一种转基因食品的交叉式基因组重组排序方法技术

本发明专利技术公开了一种转基因食品的交叉式基因组重组排序方法。主要包括：将一个反转操作作用在基因片段上，形成新的染色体，并通过插入得到基因组的最优反转序列；构建染色体森林，设立间接极小子排列树，计算基因组移位删除距离公式，推导出移位插入距离公式，进行交互式移位排序；在基因组的序列上进行转位操作，通过分裂使转位排序距离最小，完成基因组转位排序。该方法具有较好的精简性和普适性，设立间接极小子排列树进行交互式反转、移位和转位排序，给出基因组重组的多项式精确算法，降低算法的时间复杂度，缩短重组的基因组排列，通过最少的操作将源基因转化为目标基因组。

A Cross-Sequencing Method for Genome Recombination of Genetically Modified Foods

The invention discloses a cross genome recombination sequencing method for genetically modified food. It mainly includes: putting a reversal operation on the gene fragment to form a new chromosome and getting the optimal reversal sequence of genome through insertion; constructing a chromosome forest, setting up an indirect minimal permutation tree, calculating the deletion distance formula of genome translocation, deducing the insertion distance formula of translocation, and performing the interactive translocation sequencing; and performing the translocation operation on the genome sequence. By splitting, the translocation sequence distance is minimized and the genome translocation sequence is completed. This method has good simplicity and universality. An indirect minimal permutation tree is set up for interactive inversion, translocation and translocation sequencing. An accurate polynomial algorithm for genome recombination is given, which reduces the time complexity of the algorithm, shortens the sequence of recombined genomes and transforms the source gene into the target genome through the least operation.

【技术实现步骤摘要】
一种转基因食品的交叉式基因组重组排序方法
本专利技术涉及基因组重组、转基因技术、生物领域，具体涉及一种转基因食品的交叉式基因组重组排序方法。
技术介绍
转基因食品利用基因重组技术，在打破物种原有基因排序的基础上重新排序组合，形成我们所希望呈现出某些性状的基因组。现有的基因组重组技术时间负责度较大，而且由于缺乏对于重组分析等技术的解决方法使得基因组中几个基因位于同一个位置或者遗漏其他基因，将其结合起来仅能产生基因组的部分排序而不是最优排序，无法满足对转基因食品具有的性状的需求。
技术实现思路
为解决上述问题，本专利技术的目的在于提供一种具有较好的精简性和普适性的转基因食品的交叉式基因组重组排序方法，设立间接极小子排列树进行交互式反转、移位和转位排序，给出基因组重组的多项式精确算法，降低算法的时间复杂度，缩短重组的基因组排列，通过最少的操作将源基因转化为目标基因组。本专利技术解决其问题所采用的技术方案，包括以下步骤：A.将一个反转操作作用在基因片段上，形成新的染色体，并通过插入得到基因组的最优反转序列；B.构建染色体森林，设立间接极小子排列树，计算基因组移位删除距离公式，推导出移位插入距离公本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种转基因食品的交叉式基因组重组排序方法，其特征在于：设立间接极小子排列树进行交互式反转、移位和转位排序，所述方法包括以下步骤：A.将一个反转操作作用在基因片段上，形成新的染色体，并通过插入得到基因组的最优反转序列；B.构建染色体森林，设立间接极小子排列树，计算基因组移位删除距离公式，推导出移位插入距离公式，进行交互式移位排序；C.在基因组的序列上进行转位操作，通过分裂使转位排序距离最小，完成基因组转位排序。

【技术特征摘要】
1.一种转基因食品的交叉式基因组重组排序方法，其特征在于：设立间接极小子排列树进行交互式反转、移位和转位排序，所述方法包括以下步骤：A.将一个反转操作作用在基因片段上，形成新的染色体，并通过插入得到基因组的最优反转序列；B.构建染色体森林，设立间接极小子排列树，计算基因组移位删除距离公式，推导出移位插入距离公式，进行交互式移位排序；C.在基因组的序列上进行转位操作，通过分裂使转位排序距离最小，完成基因组转位排序。2.根据权利要求1所述的一种转基因食品的交叉式基因组重组排序方法，其特征在于：所述步骤A包括：(1)给定一条染色体X＝{x1，x2，...，xi-1，xi，...，xj，xj+1，...，xn}，将一个反转操作r(i，j)作用在基因片段(xi，xi+1，...，xj-1，xj)上，形成新的染色体X′＝{x1，x2，…，xi-1，-xj，…，-xi，xj+1，…，xn}，Xx1x2...xi-1xi...xjxj+1...xnX′x1x2...xi-1-xj...-xixj+1...xn反转能够颠倒染色体上的部分基因序列，将该基因序列中基因排序倒置的同时将基因的符号变反；(2)设立转基因生物体基因序列A和外源基因序列B之间的反转距离为d，用集合H表示即在A中又在B中的基因集合，HA和HB分别表示只在A中和只在B中的基因集合，去掉HA和HB中的所有基因，则有：反转排序便是寻找一组使基因组A转化为基因组B最少的反转序列r，将剩余基因组A′，B′用有向图表示，结合两个有向图，构造双色图G(A′，B′)，然后将去掉的HA和HB中的基因放回恰当的位置，从而得到A和B的一个全排序，产生最优的反转序列。3.根据权利要求2所述的一种转基因食品的交叉式基因组重组排序方法，其特征在于：所述步骤B包括：(1)基因组A＝{x1，x2...，xn}中含有n条染色体，每条染色体及其所有的子序列构建染色体森林Fx，则基因组的森林为：FA＝Fx1∪Fx2∪…∪Fxn基因组的一个极小子排列是森林的一个叶子节点，叶子节点数量为L，极小子排列不包含任意其他子排列，对于基因组A和B，若都包含N条染色体和n个基因，将A重组为B所需的最小移位操作次数为：dt＝n-N-c+L其中，c是基因组A和B有向图中环的数量；(2)基因组A到基因组B′的移位...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨迎霞，
申请(专利权)人：龙口味美思环保科技有限公司，
类型：发明
国别省市：山东,37