一种用于鉴别鲤、鲫和鲤鲫间杂交鱼的分子标记及其引物与应用制造技术

本发明专利技术公开了一种用于鉴别鲤、鲫和鲤鲫间杂交鱼的分子标记及其引物与应用，属于水产动物分子遗传学领域。本发明专利技术分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示。该分子标记的引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO.1‑2所示。本发明专利技术还提供了一种含有该分子标记的引物对的试剂盒。以及该分子标记的引物对在鉴别鲤、鲫和鲤鲫间杂交鱼中的应用。本发明专利技术基于鲤基因组知识、开发了一个分子标记，在基因层面上提供了一种鉴别鲤、鲫及鲤鲫间杂交鱼的方法，有效的避免了外观形态难以区分、背景来源不明确及加工形态破坏等造成的难以鉴定区分问题。具有简便、快速、高效、准确的优点。

【技术实现步骤摘要】
一种用于鉴别鲤、鲫和鲤鲫间杂交鱼的分子标记及其引物与应用
本专利技术涉及一种用于鉴别鲤、鲫和鲤鲫间杂交鱼的分子标记及其引物与应用，属于水产动物分子遗传学领域。
技术介绍
鲤(Cyprinuscarpio)、鲫(Carassiusauratus)是常见的重要淡水经济鱼类，目前我国的年产量均在300万吨以上。鲤(Cyprinuscarpio)、鲫(Carassiusauratus)同属于鲤科鲤亚科，亲缘关系较近、形态结构相似。鲤生长速度较快、性成熟较鲫晚，商品鱼规格常在1-2千克；鲫生长较鲤慢，通常1年即性成熟，商品鱼规格常在0.5公斤左右。虽然鲤在生长速度等方面更具优势，但是鲫肉嫩味鲜的特点更为突出，相同环境下鲫品质一般优于鲤，市场上的单价约为鲤的一倍。鲤鲫种间杂交可以产出正常的后代，在外观形态、生长速度、鱼肉品质方面均介于鲤鲫之间。因此，有业者专门培育鲤鲫杂交种，综合鲤鲫两亲本的优点。现有的鲤、鲫及鲤鲫间杂交品种的鉴定方法主要是依据外观形态区分或利用PCR-RFLP技术分析线粒体DNA的部分序列。前一种基于形态学鉴定的方法简单直观，如检测体长、体高、头长、吻长、眼间距、尾柄长、尾柄高与体长比等可量性状，但这种直观的检验方式对专业知识要求较高，同时还需要对被检测鱼的来源背景有一定的了解，鉴定结果才能具有较高的准确性。近些年随着分子生物学的兴起，诞生了后一种线粒体DNA的检测方式，但是由于线粒体DNA是母系遗传的，并不能单独依据这种方法的鲤鲫间杂交鱼的进行鉴定。到目前为止，现有的技术还没有能够高效解决这一问题的方法。
技术实现思路
为解决现有依据形态学鉴定方式外观形态难以区分、背景来源不明确及加工形态破坏等造成的难以鉴定区分，以及线粒体DNA不能够解决鲤、鲫及鲤鲫间杂交鱼的鉴定问题。本专利技术提供了一种用于鉴别鲤、鲫和鲤鲫间杂交鱼的分子标记及其引物与应用，采用的技术方案如下：本专利技术的目的在于提供一种用于鉴别鲤、鲫和鲤鲫间杂交鱼的分子标记，该分子标记的核苷酸序列如SEQIDNO.3和SEQIDNO.4所示，具有SEQIDNO.3所示核苷酸序列的样本鉴定为鲤；具有SEQIDNO.4所示核苷酸序列的样本鉴定为鲫；同时具有SEQIDNO.3及SEQIDNO.4所示核苷酸序列的样本鉴定为鲤鲫间杂交鱼。该分子标记位于鲤基因组的9号染色体上，位于2735622至2736099区间内。优选地，所述分子标记的引物对如SEQIDNO.1-2所示，其中：上游引物F的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，下游引物R的核苷酸序列如SEQIDNO.2所示；通过所述引物对扩增出同时具有SEQIDNO.3及SEQIDNO.4所示核苷酸序列的样本鉴定为鲤鲫间杂交鱼；通过所述引物对只扩增出SEQIDNO.3所示的481bp核苷酸序列的样本鉴定为鲤；通过所述引物对只扩增出SEQIDNO.4所示的958bp核苷酸序列的样本鉴定为鲫。本专利技术还提供了上述分子标记在鉴别鲤、鲫和鲤鲫间杂交鱼中的应用。本专利技术还提供了一种用于鉴别鲤、鲫和鲤鲫间杂交鱼的分子标记引物对，其核苷酸序列如SEQIDNO.1-2所示，其中：上游引物F的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，下游引物R的核苷酸序列如SEQIDNO.2所示。通过上述分子标记引物对扩增出同时具有SEQIDNO.3及SEQIDNO.4所示核苷酸序列的样本鉴定为鲤鲫间杂交鱼；通过所述分子标记引物对对只扩增出SEQIDNO.3所示的481bp核苷酸序列的样本鉴定为鲤；通过所述分子标记引物对只扩增出SEQIDNO.4所示的958bp核苷酸序列的样本鉴定为鲫。如SEQIDNO.1-2所示的分子标记引物对在鉴别鲤、鲫和鲤鲫间杂交鱼中的应用。一种用于鉴定鉴别鲤、鲫和鲤鲫间杂交鱼的试剂盒，该试剂盒包含如SEQIDNO.1-2所示的分子标记引物对。本专利技术还提供了一种鉴别鲤、鲫和鲤鲫间杂交鱼的方法，按照如下步骤进行：1)提取待检验鱼样本的基因组DNA；2)以待检验鱼样本的基因组DNA为模板，利用如SEQIDNO.1-2所示的分子标记引物对进行PCR扩增反应，获得PCR产物；3)电泳检测PCR产物，经检测若只得到长度为481bp的单一片段，则待检验鱼为鲤；若只得到长度为958bp的单一片段，则待检验鱼为鲫；若同时得到481和958bp两条片段，则待检验鱼为鲤鲫间的杂交鱼。优选地，步骤2)所述PCR扩增反应的反应体系是由30ng/μL基因组DNA1.0μL，10μmol/L上游引物F0.6μL，10μmol/L下游引物R0.6μL，2μL10×PCRBuffer，2μL2mmol/LdNTP，1UExTaq酶和ddH2O组成的20μL反应体系。优选地，步骤2)所述PCR扩增反应的条件为94℃预变性2min；35个循环，每个循环94℃变性30s，60℃退火30s，72℃延伸1min；72℃终延伸7min。本专利技术分子标记及其引物对的开发是根据NCBI数据库(NationalCenterforBiotechnologyInformation)中已发布的鲤、鲫基因组数据信息，将鲤、鲫基因组进行同源序列分析比对，筛选获得大量的差异基因序列，从这些序列的同源区设计引物，分别以鲤、鲫及鲤鲫间杂交鱼的DNA为模板进行PCR扩增及产物测序分析，从中筛选验证得到鲤、鲫及鲤鲫间杂交鱼的差异序列SEQIDNO.3及SEQIDNO.4，同时筛选得到相应的分子标记的引物对SEQIDNO.1及SEQIDNO.2。本专利技术有益效果：本专利技术基于鲤基因组知识、开发了一个分子标记，在基因层面上提供了一种鉴别鲤、鲫及鲤鲫间杂交鱼的方法，有效的避免了外观形态难以区分、背景来源不明确及加工形态破坏等造成的难以鉴定区分问题。具有简便、快速、高效、准确的优点。本专利技术的一对分子标记引物，基于鲤鲫保守的基因序列，引物具有特异性强、扩增效率高的特点，且产物不会产生非特异性扩增，结果不需测序检测，只需琼脂糖凝胶电泳(无需酶切)便可以直观的从片段大小上进行区分，且可以同时鉴定多个待检验样品。具有简单、高效、精确、成本低等特点。本专利技术利用一对分子标记引物对鲤、鲫及鲤鲫间杂交鱼在基因水平上进行鉴别，引物对序列为F和R。利用这一对引物对待检验鱼样本进行基因型的PCR扩增检测，若只得到长度为481bp的单一片段，则待检验鱼为鲤；若只得到长度为958bp的单一片段，则待检验鱼为鲫；若同时得到481和958bp两条片段，则待检验鱼为鲤鲫间的杂交鱼。附图说明图1为实施例1电泳图；图中，泳道M为DL2000DNAmarker；泳道1-4为鲤样品；泳道5-8为鲫样本；泳道9-12为鲤鲫间杂交鱼样本。具体实施方式下面结合具体实施例对本专利技术做进一步说明，但本专利技术不受实施例的限制。实施例1：根据NCBI数据库(NationalCenterforBiotechnologyInformation)中已发布的鲤、鲫基因组数据信息。将鲤、鲫基因组进行同源序列分析比对。筛选获得大量的差异基因序列。从这些序列的同源区设计引物，分别以鲤、鲫及鲤鲫间杂交鱼的DNA为模板进行PCR扩增及产物测序分析，从中筛选验证得到鲤、鲫及鲤鲫间杂交鱼的差异序列，即分子标记，其核苷酸序列如SEQIDNO.3及SEQIDNO.4，同时还筛选得到相应本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于鉴别鲤、鲫和鲤鲫间杂交鱼的分子标记，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示，具有SEQ ID NO.3所示核苷酸序列的样本鉴定为鲤；具有SEQ ID NO.4所示核苷酸序列的样本鉴定为鲫；同时具有SEQ ID NO.3及SEQ ID NO.4所示核苷酸序列的样本鉴定为鲤鲫间杂交鱼。

【技术特征摘要】
1.一种用于鉴别鲤、鲫和鲤鲫间杂交鱼的分子标记，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列如SEQIDNO.3和SEQIDNO.4所示，具有SEQIDNO.3所示核苷酸序列的样本鉴定为鲤；具有SEQIDNO.4所示核苷酸序列的样本鉴定为鲫；同时具有SEQIDNO.3及SEQIDNO.4所示核苷酸序列的样本鉴定为鲤鲫间杂交鱼。2.根据权利要求1所述的分子标记，其特征在于，该分子标记的引物对如SEQIDNO.1-2所示，其中：上游引物F的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，下游引物R的核苷酸序列如SEQIDNO.2所示；通过所述引物对扩增出同时具有SEQIDNO.3及SEQIDNO.4所示核苷酸序列的样本鉴定为鲤鲫间杂交鱼；通过所述引物对只扩增出SEQIDNO.3所示的481bp核苷酸序列的样本鉴定为鲤；通过所述引物对只扩增出SEQIDNO.4所示的958bp核苷酸序列的样本鉴定为鲫。3.权利要求1或2所述的分子标记在鉴别鲤、鲫和鲤鲫间杂交鱼中的应用。4.一种用于鉴别鲤、鲫和鲤鲫间杂交鱼的分子标记引物对，其特征在于，其核苷酸序列如SEQIDNO.1-2所示，其中：上游引物F的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，下游引物R的核苷酸序列如SEQIDNO.2所示。5.权利要求4所述的分子标记引物...

【专利技术属性】
技术研发人员：程磊，王乐，李超，鲁翠云，
申请(专利权)人：中国水产科学研究院黑龙江水产研究所，
类型：发明
国别省市：黑龙江,23