一种基于ddRAD方法的新品种鉴定方法技术

本发明专利技术提供一种基于ddRAD方法的新品种鉴定方法，属于生物技术领域，该方法先将待测品种细胞裂解并利用溶剂抽提，得到待测品种DNA基因组，然后进行ddRAD方法降低和简化基因组，并进行高通量测序后，再与性状相似品种进行基因分析，并得出物种树，以此鉴定出新品种；所述ddRAD测序方法中双酶切反应用含有巯基乙胺和2‑吡啶甲醇的体系进行酶切处理。本发明专利技术提供的基于ddRAD方法的新品种鉴定方法，能够提取得到多产、稳定的待测品种基因组，并通过低成本、高效、高质量的ddRAD测序方法降低和简化待测品种基因组的复杂度，实现基因检测多样性，且能够不受基因组序列的限制，对没有参考基因组的物种也可以进行大规模筛查与鉴定，有效提高鉴别结果的准确性和稳定性。

A New Variety Identification Method Based on ddRAD Method

The invention provides a new variety identification method based on ddRAD method, which belongs to the field of biotechnology. The method first splits the cell of the tested variety and extracts the DNA genome of the tested variety by solvent, then reduces and simplifies the genome by ddRAD method, and carries out high-throughput sequencing, then carries out gene analysis with similar varieties and obtains species tree, thereby identifying the species. A new variety; the double digestion reaction in the ddRAD sequencing method is carried out by digestion using a system containing Mercaptoethylamine and 2 pyridinemethanol. The new variety identification method based on ddRAD method provided by the invention can obtain a high-yield and stable genome of the tested variety, reduce and simplify the complexity of the genome of the tested variety by means of low-cost, high-efficiency and high-quality ddRAD sequencing method, realize the diversity of gene detection, and can be free from the restriction of genome sequence, and can also be imported to the species without reference genome. Large-scale screening and identification can effectively improve the accuracy and stability of identification results.

【技术实现步骤摘要】
一种基于ddRAD方法的新品种鉴定方法
本专利技术属于生物
，具体涉及一种基于ddRAD方法的新品种鉴定方法。
技术介绍
近些年来，许多品种的育种亲本越来越集中在少数优良品种或品系上，使所选育的新品种在植物学性状上很相似，同种异名、同名异种现象日益严重，难以区分，而且随着品种贸易的快速发展，对植物新品种权益进行保护的重要性也随之越来越突出，如：在审定新品种以及授予新品种的品种权前要进行品种鉴定，确定该品种的特异性、一致性和稳定性；在发生品种权纠纷案件时需要对争议品种进行鉴定，判断品种权的归属；在引进外来品种时必须快速鉴定和精确的描述该新品种的性状特征，确保引种的成功性；对种苗有必要实施早期鉴定。另外，在现阶段中国市场条件下，种苗市场管理不完善，以劣充优、以假乱真现象屡有发生，使花费几年到几十年的时间，投入大量技术、劳力、物质资源及资金培育出新品种的育种者、育种单位和公司以及种植伪劣苗木的农民蒙受难以弥补的经济损失，严重阻碍了农业生产的发展。因此，如何有效地鉴定植物品种成为一个非常重要的问题卜，而要实现有效地鉴定植物品种就需要一种具有高度准确性的植物品种鉴定方法。近年蓬勃发展的高本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基于ddRAD方法的新品种鉴定方法，包括基因组提取和ddRAD方法测序及分析鉴定，其特征在于：ddRAD测序方法中双酶切反应用含有巯基乙胺和2‑吡啶甲醇的体系进行酶切处理。

【技术特征摘要】
1.一种基于ddRAD方法的新品种鉴定方法，包括基因组提取和ddRAD方法测序及分析鉴定，其特征在于：ddRAD测序方法中双酶切反应用含有巯基乙胺和2-吡啶甲醇的体系进行酶切处理。2.根据权利要求1所述的一种基于ddRAD方法的新品种鉴定方法，其特征在于：所述ddRAD方法测序包括如下步骤：1）双酶切反应：利用两种常见性限制性内切酶对DNA基因组进行酶切，得到限制性酶切片段；2）连接反应：使用T4DNA连接酶对酶切所得限制性片段连接上DNA条形码接头A1和A2，得到形如“A1接头-DNA插入片段-A2接头”的序列对；3）核心片段回收选择：将连接产物进行琼脂糖凝胶电泳分离回收得到目标DNA片段；4）PCR扩增：对回收的含有不同条形码的目标DNA片段进行PCR扩增并富集；5）磁珠纯化：对PCR扩增产物采用磁珠法纯化；6）片段分布检查：对纯化DNA目的片段采用低熔点琼脂糖凝胶电泳进行片段分布检查和质量检测；7）测序：将纯化DNA目的片段稀释后进行高通量测序，获得简化后待测品种基因组信息。3.根据权利要求2所述的一种基于ddRAD方法的新品种鉴定方法，其特征在于：所述两种限制性内切酶为4~6碱基常见限制性内切酶，且不含稀有碱基限制性内切酶。4.根据权利要求2所述的一种基于ddRAD方法的新品种鉴定方法，其特征在于：所述连接反应中A1接头由正链和负链组成：正链：5’TACGGCGACCACCGAGATCACACXXXXX3’，负链：5’GWCYYYYYGTGTGATCTCGGTGGTCGCCGTA3’，其中，正链中的XXXXX代表DNA条形码序列，负链中的YYYYY代表与DNA条形码互补序列，W代表碱基A或T；所述A1接头中DNA条形码序列由12个4~9碱基序列组成，分别为：ATTGC、GGTGA、TGGCT、...

【专利技术属性】
技术研发人员：章成君，杨红，胡彦婷，石勇，金桂花，
申请(专利权)人：海盐昆植生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：浙江,33