用于非小细胞肺癌患者分层的ERCC1和其他标志物制造技术

采用蛋白质组学数据预测顺铂/培美曲塞治疗NSCLC的治疗结果。值得注意的是，ERRC1可以用作二元标志物，其中通过质谱法测量蛋白质的存在或不存在，其他蛋白质可以用作进一步的预测标志物，特别是用于预测PFS。

ERCC1 and other markers for stratification in patients with non-small cell lung cancer

Proteomic data were used to predict the outcome of cisplatin/pemetrexed in the treatment of NSCLC. It is worth noting that ERRC1 can be used as a binary marker, in which the presence or absence of proteins can be measured by mass spectrometry, and other proteins can be used as further predictive markers, especially for PFS prediction.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于非小细胞肺癌患者分层的ERCC1和其他标志物本申请要求2016年3月21日提交的美国临时申请序列号62/311368的优先权，并且还要求2016年5月16日提交的美国临时申请序列号62/337209的优先权；这两项临时申请均通过引用并入本文。
本专利技术的领域是所选标志物与临床结果相关联的系统和方法，特别是涉及非小细胞肺癌和ERCC1状态以及无复发生存期/总生存期。
技术介绍
背景描述包括可用于理解本专利技术的信息。并不承认本文提供的任何信息是现有技术或与当前要求保护的专利技术相关、或者任何具体或隐含引用的任何出版物是现有技术。所有出版物和专利申请通过引用并入本文，如同具体和单独地指出通过引用并入每个单独的出版物或专利申请。当并入的参考中术语的定义或用法与本文提供的术语的定义不一致或相反时，适用本文提供的术语的定义，不适用参考中的该术语的定义。ERCC1，即切除修复1内切核酸酶非催化亚基，在核苷酸切除修复途径中起作用，并且是例如由紫外线诱导或亲电化合物(包括顺铂)形成的DNA损伤修复所必需的。ERCC1蛋白与ERCC4内切核酸酶形成异二聚体，并且异二聚体内切核酸酶在切除DNA损伤的过程中催化5'-切口。异二聚体内切核酸酶还涉及重组DNA修复和链间交联的修复。在机理上，ERCC1在各种癌症中似乎至少在某种程度上起着重要作用。例如，据报道DNA修复酶ERCC1的缺陷表达与结肠癌相关(GenomeIntegr.2012；3:3；ScientificReports2014,4:4313)，而ERRC1基因的转录在相当一部分神经胶质瘤中显示出是减少的(IntJCancer2010Apr15；126(8):1944-54)。至少从观察角度来看，ERCC1状态似乎是很有希望的候选因素，目前尚无已知的系统提供采用ERCC1作为指标的可以预测特别是基于顺铂治疗的无复发生存期(PFS)/总生存期(OS)的统计学上显著的模型。实际上，先前曾假设ERCC1蛋白的低肿瘤表达或肿瘤表达缺乏可以预测经铂类治疗的NSCLC患者的改善的生存期。然而，由于通过免疫组织化学进行的ERCC1评估被证明是不可靠的，因此取消了早期NSCLC(TASTE)试验中针对个体制定的术后治疗的第3阶段。因此，尽管本领域已知许多ERCC1检测的方法，但所有或几乎所有的方法都存在各种缺点。因此，仍然需要改进的系统和方法来预测癌症、尤其是非小细胞肺癌(NSCLC)的无复发生存期和/或总生存期。
技术实现思路
本专利技术的主题涉及预测癌症治疗后的无复发生存期和/或总生存期的组合物和方法，特别在癌症为NSCLC且用顺铂/培美曲塞治疗的情况下。在本专利技术主题的一个方面，专利技术人设想了一种预测经受顺铂/培美曲塞治疗的非小细胞肺癌患者的总生存期和/或无进展生存期的方法。这种方法通常包括获得患者样品中ERCC1的定量质谱数据的步骤，以及当定量数据低于阈值时将定量数据分类为“不可检测到”而当定量数据超过阈值时将其分类为“可检测到”的另一步骤。在其他步骤中，更新或生成患者记录以表示当定量数据为“不可检测到”时，患者在经顺铂/培美曲塞治疗后具有改善的(相对于具有“可检测到”的ERCC1水平的患者)总生存期和/或无进展生存期。在进一步设想的方面，可以获得患者样品中上皮钙黏素、HER2、TITF1、MSLN、KRT7、FR-α、HER3、FPGS、和/或ROS1的其他定量质谱数据，通常用以预测无进展生存期。一般而言，当上皮钙黏素、HER2、TITF1、MSLN、KRT7、FR-α、HER3、FPGS、和/或ROS1的表达增加时(例如，相对于大量NSCLC患者的平均值)，无进展生存期增加。最典型地，患者样品是新鲜活检材料、冷冻活检样品、或福尔马林固定石蜡包埋的样品。定量质谱数据通常但不是必须从所选的反应监测质谱法(SRM-MS)获得，和/或阈值是背景信号标准偏差的2倍至5倍(例如，等于或小于超过1.0飞摩尔、或0.5飞摩尔、或0.1飞摩尔)。进一步设想，患者记录是电子记录，可以生成或更新该电子记录以包括施用顺铂/培美曲塞的治疗建议。因此，从不同的角度来看，专利技术人还设想患者样品中ERCC1的定量质谱数据用来预测经受顺铂/培美曲塞治疗的非小细胞肺癌患者的总生存期和无进展生存期中的至少一种的用途。如上所述，当定量数据低于阈值时，优选地将定量数据分类为“不可检测到”，当定量数据高于阈值时，将其分类为“可检测到”。然后，当定量数据为“不可检测到”时，将患者确定为经顺铂/培美曲塞治疗后具有改善的总生存期和/或无进展生存期。设想的用途还可以包括使用患者样品中上皮钙黏素、HER2、TITF1、MSLN、KRT7、FR-α、HER3、FPGS、和/或ROS1的表达来预测患者的无进展生存期，其中最典型的是，当上皮钙黏素、HER2、TITF1、MSLN、KRT7、FR-α、HER3、FPGS、和ROS1中的至少一种的表达增加时(例如，相对于大量NSCLC患者的平均值)，无进展生存期增加。根据以下优选实施方案的详细描述及附图，本专利技术主题的各种目的、特征、方面和优点将变得更加明显。附图说明图1显示了如本文所进行的数据分析的示例性流程图。图2A和图2B是通过ERCC1蛋白质组学水平进行二分的试验患者的总生存期(2A)和无复发生存期(2B)的示例性KaplanMeier曲线。图3A和图3B是显示通过IHC和MS蛋白质组学确定的ERCC1水平缺乏一致性的示例性图，其中图3A描绘了连续测量的瀑布图，图3B描绘了二元测量的马赛克图。图4是试验中146名患者的38种蛋白质组标志物之间的成对相关性的示例性热图。图5A和图5B是来自基于所测量标志物的患者非监督聚类的示例性图。图5A是按比例的标志物水平的热图，而图5B显示了由患者亚型分层的无复发生存期的KaplanMeier曲线。图6是使用二元ERCC1状态和KRT7基于所预测的相对风险进行二分的试验患者的示例性KaplanMeier曲线。具体实施方式本专利技术的主题涉及用于改进各种癌症的统计分析和生化分析的系统和方法，尤其是接受顺铂和培美曲塞联合治疗非小细胞肺癌(NSCLC)的预测分析。在特别优选的方面，本专利技术人出乎意料地发现，当使用免疫组织化学之外的方法(尤其是肿瘤样品的定量质谱蛋白质组学分析)定量测定ERCC1蛋白水平时，如此获得的ERCC1结果具有显著的统计功效以预测总生存期和/或无进展生存期，特别是该ERCC1结果与所选已发现的其他标志物的表达水平结合时。这种发现特别出乎意料，因为通过免疫组织化学确定的ERCC1水平先前被认为是不可靠的(参见JClinOncol2014,32:1256-1261)。此外，进一步的定量蛋白质组学分析显示，可以考虑其他标志物用来预测治疗结果，尤其是具有统计上显著功效的PFS。术语“无复发生存期”(RFS)和“无进展生存期”(PFS)在本文中可互换使用。值得注意的是，如下面更详细显示的，标志物可以分为三类，其中一类用来预测增加的PFS，如KaplanMeier曲线所示。因此，基于如下面更详细显示的结果，专利技术人设想了一种预测非小细胞肺癌患者的总生存期和/或无进展生存期的方法，其中患者将接受顺铂和培美曲塞联合治疗。这种预测可用于评估患者用一种或多于一种本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种预测经受顺铂和培美曲塞治疗的非小细胞肺癌患者的总生存期和无进展生存期中的至少一种的方法，所述方法包括：获得患者样品中ERCC1的定量质谱数据，并且当定量数据低于阈值时将定量数据分类为“不可检测到”，当定量数据超过阈值时将定量数据分类为“可检测到”；和当定量数据为“不可检测到”时，将患者记录更新或生成为经顺铂/培美曲塞治疗后具有改善的总生存期和/或无进展生存期。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.03.21 US 62/311,368;2016.05.16 US 62/337,2091.一种预测经受顺铂和培美曲塞治疗的非小细胞肺癌患者的总生存期和无进展生存期中的至少一种的方法，所述方法包括：获得患者样品中ERCC1的定量质谱数据，并且当定量数据低于阈值时将定量数据分类为“不可检测到”，当定量数据超过阈值时将定量数据分类为“可检测到”；和当定量数据为“不可检测到”时，将患者记录更新或生成为经顺铂/培美曲塞治疗后具有改善的总生存期和/或无进展生存期。2.根据权利要求1所述的方法，其还包括获得患者样品中上皮钙黏素、HER2、TITF1、MSLN、KRT7、FR-α、HER3、FPGS和ROS1中的至少一种的其他定量质谱数据的步骤。3.根据权利要求2所述的方法，其中所述其他定量质谱数据用于预测无进展生存期。4.根据权利要求3所述的方法，其中当上皮钙黏素、HER2、TITF1、MSLN、KRT7、FR-α、HER3、FPGS和ROS1中的至少一种的表达增加时，无进展生存期增加。5.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述患者样品选自新鲜活检材料、冷冻活检样品和福尔马林固定石蜡包埋的样品。6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述定量质谱数据从选择的反应监测质谱法获得。7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述阈值为背景信号标准偏差的2倍至5倍。8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述阈值等于或小于1飞摩尔。9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述患者记录是电子记录。10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中对所述患者记录进行更新以包括施用顺铂/培美曲塞的治疗建议。11.根据权利要求1所述的方法，其...

【专利技术属性】
技术研发人员：克里斯蒂娜·亚乌，法比奥拉·切基，托迪·亨布罗，
申请(专利权)人：南托米克斯有限责任公司，
类型：发明
国别省市：美国,US