膀胱癌组织T细胞图谱模型及其构建方法和构建系统技术方案

一种膀胱癌组织T细胞图谱模型及其构建方法和构建系统，其中构建方法包括如下步骤：设置疾病组与对照组，其中，疾病组取膀胱癌患者膀胱癌组织的标本待用，对照组取膀胱癌患者膀胱癌旁组织的标本待用；提取各标本的全基因组DNA；扩增出TCR的CDR3区，分别得到疾病组文库和对照组文库；采用高通量测序技术，对所述疾病组文库和所述对照组文库进行测序；对测序结果进行分析，构建膀胱癌组织T细胞图谱模型。上述膀胱癌组织T细胞图谱模型的构建方法，通过膀胱癌组织和癌旁组织免疫组库测序分析TCR数量的变化，能发现那些高克隆扩增TCR CDR3序列，可间接获知这些高克隆扩增T细胞亚家族的分布特点，从而有利于进一步研究膀胱癌发生发展机制。

T-cell atlas model of bladder cancer tissue and its construction method and construction system

A T-cell atlas model of bladder cancer tissue and its construction method and construction system include the following steps: setting up disease group and control group, in which disease group takes samples of bladder cancer tissue from bladder cancer patients for use, control group takes samples of bladder cancer tissues from bladder cancer patients for use; extracting genomic DNA from each sample; amplifying CDR3 region of TCR, and obtaining them respectively. To the disease group library and the control group library; using high-throughput sequencing technology, the disease group library and the control group library were sequenced; the sequencing results were analyzed, and the T cell atlas model of bladder cancer tissue was constructed. The method of constructing the T-cell atlas model of bladder cancer tissues mentioned above can be used to analyze the changes in the number of TCRs by sequencing the immunohistochemical Library of bladder cancer tissues and adjacent tissues. The high-clone amplified TCR CDR3 sequences can be found, and the distribution characteristics of these high-clone amplified T-cell subfamilies can be indirectly known, which is conducive to the further study of the mechanism of bladder cancer occurrence and development.

【技术实现步骤摘要】
膀胱癌组织T细胞图谱模型及其构建方法和构建系统
本专利技术涉及生物医学
，特别是涉及一种膀胱癌组织T细胞图谱模型的及其构建方法及和构建系统。
技术介绍
膀胱癌(Bladdercancer)是指膀胱内细胞恶性过度生长。转移性膀胱癌患者及晚期膀胱癌患者的中位存活时间仅约14个月，而能获得无肿瘤进展生存的患者仅占15％。这不仅严重危害着人类健康，而且给家庭、社会、国家带来严重的经济负担，已经成为一个需要迫切解决的社会公共卫生问题。近年来，肿瘤微环境中各种细胞间复杂的相互作用逐渐被人们认识，其中T淋巴细胞在其中发挥着重要作用。T淋巴细胞(T-lymphocytes)是来源于骨髓的多能干细胞，具有多种生物学功能，如直接杀伤靶细胞、抑制B淋巴细胞产生抗体，对特异性抗原产生应答反应和产生细胞因子等。T淋巴细胞对于膀胱癌细胞具有一定的杀死作用，作为细胞免疫的主力军，其对膀胱癌的治疗和抑制具有非常重要的作用。然而，在膀胱癌患者中，肿瘤微环境内的T淋巴细胞通常处于被抑制或者不识别状态。其中，T细胞抗原受体(Tcellreceptor，TCR)为存在于T淋巴细胞膜表面能够识别蛋白质抗原的受体，为所有本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种膀胱癌组织T细胞图谱模型的构建方法，其特征在于，包括如下步骤：设置疾病组与对照组，其中，疾病组取离体的膀胱癌患者膀胱癌组织的标本待用，对照组取离体的膀胱癌患者膀胱癌旁组织的标本待用；提取各标本的全基因组DNA；扩增出TCR的CDR3区，分别得到疾病组文库和对照组文库；采用高通量测序技术，对所述疾病组文库和所述对照组文库进行测序；对测序结果进行分析，构建膀胱癌组织T细胞图谱模型。

【技术特征摘要】
1.一种膀胱癌组织T细胞图谱模型的构建方法，其特征在于，包括如下步骤：设置疾病组与对照组，其中，疾病组取离体的膀胱癌患者膀胱癌组织的标本待用，对照组取离体的膀胱癌患者膀胱癌旁组织的标本待用；提取各标本的全基因组DNA；扩增出TCR的CDR3区，分别得到疾病组文库和对照组文库；采用高通量测序技术，对所述疾病组文库和所述对照组文库进行测序；对测序结果进行分析，构建膀胱癌组织T细胞图谱模型。2.根据权利要求1所述的构建方法，其特征在于，所述提取各标本的全基因组DNA，具体包括：(1)将各标本粉碎成碎片，分别取25mg各标本碎片放入至1.5ml的离心管中，加入180μLbufferATL；(2)加入2μL的蛋白酶K，充分涡旋混合均匀，在56℃孵育直至各标本碎片溶解，在各标本碎片溶解的过程中不断涡旋使组织充分散开；(3)加入200μLBufferAL，涡旋混匀15s，56℃孵育10min直至溶解；(4)加入200μL无水乙醇，涡旋混匀15s，得到混合液；(5)将所述混合液加入吸附柱，然后将吸附柱放入收集管中，≥8000rpm离心1min，弃滤液；(6)加入500μLBufferAW1，≥8000rpm离心1min，弃滤液；(7)加入500μLBufferAW2，14000rpm离心3min，弃滤液；(8)把吸附柱放到一个新的1.5mL收集管内，加入30μLBufferAE至膜中间，室温放置1min，14000rpm离心1min；使用30μL洗脱液BufferAE重复此步骤；(9)收集DNA并存放在2℃～8℃冰箱中待用，即得到各标本的全基因组DNA。3.根据权利要求1所述的构建方法，其特征在于，在提取各标本的全基因组DNA之后，以及在扩增出TCR的CDR3区之前，所述构建方法还包括：检测全基因组DNA中DNA含量及完整性，检测是否合格...

【专利技术属性】
技术研发人员：眭维国，戴勇，马井生，薛雯，
申请(专利权)人：中国人民解放军第一八一医院，
类型：发明
国别省市：广西,45