结直肠癌标志物及其应用制造技术

本发明专利技术涉及基因检测领域，具体涉及一种结直肠癌标志物及其应用。所述标志物包括SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3。同时还提供了引物对、核酸探针、芯片以及试剂盒及其应用。通过本发明专利技术提供的标志物可以实现结直肠癌的快速检测。

Markers of colorectal cancer and their application

The invention relates to the field of gene detection, in particular to a marker of colorectal cancer and its application. The markers include SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2 and SEQ ID NO:3. Primer pairs, nucleic acid probes, chips, kits and their applications are also provided. The marker provided by the invention can realize rapid detection of colorectal cancer.

【技术实现步骤摘要】
结直肠癌标志物及其应用
本专利技术涉及基因检测领域，具体涉及一种结直肠癌标志物及其应用，尤其涉及一种结直肠癌标志物、引物对、核酸探针、芯片、试剂盒及其应用。
技术介绍
结直肠癌是消化道最常见的恶性肿瘤之一，全球范围内新增病例数约为100万/年，死亡人数约50万。结直肠癌(colorectalcancer，CRC)在各类癌症中发病率排名第三，致死率排名第四，近55％的发病案例发生在较发达国家。在年龄小于40岁的人中发生率较低，但随着年龄增加发生率亦逐渐增高。通常认为饮食习惯的西方化会增加CRC发病率，但目前美国及其他高收入国家发病率却保持稳定甚至下降，推测与乙状结肠镜检查及结肠镜下的息肉切除术的增加有关。结直肠癌也是目前最可预防的肿瘤之一，医学界认为如果及早发现，肠癌是最易治愈的癌症。结直肠癌的诊断方法主要包括X射线检查、肠镜检查和癌胚抗原检查。其中，癌胚抗原对早期病例的诊断价值不大，肠镜检查虽然准确度高，但创伤性较大。随着人类基因组计划的完成以及高通量测序技术的发展，基因筛查技术已成为一种新的结直肠癌诊断方法，在结直肠癌的早期诊断中有显著的优势。因此，针对结直肠癌的早期诊断和筛查，提供一种结直肠癌标志物，辅助结直肠癌的早期诊断，具有重要意义。
技术实现思路
本专利技术旨在至少在一定程度上解决相关技术中的技术问题之一。为此，本专利技术的一个目的在于提出一种结直肠癌肿瘤标志物、引物对、核酸探针、芯片、试剂盒及其应用。本专利技术提供的结直肠癌肿瘤标志物能够用于结直肠癌病人的早期筛查和诊断。本专利技术是基于专利技术人的如下发现所获得的：人体肠道微生物组包含了数量巨大的微生物，它们参与食物药物代谢、人体免疫调节，在保持人体健康中起着极其重要的作用。有大量文献报道芽孢菌、共生梭菌和具核梭杆菌与结直肠癌有很强的相关性，研究疾病的不同阶段中微生物组成分的改变能够作为一种新的用于癌症诊断及预后效果测试的手段：因此本研究想通过测定肠道中芽孢菌、共生梭菌和具核梭杆菌的特定基因，来对结直肠癌的发生与发展进行早期检测和及时干预治疗。在有case-control的人群中对芽孢菌、共生梭菌和具核梭杆菌的特异性基因进行实时荧光定量PCR(qPCR)检测，确定基因的量，分析并验证这些基因预测结直肠癌的概率。以开发结直肠癌患者的肠道微生物基因检测试剂盒，为广大人群提供快速简便的结肠癌早期筛查、诊断的有效措施。为实现结直肠癌的早期预警、诊断和干预提供依据。具体而言，本专利技术提供了如下技术方案：本专利技术的第一方面，本专利技术提供了一种结直肠癌标志物，所述结直肠癌标志物包括SEQIDNO:1、SEQIDNO:2和SEQIDNO:3，通过这些标志物可以反映结直肠癌的情况。本专利技术的第二方面，本专利技术提供了一组引物对，所述引物对能够特异性扩增本专利技术第一方面所述的结直肠癌标志物。在优选的实施例中，所述引物对为SEQIDNO:4～SEQIDNO:9，其中SEQIDNO:4～SEQIDNO:9中每两个相邻编号的核酸序列为一对。通过这些引物对，能够特异性扩增SEQIDNO:1、SEQIDNO:2和SEQIDNO:3，从而可以用作结直肠癌的早期诊断和检测。在本专利技术的一个实施例中，所述引物对SESEQIDNO:4和SEQIDNO:5可以扩增生物标志物SEQIDNO:1，所述引物对SESEQIDNO:6和SEQIDNO:7可以扩增生物标志物SEQIDNO:2，所述引物对SESEQIDNO:8和SEQIDNO:9可以扩增生物标志物SEQIDNO:3.本专利技术的第三方面，本专利技术提供了一种核酸探针，所述核酸探针能特异性捕获包括本专利技术第一方面所述的结直肠癌标志物。设计核酸探针捕获本专利技术所用到的结直肠癌标志物，能够实现结直肠癌的快速检测。本专利技术的第四方面，本专利技术提供了一种芯片，所述芯片包含本专利技术第三方面所述的核酸探针，可用于捕获本专利技术第一方面所述的结直肠癌标志物，从而检测结直肠癌。本专利技术的第五方面，本专利技术提供了一种试剂盒，所述试剂盒包括用于检测本专利技术第一方面所述的结直肠癌标志物的试剂。在本专利技术的一些实施例中，所述试剂盒包括以下至少之一：本专利技术第二方面所述的引物对；本专利技术第三方面所述的核酸探针；和/或本专利技术第四方面所述的芯片。在本专利技术的优选实施例中，试剂盒还包括内参引物对。在优选的实施例中，内参引物对序列为SEQIDNO:10和SEQIDNO:11。所述试剂盒可以用于检测结直肠癌。本领域技术人员所理解的是，本专利技术所述的用途或方法所获得的相关数据或结果可以为科研提供研究资料，进而应用于科学研究。附图说明图1是30个候选标志物基因在重庆、香港、法国人群队列中的热力丰度图。图2是重庆验证人群、香港人群、法国人群队列的ROC曲线图。图3是重庆检测人群、香港人群、法国人群队列中微生物聚类图。图4是T1P9引物在60个样本中的扩增曲线图。图5是seq6:0-320引物在60个样本中的扩增曲线图。图6是T1P26引物在60个样本中的扩增曲线图。图7是以T1P9为引物在60个样本中扩增基因的相对表达水平图。图8是以seq6:0-320为引物在60个样本中扩增基因的相对表达水平图。图9是以T1P26为引物在60个样本中扩增基因的相对表达水平图。图10是3种基因在结直肠癌样本与对照样本中相对丰度差异图。图11是来自于Coprobacillus基因的ROC图。图12是来自于Coprobacillus以及Clostridiumsymbiosum基因的ROC图。具体实施方式下面详细描述本专利技术的实施例，所述实施例的示例在附图中示出，其中自始至终相同或类似的标号表示相同或类似的元件或具有相同或类似功能的元件。下面通过参考附图描述的实施例是示例性的，旨在用于解释本专利技术，而不能理解为对本专利技术的限制。本专利技术要解决的技术问题是通过筛选一组新的结直肠癌标志物，然后利用这些结直肠癌标志物通过对结直肠癌病人的粪便微生物菌群DNA进行检测，从而实现无创低成本的早期筛查或诊断技术。例如可以通过高通量测序技术对待测者的粪便微生物菌群DNA中的核酸进行测序，来获得有关这些结直肠癌标志物的含量信息，从而表征待测者的患病情况。再例如可以借助于荧光定量PCR技术通过对待测者粪便微生物菌群DNA中的核酸进行表征，来获得关于这些结直肠癌标志物的含量信息，而且借助于荧光定量PCR技术进行检测，可以方便快速获得检测结果，有利于对于结直肠癌检测的推广和产业化。为此，本专利技术提供了一种结直肠癌标志物，所述标志物包括SEQIDNO:1、SEQIDNO:2和SEQIDNO:3，通过这些标志物可以反映早期结直肠癌的情况。本专利技术通过宏基因组检测发现结直肠癌病患与健康人群肠道菌群的差异，鉴定筛选出30个与结直肠癌相关的微生物基因片段，通过计算基因片段对筛选结直肠癌准确率的贡献程度，筛选3个基因片段作为筛选结直肠癌的标记基因片段。根据筛选的三种结直肠癌标志物，设计了能够特异性扩增三种生物标志物的引物对，即SEQIDNO:4～SEQIDNO:9，其中SEQIDNO:4～SEQIDNO:9中每两个相邻编号的核酸序列为一对。通过这些引物对，能够特异性扩增SEQIDNO:1、SEQIDNO:2和SEQIDNO:3，从而可以用作结直肠癌的早期诊断和检测。本专利技术还提供了一种核酸探针，所述核酸探本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种结直肠癌标志物，其特征在于，所述结直肠癌标志物包括：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3。

【技术特征摘要】
1.一种结直肠癌标志物，其特征在于，所述结直肠癌标志物包括：SEQIDNO:1、SEQIDNO:2和SEQIDNO:3。2.一组引物对，其特征在于，所述引物对能够特异性扩增权利要求1所述的结直肠癌标志物。3.根据权利要求2所述的引物对，其特征在于：所述引物对为SEQIDNO:4～SEQIDNO:9，其中SEQIDNO:4～SEQIDNO:9中每两个相邻编号的核酸序列为一对。4.一种核酸探针，其特征在于，所述核酸探针能特异性捕获包括权利要求1所述的结直肠癌标志物。5.一种芯片，其特征在于，所述芯片包含权利要求4所述的核酸探针。6.根据权利要求1所述的结直肠癌标志物或权利要求2所述引物...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨振宇，戴文魁，李寅虎，周潜，李嘉琪，
申请(专利权)人：深圳微健康基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东,44