大口黑鲈生长相关的SNP位点及其应用制造技术

本发明专利技术公开了大口黑鲈生长相关的SNP位点及其应用，所述生长相关的SNP位点位于HSC70‑1基因序列第821、2804位碱基。本发明专利技术发现在HSC70‑1的C+821G位置存在等位基因C和等位基因G，组成三种基因型CC、GC和GG，在A+2804T位置存在等位基因A和等位基因T，组成三种基因型AA、AT和TT。当第821和2804碱基位置基因型为CC和TT的个体的生长性状明显优于其他基因型的个体。利用该现象将生产中保留CC和TT基因型的大口黑鲈亲本，去除其他基因型的个体，便可快速获得生长速度快且遗传稳定的大口黑鲈品种，即本发明专利技术SNP位点可应用于快速生长大口黑鲈亲本的筛选。

SNP Loci Related to Growth of Lateolabrax macrocephalus and Their Application

【技术实现步骤摘要】
大口黑鲈生长相关的SNP位点及其应用
本专利技术属于分子生物
，具体涉及大口黑鲈生长性状关联的SNP位点及其应用。
技术介绍
大口黑鲈(MicropterussalmoidesL.)，又称加州鲈，原产于北美洲，具有适应性强、生长快、病害少、耐低温、生长周期短以及味道鲜美等优点，是重要的淡水养殖鱼类之一。1983年从台湾地区引种到广东省，现在全国大部分地区均有养殖。但是，引种30多年来，由于生产单位不注重亲本留种须遵守的操作规程，也没能定期从原产地补充和引进亲本，导致养殖大口黑鲈的遗传多样性降低，从而使生产性能也降低，主要表现在生长速度下降、饵料转化效率低、抗病力也大幅下降。其中，生长速度关系到大口黑鲈产量的高低，养殖效益的大小。大口黑鲈生长退化的趋势直接制约着大口黑鲈养殖业的发展。因此，改良大口黑鲈生长速度的工作非常重要。挑选优质亲鱼是提高养殖鱼类生长速度的主要方法之一，其目的是为了改变养殖群体的遗传结构，使后代获得更快的生长速度、更好的抗病能力的遗传特点。在生产中，其传统方法是挑选个体较大、身体健壮的鱼作为留种亲本，即根据表型来决定亲鱼是否留种。这种方法方便、快捷、简单，但受人为因素影响很大，加上大口黑鲈属于肉食性为主的鱼类，掠食性强，饵料不足是会互相残食，致使其生长悬殊较大。如此可见，仅从表型判断大口黑鲈亲本质量往往达不到理想的效果。随着分子生物学和遗传学的发展，已涌现出很多种遗传标记，如AFLP、RAPD、SSR、SNP等标记，其中，SNP标记因分布广泛，适宜高通量自动化分析，遗传稳定，日益成为遗传育种研究中首选的遗传标记。若这些遗传标记能与生产性状相关联在一起，即可实现从DNA水平上进行选择育种，克服了传统方法受人为因素影响大的不利因素，提高了选择的准确性，并且可实现在早期鉴定出具有优良性状的个体，筛选出优良的后备亲本，从而缩短育种周期，加快育种进程。通过发现与大口黑鲈快速生长相关的分子标记，提高快长亲本的筛选效率。
技术实现思路
本专利技术的目的之一在于提供一种与大口黑鲈生长性状相关的SNP位点。本专利技术的另一个目的在于提供一种筛选快速生长大口黑鲈亲本的方法。本专利技术所采取的技术方案是：大口黑鲈HSC70-1的氨基酸序列如SEQIDNO：1所示。上述所述大口黑鲈HSC70-1的基因序列为SEQIDNO：2所示的核苷酸序列，其第821位S为碱基C或G，第2804位W为碱基A或T。上述所述大口黑鲈HSC70-1基因序列在判断大口黑鲈生长快慢中的应用。大口黑鲈生长速度相关的SNP位点，其位于HSC70-1基因序列SEQIDNO：2所示的第821位碱基、第2804位碱基。上述所述SNP位点在判断大口黑鲈生长快慢中的应用。上述所述SNP位点在筛选快速生长大口黑鲈中的应用。一种筛选快速生长大口黑鲈的方法，检测大口黑鲈HSC70-1基因序列第821位碱基处的SNP位点是否为CC纯合体，若是，则为快速生长的大口黑鲈；或者检测HSC70-1基因序列第2804位碱基处的SNP位点是否为TT纯合体，若是，则为快速生长的大口黑鲈。进一步的，上述所述方法，包括如下步骤：1)提取大口黑鲈DNA；2)以提取得到的DNA为模板，PCR检测大口黑鲈HSC70-1基因序列第821、2804位碱基处的SNP位点是否分别为CC、TT纯合体。进一步的，所述PCR检测的具体操作为，分别利用引物P1F和P1R、P2F和P2R对大口黑鲈DNA进行初次PCR扩增，得到初次PCR产物，P1F：5'-TGAAGCCTACCTCGGAAAAGT-3'(SEQIDNO.3)，P1R：5'-AGCATCCTTAGTGGCCTGGCGC-3'(SEQIDNO.4)，P2F：5'-TCCACCAGCTTATCAGACTGT-3'(SEQIDNO.5)，P2R：5'-GGTCAACCCTCCAAGTAACTT-3'(SEQIDNO.6)；再将初次PCR产物分别用引物P1和P2进行延伸扩增，将所得产物经测序分析，确定大口黑鲈HSC70-1基因序列第821、2804位碱基处的SNP位点是否分别为CC、TT纯合体；P1：5'-TTACTTAGCATAGCTCTGGACA-3'(SEQIDNO.7)，P2：5'-CTGTAGGGGGTAACTGAAGGGT-3'(SEQIDNO.8)。进一步的，初次PCR扩增的反应体系为：初次PCR扩增反应程序为：94℃预变性3min；94℃变性15s，56℃退火15s，72℃延伸30s，24个循环；72℃延伸3min。进一步的，延伸扩增的反应体系为：延伸扩增反应程序为：96℃预变性1min；96℃变性10s，52℃退火5s，60℃延伸30s，30个循环。本专利技术的有益效果是：(1)本专利技术将生产中保留CC和TT基因型的大口黑鲈亲本，去除其他基因型的个体，便可快速获得生长速度快且遗传稳定的大口黑鲈的品种。该方法与传统的方法相比，具有目的性强，作用效果直接的优点，且操作简单、检测快速、检测成本低，便于广泛推广使用。(2)本专利技术大大降低了大口黑鲈亲本筛选的盲目性，可以快速获得生长速度快且遗传稳定的大口黑鲈个体。具体实施方式下面结合具体实施例对本专利技术作进一步的说明。实施例1与大口黑鲈生长性状相关的SNP标记的获得本申请研究发现，大口黑鲈热激蛋白HSC70-1(heatshockcognateprotein70)的氨基酸序列如SEQIDNO：1所示，大口黑鲈HSC70-1基因编码区序列全长为3382bp(SEQIDNO：2)，由8个外显子和7个内含子所构成。在大口黑鲈热激蛋白HSC70-1基因序列(SEQIDNO：2)的第821位和2804位分别发现一个SNP位点，经过Snapshot方法分型发现第821位碱基位置存在等位基因C和等位基因G，组成三种基因型CC、GC和GG；在第2804位碱基位置存在等位基因A和等位基因T，组成三种基因型AA、AT和TT。本实验用于关联分析的样本数为430尾的随机群体为同一批繁殖、同池养殖，且采样时间一致，因此在建立模型时不考虑时间、环境及人工饲养条件的差异。大口黑鲈HSC70-1基因第821位、2804位处不同基因型在随机群体中频率分布分别见表1和2。其中，第821位的SNP位点为CC纯合体的基因型频率较低为7.21％，第2804位的SNP位点为TT纯合体的基因型频率较低，也为7.21％。表1大口黑鲈HSC70-1基因第821位点不同基因型在随机群体中频率分布表2大口黑鲈HSC70-1基因第2804位点不同基因型在随机群体中频率分布SNP与性状的关联分析大口黑鲈HSC70-1基因第821位、2804位处不同基因型个体间生长性状的多重比较结果分别见表3和表4。第821位的CC基因型个体测量的5个生长性状(体质量、全长、头长、体高、尾柄长)的平均表型值均高于CG型和GG型个体的均值，其中CC基因型个体分别与CG和GG基因型个体在体质量和全长上存在显著差异(P＜0.05)。第2804位的TT基因型个体测量的5个生长性状(体质量、全长、头长、体高、尾柄长)的平均表型值均高于AT型和AA型个体的均值，其中TT基因型个体分别与AT和AA基因型个体在体质量和全长上存在显著差异(P＜0.05)。上述关联分析结果表明，本发本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.大口黑鲈HSC70‑1的氨基酸序列如SEQ ID NO：1所示。

【技术特征摘要】
1.大口黑鲈HSC70-1的氨基酸序列如SEQIDNO：1所示。2.权利要求1所述大口黑鲈HSC70-1的基因序列为SEQIDNO：2所示的核苷酸序列，其第821位S为碱基C或G，第2804位W为碱基A或T。3.权利要求2所述大口黑鲈HSC70-1基因序列在判断大口黑鲈生长快慢中的应用。4.大口黑鲈生长速度相关的SNP位点，其位于HSC70-1基因序列SEQIDNO：2所示的第821位碱基、第2804位碱基。5.权利要求4所述SNP位点在判断大口黑鲈生长快慢中的应用。6.权利要求4所述SNP位点在筛选快速生长大口黑鲈中的应用。7.一种筛选快速生长大口黑鲈的方法，其特征在于，检测大口黑鲈HSC70-1基因序列SEQIDNO：2的第821位碱基处的SNP位点是否为CC纯合体，若是，则为快速生长的大口黑鲈；或/和，检测HSC70-1基因序列SEQIDNO：2的第2804位碱基处的SNP位点是否为TT纯合体，若是，则为快速生长的大口黑鲈。8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，包括如下步骤：1)提取大口黑鲈DNA；2)以提取得到的DNA为模板，PCR检测大口黑鲈HSC70-1基因序列第821、2804位碱基处的SNP位点是否分别为CC、TT纯合体。9....

【专利技术属性】
技术研发人员：李胜杰，樊佳佳，姜鹏，白俊杰，孙建国，吴建开，
申请(专利权)人：中国水产科学研究院珠江水产研究所，
类型：发明
国别省市：广东,44