The invention discloses a detection method for low frequency mutation of circulating tumor DNA (hereinafter referred to as ctDNA). The method includes the following steps: S1, extracting cfDNA from plasma; S2, terminal repair of extracted cfDNA and adding \A\ at 3'end; S3, joining the end repair product, which contains random molecular tag sequence and index sequence for differentiating different samples; S4, joining the joining product. Line PCR amplification; S5, probe capture target library; S6, through Illumina Miseq, Illumina Nextseq, Illumina Hiseq platform for sequencing, and analysis of the data downloaded. This method is suitable for probe targeted capture and sequencing. It can reduce the repetition rate of downloaded data, remove errors in the process of PCR and sequencing, improve the sensitivity and specificity of ctDNA detection, and reduce the false positive rate.
【技术实现步骤摘要】
一种循环肿瘤DNA低频突变的检测方法
本专利技术涉及高通量测序领域，具体而言，涉及一种循环肿瘤DNA低频突变的检测方法。
技术介绍
cfDNA是指以单链或双链DNA或DNA蛋白复合物形式存在于血液、脑脊液中的一种胞外DNA。1948年，Mandel和Metais首次发现人体血液中存在游离DNA。在肿瘤患者体内，由肿瘤细胞坏死、凋亡后释放入血液中的游离DNA片段称为循环肿瘤DNA（ctDNA）。ctDNA片段大小一般为160-180bp左右，半衰期为16min-2h不等。由于ctDNA携带了肿瘤细胞的全部变异信息，且这些基因突变仅存在于癌前细胞或癌细胞基因组中，不会在同一机体的其他正常细胞DNA中出现，因此，ctDNA相对于传统的组织学样本能够更好的体现肿瘤异质性。此外，ctDNA无需侵入性取材，只需取一管血即可检测，能够方便地监测肿瘤进程、监测靶向治疗动态。因此，基于ctDNA的肿瘤基因检测技术逐渐成为临床应用的热点，具有广泛前景。虽然ctDNA检测技术具有很大潜力，但要将其广泛应用于临床还需克服诸多障碍。首先，血液中游离DNA含量很少，平均1ml血浆中只能提取到...
【技术保护点】
1.一种ctDNA低频突变的检测方法，其特征在于，所使用的接头由SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的两条序列退火而成；所述SEQ ID NO.1含有随机分子标签序列，该随机分子标签序列长14bp，序列为NNANNTNNCNNGNN，位于Index2位置上，其中，N表示ATCG四种碱基中任意一种，每两个随机碱基分别由一个A或T或C或G碱基隔开；所述SEQ ID NO.2序列含有用于区分不同样本的index序列，该index序列长6bp，由ATCG四种碱基组成。
【技术特征摘要】
1.一种ctDNA低频突变的检测方法，其特征在于，所使用的接头由SEQIDNO.1和SEQIDNO.2所示的两条序列退火而成；所述SEQIDNO.1含有随机分子标签序列，该随机分子标签序列长14bp，序列为NNANNTNNCNNGNN，位于Index2位置上，其中，N表示ATCG四种碱基中任意一种，每两个随机碱基分别由一个A或T或C或G碱基隔开；所述SEQIDNO.2序列含有用于区分不同样本的index序列，该inde...
【专利技术属性】
技术研发人员：刘青青，谢文龙，曾缘欢，陈荣山，李宇，温恒斌，肖辛野，姚迅，李奇渊，李晓哲，
申请(专利权)人：厦门基源医疗科技有限公司，
类型：发明
国别省市：福建,35
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