TRIM63基因片段作为母猪肢蹄骨密度SNP分子标记制造技术

本发明专利技术属于动物分子标记筛选技术领域，具体涉及TRIM63基因片段作为母猪肢蹄骨密度SNP分子标记。本发明专利技术通过基因芯片技术对TRIM63基因进行分型筛选得到一种与母猪肢蹄骨密度相关的分子标记，该标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列的第2301位的碱基处存在一个A/G的等位基因突变，导致SEQ ID NO：1所示序列的多态性，且当SEQ ID NO：1上的第2301位核苷酸为G时，判定母猪的肢蹄具有更高的骨密度。本发明专利技术公开了筛选与母猪肢蹄骨密度相关标记的方法及其关联分析的应用。为猪肢蹄结实度性状尤其是骨密度的标记辅助选择提供了新的SNP分子标记。

【技术实现步骤摘要】
TRIM63基因片段作为母猪肢蹄骨密度SNP分子标记
本专利技术涉及猪分子标记制备
，具体涉及TRIM63基因片段作为母猪肢蹄骨密度SNP分子标记。本专利技术的分子标记克隆自TRIM63基因，所述的分子标记可用于猪肢蹄骨密度性状的检测。
技术介绍
在现代化规模化养猪行业中，猪的肢蹄病俨然已经成为猪群中常见的、复杂的问题之一，且见于所有日龄的猪。Heinonen等研究结果表明因肢蹄病淘汰的母猪占所有淘汰的母猪的20-50％，且后备母猪和青年母猪蹄甲更易磨损而引发蹄壳破裂(HeinonenM,OravainenJ,OrroT,etal.Lamenessandfertilityofsowsandgiltsinrandomlyselectedloose-housedherdsinFinland.VeterinaryRecord,2006,159(12):383-387)；王超等对广西某公猪站中淘汰的647头公猪进行了统计分析，结果表明由于肢蹄病造成的淘汰率最高为32.15％，且发病率因品种而异(王超等，广西公猪站公猪淘汰原因及在群猪肢蹄病发病规律调查研究，中国饲料营养学术研讨会.2014)。同时由于生产成本的限制，猪的肢蹄一旦出现问题，只有极少数能够被治愈(郭春艳，浅谈母猪肢蹄病的发病原因及防治措施[J]，农家致富顾问,2017(16):20-20)，绝大多数则采取淘汰措施，给猪养殖业造成了巨大的经济损失。肢蹄结实度，是指肢蹄健康程度和四肢运动协调程度的综合反应，一般用其对立面即肢蹄软弱(legweakness)来表示(林亦孝，谈谈种猪肢蹄结实度[J]，江西畜牧兽医杂志,2003(4):14-14)。猪的肢蹄结实度是一个数量性状，且遗传因素是最重要的影响因素之一(候利娟等，猪肢蹄结实度的遗传解析进展，猪业科学2013:94-7)。TRIM63基因又被称为肌肉特异性无名指蛋白1(MURF1),是主要在肌肉组织中表达的E3泛素连接酶,能够介导糖皮质激素诱导促进成骨细胞分化(AzumaK,UranoT,OuchiY,etal.Glucocorticoid-inducedgenetripartitemotif-containing63(TRIM63)promotesdifferentiationofosteoblasticcells[J].EndocrineJournal,2010,57(5):455-462.)。根据2000年美国国立卫生研究院(NIH)共识声明，骨质疏松症(Osteoporosis，OP)定义为以骨强度受损为特征的骨骼疾病，并伴有骨折增加的风险。骨矿物质密度(bonemineraldensity，BMD)是目前被认为评价骨生长的重要参数，并且与骨折风险和结构健全相关(程晓光，骨密度测量和骨质疏松诊断[J]，国际内分泌代谢杂志,2005,25(5):308-310)。骨折的发生率随着骨矿物质密度的降低而增加，因此以骨矿物质密度作为评估骨脆性风险具有很强的特异性。目前骨密度临床测定方法主要有单光子吸收仪、超声波仪、双能X射线(DEXA)和电子计算机横断层扫描(CT)(曹健，骨密度(BMD)测定的应用评价[J]，医药前沿,2013(2))。由于动物活动的不确定性和体型区别，通常双能X射线和电子计算机横断层扫描应用最广泛、准确，但其设备价格昂贵(刘珺，双能X线骨密度仪与定量CT测量骨密度的比较研究[D]，中南大学学报,2005)，且操作十分麻烦，大大限制了其在动物骨密度研究中的应用。而超声波骨轴传播技术不仅能够测定动物骨密度，在一定程度上还可以反映动物骨强度及骨结构的情况，具有简便、无辐射损伤、重复精度高、且价格便宜，易于携带的优点(孙涛等，骨密度无损测定方法简介及其最新进展[J]，中国医疗设备,2009,24(1):49-51)。本专利技术中发现的SNP与猪肢蹄骨密度性状的相关性达到了显著水平，为家猪肢蹄结实度性状的研究提供了新的遗传资源。
技术实现思路
本专利技术的目的在于克服现有技术的缺陷，提供TRIM63基因片段作为母猪肢蹄骨密度SNP分子标记，以完善家猪抗病育种分子标记。本专利技术利用50K的基因芯片对SNP进行分型，并使用全基因组关联分析(GWAS)筛选与母猪肢蹄相关的SNP，为猪的抗病育种提供新的标记资源。本专利技术的技术方案如下所述：申请人通过基因分型技术并参阅Ensembl数据库，得到登陆号为ALGA0103829基因的单核苷酸位点突变的上下游片段2300bp的核苷酸序列，进而发展成为如SEQIDNO:1所示的核苷酸序列的分子标记。具体序列为：GATGTTGATTTTCTCGTCTTCGTGCTCCTTGCACATGGGGTGGCTGCCCTTCTGCAGGGGCCGACTGCAGAGGAGAAGAGTCATGAGTCACGAGGTGAGGATCTCAAGTTCCCGTCTGCCCCCCGCGCCAGCCCCAGGAGGCCACCACAGACCTGTGACTCCAGTTCTCAGGGCTTGCCTGTCCCCATCCTTTTCTTTTCATCCTCTGAGGACCCAAGACCATGAGAGCCAATGACACCAAGGCTAGGATTCAAACTCCAGTGATGGAGTTGAACTTGGGCCCTGATAGCACAGGATGTGGGAAGGGCTGTAGGATCCCAAAGTCAATTTGAGACATTTTCAAGAAGAGGAAACTGGGTTCCAGAAAGGTGAATTGACTTGCCCAAGGTCACCCAGCAAGTCAGGGCAAGGGAGGCTAGAGTTCATTTGCTCTAATTATAGTCTCCATAGCTCTTGGTTACAGCAGGCCGGGCGCTGAGCAAAGTAATTTATACTCATGGCCTCACTGAATTCTATATTTAATCCACTAGACTGTAATCTCCATCAAAGCAGGGAAACTTGCCTGTCCCTGAATCTGCAGTGTACAGTGCCTGGCGCAGAGAAGGTGGTCATTAAATACAGGCAGAAAAATAAATGGGGAAGCATGCCATGAGGGTGCCCTGAGGCTCCGAGAAGGAGGTGGTATGTGTGCCCCAAGTCACACAGCTAGAACATGGGCCATCAGGGCGTCCAACAGCCCAGCACAAGCCTTGACTTCTAGTCCAGAAATTTTTTCCAGGGTCCAGAATCACTTCTTTGCCTTTTTTCCCAAATACACACGTTTTTTGGTGTGTGTCTGCTGCATATGGAAGTTCCCAGGCCAGGGATCAAACTTGAGCCATAGCAGTAACCTGAGCCACAGCAGTGACAATGCCGAGTCCTTAAATGCTAGGGCAGGGAACTCCCCAAATACACACTCTTAGAATGACTTTCTCCCTCTGTCTCTCTCTTTGCTTCAGGCTTCTGGCATGTTCTTCTGTGCTTCTCTCAGGGTCACTTCCTACCTGAGATTCAGTTTTTGGAGTCTAGGTCTTACCGCTCCAGCTATACATTATACT本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与母猪肢蹄骨密度相关的分子标记，其核苷酸序列如下所述:GATGTTGATTTTCTCGTCTTCGTGCTCCTTGCACATGGGGTGGCTGCCCTTCTGCAGGGGCCGACTGCAGAGGAGAAGAGTCATGAGTCACGAGGTGAGGATCTCAAGTTCCCGTCTGCCCCCCGCGCCAGCCCCAGGAGGCCACCACAGACCTGTGACTCCAGTTCTCAGGGCTTGCCTGTCCCCATCCTTTTCTTTTCATCCTCTGAGGACCCAAGACCATGAGAGCCAATGACACCAAGGCTAGGATTCAAACTCCAGTGATGGAGTTGAACTTGGGCCCTGATAGCACAGGATGTGGGAAGGGCTGTAGGATCCCAAAGTCAATTTGAGACATTTTCAAGAAGAGGAAACTGGGTTCCAGAAAGGTGAATTGACTTGCCCAAGGTCACCCAGCAAGTCAGGGCAAGGGAGGCTAGAGTTCATTTGCTCTAATTATAGTCTCCATAGCTCTTGGTTACAGCAGGCCGGGCGCTGAGCAAAGTAATTTATACTCATGGCCTCACTGAATTCTATATTTAATCCACTAGACTGTAATCTCCATCAAAGCAGGGAAACTTGCCTGTCCCTGAATCTGCAGTGTACAGTGCCTGGCGCAGAGAAGGTGGTCATTAAATACAGGCAGAAAAATAAATGGGGAAGCATGCCATGAGGGTGCCCTGAGGCTCCGAGAAGGAGGTGGTATGTGTGCCCCAAGTCACACAGCTAGAACATGGGCCATCAGGGCGTCCAACAGCCCAGCACAAGCCTTGACTTCTAGTCCAGAAATTTTTTCCAGGGTCCAGAATCACTTCTTTGCCTTTTTTCCCAAATACACACGTTTTTTGGTGTGTGTCTGCTGCATATGGAAGTTCCCAGGCCAGGGATCAAACTTGAGCCATAGCAGTAACCTGAGCCACAGCAGTGACAATGCCGAGTCCTTAAATGCTAGGGCAGGGAACTCCCCAAATACACACTCTTAGAATGACTTTCTCCCTCTGTCTCTCTCTTTGCTTCAGGCTTCTGGCATGTTCTTCTGTGCTTCTCTCAGGGTCACTTCCTACCTGAGATTCAGTTTTTGGAGTCTAGGTCTTACCGCTCCAGCTATACATTATACTCTCATTTAGAGCCAATAGCATGTCTACACCATCTCTGAGTTCCCAATCTCATAAAGGGTGAATCGTCCCCATCTGTGTCAGTGCCTCACCTCCAAACAGCCTTGCATGACTGATCTCACCCTGATCACAGACCTCAAGGTCTTAAATAAGCCCCTTTCCAGACTTGTCTTTTTGCATCTTTCAGCCCACCCCACCCCCACCCCATGCCGGCAGGGCTGTGCCTTTGCCACCTGTCTCTACCCCCGGGAAGGGATCTCGAGGAGGGCAGTAGGTACAGAGGTGAGGCAAGATCCTGGGGGTCTGGTGCCTCTGTCCTCCACCATCCCAGATGCCATCCTCCCAATCCCAGGTGCCAGCATCTGGGATCAAGTCCAGATTGATCTGCCACTTATTTACTGGGAACTTGGACAAGTGATTTTACCTCTCTGAGCCTTGCTTTTATCCCAGAGCTAGTGGGATCCTGGCAGGAGTTGTCTGTAATGATTGCATAGTGCCTGGCACAGAGCAGATCCTCTGCAACTATCATCATCCTTCAACTGTGTAGAAAGACCTCGAAGGGTTCAAACACTAGGTTCTTCCTAGGTCAACACTGGGTGGGCTAATATTTTGGTACAATATTGGTTTTATTATGATTATTATTATCACGATCGACAATATAATTGAATTTTTGCAGTGTTGAACTCTAGCAACCTGACAGGCAGTAGAAGTGACAAATGTCCACTATGGAGTCAATCAGACAGGCTTCTTCTCGGCTTCGCCACTGGCTAGCTGAGTGGCCTCGGCCAAACGTCTGCCTGCAGAAAGGCACTTGGTGATGGTTTGGGACCACAAGGGGCATGAGGTTAGAGTCTGGAGGTCCTGATTGTAAAGCT...

【技术特征摘要】
1.一种与母猪肢蹄骨密度相关的分子标记，其核苷酸序列如下所述:GATGTTGATTTTCTCGTCTTCGTGCTCCTTGCACATGGGGTGGCTGCCCTTCTGCAGGGGCCGACTGCAGAGGAGAAGAGTCATGAGTCACGAGGTGAGGATCTCAAGTTCCCGTCTGCCCCCCGCGCCAGCCCCAGGAGGCCACCACAGACCTGTGACTCCAGTTCTCAGGGCTTGCCTGTCCCCATCCTTTTCTTTTCATCCTCTGAGGACCCAAGACCATGAGAGCCAATGACACCAAGGCTAGGATTCAAACTCCAGTGATGGAGTTGAACTTGGGCCCTGATAGCACAGGATGTGGGAAGGGCTGTAGGATCCCAAAGTCAATTTGAGACATTTTCAAGAAGAGGAAACTGGGTTCCAGAAAGGTGAATTGACTTGCCCAAGGTCACCCAGCAAGTCAGGGCAAGGGAGGCTAGAGTTCATTTGCTCTAATTATAGTCTCCATAGCTCTTGGTTACAGCAGGCCGGGCGCTGAGCAAAGTAATTTATACTCATGGCCTCACTGAATTCTATATTTAATCCACTAGACTGTAATCTCCATCAAAGCAGGGAAACTTGCCTGTCCCTGAATCTGCAGTGTACAGTGCCTGGCGCAGAGAAGGTGGTCATTAAATACAGGCAGAAAAATAAATGGGGAAGCATGCCATGAGGGTGCCCTGAGGCTCCGAGAAGGAGGTGGTATGTGTGCCCCAAGTCACACAGCTAGAACATGGGCCATCAGGGCGTCCAACAGCCCAGCACAAGCCTTGACTTCTAGTCCAGAAATTTTTTCCAGGGTCCAGAATCACTTCTTTGCCTTTTTTCCCAAATACACACGTTTTTTGGTGTGTGTCTGCTGCATATGGAAGTTCCCAGGCCAGGGATCAAACTTGAGCCATAGCAGTAACCTGAGCCACAGCAGTGACAATGCCGAGTCCTTAAATGCTAGGGCAGGGAACTCCCCAAATACACACTCTTAGAATGACTTTCTCCCTCTGTCTCTCTCTTTGCTTCAGGCTTCTGGCATGTTCTTCTGTGCTTCTCTCAGGGTCACTTCCTACCTGAGATTCAGTTTTTGGAGTCTAGGTCTTACCGCTCCAGCTATACATTATACTCTCATTTAGAGCCAATAGCATGTCTACACCATCTCTGAGTTCCCAATCTCATAAAGGGTGAATCGTCCCCATCTGTGTCAGTGCCTCACCTCCAAACAGCCTTGCATGACTGATCTCACCCTGATCACAGACCTCAAGGTCTTAAATAAGCCCCTTTCCAGACTTGTCTTTTTGCATCTTTCAGCCCACCCCACCCCCACCCCATGCCGGCAGGGCTGTGCCTTTGCCACCTGTCTCTACCCCCGGGAAGGGATCTCGAGGAGGGCAGTAGGTACAGAGGTGAGGCAAGATCCTGGGGGTCTGGTGCCTCTGTCCTCCACCATCCCAGATGCCATCCTCCCAATCCCAGGTGCCAGCATCTGGGATCAAGTCCAGATTGATCTGCCACTTATTTACTGGGAACTTGGACAAGTGATTTTACCTCTCTGAGCCTTGCTTTTATCCCAGAGCTAGTGGGATCCTGGCAGGAGTTGTCTGTAATGATTGCATAGTGCCTGGCACAGAGCAGATCCTCTGCAACTATCATCATCCTTCAACTGTGTAGAAAGACCTCGAAGGGTTCAAACACTAGGTTCTTCCTAGGTCAACACTGGGTGGGCTAATATTTTGGTACAATATTGGTTTTATTATGATTATTATTATCACGATCGACAATATAATTGAATTTTTGCAGTGTTGAACTCTAGCAACCTGACAGGCAGTAGAAGTGACAAATGTCCACTATGGAGTCAATCAGACAGGCTTCTTCTCGGCTTCGCCACTGGCTAGCTGAGTGGCCTCGGCCAAACGTCTGCCTGCAGAAAGGCACTTGGTGATGGTTTGGGACCACAAGGGGCATGAGGTTAGAGTCTGGAGGTCCTGATTGTAAAGCTATCTCCCTGGTAGCTCTGTCTCTCCCCCTGGATCTGAGGCCCAACACTGCACAGCCTCCACCACTCACAAATTCTGCCTGAGAATGAGCTGCTGTTTCACAAGCAAGGAGACTTGGAACCGGATGGATGGGGCCGAGCAATTCTGCTTCTCGGCTGGGAAAGCTTGGGTAATTGACTTCACCTCTTTGAGCCTCAGCTTGCTCATCCGTAAAGTAGGGATGATGGTCCACAGGACTGCTCTGAAGCAGCAGCGAGAAGCAGCCCCAGTGTCTGGCGCTGTAGTTATCACCTCGGGGAAACTGGCTCTGTTCTGTGTGCTTTCTTGCTTATCRGGGCCACTGAGCTGG...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘向东，叶灯灯，刘小磊，尹立林，南九红，赵书红，李新云，唐振双，周玉，童大平，
申请(专利权)人：华中农业大学，
类型：发明
国别省市：湖北,42