苎麻叶背毡毛主效QTL qLH13及其紧密连锁的分子标记和应用制造技术

本发明专利技术涉及苎麻叶背毡毛分子生物学领域，具体而言，涉及苎麻叶背毡毛主效QTL qLH13及其紧密连锁的分子标记和应用。本发明专利技术提供了位于13号染色体上的苎麻叶背毡毛SNP标记及其应用，苎麻叶背毡毛SNP标记为苎麻叶背毡毛性状的检测以及新品种培育、种群的遗传多样性提供理论支持。本发明专利技术还提供了苎麻叶背毡毛相关的SSR序列及其应用，该SSR序列为苎麻叶背毡毛的检测提供良好的技术支持。

Major QTL qLH13 and Its Closely Linked Molecular Markers for Felt Hair in Ramie Leaves and Their Application

The invention relates to the field of molecular biology of ramie leaf back felts, in particular to the main effect QTL qLH13 of ramie leaf back felts and its closely linked molecular markers and applications. The present invention provides the SNP marker of ramie leaf felt on chromosome 13 and its application. The SNP marker of ramie leaf felt provides theoretical support for the detection of the characteristics of ramie leaf felt, the breeding of new varieties and the genetic diversity of the population. The invention also provides the SSR sequence related to the back felts of ramie leaves and its application. The SSR sequence provides good technical support for the detection of the back felts of ramie leaves.

【技术实现步骤摘要】
苎麻叶背毡毛主效QTLqLH13及其紧密连锁的分子标记和应用
本专利技术涉及苎麻叶背毡毛分子生物学领域，具体而言，涉及苎麻叶背毡毛主效QTLqLH13及其紧密连锁的分子标记和应用。
技术介绍
苎麻是重要纤维作物之一，苎麻叶是蛋白质含量较高、营养丰富，是优异的饲草作物。苎麻叶背毡毛主要是表皮毛纤维，其大量存在于栽培种苎麻中，导致苎麻的适口性差，显著降低了其饲用性能。因此，寻找叶背毡毛相关基因将为该品种的改进提供良好的理论基础。有鉴于此，特提出本专利技术。
技术实现思路
本专利技术的第一目的在于提供苎麻叶背毡毛SNP标记及其应用，苎麻叶背毡毛SNP标记为苎麻叶背毡毛性状的检测以及新品种培育、种群的遗传多样性提供理论支持。本专利技术的第二目的在于提供苎麻叶背毡毛相关的SSR序列及其应用，该SSR序列为苎麻叶背毡毛的检测提供良好的技术支持。为了实现本专利技术的上述目的，特采用以下技术方案：苎麻叶背毡毛SNP标记，位于第13号染色体上，所述SNP标记为以下中的任一种或多种；SEQIDNO.1中的第966位碱基；SEQIDNO.2中的第1813、2282、2539和2839位碱基；SEQIDNO.3中的第1052位碱基；SEQIDNO.4中的第248位碱基；SEQIDNO.5中的第580位碱基；SEQIDNO.6中的第626位碱基；SEQIDNO.7中的第150和154位碱基；SEQIDNO.8中的第85位碱基；SEQIDNO.9中的第618和852位碱基；SEQIDNO.10中的第336位碱基；SEQIDNO.11中的第109位碱基；SEQIDNO.12中的第553位碱基；SEQIDNO.13中的第260位碱基。叶背毡毛是典型的数量性状，表型连续分布且容易受到环境条件的影响。本专利技术利用连锁及关联分析的方法，在苎麻定位到2个叶背毡毛主效QTL(qLH7、qLH13)。这两个QTL的识别将为培育无毡毛的优异饲用苎麻品种提供了遗传位点。基于上述的苎麻叶背毡毛SNP标记，一方面，本专利技术还提供了用于检测上述的苎麻叶背毡毛SNP标记的引物对，包括根据SEQIDNO.1-SEQIDNO.13所示的序列设计的引物对中的任一种或多种。基于上述的苎麻叶背毡毛SNP标记，一方面，本专利技术还提供了用于检测上述的SNP标记的探针。基于上述的苎麻叶背毡毛SNP标记，一方面，本专利技术还提供了用于检测上述的SNP标记的芯片。基于上述的苎麻叶背毡毛SNP标记，一方面，本专利技术还提供了上述的SNP标记在研究苎麻种群的遗传多样性以及培育苎麻新品种中的应用。本专利技术还提供了苎麻叶背毡毛相关的SSR序列，如SEQIDNO.14、SEQIDNO.15、SEQIDNO.16、SEQIDNO.17、SEQIDNO.18和SEQIDNO.19所示。本专利技术基于SNP标记定位到苎麻第13号染色体上，因此，根据第13号染色体scaffold序列开发SSR、INDEL标记，然后用PRIMER5、DNAMAN设计SSR、INDEL引物，共通过生物公司合成新开发的SSR引物17对，然后通过对不同形状的苎麻叶背毡毛性状进行鉴定，筛选得到上述的两个序列为苎麻叶背毡毛性状相关的SSR标记。基于上述的SSR标记，本专利技术提供了检测苎麻叶背毡毛性状的引物对，为以下引物对中的任一种或多种：第一引物对：如SEQIDNO.20和SEQIDNO.21所示；第二引物对：如SEQIDNO.22和SEQIDNO.23所示；第三引物对：如SEQIDNO.24和SEQIDNO.25所示；第四引物对：如SEQIDNO.26和SEQIDNO.27所示；第五引物对：如SEQIDNO.28和SEQIDNO.29所示；第六引物对：如SEQIDNO.30和SEQIDNO.31所示。其中，第一引物对对应于SEQIDNO.14所示的SSR标记，第二引物对对应于SEQIDNO.15所示的SSR标记，第三引物对对应于SEQIDNO.16所示的SSR标记，第四引物对对应于SEQIDNO.17所示的SSR标记，第五引物对对应于SEQIDNO.18所示的SSR标记，第六引物对对应于SEQIDNO.19所示的SSR标记。基于上述的检测苎麻叶背毡毛性状的引物对，本专利技术还提供了检测苎麻叶背毡毛的试剂盒，含有上述的检测苎麻叶背毡毛性状的引物对。进一步地，所述试剂盒还包括dNTPs、缓冲液、酶、双蒸水中的任一种或多种。基于上述的检测苎麻叶背毡毛性状的引物对，本专利技术还提供了检测苎麻叶背毡毛的方法，包括以下步骤：待检测样本的基因组作为模板，以上述的引物对进行PCR扩增，根据扩增产物的条带判断是否为叶背毡毛性状。与现有技术相比，本专利技术的有益效果为：(1)本专利技术的提供了位于13号染色体上的苎麻叶背毡毛SNP标记及其应用，苎麻叶背毡毛SNP标记为苎麻叶背毡毛性状的检测以及新品种培育、种群的遗传多样性提供理论支持。(2)本专利技术还提供了位于13号染色体上的苎麻叶背毡毛相关的SSR序列及其应用，该SSR序列为苎麻叶背毡毛的检测提供良好的技术支持。附图说明为了更清楚地说明本专利技术实施例或现有技术中的技术方案，以下将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍。图1为本专利技术实施例1对整合的遗传图谱上的1085个SNP位点与2个性状进行单个SNP位点的关联分析图；图2为本专利技术实施例2中涉及的电泳图；图3为本专利技术实施例2中涉及的另一个电泳图；图4为本专利技术实施例2中涉及的另一个电泳图；图5为本专利技术实施例2中不同引物对在不同植株中的部分扩增结果在物理图谱上的位置示意图；图6为本专利技术实施例2中根据重组单株构建了qLH13的物理图谱。具体实施方式下面将结合实施例对本专利技术的实施方案进行详细描述，但是本领域技术人员将会理解，下列实施例仅用于说明本专利技术，而不应视为限制本专利技术的范围。实施例中未注明具体条件者，按照常规条件或制造商建议的条件进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可以通过市售购买获得的常规产品。实施例1苎麻叶背毡毛SNP标记的获得，步骤如下：亲本中饲苎1号和青叶苎麻杂交获得110个单株RaF2群体，对这110个RaF2群体和两亲本转录组测序；通过Jionmap4.0软件构建了一张含1085个分子标记高密度遗传图谱，这1085个标记均匀分布在14个连锁群上，平均标记间距1.95cM；根据RaF2表型数据，结合高密度连锁图谱，对性状利用MapQTL(version：6.0)软件进行QTL检测，通过GWAS利用plink(version：1.07)软件对整合的遗传图谱上的1085个SNP位点与2个性状进行单个SNP位点的关联分析，结果如图1所示。图1中，上半图表示QTL分析得到的LOD值，其中黑色细虚线表示单个连锁群范围内α＝0.05水平上的LOD值，黑色粗虚线表示所有连锁群范围内α＝0.05水平上的LOD值；下半图表示GWAS分析得到的-Lg(p)值，蓝色虚线表示经过Bonferroni校正后的阈值(p≤0.05)。横坐标从左到右的数字表示1到14号连锁群。以单个连锁群范围内α＝0.05水平上的LOD值作为阈值，即出现一个LOD峰值大于或等于阈值时视为该位点存在一个QTL。LOD峰值位置即为相应QTL基因最可能的位置。获得2个苎麻叶背毡毛性状的主效QTL，分别位于苎麻第7和第本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.苎麻叶背毡毛SNP标记，其特征在于，位于第13号染色体上，所述SNP标记为以下中的任一种或多种；SEQ ID NO.1中的第966位碱基；SEQ ID NO.2中的第1813、2282、2539和2839位碱基；SEQ ID NO.3中的第1052位碱基；SEQ ID NO.4中的第248位碱基；SEQ ID NO.5中的第580位碱基；SEQ ID NO.6中的第626位碱基；SEQ ID NO.7中的第150和154位碱基；SEQ ID NO.8中的第85位碱基；SEQ ID NO.9中的第618和852位碱基；SEQ ID NO.10中的第336位碱基；SEQ ID NO.11中的第109位碱基；SEQ ID NO.12中的第553位碱基；SEQ ID NO.13中的第260位碱基。

【技术特征摘要】
1.苎麻叶背毡毛SNP标记，其特征在于，位于第13号染色体上，所述SNP标记为以下中的任一种或多种；SEQIDNO.1中的第966位碱基；SEQIDNO.2中的第1813、2282、2539和2839位碱基；SEQIDNO.3中的第1052位碱基；SEQIDNO.4中的第248位碱基；SEQIDNO.5中的第580位碱基；SEQIDNO.6中的第626位碱基；SEQIDNO.7中的第150和154位碱基；SEQIDNO.8中的第85位碱基；SEQIDNO.9中的第618和852位碱基；SEQIDNO.10中的第336位碱基；SEQIDNO.11中的第109位碱基；SEQIDNO.12中的第553位碱基；SEQIDNO.13中的第260位碱基。2.用于检测权利要求1所述的苎麻叶背毡毛SNP标记的引物对，其特征在于，包括根据SEQIDNO.1-SEQIDNO.13所示的序列设计的引物对中的任一种或多种。3.用于检测权利要求1所述的SNP标记的探针。4.用于检测权利要求1所述的SNP标记的芯片。5.权利要求1所述的SNP标记在研究苎麻种群的遗传多样性以及培育苎麻新品种中的应用...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘头明，曾铮，王延周，
申请(专利权)人：中国农业科学院麻类研究所，
类型：发明
国别省市：湖南,43