与猪生长性状相关联的SNP分子标记制造技术

本发明专利技术属于猪分子标记制备技术领域，具体涉及与猪生长性状相关联的SNP分子标记。所述的猪生长性状包括校正100KG日增重性状和校正100KG日龄性状。该分子标记克隆自登陆号为Affx‑114707063的基因片段，通过基因芯片技术对该基因进行分型筛选得到一种与猪生长性状相关的分子标记，其序列如SEQ ID NO：1所示，在序列的第51位碱基处存在一个A/T的等位基因突变；导致SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列产生多态性，且当该片段第51位核苷酸为A时，表明猪具有更快的生长速度。还公开了筛选与猪生长性状相关分子标记的方法及其关联分析的应用。为猪生长性状的辅助选择提供了新的标记资源。

【技术实现步骤摘要】
与猪生长性状相关联的SNP分子标记
本专利技术涉及猪分子标记制备
，具体涉及猪生长性状相关联SNP分子标记。所述的猪生长性状包括校正100KG日增重性状和校正100KG日龄性状指标。本专利技术的分子标记可用于猪生长性状的辅助选择和预测。
技术介绍
家猪是人类最早驯化的家养动物之一，家猪作为人类肉食消费的主要畜种，猪肉产量也是位列各个家畜之首(LarsonG,LiuR,ZhaoX,etal.PatternsofEastAsianpigdomestication,migration,andturnoverrevealedbymodernandancientDNA[J].ProceedingsoftheNationalAcademyofSciencesoftheUnitedStatesofAmerica,2010,107(17):7686-7691.)。我国人口众多，对猪肉的需求量极大，进行猪的遗传改良，提高生猪养殖效率是目前育种工作的一项刻不容缓的重大任务。随着科技的发展，生猪养殖在遗传育种、营养调控以及疾病防控等方面均取得了显著突破，商品猪的生长速度、瘦肉率以及料肉均有了巨大的提升。在猪生产中，生长性状是非常重要的经济性状，直接影响生猪养殖的经济效益，也是育种工作者最关心的性状。其中，生长性状主要分为4个度量标准：即生长速度、饲料转化效率、采食量和活体背膘厚(丰艳平和刘小飞.养猪生产[M].中国轻工业出版社,2011年)。生长速度通常用平均日增重表示，即指在一定时间内生长育肥猪平均每天增加的体重，一般是计算某段时间内体重增量除以饲养天数。100KG体重日龄也是生长速度的关键指标，即在出生后达到体重100KG的日龄。目前，大家通常用来测定生长性状的指标包括平均日增重、100KG日龄、饲料转化效率和剩余采食量。本专利技术所涉及的猪生长性状是平均日增重和日龄两个性状校正到100KG后的表型：即，校正100KG日增重性状指标和校正100KG日龄性状指标，这两个性状指标是跟据下列公式计算得到的，是目前国内生猪养殖最常用的两个测定猪生长速度的指标。具体公式为：猪生长性状是由多基因控制的复杂性状，采用常规的遗传手段难以精确的鉴定其主效基因，而基于高密SNP芯片或测序的全基因组关联分析为复杂疾病或数量性状候选基因定位提供了有效的技术手段(尹建良等,赵姣姣,陈赛.猪全基因组关联分析研究进展及展望[J].中国猪业(10):,201732-36.)。全基因组关联分析(GWAS)的概念是Risch在1996年首次提出的，他曾发现在复杂性状的遗传学研究中关联分析比连锁分析的效果更好、统计效力更高，于是提出全基因组关联分析的概念(RischN,MerikangasK.Thefutureofgeneticstudiesofcomplexhumandiseases.[J].Science,1996,273(3):350-354.)。全基因组关联分析是指在全基因组范围内寻找与目标性状显著相关的遗传变异。全基因关联分析的原理是连锁不平衡，即在全基因组范围内总会存在一个SNP与引起性状的致因突变存在连锁不平衡，通过检测该SNP就可以缩小或识别出影响性状的基因组位置。自2005年发表的第一篇关于视网膜黄斑变性的全基因组关联分析以来，全基因组关联分析方法已经成为复杂疾病和数量性状研究的重要方法之一(KleinRJ,ZeissC,ChewEY,etal.ComplementFactorHPolymorphisminAge-RelatedMacularDegeneration[J].Science,2005,308(5720):385-389.)。分析时常用的模型有一般线性模型(GLM)、混合线性模型(MLM)、逻辑回归模型(LR)和贝叶斯模型(Bayesian)等(SchmidM,BennewitzJ,SchmidM,etal.Invitedreview:Genome-wideassociationanalysisforquantitativetraitsinlivestock–aselectivereviewofstatisticalmodelsandexperimentaldesigns[J].2017,60(3):335-346.)。近年来，对于猪生长性状的全基因组关联分析也越来越多，但大多研究的样本含量比较少且在单一品种内开展，这种情况下得到的研究结果容易被质疑且很难得到广谱的控制生长性状的候选基因。本专利使用四种品种(长白猪、大白猪、杜洛克猪和皮特兰猪)混合的纯种猪群进行全基因组关联分析，使用MVP软件的中FarmCPU模型进行分析(LiuX,HuangM,FanB,etal.IterativeUsageofFixedandRandomEffectModelsforPowerfulandEfficientGenome-WideAssociationStudies[J].PlosGenetics,2016,12(2):e1005767.)，筛选出与生长性状(校正100KG日增重和校正100日龄)相关的SNP分子标记，为猪生长性状的遗传改良提供了一种可行途径，对于猪养殖业具有重要意义。本专利技术中发现的SNP与猪生长性状(即校正100KG日增重性状指标和校正100KG日龄性状指标)的相关性达到了显著水平，为家猪生长性状的研究提供了新的遗传资源。
技术实现思路
本专利技术的目的在于完善家猪与生长相关的分子标记，尤其是作为猪生长性状中校正100KG日增重性状和校正100KG日龄性状的分子标记。本专利技术利用50K的基因芯片对SNP进行分型，并使用全基因组关联分析筛选与猪生长性状(例如：校正100KG日增重性状指标和校正100KG日龄的性状)相关的SNP，为猪的遗传育种提供了新的分子标记资源和应用。本专利技术的技术方案如下所述：申请人通过基因分型技术并参阅Ensembl，得到Affx-114707063基因片段上下游50bp的核苷酸序列，该序列如序列表SEQIDNO:1所示。具体来说如下所述：CTCTGCCCTTCAGGAATACTCTAGGTTCACCTTAGGTGACTCATAATTTR(A/T)AGATGCAAAAAATATATGTATGACAAGACTACACAAAGATGTTTGGCATTA，上述序列的第51位碱基处的R为一个A51-T51的等位基因突变,该突变所述序列产生了核苷酸多态性。申请人利用该段序列作为检测猪生长性状关联的分子标记,且当序列表SEQIDNO：1上的第51位核苷酸为A时，表明猪具有更快的生长速度。上述序列可以作为检测与猪生长性状相关的分子标记。申请人提供了一种筛选猪生长性状相关SNP分子标记的方法，所述的方法包括如下步骤：①提取猪耳或猪尾基因组DNA，并对DNA进行质量检测；②利用基因芯片对猪基因组进行分型；③采用基于多标记关联模型的方法，采用个体的性别和场次作为固定效应，利用R统计环境下MVP软件包中的FarmCPU模型进行GWAS分析。具体的模型如下：其中，是第i个个体的“表型值向量"(thevectorofphenotypes)；是固定效应，包括t个pseudoQTNs的基因型以及控制群体遗传背景的主成分；是对应的效应；本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.与猪生长性状关联的SNP分子标记，其特征在于，该标记的核苷酸序列如下所示：CTCTGCCCTTCAGGAATACTCTAGGTTCACCTTAGGTGACTCATAATTTR(A/T)AGATGCAAAAAATATATGTATGACAAGACTACACAAAGATGTTTGGCATTA，上述序列51位碱基处的R是A或T的等位基因突变，该突变导致所述序列产生多态性。

【技术特征摘要】
1.与猪生长性状关联的SNP分子标记，其特征在于，该标记的核苷酸序列如下所示：CTCTGCCCTTCAGGAATACTCTAGGTTCACCTTAGGTGACTCATAATTTR(A/T)AGATGCAAAAAATATATGTATGACAAGACTACACAAAGATGTTTGGCATTA，上述序列51位碱基处的R是A或T的等位基因突变，该突变导致所述序列产生多态性。...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵书红，唐振双，李新云，尹立林，南九红，许婧雅，梅全顺，彭潇，余梅，刘小磊，项涛，
申请(专利权)人：华中农业大学，
类型：发明
国别省市：湖北,42