特异甲基化位点作为乳腺癌分子分型诊断标志物的应用制造技术

本发明专利技术公开了一种特异甲基化位点作为乳腺癌分子分型诊断标志物的应用。本发明专利技术确立了筛选疾病相关的染色体甲基化位点的方法和标准，并以乳腺癌为例筛选到与乳腺癌的诊断相关的40个甲基化位点。所筛选到的特异甲基化位点作为乳腺癌的分子分型诊断标志物，可用于无创的方式检测乳腺癌的分子分型等疾病诊断。其中，试剂盒用于选自以下用途中的一项或多项：乳腺癌分子分型的诊断、乳腺癌患病风险的评估、乳腺癌治疗效果的评估和乳腺癌治疗药物的筛选等。

Application of specific methylation sites as diagnostic markers for breast cancer molecular typing

The present invention discloses a specific methylation site as an application marker for molecular typing diagnosis of breast cancer. The invention establishes a method and standard for screening disease-related chromosomal methylation sites, and takes breast cancer as an example to screen 40 methylation sites related to the diagnosis of breast cancer. The selected specific methylation sites can be used as molecular typing diagnostic markers for breast cancer, and can be used for noninvasive detection of breast cancer molecular typing and other diseases. Among them, the kit is selected from one or more of the following uses: breast cancer molecular typing diagnosis, breast cancer risk assessment, breast cancer treatment evaluation and screening of drugs for breast cancer treatment.

【技术实现步骤摘要】
特异甲基化位点作为乳腺癌分子分型诊断标志物的应用
本专利技术涉及生物
，具体而言，涉及一种特异甲基化位点作为乳腺癌分子分型诊断标志物的应用。
技术介绍
液体活检技术被MITtechnology评为2015十大科技进展，为肿瘤耐药生物标志物研究提供了新的思路。液体活检相较于组织活检优势众多，如非介入性、可重复性地获得肿瘤样本，副作用小、操作简便、成本较低、检测速度快。循环肿瘤DNA(cfDNA)携带了肿瘤DNA的突变和甲基化信息，利用cfDNA作为肿瘤标志物，检测结果的假阳性率低，灵敏度高，准确度高。大多数蛋白质肿瘤标志物能在血液中存在数周，cfDNA的半衰期只有不到两个小时，因此可以利用cfDNA实时监控肿瘤的发展。cfDNA逐渐成为肿瘤液体活检的经典检测对象之一。但由于cfDNA含量极低(纳克级别)、降解严重，液体活检发展遭遇瓶颈，正面临巨大的挑战。癌症，又被称为恶性肿瘤，是由控制细胞生长增殖机制的失常而引起的疾病。正常情况下，细胞的生长增殖由包括癌基因和抑癌基因在内的一些调控生长发育的基因严密调控，保持正常的生理状态；在受到辐射，损伤，化学污染，病毒感染以及内分泌失衡等多种本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种检测受试者待测样品中cfDNA甲基化位点的甲基化水平的试剂在制备试剂盒中的用途，其特征在于，所述试剂盒用于选自以下用途中的一项或多项：乳腺癌分子分型的诊断、乳腺癌患病风险的评估、乳腺癌治疗效果的评估和乳腺癌治疗药物的筛选；所述甲基化位点选自chr10：39097581，chr10：88386316，chr11：105772483，chr11：113528661，chr1：163455492，chr1：164069493，chr1：173149222，chr1：201310696，chr12：29221374，chr1：233270329，chr1：242355017，chr14：606...

【技术特征摘要】
1.一种检测受试者待测样品中cfDNA甲基化位点的甲基化水平的试剂在制备试剂盒中的用途，其特征在于，所述试剂盒用于选自以下用途中的一项或多项：乳腺癌分子分型的诊断、乳腺癌患病风险的评估、乳腺癌治疗效果的评估和乳腺癌治疗药物的筛选；所述甲基化位点选自chr10：39097581，chr10：88386316，chr11：105772483，chr11：113528661，chr1：163455492，chr1：164069493，chr1：173149222，chr1：201310696，chr12：29221374，chr1：233270329，chr1：242355017，chr14：60666657，chr1：59426963，chr16：46420219，chr18：61618871，chr21：20247091，chr21：23757716，chr2：36975610，chr2：87314115，chr2：89834041，chr2：89837315，chr2：89858946，chr3：115818550，chr3：144975142，chr4：164139191，chr4：189484234，chr4：3579745，chr4：47297495，chr4：71802931，chr5：42079715，chr6：100477543，chr6：153594933，chr6：40877403，chr6：75723365，chr7：103135406，chr7：148667863，chr7：43817571，chr8：27578331，chr8：46896342和chr8：75989278中的一个或多个。2.根据权利要求1所述的用途，其特征在于，所述待测样品为乳腺癌患者的血液或血浆样本。3.根据权利要求2所述的用途，其特征在于，所述乳腺癌患者包括不同分子分型的乳腺癌患者。4.根据权利要求2或3所述的用途，其特征在于，所述甲基化位点为chr10：39097581，chr10：88386316，chr11：105772483，chr11：113528661，chr1：163455492，chr1：164069493，chr1：173149222，chr1：201310696，chr12：29221374，chr1：233270329，chr1：242355017，chr14：60666657，chr1：59426963，chr16：46420219，chr18：61618871，chr21：20247091，chr21：23757716，chr2：36975610，chr2：87314115，chr2：89834041，chr2：89837315，chr2：89858946，chr3：115818550，chr3：144975142，chr4：164139191，chr4：189484234，chr4：3579745，chr4：47297495，chr4：71802931，chr5：42079715，chr6：100477543，chr6：153594933，chr6：40877403，chr6：75723365，chr7：103135406，chr7：148667863，chr7：43817571，chr8：27578331，chr8：46896342和chr8：75989278。5.根据权利要求1所述的用途，其特征在于，所述检测受试者待测样品中甲基化位点的甲基化水平所采用的方法为焦磷酸测序、亚硫酸氢盐测序、定量和/或定性的甲基化特异性聚合酶链式反应、定量和/或定性的亚硫酸氢盐特异性聚合酶链式反应、数字聚合酶链式反应、联合亚硫酸氢盐的靶向测序、DNA印迹法、限制性界标基因组扫描、单核苷酸引物延伸、CpG岛微阵列、单核苷酸引物延伸SNUPE、联合亚硫酸氢钠限制性内切酶分析法或质谱。6.一种用于检测受试者待测样品中cfDNA甲基化位点的甲基化水平的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒中包含检测受试者待测样品中甲基化位点的甲基化水平的试剂，所述试剂盒用于选自以下用途中的一项或多项：乳腺癌分子分型的诊断、乳腺癌患病风险的评估、乳腺癌癌治疗效果的评估和乳腺癌治疗药物的筛选；所述甲基化位点选自chr10：39097581，chr10：88386316，chr11：105772483，chr11：113528661，chr1：163455492，chr1：164069493，chr1：173149222，chr1：201310696，chr12：29221374，chr1：233270329，chr1：242355017，chr14：60666657，chr1：59426963，chr16：46420219，chr18：61618871，chr21：20247091，chr21：23757716，chr2：36975610，chr2：87314115，chr2：89834041，chr2：89837315，chr2：89858946，chr3：115818550，chr3：144975142，chr4：164139191，chr4：189484234，chr4：3579745，chr4：47297495，chr4：71802931，chr5：42079715，chr6：100477543，chr6：153594933，chr6：40877403，chr6：75723365，chr7：103135406，chr7：148667863，chr7：43817571，chr8：27578331，chr8：46896342和chr8：75989278中的一个或多个。7.根据权利要求6所述的试剂盒，其特征在于，所述待测样品为乳腺癌患者的血液或血浆样本。8.根据权利要求7所述的试剂盒，其特征在于，所述患者为不同分子分型的乳腺癌患者。9.根据权利要求7或8所述的试剂盒，其特征在于，所述甲基化位点为chr10：39097581，chr10：88386316，chr11：105772483，chr11：113528661，chr1：163455492，chr1：164069493，chr1：173149222，chr1：201310696，chr12：29221374，chr1：233270329，chr1：242355017，chr14：60666657，chr1：59426963，chr16：46420219，chr18：61618871，chr21：20247091，chr21：23757716，chr2：36975610，chr2：87314115，chr2：89834041，chr2：89837315，chr2：89858946，chr3：115818550，chr3：144975142，chr4：164139191，chr4：189484234，chr4：3579745，chr4：47297495，chr4：71802931，chr5：42079715，chr6：100477543，chr6：153594933，chr6：40877403，chr6：75723365，chr7：103135406，chr7：148667863，chr7：43817571，chr8：27578331，chr8：46896342和chr8：75989278。10.根据权利要求6所述的试剂盒，其特征在于，所述检测受试者待测样品中甲基化位点的甲基化水平的试剂为用于焦磷酸测序、亚硫酸氢盐测序、定量和/或定性的甲基化特异性聚合酶链式反应、定量和/或定性的亚硫酸氢盐特异性聚合酶链式反应、数字聚合酶链式反应、联合亚硫酸氢盐的靶向测序、DNA印迹法、限制性界标基因组扫描、单核苷酸引物延伸、CpG岛微阵列、单核苷酸引物延伸SNUPE、联合亚硫酸氢钠限制性内切酶分析法或质谱检测的试剂。11.一种用于治疗乳腺癌的药物筛选的方法，其特征在于，包括检测受试者待测样品中cfDNA甲基化位点的甲基化水平的步骤；所述甲基化位点选自chr10：39097581，chr10：88386316，chr11：105772483，chr11：113528661，chr1：163455492，chr1：164069493，chr1：173149222，chr1：201310696，chr12：29221374，chr1：233270329，chr1：242355017，chr14：60666657，chr1：59426963，chr16：46420219，chr18：61618871，chr21：20247091，chr21：23757716，chr2：36975610，chr2：87314115，chr2：89834041，chr2：89837315，chr2：89858946，chr3：115818550，chr3：144975142，chr4：164139191，chr4：189484234，chr4：3579745，chr4：47297495，chr4：71802931，chr5：42079715，chr6：100477543，chr6：153594933，chr6：40877403，chr6：75723365，chr7：103135406，chr7：148667863，chr7：43817571，chr8：27578331，chr8：46896342和chr8：75989278中的一个或多个。12.根据权利要求11所述的方法，其特征在于，当与治疗前或者使用筛选药物前相比，选自chr10：39097581，chr10：88386316，chr11：105772483，chr11：113528661，chr1：163455492，chr1：164069493，chr1：173149222，chr1：201310696，chr12：29221374，chr1：233270329，chr1：242355017，chr14：60666657，chr1：59426963，chr16：46420219，chr18：61618871，chr21：20247091，chr21：23757716，chr2：36975610，chr2：87314115，chr2：89834041，chr2：89837315，chr2：89858946，chr3：115818550，chr3：144975142，chr4：164139191，chr4：189484234，chr4：3579745，chr4：47297495，chr4：71802931，chr5：42079715，chr6：100477543，chr6：153594933，chr6：40877403，chr6：75723365，chr7：103135406，chr7：148667863，chr7：43817571，chr8：27578331，chr8：46896342和chr8：75989278中的一个或多个甲基化位点的甲基化水平升高或降低时，表明用于筛选的药物有效。13.根据权利要求11所述的方法，其特征在于，所述待测样品为乳腺癌患者的血液或血浆样本。14.根据权利要求13所述的方法，其特征在于，所述乳腺癌患者包括不同分子分型的乳腺癌患者。15.根据权利要求13或14所述的方法，其特征在于，所述甲基化位点为chr10：39097581，chr10：88386316，chr11：105772483，chr...

【专利技术属性】
技术研发人员：孙英丽，安珂，李国超，
申请(专利权)人：中国科学院北京基因组研究所，
类型：发明
国别省市：北京,11