【技术实现步骤摘要】
确定肠道细菌亚种的方法及设备
本专利技术实施例涉及细菌亚种识别
，尤其涉及一种确定肠道细菌亚种的方法及设备。
技术介绍
人类的许多疾病都与单个微生物或者一组微生物有关，如Ⅱ型糖尿病,肥胖症,癌症和一些免疫相关的疾病。微生物群落通常由各种不同的物种组成，每个物种都含有许多亚种，这些亚种可能在基因含量和单核苷酸多态性(SNP)上有差异。亚种水平的变化往往是由环境选择驱动的，这可以帮助我们了解流行病学和物种进化。同一物种内的不同亚种可能对人类健康产生完全不同的影响。因此，亚种的跟踪研究变得越来越重要，无论是对于流行病学，法医学，环境监测，还是诊断。目前，确定复杂环境中微生物的最常用的方法是测定16S核糖体RNA(rRNA)基因的扩增产物。然而，由于16SrRNA基因序列的高度相似性，这种方法只能可靠地在较高分类水平(如属和科水平)识别微生物，而不是在亚种水平。然而，宏基因组学作为研究某个环境中整个微生物群落以解决复杂微生物生态系统的组成、多样性和功能的技术，使得在微生物群落之间或群落内揭示亚种水平细菌基因组之间的异质性变得更明晰，从而得到比单独测定16SrRNA基...
【技术保护点】
1.一种确定肠道细菌亚种的方法，其特征在于，包括：分析肠道细菌物种的每个样本，获取基因测序深度大于测序深度阈值的细菌物种，将选出的细菌物种的基因序列与PhyloPhlAn标记基因进行比对，实现肠道细菌物种样本的基因序列比对到相应的细菌物种；将基因序列比对后的肠道细菌物种样本进行SNP调用，得到调用SNP的肠道细菌物种样本，根据SNP出现的频率采用k中心点算法计算欧氏距离，将所述调用SNP的肠道细菌物种样本以细菌物种的形式进行聚类，根据每个聚类的中心点，获取所述调用SNP的肠道细菌物种样本的候选肠道细菌亚种集，评估所述候选肠道细菌亚种集的拟合优良性，最终确定肠道细菌亚种的集合。
【技术特征摘要】
1.一种确定肠道细菌亚种的方法，其特征在于，包括：分析肠道细菌物种的每个样本，获取基因测序深度大于测序深度阈值的细菌物种，将选出的细菌物种的基因序列与PhyloPhlAn标记基因进行比对，实现肠道细菌物种样本的基因序列比对到相应的细菌物种；将基因序列比对后的肠道细菌物种样本进行SNP调用，得到调用SNP的肠道细菌物种样本，根据SNP出现的频率采用k中心点算法计算欧氏距离，将所述调用SNP的肠道细菌物种样本以细菌物种的形式进行聚类，根据每个聚类的中心点，获取所述调用SNP的肠道细菌物种样本的候选肠道细菌亚种集，评估所述候选肠道细菌亚种集的拟合优良性，最终确定肠道细菌亚种的集合。2.根据权利要求1所述的确定肠道细菌亚种的方法，其特征在于，所述分析肠道细菌物种的每个样本，获取基因测序深度大于测序深度阈值的细菌物种，包括：采用Metaphlan2分析肠道细菌物种的每个样本，获取基因测序深度大于10的细菌物种；其中，所述测序深度阈值设置为10。3.根据权利要求1所述的确定肠道细菌亚种的方法，其特征在于，所述将选出的细菌物种的基因序列与PhyloPhlAn标记基因进行比对，包括：采用bowtie2将选出的细菌物种的基因序列与PhyloPhlAn标记基因进行比对。4.根据权利要求1所述的确定肠道细菌亚种的方法，其特征在于，所述将基因序列比对后的肠道细菌物种样本进行SNP调用，包括：采用Multi-GeMS将基因序列比对后的肠道细菌物种样本进行SNP调用。5.根据权利要求1所述的确定肠道细菌亚种的方法，其特征在于，所述根据每个聚类的中心点，获取所述调用SNP的肠道细菌物种样本的候选肠道细菌亚种集，评估所述候选肠道细菌亚种集的拟合优良性，最终确定肠道细菌亚种的集合，包括：根据每个聚类的中心点，采用SNP-flow获取所述调用SNP的肠道细菌物种样本的候选肠道细菌亚种集，采用AIC评估所述候选肠道...
【专利技术属性】
技术研发人员：宁康，谭重阳，杨鹏硕，韩毛振，
申请(专利权)人：华中科技大学鄂州工业技术研究院，华中科技大学，
类型：发明
国别省市：湖北,42
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