一种调控番茄腺毛形成的基因及克隆方法技术

本发明专利技术属于植物基因工程技术领域，公开了一种调控番茄腺毛形成的基因及克隆方法，测定转录组数据；TopHat2与参考基因组比对，结合Cufflinks对转录本拼接得转录本；去除表达量和可信度低的单外显子转录本、选择转录本长度>200bp转录本、筛除与数据库注释exon区域有重叠转录本、选择FPKM≥0.5转录本，确定疑似lncRNAs；用PFAM和CPC得lncRNAs。本发明专利技术确定在番茄I型腺体毛高表达的lncRNA，得调控番茄腺毛形成的lncRNA000100，全长序列为1266bp；该基因在番茄中超量表达，显著抑制I型番茄腺毛形成；可以在番茄抗虫、抗病毒、抗逆境等方面进行应用。

A Gene and Cloning Method for Regulating the Formation of Glandular Hair in Tomato

The invention belongs to the field of plant genetic engineering technology, and discloses a gene and cloning method for regulating the formation of glandular hairs in tomato to determine transcriptome data; TopHat2 is compared with reference genome, and transcripts are spliced with Cufflinks to obtain transcripts; single exon transcripts with low expression quantity and credibility are removed, transcripts with length > 200 bp are selected, and exon regions are screened and annotated in database. Domain overlapping transcripts, FPKM (> 0.5) transcripts were selected to identify the suspected lncRNAs; lncRNAs were obtained by PFAM and CPC. The invention determines that the lncRNA highly expressed in type I glandular hair of tomato can regulate the formation of the lncRNA 000100 of the glandular hair of tomato, with a full length sequence of 1266 bp; the gene is overexpressed in tomato, and can significantly inhibit the formation of type I glandular hair; it can be applied in insect resistance, virus resistance, stress resistance and other aspects of tomato.

【技术实现步骤摘要】
一种调控番茄腺毛形成的基因及克隆方法
本专利技术属于植物基因工程
，尤其涉及一种调控番茄腺毛形成的基因及克隆方法。
技术介绍
目前，业内常用的现有技术是这样的：植物茸毛是表皮细胞所特化的细胞结构，具有重要的抗虫防病毒作用，同时也是研究植物细胞命运调控的模式系统。拟南芥茸毛和棉花纤维为典型的非腺体毛，其形成机制已经较为清楚。番茄、薄荷、烟草等的部分茸毛为典型的腺体毛，其调控机制少有研究。番茄茸毛中的腺体毛类型能够分泌甲基酮、倍半萜烯等次级代谢物而具有很好的抗虫性。番茄是我国重要的蔬菜作物，由于抗虫性研究较为薄弱而阻碍了抗虫种质资源的应用。因此，番茄腺体毛调控机制的研究对于利用腺毛资源来提高番茄的抗虫性和丰富植物细胞命运调控的分子机制具有重要意义。番茄lncRNA000100具有这样的一些功能，因此研究番茄表皮毛lncRNA000100对于丰富番茄茸毛调控途径以及植物细胞命运的调控机制具有重要的意义。番茄茸毛有Ι-VII七种类型，其中I、IV、VI和VII属于腺体毛，II、III和V属于非腺体毛。I型腺体毛的腺体较小、具有一个长的多细胞颈部；II型和III型腺体毛长度相似，其中II本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种调控番茄腺毛形成的基因，其特征在于，所述调控番茄腺毛形成的基因lncRNA全长cDNA序列为1266bp；cDNA序列为SEQ ID NO：1。

【技术特征摘要】
1.一种调控番茄腺毛形成的基因，其特征在于，所述调控番茄腺毛形成的基因lncRNA全长cDNA序列为1266bp；cDNA序列为SEQIDNO：1。2.一种如权要求1所述的调控番茄腺毛形成的基因的克隆方法，其特征在于，所述的调控番茄腺毛形成的基因的克隆方法，包括：步骤一：采用paired-endssRNA-Seq，测定I型腺体毛、Wo基因突变体和野生型对照AilsaCraig的转录组数据；步骤二：利用TopHat2与参考基因组进行比对，再结合Cufflinks进行转录本的拼接，获得转录本；步骤三：通过去除表达量和可信度低的单外显子转录本、选择转录本长度>200bp的转录本、筛除与数据库注释exon区域有重叠的转录本、选择FPKM≥0.5的转录本，确定疑似lncRNAs；步骤四：利用两种编码潜能分析软件PFAM和CPC，对疑似转录本分别进行编码潜能的预测，取交集，最终获得lncRNAs。3.如权利要求2所述的调控番茄腺毛形成的基因的克隆方法，其特征在于，调控番茄腺毛形成的基因为：lncRNA000100；所述的调控番茄腺毛形成的基因的克隆方法，进一步包括：RNA-seq分别获得109,747,652、102,356,032、104,576,556、99,279,862、102,811,164、105,689,184原始数据；去除低质量的原始数据，分别获得高质量的reads数107276494、100109508、102147322、96925...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨长宪，叶志彪，廖晓利，朱顺华，裴利菲，王涛涛，李汉霞，
申请(专利权)人：华中农业大学，
类型：发明
国别省市：湖北,42