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本发明实施例提供了一种确定肠道细菌亚种的方法及设备。其中，所述方法包括：分析肠道细菌物种的每个样本，获取基因测序深度大于测序深度阈值的细菌物种，将选出的细菌物种的基因序列与PhyloPhlAn标记基因进行比对，实现肠道细菌物种样本的基因序列...该专利属于华中科技大学鄂州工业技术研究院;华中科技大学所有，仅供学习研究参考，未经过华中科技大学鄂州工业技术研究院;华中科技大学授权不得商用。