位于猪7号染色体上与杜洛克猪日增重性状相关的分子标记及应用制造技术

本发明专利技术属于分子生物技术和分子标记技术领域，具体涉及一种位于猪7号染色体上与杜洛克日增重性状相关的分子标记及其应用。所述的位于猪7号染色体上与杜洛克猪日增重性状相关的分子标记的SNP位点对应于国际猪参考基因组11.1版本7号染色体上第27045611bp处的A>C突变，该分子标记是通过全基因组关联分析得到，该分子标记显著影响猪30～100kg体重平均日增重的性状。本发明专利技术还提供了一种用于鉴定该分子标记的引物对，利用该分子标记和引物对可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，将其应用于种猪日增重性状遗传改良中，从而提高猪的日增重，提高企业利润，增加核心竞争力。

Molecular markers related to daily weight gain traits on pig chromosome 7 and Duroc pigs and their application

【技术实现步骤摘要】
位于猪7号染色体上与杜洛克猪日增重性状相关的分子标记及应用
本专利技术属于分子生物技术和分子标记
，具体涉及一种位于猪7号染色体上与杜洛克猪日增重性状相关的分子标记及其应用。
技术介绍
猪肉是人类消费的主要肉类之一，提高猪的生长性能，以满足人们对猪肉的需求尤为重要。平均日增重是指猪在育肥期(30～100kg)平均每日增加的重量，是衡量猪生长性能的重要指标之一，也是猪育种中的主要育种目标之一。育种工作者一直致力于提高猪的平均日增重，经过长期选育，平均日增重性状得到一定程度上改良。但日增重是受多基因调控的复杂数量性状，通过常规选育来改良日增重，不仅耗时长，而且收效甚微。如若能利用分子标记辅助选择(MarkerAssistedSelection，MAS)技术提高日增重，将进一步加快其育种进程，降低养殖成本，提高养殖场收益。目前常用的分子遗传标记方法主要包括候选基因分析(CandidateGeneApproach，CGA)、QTL连锁分析法(QuantitativeTraitLocusLinkageAnalysis，又称QTL定位)和全基因组关联分析(Genome-wideAssociationStudy，GWAS)。候选基因法虽有操作简便、总费用低的优点，但只能针对已知生物学功能的基因，无法找出未知生物学功能的QTL；与候选基因法相比，QTL定位是较为精细的定位方法，但QTL定位分辨率差，不能一次性精确定位与性状相关的QTL，也无法一次性分析多个性状，周期长且效率低；GWAS被认为是高分辨率遗传分析的新方法。随着基因组学、高通量测序技术、高密度SNP芯片技术以及计算机技术的飞速发展，使得GWAS逐渐取代QTL定位法成为了复杂性状候选基因鉴定以及遗传解析的重要手段，广泛应用于人类、植物和动物。杜洛克猪为瘦肉型猪种，具有适应性强、分布广、生长速度快、饲料转化效率高、胴体瘦肉率高等特点，被广泛用作杜长大(杜洛克猪×长白猪×大白猪)商品猪的终端父本。杜长大是全球最受欢迎的商品猪，杜洛克猪作为终端父本直接影响杜长大商品猪的生产性能，而商品猪生产性能直接影响养殖场收益。此外，平均日增重直接影响猪的饲养成本，提高平均日增重、缩短出栏时间是育种工作者的主要育种目标之一。因此，对杜洛克猪核心群的平均日增重进行改良，能较大的将改良得到的优势遗传给下一代，增加商品猪的日增重，进而降低猪的饲养成本，提高企业利润。
技术实现思路
为了克服现有技术的不足和缺点，本专利技术的首要目的在于提供一种位于猪7号染色体上与杜洛克猪日增重性状相关的分子标记。本专利技术的另一目的在于提供上述位于猪7号染色体上与杜洛克猪日增重性状相关的分子标记的应用。本专利技术的再一目的在于提供一种鉴定上述分子标记的引物对。本专利技术的第四个目的在于提供上述引物对的应用。本专利技术的第五个目的在于提供一种杜洛克猪的遗传改良方法。本专利技术的目的通过下述技术方案实现：一种位于猪7号染色体上与杜洛克猪日增重性状相关的分子标记，其SNP位点对应于国际猪基因组11.1版本参考序列7号染色体上第27045611位A>C突变；所述的位于猪7号染色体上与杜洛克猪日增重性状相关的分子标记的核苷酸序列优选如SEQIDNO：1所示，其中序列中的M是A或C，导致猪日增重性状的不同；所述的位于猪7号染色体上与杜洛克猪日增重性状相关的分子标记在鉴定杜洛克猪日增重性状和遗传育种中应用；一种检测猪日增重性状的方法，包含如下步骤：检测猪7号染色体上上述位于猪7号染色体上与杜洛克猪日增重性状相关的分子标记，所述的分子标记的SNP位点单核苷酸是A还是C；所述的猪优选为加系杜洛克及其合成系；一种鉴定上述位于猪7号染色体上与杜洛克猪日增重性状相关的分子标记的引物对，包含primer-F和primer-R，其核酸序列如下：上游引物primer-F：5’-CCAGGAGAACTGGGTCACAT-3’；下游引物primer-R：5’-TGGCTCATTCAGTGCAGAAC-3’；所述的引物对在鉴定猪日增重性状中的应用；所述的引物对在猪分子标记辅助育种中的应用；所述的引物对在提高猪日增重中的应用；一种猪的遗传改良方法，包含如下步骤：确定种猪核心群中的种猪的上述位于猪7号染色体上与杜洛克猪日增重性状相关的分子标记，并根据该分子标记做出相应的选择：在所述种猪核心群中选择国际猪参考基因组11.1版本7号染色体上第27045611位点为AA和AC基因型的种猪个体，淘汰在第27045611位点为CC基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因A的频率，从而提高后代猪的平均日增重；所述的种猪优选为加系杜洛克及其合成系；本专利技术相对于现有技术具有如下的优点及效果：(1)本专利技术研究并确定影响猪日增重相关的分子标记(SEQIDNO:1序列标注位置为第84位的核苷酸突变)位于猪的7号染色体上的核苷酸序列上，验证其对平均日增重性状的影响效应，最终建立高效准确的分子标记辅助育种技术，将其应用于种猪提高平均日增重的遗传改良中，从而提高后代猪的平均日增重，提高企业利润，增加核心竞争力。(2)本专利技术提供一种用于鉴定位于猪7号染色体上与杜洛克猪日增重性状相关的分子标记的引物对，通过该分子标记及引物对，可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，快速准确的对体型进行选育，加快育种进程。(3)本专利技术通过优选该分子标记的优势等位基因，能够增加杜洛克猪日增重性状的遗传进展，减少杜洛克猪的日增重性状的育种时间，从而有效提高种猪育种的经济效益，其中，通过该分子标记，本专利技术将CC型个体全部选育成AA型个体，则每头猪平均日增重可以提高5.26g，每头猪体重达100kg所需时间平均缩短了0.98天，即提前0.98天上市。这对于规模化万头养猪场来说，若每头猪提前0.98天上市，将极大降低猪的饲养成本，给企业带来非常可观的利润。由此可见，高平均日增重为养猪产业提供收益的潜力是巨大的。附图说明图1是加系杜洛克猪在7号染色体上关于30～100kg平均日增重性状的全基因组关联分析(GWAS)曼哈顿图；其中：横坐标表示猪的染色体编号；纵坐标表示-logP值。图2是不同基因型猪30～100kg体重的平均日增重分析图。具体实施方式下面结合实施例及附图对本专利技术作进一步详细的描述，但本专利技术的实施方式不限于此。实验猪群：本实验一共使用了2121头加系杜洛克。实施例1具体解释得到本专利技术中影响日增重的测定过程通过OsborneFIREPigPerformanceTestingSystem(Kansas,NE,USA)测定活体猪体重从30kg达100kg时的平均日增重。本专利技术所使用的实验猪群群体为广东温氏食品集团股份有限公司种猪分公司的纯种加系杜洛克2121头，为种猪分公司核心群，群体系谱记录详细。本实验共选取该资源群体中加系杜洛克种猪，猪群自由采食、饮水，整个饲喂方式、饲养条件等始终保持一致，为常规方法。实施例2具体解释得到本专利技术中基因标记的专利技术过程(1)加系杜洛克猪耳样组织DNA的提取方法参照标注苯酚-氯仿法提取全基因组DNA。用Nanodrop-ND1000分光光度计对纯种加系杜洛克群体的DNA进行质量检测和浓度测定。A260/280比值在1.8～2.0，A260/230比值在1.7～1.9判本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种位于猪7号染色体上与杜洛克猪日增重性状相关的分子标记，其特征在于其SNP位点对应于国际猪基因组11.1版本参考序列7号染色体上第27045611位A>C突变；其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，其中序列中的M是A或C，导致猪日增重性状的不同。

【技术特征摘要】
1.一种位于猪7号染色体上与杜洛克猪日增重性状相关的分子标记，其特征在于其SNP位点对应于国际猪基因组11.1版本参考序列7号染色体上第27045611位A>C突变；其核苷酸序列如SEQIDNO：1所示，其中序列中的M是A或C，导致猪日增重性状的不同。2.权利要求1所述的位于猪7号染色体上与杜洛克猪日增重性状相关的分子标记在鉴定杜洛克猪日增重性状和遗传育种中应用。3.一种检测猪日增重性状的方法，其特征在于包含如下步骤：检测猪7号染色体上权利要求1所述的位于猪7号染色体上与杜洛克猪日增重性状相关的分子标记，所述的分子标记的SNP位点单核苷酸是A还是C。4.根据权利要求3所述的检测猪日增重性状的方法，其特征在于：所述的猪为加系杜洛克及其合成系。5.一种鉴定权利要求1所述的位于猪7号染色体上与杜洛克猪日增重性状相关的分子标记的引物对，其特征在于包含primer-F和primer-R，其核酸序列如下：上...

【专利技术属性】
技术研发人员：吴珍芳，杨杰，吴杰，周身娉，郑恩琴，徐铮，蔡更元，
申请(专利权)人：华南农业大学，
类型：发明
国别省市：广东,44