：5和SEQIDNO：6；所述rs138478634的引物序列为SEQIDNO：7和SEQIDNO：8。上述SNP标志物在制备食管癌辅助诊断试剂盒中的应用。一种食管癌辅助诊断试剂盒，该试剂盒用于检测外周血DNA中的rs2241057和rs138478634。所述试剂盒还包括上述SNP标志物的特异性扩增引物和上述SNP标志物的特异性探针。本专利技术的有益效果为：本专利技术从分子生物学及基因诊断水平上，提供了筛选食管癌高危人群的技术方法。基于我们前期的研究显示，rs2241057和rs138478634位点与中国人群的食管癌易感性相关。通过针对rs2241057和rs138478634位点进行巧妙的引物和探针设计，能够依靠荧光定量PCR，即可对正常人群进行CYP26B1变异的检测，从而鉴别食管癌的高危人群，辅助食管癌患者的诊断。该技术方法设计巧妙、简易可行、结果准确可靠，可在各级医院进行推广，对于评估食管癌的患病风险提供了帮助，有助于临床上对该类人群进行食管癌筛查和早期干预。附图说明图1为基于CYP26B1的食管癌风险预测模型AUC曲线。具体实施方式以下对本专利技术的原理和特征进行描述，所举实例只用于解释本专利技术，并非用于限定本专利技术的范围。一种食管癌辅助诊断SNP标志物，该标志物为rs2241057和rs138478634的组合。所述rs2241057的特异性扩增引物序列为SEQIDNO：1和SEQIDNO：所述rs138478634的特异性扩增引物序列为SEQIDNO：3和SEQIDNO：4。所述rs2241057的探针序列为SEQIDNO：5和SEQIDNO：6；所述rs138478634的引物序列为SEQIDNO：7和SEQIDNO：8。所述SNP标志物在制备食管癌辅助诊断试剂盒中的应用。一种食管癌辅助诊断试剂盒，该试剂盒用于检测外周血DNA中的rs2241057和rs138478634。所述试剂盒还包括上述SNP标志物的特异性扩增引物和上述SNP标志物的特异性探针。具体地说，本专利技术解决问题的技术方案包括：(1)建立统一标准的标本库和数据库：以标准操作程序(SOP)采集符合标准的受试者血液样本，系统收集完整的人口学资料和临床资料。(2)基因型检测：选择食管癌病例和健康对照，在视黄酸代谢基因CYP26B1上找到与中国人群食管癌发病相关的SNP标志物(3)对筛选出的阳性关联标志物，在独立的样本中进行验证，以判断其关联的稳定性。(4)食管癌辅助诊断试剂盒的研制：根据食管癌病例和健康对照中基因型分布频率有显著差异的遗传标志物开发辅助诊断试剂盒。具体来说本专利技术的研究的实验方法主要包括以下内容：我们对募集到的具有完整病历资料及分型明确的1405例食管癌患者和1421例无肿瘤病史的正常对照人群进行了基因分型。食管癌患者和正常对照均为中国大陆汉族。患者经组织病理学确诊，无年龄限制；正常对照无肿瘤病史，经体检无肿瘤体征。收集了研究对象的性别、年龄、吸烟史、饮酒史等信息。研究对象的基本情况请见表1。每个研究对象均知情同意参加本研究并捐献2ml外周静脉血，用于分离制备淋巴细胞基因组DNA。表1.研究中采用的食管癌患者及正常对照人群的基本资料我们运用非条件logistic回归加性模型(additivemodel)计算CYP26B1基因的两个SNP位点(rs2241057和rs138478634)与食管癌易感性的关联，并校正性别、年龄、吸烟及饮酒状态。研究结果表明，在校正了性别、年龄、是否长期吸烟和是否长期饮酒后，携带rs2241057风险基因型的个体，食管癌的患病风险较正常人增加45％(OR＝1.45,95％CI:1.13–1.84,P＝0.0029)，携带rs138478634风险基因型的个体，食管癌的患病风险较正常人增加94％(OR＝1.94,95％CI:1.30–2.90,P＝0.0011)。我们进一步用这两个SNP位点建立了食管癌的风险预测模型。我们构建了一个公式，综合考虑SNP的三种基因型和性别、年龄、吸烟及饮酒情况。其中，对于SNP分型，野生纯合型＝“0”，杂合型＝“1”，突变纯合型＝“2”；对于性别，男性为“1”，女性为“0”；对于年龄，大于或等于60岁为“1”,小于60岁为“0”；对于吸烟情况，长期吸烟者为“1”，不吸烟者为“0”；对于饮酒情况，长期饮酒者为“1”，不饮酒者为“0”。分析时以多因素logistic回归系数β为权重，得到基于rs2241057和rs138478634分型危险评分的公式如下：危险评分＝(-0.6069×性别的评分)+(-0.1555×年龄的评分)+(0.4340×吸烟状况的评分)本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种食管癌辅助诊断SNP标志物，其特征在于，该标志物为rs2241057和rs138478634的组合。

【技术特征摘要】
1.一种食管癌辅助诊断SNP标志物，其特征在于，该标志物为rs2241057和rs138478634的组合。2.根据权利要求1所述的食管癌辅助诊断SNP标志物的特异性扩增引物，其特征在于，所述rs2241057的特异性扩增引物序列为SEQIDNO：1和SEQIDNO：2；所述rs138478634的特异性扩增引物序列为SEQIDNO：3和SEQIDNO：4。3.根据权利要求1所述的食管癌辅助诊断SNP标志物的特异性探针，其特征在于，所述rs2241057...

【专利技术属性】
技术研发人员：缪小平，常江，钟荣，田剑波，朱颍，
申请(专利权)人：华中科技大学，
类型：发明
国别省市：湖北,42