一种快速预测目标miRNA的靶基因的方法技术

本发明专利技术公开了一种快速预测目标miRNA的靶基因的方法。该方法，包括如下步骤：(1)k‑mer切分物种基因组的序列，得到k‑mer组合甲；k‑mer切分目标miRNA，得到k‑mer组合乙；(2)将k‑mer组合甲中的各个k‑mer及相应的靶基因信息进行存储，获得数据库；(3)将k‑mer组合乙中各个k‑mer的反向互补序列在所述数据库中检索，根据检索结果预测目标miRNA的靶基因。分别采用RNAhybrid软件、miRanda软件和本发明专利技术提供的方法预测21个目标miRNA的靶基因。结果表明，本发明专利技术提供的方法可以预测目标miRNA的靶基因且运行时间大大缩减。本发明专利技术具有重大的应用价值。

A Fast Method for Predicting Target Genes of Target MicroRNAs

【技术实现步骤摘要】
一种快速预测目标miRNA的靶基因的方法
本专利技术涉及生物信息学领域，具体涉及一种快速预测目标miRNA的靶基因的方法。
技术介绍
miRNA是长约21-23nt的非编码短链RNA，通过调控靶基因参与生命活动中的一系列重要过程，如早期发育、细胞增殖、细胞凋亡、细胞分化等生物学功能。随着生物信息学的发展和克隆技术的改进，已经在人类中发现大约320个miRNA，约为编码基因的1％。miRNA与靶基因之间的互补关系，是研究miRNA调控的基础。miRNA与靶基因之间不同的互补结合方式，可能会产生不同调控结果。通常来说，miRNA与靶基因完全互补结合，其作用方式和功能与siRNA非常相似，会切断靶基因的mRNA分子，沉默mRNA的表达；miRNA与靶基因不完全互补结合时，会阻遏靶基因的翻译进而影响mRNA的稳定性。目前，有很多miRNA靶基因的预测软件，如TargetScan、RNAhybrid、miRanda、psRobot、TargetFinder；这些软件主要通过miRNA的成熟体序列和相应的靶基因互补结合，计算相应自由能量值以及打分，进而确定潜在的miRNA和靶基因之间的靶向关系。本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种预测目标miRNA的靶基因的方法，包括如下步骤：(1)k‑mer切分物种基因组的序列，得到k‑mer组合甲；k‑mer切分目标miRNA，得到k‑mer组合乙；(2)将k‑mer组合甲中的各个k‑mer及在物种基因组中相应的靶基因信息进行存储，获得数据库；(3)将k‑mer组合乙中各个k‑mer的反向互补序列在所述数据库中检索，根据检索结果预测目标miRNA的靶基因。

【技术特征摘要】
1.一种预测目标miRNA的靶基因的方法，包括如下步骤：(1)k-mer切分物种基因组的序列，得到k-mer组合甲；k-mer切分目标miRNA，得到k-mer组合乙；(2)将k-mer组合甲中的各个k-mer及在物种基因组中相应的靶基因信息进行存储，获得数据库；(3)将k-mer组合乙中各个k-mer的反向互补序列在所述数据库中检索，根据检索结果预测目标miRNA的靶基因。2.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述步骤(1)中，物种基因组为人类参考基因组。3.如权利要求1或2所述的方法，其特征在于：所述步骤(1)中，k-mer切分目标miRNA为：将目标miRNA中的U转换为T，然后k-mer切分。4.如权利要求1至3任一所述的方法，其特征在于：所述步骤(1)中，k-mer切分的长度设定为4-10，优选地，k-mer切分的长度设定为5。5.如权利要求1至4任一所述的方法，其特征在于：所述步骤(2)中，靶基因信息包括靶基因的名称和在靶基因中位置。6.如权利要求1至5任一所述的方法，其...

【专利技术属性】
技术研发人员：朱欠华，杨林峰，黎万顺，万胜青，
申请(专利权)人：深圳华大基因科技服务有限公司，
类型：发明
国别省市：广东,44